genome.fa.s107.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold107
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157485--157515	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
159318--159362	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
161546--161597	19	2.7	20	90	6	88	28	11	15	44	1.81
161648--161703	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
169841--169866	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
170069--170103	13	2.7	13	95	0	61	28	14	20	37	1.91
171965--172010	23	2.0	23	91	4	76	34	2	28	34	1.70
177348--177374	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
179544--179617	20	3.8	19	78	5	76	31	16	14	37	1.89
179645--179697	20	2.7	20	100	0	106	30	18	18	32	1.96
179686--179710	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
179666--179730	33	2.0	33	85	11	89	36	15	16	30	1.90
180660--180891	116	2.0	116	88	3	342	29	23	20	27	1.99
181377--181449	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
181395--181470	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
181377--181470	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
181509--181534	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185329--185393	26	2.6	25	83	7	78	26	6	15	52	1.66
185437--185476	2	20.0	2	94	0	71	0	47	0	52	1.00
185476--185515	2	19.5	2	89	5	62	45	0	5	50	1.23
186222--186284	23	2.7	22	83	16	74	53	0	0	46	1.00
187544--187590	21	2.2	22	88	3	69	48	6	2	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188537--188578	22	2.0	22	90	4	68	33	14	2	50	1.56
190187--190244	26	2.2	27	78	12	66	39	1	3	55	1.27
190204--190321	40	2.8	41	70	12	98	36	1	5	55	1.34
190204--190297	13	7.1	14	67	19	58	35	2	5	57	1.33
190399--190434	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
190510--190539	15	2.0	15	93	0	51	30	3	13	53	1.56
190848--190909	20	3.3	19	71	17	58	62	3	1	32	1.20
190967--191037	32	2.2	32	80	7	81	40	21	2	35	1.68
194407--194675	58	4.7	58	77	5	231	46	13	12	27	1.80
197597--197856	130	2.0	131	84	0	342	29	23	11	36	1.90
197660--197775	51	2.3	51	84	0	160	28	25	11	35	1.90
197709--198607	79	11.4	78	78	6	766	28	23	12	35	1.92
197709--198604	157	5.7	157	78	7	779	28	23	12	35	1.92
204983--205073	37	2.3	40	75	19	93	46	2	3	48	1.31
206856--206958	32	3.3	30	71	18	84	46	0	0	53	1.00
206881--206933	27	2.0	25	82	7	61	45	0	0	54	0.99
206885--206930	22	2.1	22	88	4	67	45	0	0	54	0.99
207159--207183	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
208769--208800	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
210673--210750	24	3.0	26	79	17	83	50	0	2	47	1.15
210686--210750	13	5.1	12	72	18	51	52	0	1	46	1.10
212380--212442	21	2.8	22	75	17	65	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212381--212420	19	2.0	20	85	9	55	67	0	0	32	0.91
212380--212446	23	2.9	23	72	14	66	61	0	0	38	0.96
212869--212904	19	1.9	18	88	5	54	61	5	0	33	1.19
213524--213558	16	2.2	16	100	0	70	51	0	0	48	1.00
213523--213609	20	4.6	20	69	20	60	55	1	1	42	1.15
213806--213894	14	5.7	15	67	21	58	32	1	4	61	1.23
214542--214940	201	2.0	201	82	1	485	24	18	25	31	1.97
218195--218251	28	2.0	28	82	0	69	63	1	14	21	1.39
218399--218425	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
218626--218674	21	2.2	22	82	7	55	65	6	6	22	1.38
219076--219106	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
230626--230682	20	2.8	20	81	2	69	33	15	10	40	1.82
230612--230820	72	2.9	71	88	2	303	30	15	11	42	1.83
230695--230879	40	4.8	40	78	15	178	31	15	12	40	1.84
230765--230882	20	5.9	20	79	0	137	33	14	12	39	1.84
237593--237883	147	2.0	147	93	0	501	39	20	18	20	1.93
241426--241546	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
241426--241566	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
241555--241579	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
241644--241668	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
241622--241688	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
242487--242881	171	2.3	171	94	1	691	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242558--242716	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
242795--243338	92	5.9	92	96	0	953	30	19	25	24	1.98
243344--243500	65	2.4	65	98	0	305	17	19	35	28	1.94
243343--243500	33	4.8	33	91	7	261	17	18	35	28	1.94
243508--243695	32	5.9	31	79	10	173	31	13	33	21	1.92
243506--243667	66	2.5	66	82	8	199	32	12	34	20	1.90
243506--243695	63	3.0	62	78	11	188	32	13	33	21	1.92
243514--243695	97	1.9	98	82	7	237	29	13	34	22	1.93
243514--243727	95	2.2	98	80	8	235	28	14	33	23	1.93
243675--243789	31	3.7	31	96	1	212	22	18	31	27	1.97
244725--244758	1	34.0	1	93	0	59	0	2	0	97	0.19
252035--252155	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
252035--252175	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
252164--252188	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
252252--252276	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
252230--252296	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
253094--253488	171	2.3	171	94	1	691	36	14	24	24	1.93
253165--253323	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
253402--253945	92	5.9	92	96	0	953	30	19	25	24	1.98
253951--254107	65	2.4	65	98	0	305	17	19	35	28	1.94
253950--254107	33	4.8	33	91	7	261	17	18	35	28	1.94
254115--254302	32	5.9	31	79	10	173	31	13	33	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254113--254274	66	2.5	66	82	8	199	32	12	34	20	1.90
254113--254302	63	3.0	62	78	11	188	32	13	33	21	1.92
254121--254302	97	1.9	98	82	7	237	29	13	34	22	1.93
254121--254334	95	2.2	98	80	8	235	28	14	33	23	1.93
254282--254396	31	3.7	31	96	1	212	22	18	31	27	1.97
255333--255367	1	35.0	1	94	0	61	0	2	0	97	0.19
262649--262769	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
262649--262789	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
262778--262802	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
262867--262891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
262845--262911	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
263710--264104	171	2.3	171	94	1	691	36	14	24	24	1.93
263781--263939	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
264018--264561	92	5.9	92	96	0	953	30	19	25	24	1.98
264567--264723	65	2.4	65	98	0	305	17	19	35	28	1.94
264566--264723	33	4.8	33	91	7	261	17	18	35	28	1.94
264731--264918	32	5.9	31	79	10	173	31	13	33	21	1.92
264729--264890	66	2.5	66	82	8	199	32	12	34	20	1.90
264729--264918	63	3.0	62	78	11	188	32	13	33	21	1.92
264737--264918	97	1.9	98	82	7	237	29	13	34	22	1.93
264737--264950	95	2.2	98	80	8	235	28	14	33	23	1.93
264898--265012	31	3.7	31	96	1	212	22	18	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265949--265982	1	34.0	1	93	0	59	0	2	0	97	0.19
274254--274279	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
274318--274391	20	3.7	19	80	7	85	29	14	12	43	1.82
276668--276850	51	3.6	51	82	3	224	33	24	9	33	1.87
276858--277064	79	2.6	79	85	1	263	28	24	15	31	1.96
277024--277095	28	2.6	28	82	4	92	23	27	18	30	1.97
276946--277251	107	2.9	106	79	7	280	28	25	14	32	1.94
277130--277202	28	2.6	28	93	0	128	24	30	19	26	1.98
278783--278841	11	5.0	11	78	13	64	84	10	0	5	0.76
278787--278840	9	5.9	9	78	10	56	85	9	0	5	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15