genome.fa.s156.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold156
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2697547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  11  of  14  ( 1602 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109050--2109098	6	8.8	6	79	20	54	53	2	0	44	1.12
2109045--2109096	16	3.2	16	82	15	63	55	1	0	42	1.10
2109050--2109098	22	2.2	22	92	7	82	53	2	0	44	1.12
2109274--2109325	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2118067--2118093	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2118482--2118522	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
2119117--2119147	9	3.4	9	90	0	53	67	0	0	32	0.91
2119713--2119769	25	2.2	26	82	14	66	54	0	3	42	1.17
2120518--2120551	17	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
2120527--2120576	24	2.1	23	81	3	55	56	2	0	42	1.11
2121606--2121650	20	2.1	21	84	12	56	73	0	2	24	0.95
2122721--2122775	18	2.8	21	76	18	73	45	0	0	54	0.99
2122952--2122984	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2126828--2126859	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2127832--2127884	27	2.0	27	81	7	63	37	1	1	58	1.20
2128750--2128791	2	22.5	2	86	13	63	50	0	0	50	1.00
2128748--2128789	20	2.1	20	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2134065--2134161	37	2.6	37	79	11	99	46	1	5	47	1.31
2134069--2134162	38	2.5	38	79	11	104	46	1	5	46	1.32
2135495--2135524	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2137248--2137289	15	2.9	15	83	16	61	23	0	4	71	1.05
2137366--2137408	22	2.0	22	86	4	61	60	0	2	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140181--2140353	75	2.4	72	85	6	224	41	16	14	27	1.87
2142819--2142857	14	2.8	14	88	0	51	56	7	0	35	1.28
2145805--2145934	45	2.8	44	85	10	154	44	8	7	39	1.64
2146239--2146283	21	2.1	22	91	4	74	42	0	0	57	0.98
2147708--2147745	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2148437--2148475	19	2.1	18	85	4	51	43	0	0	56	0.99
2148514--2148558	20	2.4	18	78	10	54	40	0	2	57	1.11
2149937--2149983	24	1.9	25	82	4	60	48	6	0	44	1.28
2150365--2150470	50	2.2	47	88	5	149	39	6	9	44	1.63
2150745--2150778	5	7.0	5	93	6	61	20	0	0	79	0.73
2150746--2150776	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
2150745--2150778	14	2.3	15	95	5	61	20	0	0	79	0.73
2151569--2151597	13	2.2	13	100	0	58	31	13	13	41	1.84
2151909--2151937	12	2.5	12	94	5	51	13	6	13	65	1.45
2152437--2152479	18	2.5	17	77	7	50	62	0	2	34	1.08
2153158--2153201	15	2.9	16	83	10	56	45	0	0	54	0.99
2153135--2153248	45	2.6	44	81	12	126	35	0	0	63	1.01
2153173--2153269	40	2.4	40	76	10	99	34	3	1	61	1.18
2153885--2153936	24	2.2	24	86	6	70	71	0	0	28	0.87
2153883--2153970	16	5.2	16	79	8	86	63	0	0	36	0.95
2153883--2153960	33	2.3	34	84	2	95	64	0	0	35	0.94
2153917--2154019	32	3.1	30	73	21	82	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164114--2164156	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2168971--2169002	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2169797--2169843	18	2.5	18	86	13	60	31	0	0	68	0.90
2169795--2169845	19	2.7	20	75	22	56	31	0	0	68	0.90
2171554--2171590	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2172654--2172731	2	39.5	2	89	2	122	50	3	0	46	1.20
2173972--2174023	21	2.4	22	80	3	61	59	0	0	40	0.97
2176576--2176621	24	2.0	23	86	4	65	63	0	0	36	0.95
2176619--2176669	16	3.2	15	74	20	50	47	1	0	50	1.12
2176602--2176669	31	2.1	33	84	10	88	47	1	0	51	1.09
2176650--2176693	22	1.9	24	86	9	65	59	0	0	40	0.98
2177524--2177559	15	2.3	16	90	4	56	27	2	0	69	1.02
2177709--2177749	17	2.4	17	84	11	57	24	4	0	70	1.06
2178715--2178748	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2180015--2180053	19	2.2	17	90	9	60	43	0	0	56	0.99
2180690--2180720	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2181889--2181926	16	2.4	17	86	8	53	34	0	0	65	0.93
2181864--2181919	26	2.1	27	83	9	71	37	0	1	60	1.07
2182448--2182473	7	3.7	7	100	0	52	26	26	0	46	1.53
2187019--2187049	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2195939--2195972	13	2.5	13	90	4	50	70	0	0	29	0.87
2195919--2195966	16	3.3	15	72	16	55	70	0	4	25	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195958--2195999	18	2.2	20	87	8	61	54	0	2	42	1.13
2196191--2196233	16	2.7	16	85	7	61	79	0	4	16	0.90
2196591--2196625	17	2.1	17	89	5	54	48	0	0	51	1.00
2196598--2196636	17	2.3	17	81	0	51	48	0	0	51	1.00
2196717--2196790	35	2.1	36	85	7	98	48	0	0	51	1.00
2197601--2197653	22	2.4	23	81	15	67	52	0	0	47	1.00
2197613--2197653	21	2.0	20	85	9	55	56	0	0	43	0.99
2197615--2197662	22	2.2	21	77	3	51	58	0	0	41	0.98
2204933--2205019	43	2.0	43	95	0	156	40	6	25	27	1.81
2209987--2210017	3	10.3	3	100	0	62	0	35	32	32	1.58
2210034--2210071	3	12.7	3	94	0	67	0	36	0	63	0.95
2210077--2210111	18	1.9	18	88	0	52	8	31	20	40	1.82
2210312--2210366	3	18.0	3	90	7	85	30	1	0	67	1.01
2210802--2210841	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
2210802--2210844	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
2210877--2210912	18	2.0	18	88	0	54	50	2	0	47	1.15
2211043--2211085	19	2.3	19	88	4	61	62	4	4	27	1.35
2212167--2212226	14	4.1	15	79	14	72	1	16	0	81	0.77
2212171--2212209	19	2.1	19	85	9	53	2	15	0	82	0.79
2212164--2212220	29	1.9	30	89	10	91	1	15	0	82	0.75
2212164--2212209	10	4.6	10	82	17	60	2	15	0	82	0.76
2213016--2213043	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213550--2213616	24	2.6	25	75	17	59	70	4	0	25	1.06
2213583--2213622	19	2.2	18	86	4	53	70	0	0	30	0.88
2214020--2214078	26	2.3	26	82	8	68	69	10	0	20	1.17
2214064--2214128	24	2.7	24	72	13	62	66	9	0	24	1.21
2214151--2214214	22	3.0	21	84	6	85	67	0	0	32	0.91
2214174--2214322	6	25.7	6	66	16	73	65	2	0	31	1.08
2214166--2214219	17	3.2	17	77	12	58	70	0	0	29	0.88
2214159--2214215	11	5.4	11	78	14	66	70	0	0	29	0.88
2214230--2214284	28	1.9	29	85	3	76	61	3	0	34	1.13
2216792--2216874	38	2.3	37	81	8	107	62	0	0	37	0.95
2216797--2216850	24	2.1	26	83	16	69	61	0	0	38	0.96
2216791--2216877	18	4.8	19	73	14	60	62	0	0	37	0.96
2216794--2216888	33	3.0	30	71	27	79	61	0	0	38	0.96
2219838--2219876	14	2.8	13	85	11	51	66	0	0	33	0.92
2219843--2219876	14	2.5	14	90	4	52	67	0	0	32	0.91
2219854--2219895	21	2.0	21	95	0	75	59	0	0	40	0.97
2220371--2220406	3	12.0	3	93	0	63	30	0	0	69	0.89
2221615--2221639	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2222724--2222803	24	3.2	24	74	10	88	56	5	1	37	1.29
2222774--2222821	16	2.7	18	78	15	55	60	2	0	37	1.09
2222733--2222841	26	4.3	25	75	10	96	60	3	1	33	1.25
2222782--2222884	27	3.9	27	74	11	88	62	2	0	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222782--2222864	26	3.2	26	78	13	82	62	2	1	33	1.16
2222860--2222913	17	3.3	17	68	19	51	51	3	0	44	1.19
2223801--2223845	12	3.8	12	82	14	58	40	0	0	60	0.97
2223803--2223845	22	1.9	23	90	4	70	39	0	0	60	0.97
2224185--2224263	33	2.6	29	81	14	106	35	16	11	36	1.85
2227356--2227383	12	2.3	12	100	0	56	46	0	14	39	1.44
2228960--2228998	20	2.0	20	85	5	53	51	0	0	48	1.00
2230741--2230766	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2235370--2235410	5	8.2	5	84	10	57	41	0	0	58	0.98
2235472--2235502	16	1.9	16	93	0	53	48	0	6	45	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14