genome.fa.s195.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1914327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3724--3843	52	2.3	51	95	1	213	29	18	18	34	1.95
3724--3863	52	2.7	51	89	5	203	30	17	18	32	1.95
3852--3876	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3941--3965	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3920--3985	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
4022--4063	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
4911--5908	49	20.6	49	82	4	1172	30	17	26	25	1.97
4911--5913	196	5.2	195	92	3	1597	30	17	26	25	1.97
4911--5913	97	10.4	98	92	4	1585	30	17	26	25	1.97
5584--5861	48	6.0	43	74	16	218	30	17	26	25	1.97
5900--5978	33	2.5	29	77	18	95	17	16	39	26	1.91
5908--5976	33	2.1	34	89	8	106	20	17	37	24	1.93
5981--6403	33	12.8	33	86	6	497	33	12	33	20	1.90
5961--6398	65	6.6	66	85	6	516	32	12	34	20	1.89
5961--6388	165	2.6	163	86	6	571	33	12	34	20	1.89
6351--6435	32	2.7	32	85	3	100	25	16	30	27	1.97
7386--7422	1	37.0	1	88	0	56	0	2	2	94	0.36
7383--7422	11	3.7	11	93	3	64	0	5	2	92	0.45
7660--7732	10	6.7	11	75	12	71	0	1	13	84	0.68
7660--7730	14	5.7	13	78	18	55	0	1	14	84	0.69
7660--7716	12	4.9	12	81	12	66	0	1	14	84	0.71
7673--7732	18	3.5	18	82	8	81	0	0	13	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7660--7733	33	2.3	33	92	2	123	0	1	13	85	0.67
7675--7746	33	2.2	33	82	5	83	2	4	11	81	0.92
7672--7734	1	63.0	1	74	0	54	0	0	12	87	0.55
14630--14750	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
14630--14770	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
14759--14783	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14849--14873	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14827--14893	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
14931--14972	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
15881--15949	22	3.2	22	63	19	54	30	17	26	26	1.97
15819--16821	49	20.7	49	83	2	1267	30	17	26	25	1.97
15820--16826	98	10.4	98	94	2	1669	30	17	26	25	1.97
16821--16890	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
16875--17353	33	14.4	33	85	6	519	32	12	34	21	1.90
16875--17356	133	3.6	133	83	8	581	32	12	34	21	1.90
17267--17350	31	2.7	32	86	1	107	26	16	30	26	1.97
18302--18338	1	37.0	1	88	0	56	0	2	2	94	0.36
18299--18338	11	3.7	11	93	3	64	0	5	2	92	0.45
18576--18648	10	6.7	11	75	12	71	0	1	13	84	0.68
18576--18646	14	5.7	13	78	18	55	0	1	14	84	0.69
18576--18632	12	4.9	12	81	12	66	0	1	14	84	0.71
18576--18649	33	2.3	33	92	2	123	0	1	13	85	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18588--18649	18	3.4	18	86	2	88	0	0	12	87	0.55
18590--18661	33	2.2	33	84	0	90	2	4	11	81	0.92
18588--18649	1	62.0	1	73	0	52	0	0	12	87	0.55
25544--25664	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
25544--25684	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
25673--25697	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25763--25787	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25741--25807	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
25845--25886	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
30368--30410	20	2.2	20	86	0	59	41	2	6	48	1.43
33967--34012	15	3.0	16	81	9	60	52	2	15	30	1.55
34707--34757	20	2.5	20	87	0	66	35	15	15	33	1.90
34759--34811	20	2.6	20	87	3	70	43	15	15	26	1.85
34863--34901	13	3.0	13	96	0	69	30	12	15	41	1.85
35750--35825	32	2.4	32	90	0	116	34	13	15	36	1.87
45528--45565	13	2.9	13	100	0	76	31	21	15	31	1.94
45638--45689	20	2.6	20	93	0	86	36	17	11	34	1.86
49065--49209	67	2.2	66	83	7	177	31	5	15	48	1.67
49161--49207	20	2.3	20	81	0	58	31	6	14	46	1.70
49260--49363	54	1.9	54	90	2	163	39	3	10	46	1.57
49279--49375	28	3.5	28	69	16	85	37	3	12	47	1.57
49197--49425	121	1.9	122	84	4	311	36	5	11	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54446--54487	6	7.0	6	86	10	59	78	0	0	21	0.75
60523--60859	164	2.0	168	87	6	483	32	10	7	49	1.65
60541--60915	164	2.3	167	83	6	478	32	11	8	48	1.69
61493--61538	14	3.1	15	78	18	51	23	6	8	60	1.49
62553--63392	155	5.4	154	78	7	700	25	16	20	37	1.94
62526--63393	311	2.8	309	77	8	830	25	17	20	37	1.94
66002--66040	20	2.1	19	85	9	53	56	10	10	23	1.63
66959--67033	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
66956--67033	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
70690--70721	11	2.9	11	95	0	55	87	12	0	0	0.54
71897--72528	62	10.1	62	83	4	648	25	22	17	34	1.96
73266--73321	20	2.8	20	89	2	78	30	16	16	37	1.90
73266--73322	19	2.9	19	87	5	78	31	15	15	36	1.90
73350--73403	20	2.7	19	88	11	74	33	14	18	33	1.92
75000--75029	15	2.0	15	93	0	51	43	0	26	30	1.55
75321--75393	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
75339--75414	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
75321--75414	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
75453--75478	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
77701--77726	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
77681--77744	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
77681--77751	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80276--80301	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86473--86498	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93763--93818	20	2.8	20	94	0	103	32	17	19	30	1.95
95076--95124	20	2.4	21	89	3	73	44	14	14	26	1.83
97542--97567	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
97524--97587	32	2.0	33	84	3	85	43	14	12	29	1.81
102172--102227	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
102297--102322	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
102279--102342	32	2.0	33	87	3	94	42	14	14	29	1.84
103904--103950	22	2.1	22	100	0	94	14	6	17	61	1.53
111847--112378	155	3.4	153	78	5	527	40	18	14	26	1.89
114610--115105	84	5.9	83	78	7	446	48	13	19	18	1.80
114656--115035	126	3.0	126	75	8	358	47	14	19	18	1.82
114649--115105	42	10.9	41	68	10	197	48	13	19	18	1.80
114649--115105	169	2.7	169	82	4	557	48	13	19	18	1.80
114650--115114	253	1.8	253	82	4	607	48	13	19	19	1.81
115386--115489	41	2.5	41	76	0	118	45	17	23	14	1.85
115476--115586	40	2.8	40	75	11	113	43	15	23	18	1.87
115442--115899	81	5.8	81	77	6	418	42	14	24	17	1.88
115721--115899	41	4.4	39	66	10	101	41	13	25	19	1.88
116065--116108	21	2.1	21	83	8	54	15	18	0	65	1.27
116336--116561	92	2.5	92	78	5	251	34	14	23	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116700--116851	44	3.5	42	70	15	112	42	11	23	23	1.86
117926--117977	19	3.0	17	80	8	52	7	17	1	73	1.16
118292--118317	10	2.6	10	100	0	52	73	0	7	19	1.07
118703--118742	12	3.2	12	89	6	62	60	12	20	7	1.56
120228--120523	163	1.8	163	83	5	400	27	15	16	40	1.89
129954--130004	20	2.5	20	87	6	68	43	3	15	37	1.66
131887--131927	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
132033--132081	20	2.5	20	93	0	80	26	14	14	44	1.83
132368--132426	28	2.1	28	100	0	118	57	16	8	16	1.63
136551--136612	29	2.1	29	100	0	124	30	24	12	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12