genome.fa.s156.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold156
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2697547

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420550--2420645	27	3.2	30	73	19	85	41	0	0	58	0.98
2420557--2420645	31	3.1	28	75	20	85	41	0	0	58	0.98
2421307--2421396	30	3.3	27	71	17	78	41	1	0	57	1.06
2421454--2421480	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2421668--2421745	8	9.5	8	72	16	54	39	0	0	60	0.97
2421656--2421751	18	5.7	18	70	25	75	42	0	0	57	0.98
2421648--2421749	31	3.4	32	78	16	103	41	0	0	58	0.98
2421655--2421743	9	10.3	9	70	15	64	41	0	0	58	0.98
2421672--2421752	26	3.2	26	81	13	105	41	0	0	58	0.98
2421673--2421751	25	3.0	27	75	18	87	43	0	0	56	0.99
2422130--2422198	36	1.9	36	87	0	102	36	8	5	49	1.58
2422718--2422827	27	4.0	28	76	12	93	45	0	0	52	1.13
2422791--2422823	16	2.0	17	88	5	50	45	0	3	51	1.16
2422766--2422831	18	3.5	20	74	18	68	46	0	1	51	1.10
2423753--2423806	11	4.7	11	75	6	54	27	3	0	68	1.06
2423737--2423804	19	3.7	19	79	18	74	30	4	0	64	1.13
2423941--2423992	25	2.1	24	86	10	70	51	0	0	48	1.00
2425458--2425503	21	2.2	21	85	14	60	45	0	2	52	1.13
2425710--2425768	21	2.8	21	85	10	68	67	0	0	32	0.91
2425943--2425992	15	3.4	15	75	5	57	66	2	0	32	1.03
2425946--2425995	14	3.5	14	81	5	64	66	2	0	32	1.03
2438141--2438174	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439475--2439515	21	1.9	22	85	5	57	43	0	0	56	0.99
2439912--2439959	15	3.1	15	80	16	53	43	0	0	56	0.99
2439910--2439966	16	3.6	16	80	15	64	43	0	0	56	0.99
2439923--2439994	25	2.9	25	75	8	65	43	1	0	55	1.08
2439942--2439993	24	2.2	24	82	6	61	42	1	0	55	1.10
2452189--2452365	90	2.0	89	92	1	291	44	7	3	44	1.50
2452455--2452515	24	2.7	23	77	7	63	54	0	3	42	1.17
2452674--2452828	82	1.9	82	97	0	292	41	8	10	39	1.71
2453196--2453224	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
2453448--2453498	24	2.1	24	82	7	59	35	1	1	60	1.19
2453455--2453583	23	6.1	21	67	22	56	36	0	0	62	1.07
2453437--2453527	32	2.8	33	78	6	96	39	2	1	57	1.18
2453537--2453587	23	2.3	23	87	12	72	35	0	0	64	0.94
2453456--2453582	8	16.6	8	67	22	60	37	0	0	61	1.07
2453900--2453933	17	1.9	18	94	5	61	58	0	0	41	0.98
2454997--2455046	2	25.0	2	91	0	82	46	0	4	50	1.20
2455880--2455946	29	2.4	27	75	15	73	34	1	4	59	1.26
2461778--2461806	13	2.2	13	100	0	58	93	0	6	0	0.36
2462636--2462713	27	3.0	27	78	16	67	42	0	1	56	1.07
2462652--2462708	24	2.4	24	82	5	71	40	0	0	59	0.97
2462663--2462718	24	2.3	24	90	3	85	37	0	0	62	0.95
2462653--2462754	37	2.8	36	79	15	104	36	0	0	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463292--2463323	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2464225--2464259	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2464415--2464505	42	2.2	41	80	9	105	40	1	4	53	1.28
2464543--2464581	18	2.2	18	86	4	53	58	5	2	33	1.33
2464636--2464675	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2466274--2466308	15	2.3	16	90	9	56	57	0	0	42	0.99
2466392--2466436	17	2.6	17	85	3	63	73	2	0	24	0.95
2466988--2467033	14	3.1	15	79	20	53	56	2	0	41	1.11
2468234--2468262	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
2469023--2469089	34	2.0	34	85	5	91	32	0	1	65	1.02
2472162--2472246	43	2.0	43	93	2	145	18	12	12	55	1.69
2485934--2485977	22	2.0	22	86	8	63	36	0	0	63	0.95
2494201--2494264	31	2.1	29	82	5	74	68	0	29	1	0.99
2495443--2495555	36	3.1	36	67	18	108	46	10	3	39	1.56
2495435--2495580	72	2.0	73	98	1	285	47	9	4	39	1.55
2495455--2495569	36	3.2	36	67	18	112	48	10	4	36	1.57
2498309--2498366	19	2.9	20	73	19	50	55	0	1	43	1.10
2498504--2498539	17	2.2	16	90	9	56	19	13	19	47	1.83
2499205--2499260	29	2.0	29	82	3	69	55	0	0	44	0.99
2507306--2507372	22	2.9	22	72	14	64	62	2	0	34	1.10
2513039--2513083	23	2.0	22	82	4	54	55	2	0	42	1.12
2513320--2513353	16	2.3	15	90	10	52	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519856--2519897	17	2.5	17	80	7	50	61	2	0	35	1.09
2525920--2525955	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
2526724--2526812	5	18.4	5	69	19	55	62	1	0	35	1.02
2526793--2526832	20	2.0	20	85	0	53	57	0	0	42	0.98
2526726--2526861	11	11.9	11	69	21	57	63	1	0	33	1.08
2526999--2527044	20	2.3	20	85	3	58	34	2	0	63	1.07
2527703--2527749	21	2.3	19	80	20	58	46	0	0	53	1.00
2527889--2527921	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2528604--2528637	15	2.1	15	89	10	50	61	0	2	35	1.11
2528707--2528778	25	2.9	25	72	10	67	51	0	1	47	1.09
2528855--2528890	17	2.1	17	89	0	54	47	5	0	47	1.25
2530688--2530734	14	3.5	13	77	11	51	42	0	0	57	0.98
2530678--2530734	26	2.2	26	81	6	62	43	0	0	56	0.99
2530687--2530742	25	2.2	26	84	9	80	44	0	0	55	0.99
2530688--2530737	26	1.9	26	92	8	84	40	0	0	60	0.97
2530699--2530745	14	3.5	14	77	8	53	42	0	0	57	0.98
2530684--2530745	26	2.3	28	76	18	78	46	0	0	53	1.00
2531457--2531488	11	3.1	11	86	13	50	53	0	0	46	1.00
2531457--2531487	13	2.4	13	94	0	53	51	0	0	48	1.00
2532242--2532268	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2533687--2533717	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2534039--2534089	20	2.5	22	78	15	63	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534318--2534348	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2534617--2534689	2	38.0	2	76	13	55	45	4	2	47	1.36
2537056--2537106	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
2544265--2544427	86	1.9	86	85	2	229	34	23	19	22	1.97
2545103--2545193	30	3.3	28	67	20	75	52	3	6	37	1.44
2545093--2545201	53	2.1	53	96	0	200	53	2	6	37	1.41
2547015--2547041	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2552000--2552073	27	2.7	28	74	19	75	44	0	1	54	1.08
2558101--2558149	22	2.2	22	96	0	89	28	14	12	44	1.81
2561922--2561958	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2565604--2565689	28	3.2	27	77	8	68	45	0	3	51	1.18
2566210--2566241	16	2.0	16	93	0	55	40	0	3	56	1.15
2566647--2566698	16	3.1	16	81	16	52	34	0	0	65	0.93
2575713--2575747	18	1.9	18	88	0	52	17	5	77	0	0.96
2576516--2576572	20	2.9	19	80	12	62	56	1	3	38	1.27
2576616--2576680	30	2.3	28	84	10	80	52	1	0	46	1.10
2576627--2576695	30	2.3	31	87	5	97	50	4	0	44	1.21
2578114--2578175	19	3.4	19	69	22	53	41	1	0	56	1.09
2580172--2580196	4	6.2	4	100	0	50	24	52	0	24	1.48
2580978--2581017	20	2.0	20	90	9	64	25	12	2	60	1.45
2581745--2581778	14	2.4	14	90	9	52	44	0	0	55	0.99
2584932--2584962	14	2.3	14	94	5	55	51	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585790--2585829	20	2.0	21	90	5	64	62	0	0	37	0.95
2587475--2587499	11	2.3	11	100	0	50	40	0	36	24	1.55
2588165--2588224	21	2.8	24	81	16	62	35	0	0	65	0.93
2588144--2588245	24	4.5	23	70	14	70	42	0	0	56	1.05
2593362--2593390	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2597246--2597270	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2598910--2598945	18	2.0	18	94	0	63	19	11	13	55	1.68
2616303--2616341	20	2.0	20	85	10	53	25	20	5	48	1.70
2618378--2618402	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2618569--2618604	15	2.4	15	90	0	54	19	2	5	72	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14