genome.fa.s156.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold156
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2697547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253612--2254317	233	3.0	230	83	7	786	28	17	17	36	1.93
2258906--2258947	17	2.3	18	80	12	50	23	4	33	38	1.76
2258913--2258948	17	2.1	17	89	0	54	22	5	30	41	1.76
2259260--2259299	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
2260243--2260320	39	2.0	39	100	0	156	28	20	23	28	1.99
2260383--2260425	16	2.6	17	77	3	52	41	0	0	58	0.98
2260399--2260453	22	2.5	21	82	8	65	41	0	0	58	0.98
2261599--2261627	14	2.1	14	100	0	58	34	24	20	20	1.97
2266236--2266324	38	2.4	38	96	1	162	58	6	22	12	1.57
2269607--2269662	21	2.5	22	86	11	71	50	0	0	50	1.00
2270229--2270336	42	2.6	42	98	0	207	29	23	21	25	1.99
2272216--2272246	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2273856--2273883	14	2.0	14	100	0	56	35	28	14	21	1.92
2275618--2275661	22	2.0	22	82	8	54	45	13	2	38	1.56
2278422--2278476	28	2.0	27	82	7	65	45	1	1	50	1.22
2279127--2279152	12	2.2	12	100	0	52	26	0	34	38	1.57
2283769--2283870	37	2.9	34	72	13	107	31	2	27	38	1.72
2283840--2283926	22	4.0	22	90	0	129	36	4	20	37	1.74
2287029--2287063	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2288933--2289238	118	2.5	121	79	9	302	57	6	10	26	1.56
2289214--2289280	18	3.1	22	69	20	61	74	5	10	8	1.21
2289200--2289293	41	2.2	42	78	12	104	74	4	10	10	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289264--2289304	21	1.9	22	85	5	57	75	0	9	14	1.04
2289244--2289502	128	2.1	126	81	5	301	56	5	11	26	1.56
2289425--2289614	91	2.1	91	80	14	203	54	8	7	29	1.59
2289518--2289792	111	2.5	108	82	7	317	53	5	8	32	1.54
2289518--2289823	111	2.8	106	81	7	314	54	5	8	31	1.54
2290215--2290254	20	2.0	20	90	5	62	67	7	12	12	1.41
2290267--2290486	108	2.1	104	81	6	246	52	6	12	28	1.64
2290494--2290758	110	2.4	110	81	6	313	52	4	10	33	1.54
2290674--2290701	13	2.2	13	100	0	56	67	0	14	17	1.22
2290571--2290775	112	1.9	107	84	8	277	52	3	11	32	1.55
2290843--2291155	118	2.7	113	81	7	353	53	5	10	30	1.58
2291244--2291287	22	2.0	23	91	8	74	72	0	9	18	1.10
2291260--2291488	126	1.8	125	81	6	284	52	3	12	31	1.56
2291625--2291668	17	2.6	17	96	3	81	77	4	13	4	1.08
2291685--2291715	13	2.5	13	94	5	55	80	0	6	12	0.89
2291802--2291835	13	2.5	14	85	9	52	73	0	14	11	1.10
2290909--2291849	425	2.2	420	79	8	961	57	4	12	26	1.53
2292448--2292487	21	1.9	21	90	10	64	40	2	0	57	1.12
2301642--2301690	16	3.1	15	85	11	62	0	26	2	71	0.97
2301667--2301729	10	6.3	10	76	18	60	0	41	0	58	0.98
2301664--2301780	27	4.3	27	77	17	109	0	43	0	56	0.99
2301694--2301768	6	13.7	6	71	18	56	0	45	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301813--2301856	21	2.1	21	82	0	52	27	25	18	29	1.98
2313471--2313500	4	7.5	4	92	0	51	23	0	3	73	0.98
2313811--2313858	24	2.0	23	84	4	60	54	0	0	45	0.99
2314428--2314467	21	2.0	20	90	5	62	52	0	0	47	1.00
2314560--2314615	27	2.1	27	86	0	76	50	3	10	35	1.55
2318599--2318636	19	2.0	19	85	10	51	55	7	2	34	1.43
2318714--2318743	4	7.8	4	92	7	53	26	0	0	73	0.84
2320081--2320118	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
2320685--2320825	29	5.0	27	75	12	90	39	4	1	53	1.31
2320685--2320758	28	2.6	28	83	10	89	39	4	0	56	1.18
2320821--2320879	29	2.0	29	90	3	91	54	0	1	44	1.10
2321523--2321548	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2322099--2322201	47	2.1	48	83	7	127	31	3	3	61	1.32
2322758--2322801	21	2.1	21	86	0	61	43	0	0	56	0.99
2322782--2322874	15	6.3	15	69	18	61	40	0	3	55	1.16
2322828--2322875	16	3.1	15	82	8	60	45	0	2	52	1.12
2323828--2323861	9	3.8	9	88	0	50	70	0	0	29	0.87
2324118--2324203	29	2.9	29	87	3	109	40	0	2	56	1.12
2324211--2324273	29	2.1	30	85	2	83	47	1	7	42	1.42
2325175--2325217	11	4.0	11	78	6	52	34	0	0	65	0.93
2325170--2325215	21	2.1	22	84	4	58	41	0	0	58	0.98
2325244--2325292	16	3.1	15	77	11	53	44	0	2	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325988--2326013	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2326276--2326314	20	1.9	21	84	5	53	64	0	2	33	1.08
2326641--2326700	29	2.1	29	87	0	84	35	3	5	56	1.37
2326606--2326713	30	3.7	29	75	9	87	38	3	2	54	1.33
2328626--2328669	16	2.6	16	85	7	61	45	0	0	54	0.99
2329058--2329095	18	2.1	18	90	0	58	31	0	0	68	0.90
2329625--2329667	18	2.4	18	84	7	52	62	0	0	37	0.95
2332875--2332913	14	2.8	13	81	11	51	71	0	0	28	0.86
2336544--2336829	153	1.9	152	88	0	437	23	26	17	32	1.97
2338577--2338616	14	3.1	14	82	13	50	55	0	0	45	0.99
2341170--2341196	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2341582--2342495	159	5.7	157	73	11	488	36	9	14	39	1.79
2343976--2344605	162	3.9	158	76	7	502	35	12	14	37	1.84
2345871--2345907	19	1.9	20	88	5	58	48	2	0	48	1.15
2346356--2346410	11	4.8	11	80	8	65	58	5	5	30	1.44
2346356--2346410	24	2.4	22	79	8	65	58	5	5	30	1.44
2346507--2346586	39	2.1	39	97	0	151	53	1	2	42	1.22
2351036--2351117	41	2.0	41	97	0	155	25	21	18	34	1.96
2351640--2351682	12	3.5	12	87	6	59	79	0	6	13	0.93
2351640--2351674	13	2.8	13	95	4	63	80	0	5	14	0.89
2352428--2352468	21	1.9	22	90	5	66	36	0	0	63	0.95
2352423--2352471	22	2.2	23	82	10	66	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352437--2352479	21	2.0	21	86	0	59	39	0	0	60	0.97
2356498--2356535	16	2.4	16	90	0	58	50	0	0	50	1.00
2357045--2357112	33	2.1	33	83	8	86	42	1	0	55	1.08
2358437--2358526	15	5.8	16	72	11	62	58	5	3	32	1.37
2358413--2358518	32	3.4	30	75	8	95	58	7	3	30	1.43
2363767--2363797	14	2.2	14	94	0	53	90	3	6	0	0.55
2365361--2365401	22	1.9	21	90	5	64	41	0	0	58	0.98
2381320--2381349	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2381647--2381705	11	5.2	11	76	13	57	59	0	1	38	1.08
2381652--2381705	23	2.3	24	84	12	69	61	0	1	37	1.07
2381665--2381733	28	2.5	27	76	17	79	66	0	0	33	0.92
2389997--2390040	2	22.0	2	90	0	70	50	0	47	2	1.13
2396345--2396387	17	2.5	17	84	3	50	72	0	2	25	0.97
2396769--2396795	13	2.1	13	100	0	54	59	11	22	7	1.56
2398030--2398079	25	2.0	25	84	7	66	14	22	4	60	1.51
2398965--2399002	19	2.1	19	85	5	51	23	7	10	57	1.58
2399292--2399343	26	2.0	26	81	7	61	51	0	1	46	1.12
2399292--2399350	26	2.4	24	75	16	57	54	0	1	44	1.10
2399465--2399524	20	2.9	21	80	9	61	66	1	0	31	1.01
2399964--2400060	50	1.9	50	82	0	122	34	14	14	37	1.87
2402234--2403303	543	2.0	533	90	1	1663	34	16	20	27	1.94
2404982--2405165	50	3.7	50	85	0	260	30	17	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404982--2405165	100	1.8	100	90	0	296	30	17	17	34	1.94
2404982--2405187	100	2.1	100	85	1	279	31	16	17	34	1.92
2405533--2405575	17	2.4	19	88	7	63	30	0	6	62	1.21
2406131--2406217	25	3.6	25	65	28	62	50	0	0	49	1.00
2406160--2406196	19	1.9	19	89	10	58	56	0	0	43	0.99
2412001--2412033	11	2.8	12	81	9	50	6	18	0	75	1.00
2419408--2419444	18	2.0	19	94	5	67	54	8	0	37	1.30
2420341--2420381	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2420569--2420638	8	8.5	8	72	21	56	38	0	0	61	0.96
2420556--2420636	9	9.3	9	73	18	66	40	0	0	59	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14