genome.fa.s156.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold156
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2697547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740268--740306	20	2.0	20	84	0	51	51	0	5	43	1.24
740787--740816	13	2.2	14	94	5	53	56	0	0	43	0.99
741072--741097	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
741352--741431	15	5.4	15	69	20	53	56	1	1	41	1.15
741449--741496	15	3.1	16	80	20	57	41	2	0	56	1.11
742956--743009	3	17.0	3	81	11	63	64	1	0	33	1.04
742956--743009	10	5.7	9	80	10	63	64	1	0	33	1.04
743310--743340	16	1.9	16	93	0	53	45	3	0	51	1.17
752999--753044	16	2.8	16	80	12	58	56	0	0	43	0.99
752999--753049	15	3.5	15	84	12	54	58	0	0	41	0.98
753438--753499	20	3.0	21	72	25	53	62	3	1	32	1.20
753718--753750	16	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
753718--753755	8	4.3	9	81	18	53	31	0	0	68	0.90
753945--754023	22	3.5	23	81	10	74	70	3	2	22	1.15
754153--754195	12	3.3	12	81	15	50	67	2	0	30	1.03
754158--754209	26	2.0	27	84	3	70	61	3	0	34	1.14
754158--754199	13	3.2	13	81	15	50	61	2	0	35	1.09
754206--754262	21	2.8	21	71	12	55	54	3	7	35	1.45
754263--754301	19	2.1	19	85	9	53	66	0	2	30	1.05
754317--754345	14	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
754353--754391	8	5.1	8	81	12	55	0	15	0	84	0.62
754722--754769	26	2.0	24	88	12	71	45	2	2	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773453--773524	24	3.1	24	72	11	69	43	1	2	52	1.24
773504--773556	23	2.2	25	80	12	67	52	3	1	41	1.30
773472--773592	23	5.4	21	71	21	61	51	3	2	42	1.31
780870--780905	19	1.9	19	88	5	56	2	19	0	77	0.88
781354--781383	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
783032--783096	27	2.4	28	82	10	80	43	0	0	56	0.99
783034--783107	27	2.8	27	82	10	73	45	1	0	52	1.09
786559--786587	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
786789--786821	14	2.4	14	90	5	50	63	0	9	27	1.24
787191--787233	22	2.0	22	86	9	61	58	4	2	34	1.32
787236--787278	21	2.0	21	86	8	61	44	0	0	55	0.99
787835--787882	13	3.5	13	78	10	51	35	0	6	58	1.23
795519--795583	19	3.5	19	81	8	73	56	6	0	36	1.24
795524--795570	4	12.2	4	82	8	53	53	4	0	42	1.20
796008--796032	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
799361--799573	109	1.9	109	83	2	275	31	11	19	37	1.87
800140--800168	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
802542--802578	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
802917--802963	21	2.2	21	80	0	58	70	0	2	27	0.99
807746--807782	16	2.3	16	85	0	56	51	2	2	43	1.30
807778--807874	40	2.5	39	80	14	103	45	1	3	50	1.24
808208--808281	38	2.0	38	82	15	93	43	0	2	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808273--808315	20	2.2	20	88	12	63	46	0	0	53	1.00
808280--808347	28	2.4	28	73	14	68	44	0	0	55	0.99
808322--808367	22	2.0	23	87	4	67	41	0	0	58	0.98
808281--808372	27	3.5	26	67	18	66	45	0	0	54	0.99
809190--809230	21	2.0	20	86	9	57	24	0	2	73	0.96
818002--818036	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
822014--822095	33	2.4	34	82	10	87	47	0	0	52	1.00
822038--822159	32	3.8	32	74	16	110	45	3	0	50	1.23
822538--822614	23	3.3	22	73	19	59	59	0	5	35	1.20
822674--822731	27	2.2	25	79	11	62	44	1	0	53	1.10
822759--822783	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
823424--823464	17	2.4	18	80	8	50	46	0	0	53	1.00
823534--823591	22	2.6	22	89	5	82	63	0	0	36	0.94
823801--823838	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
824119--824178	27	2.2	28	80	14	72	46	0	0	53	1.00
828049--828089	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
829672--829711	3	13.0	3	94	5	71	65	0	35	0	0.93
830649--830735	43	2.0	43	97	0	165	42	6	5	44	1.55
833130--833176	2	23.5	2	86	0	67	42	0	6	51	1.27
833130--833242	14	8.6	14	85	11	116	33	0	15	50	1.45
833160--833236	4	20.8	4	84	15	112	27	0	22	50	1.49
833146--833242	22	4.4	22	88	0	131	30	0	18	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833154--833236	18	4.7	18	95	2	143	28	0	20	50	1.48
837941--837974	13	2.7	13	90	4	52	35	0	0	64	0.94
839537--839566	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
841121--841174	23	2.4	22	82	11	65	50	0	0	50	1.00
841782--841813	15	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
843045--843103	2	29.5	2	89	0	73	45	0	6	47	1.29
844658--844690	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
844692--844745	19	2.8	18	78	15	54	24	3	7	64	1.35
844748--844801	17	3.4	17	68	19	53	57	0	0	42	0.98
845412--845472	23	2.5	23	82	17	70	52	1	1	44	1.20
848073--848111	20	2.0	20	89	0	60	53	5	10	30	1.56
848385--848429	21	2.1	22	87	4	65	46	0	0	53	1.00
866102--866132	16	1.9	16	100	0	62	54	12	19	12	1.70
866248--866273	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
866704--866758	27	2.0	28	82	7	67	38	5	1	54	1.34
877928--877974	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
878289--878343	24	2.3	24	71	3	58	43	0	0	56	0.99
878316--878382	27	2.5	28	82	4	75	52	0	1	46	1.09
879131--879172	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
879172--879208	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
879633--879662	14	2.2	13	94	5	51	90	0	0	10	0.47
888771--888836	26	2.5	26	71	7	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899609--899673	25	2.9	24	77	22	70	44	0	0	55	0.99
900428--900459	12	2.4	14	90	10	50	34	3	0	62	1.11
908764--908804	22	2.0	20	85	9	55	9	24	0	65	1.22
908971--909024	18	3.1	17	73	7	54	40	0	0	59	0.98
909008--909056	14	3.4	15	75	8	57	55	0	0	44	0.99
914324--914388	29	2.3	28	80	14	80	60	1	0	38	1.07
914931--914975	22	2.0	22	83	8	56	46	2	0	51	1.13
916492--916526	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
916748--916826	6	13.8	6	77	15	87	35	1	0	63	1.03
916743--916827	19	4.5	18	80	16	93	36	1	0	62	1.03
916743--916821	9	9.0	8	73	26	63	35	1	0	63	1.03
917137--917184	22	2.2	22	96	0	87	50	12	6	31	1.65
917904--918039	6	22.7	6	69	8	53	18	58	9	13	1.62
917879--917943	30	2.2	30	88	5	96	24	55	9	10	1.63
917958--918036	36	2.2	36	83	0	95	18	59	7	13	1.58
917981--918039	18	3.3	18	76	9	66	15	59	8	16	1.60
918083--918144	24	2.6	25	79	7	83	20	59	4	14	1.53
918138--918184	24	2.0	24	83	8	60	21	61	14	2	1.43
918179--918234	18	3.3	16	76	11	51	28	58	3	8	1.45
919662--919693	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
920523--920591	33	2.1	33	97	0	129	46	34	10	8	1.69
922069--922152	39	2.1	39	91	2	132	33	10	25	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923078--923356	138	2.0	138	99	0	549	45	20	12	21	1.84
926230--926255	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
928157--928201	22	2.0	22	83	8	56	44	0	0	55	0.99
928734--928771	16	2.2	18	90	9	62	39	0	2	57	1.12
928741--928779	20	2.1	18	85	9	51	46	0	0	53	1.00
929439--929479	17	2.5	17	88	4	66	29	0	9	60	1.28
931072--931101	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
931354--931385	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
933793--933830	11	3.4	11	89	10	51	76	5	0	18	0.97
934321--934353	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14