genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040010--2040064	18	2.9	19	86	5	76	56	1	0	41	1.10
2040324--2040371	11	4.2	12	87	10	66	70	0	0	29	0.87
2040318--2040371	23	2.4	22	87	6	81	70	0	0	29	0.88
2040428--2040491	26	2.4	27	80	12	71	65	1	0	32	1.02
2040457--2040487	11	2.8	11	95	0	53	67	0	0	32	0.91
2041333--2041367	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
2042851--2042924	38	1.9	39	88	2	114	43	13	8	35	1.74
2042943--2042983	9	4.7	9	80	14	50	53	12	9	24	1.68
2044284--2044319	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2044839--2044863	13	1.9	13	100	0	50	64	8	12	16	1.49
2047298--2047327	15	2.0	15	93	0	51	30	23	0	46	1.52
2052622--2052685	32	2.0	33	87	3	94	28	15	15	40	1.88
2052652--2052705	19	2.8	19	88	2	72	31	20	12	35	1.90
2058930--2058954	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2064055--2064102	23	2.1	23	100	0	96	35	29	12	22	1.91
2067697--2067733	19	1.9	19	94	0	65	32	0	21	45	1.52
2068036--2068095	29	2.0	30	84	9	79	56	1	3	38	1.26
2068838--2068886	13	3.8	13	83	0	71	20	42	6	30	1.76
2069150--2069205	20	2.8	20	81	5	69	32	10	14	42	1.80
2076238--2076286	17	2.9	16	79	14	55	75	10	8	6	1.18
2077538--2078740	28	41.7	28	83	9	1263	28	30	18	23	1.97
2077538--2078740	116	10.4	111	82	8	1210	28	30	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079453--2079710	79	3.3	79	78	8	256	32	13	24	28	1.94
2079839--2079879	18	2.3	18	100	0	82	14	14	41	29	1.86
2084027--2084068	21	2.0	22	90	4	68	35	7	26	30	1.83
2084029--2084074	21	2.2	21	84	7	58	41	6	26	26	1.80
2090171--2090210	11	3.5	12	86	10	57	72	0	0	27	0.85
2090163--2090210	24	2.0	23	88	4	69	70	2	0	27	0.98
2090590--2090630	19	2.2	18	86	4	55	51	0	0	48	1.00
2090593--2090648	24	2.3	23	85	11	69	48	0	0	51	1.00
2090618--2090677	27	2.2	27	85	8	77	55	0	0	45	0.99
2090711--2090744	15	2.3	15	89	0	50	52	0	2	44	1.16
2090866--2090904	10	3.8	10	93	3	60	25	0	0	74	0.82
2090869--2090907	11	3.6	11	86	13	55	28	0	0	71	0.86
2091587--2091625	2	19.5	2	89	0	60	0	5	48	46	1.24
2092230--2092280	20	2.7	19	75	19	52	60	5	0	33	1.21
2092352--2092386	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2092564--2092590	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2092565--2092593	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
2103186--2103211	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2103927--2104000	23	3.2	23	69	9	60	48	1	0	50	1.09
2104936--2105026	15	6.3	14	80	9	76	30	20	21	26	1.98
2104944--2105067	29	4.2	28	74	11	97	33	20	19	26	1.97
2104936--2105067	44	3.0	43	80	8	133	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104978--2105068	15	6.2	15	76	11	73	36	20	17	25	1.94
2105807--2106125	67	4.8	67	73	8	211	35	15	21	26	1.94
2105804--2106219	200	2.1	199	81	4	473	34	15	21	27	1.94
2106922--2107878	491	2.0	488	87	4	1385	29	18	14	37	1.91
2109340--2109394	15	3.7	15	87	4	76	36	18	18	27	1.94
2109331--2109415	29	2.9	29	73	15	84	36	16	17	29	1.92
2109331--2109412	15	5.5	14	81	11	67	36	17	17	29	1.92
2109637--2109719	39	2.1	38	81	14	98	46	1	2	49	1.22
2111250--2111298	19	2.3	23	86	13	70	26	0	2	71	0.97
2115992--2116046	26	2.1	26	93	0	92	58	1	7	32	1.36
2118771--2118816	20	2.3	21	85	11	69	21	8	8	60	1.53
2124488--2124539	21	2.5	21	90	0	86	34	7	21	36	1.82
2124617--2124665	20	2.5	19	80	9	53	28	14	12	44	1.81
2137348--2137399	27	1.9	27	84	0	68	61	0	0	38	0.96
2137360--2137403	19	2.3	19	88	0	61	54	0	0	45	0.99
2141200--2141234	10	3.4	11	88	11	56	80	0	20	0	0.72
2141193--2141234	20	2.1	20	91	8	68	80	0	19	0	0.70
2141196--2141226	11	2.8	11	90	0	53	80	0	19	0	0.71
2145685--2145734	26	1.9	26	100	0	100	26	12	20	42	1.86
2150006--2150100	30	3.5	29	70	26	91	28	15	11	44	1.82
2150049--2150129	20	3.2	26	68	29	75	25	14	8	50	1.72
2150006--2150169	50	3.3	50	92	1	267	29	15	10	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152300--2152345	24	1.9	24	86	0	65	41	8	2	47	1.46
2153907--2154398	163	3.0	164	80	8	511	33	9	8	48	1.66
2154924--2154963	21	1.9	21	84	0	53	75	2	12	10	1.15
2156218--2156276	20	3.0	20	87	5	84	40	13	8	37	1.75
2156347--2156409	33	1.9	33	90	0	99	38	17	12	31	1.87
2157067--2157117	26	2.0	26	92	3	86	23	23	0	52	1.47
2163803--2163855	20	2.7	20	100	0	106	39	18	15	26	1.90
2171256--2171288	16	1.9	18	88	11	52	30	12	9	48	1.71
2173319--2173450	71	1.9	71	82	3	167	27	15	9	47	1.76
2182993--2183046	20	2.7	20	85	0	72	31	11	12	44	1.78
2183092--2183116	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2183125--2183249	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
2187799--2187836	12	3.4	11	86	13	51	18	7	0	73	1.06
2195885--2195923	20	2.0	20	84	0	51	30	2	7	58	1.39
2196607--2196988	155	2.5	154	78	6	385	42	20	13	23	1.88
2196842--2197259	158	2.7	153	78	6	378	38	19	16	25	1.92
2198797--2198840	9	4.7	9	83	8	52	4	13	0	81	0.83
2198947--2198991	23	2.0	23	81	0	54	4	15	24	55	1.59
2199094--2199211	43	2.7	43	77	1	101	10	20	22	46	1.80
2199282--2199331	25	2.0	25	84	0	64	8	28	20	44	1.79
2206568--2206663	48	1.9	49	85	6	131	51	7	7	34	1.58
2206568--2206670	49	2.1	50	83	5	129	50	6	6	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207239--2207268	15	2.1	14	93	6	51	6	10	0	83	0.81
2213226--2213273	13	3.8	13	74	20	57	58	0	12	29	1.35
2213673--2213711	20	2.0	20	100	0	78	46	5	2	46	1.38
2214332--2214387	6	8.8	6	78	18	60	3	16	1	78	0.97
2214333--2214387	20	2.9	18	79	12	58	3	14	1	80	0.94
2214772--2214816	23	2.0	23	100	0	90	26	15	22	35	1.94
2215995--2216026	15	2.1	15	100	0	64	43	18	18	18	1.88
2216474--2216549	14	5.4	15	74	16	65	56	0	0	43	0.99
2216477--2216558	28	3.1	26	75	13	69	59	1	0	39	1.05
2216474--2216549	15	5.4	14	73	16	59	56	0	0	43	0.99
2216464--2216570	43	2.5	42	80	11	110	57	0	0	42	1.05
2217602--2217626	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2217624--2217669	4	11.8	4	84	13	60	0	19	0	80	0.71
2217621--2217671	23	2.2	23	89	6	77	0	17	0	82	0.67
2217772--2218012	129	1.9	128	86	4	351	56	5	10	26	1.56
2218452--2218498	20	2.3	20	92	7	78	34	10	12	42	1.78
2219662--2219736	20	3.8	20	78	0	87	33	13	13	40	1.83
2219662--2219739	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
2223278--2223349	20	3.6	20	76	0	81	36	13	9	40	1.78
2223275--2223352	40	2.0	39	89	2	120	35	12	11	39	1.80
2227139--2227189	19	2.7	19	77	14	61	49	0	0	50	1.00
2227271--2227323	19	3.1	19	71	17	53	62	3	0	33	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228707--2228791	21	4.5	19	75	21	81	47	0	1	51	1.08
2228719--2228768	18	2.8	17	79	8	55	46	0	0	54	1.00
2228704--2228791	37	2.3	38	77	16	94	45	0	1	53	1.07
2230073--2230099	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2230982--2231014	15	2.1	16	88	5	50	33	3	6	57	1.38
2231504--2231531	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2235284--2235319	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2235720--2236420	343	2.1	339	90	3	1084	44	7	7	40	1.61
2236789--2236832	20	2.1	21	87	8	63	65	0	0	34	0.93
2237151--2237194	21	2.0	22	87	12	65	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15