genome.fa.s195.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1914327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  7  of  12  ( 1358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875851--875888	18	2.1	18	100	0	76	36	15	5	42	1.70
880285--880310	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
880504--880528	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
883063--883124	33	1.9	33	87	9	92	40	16	14	29	1.88
884853--884990	51	2.7	52	86	1	188	40	13	17	28	1.87
885622--885770	58	2.6	58	86	0	208	50	14	12	23	1.76
888474--888943	237	2.0	237	95	0	850	30	22	12	33	1.92
893808--893833	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
897332--897403	20	3.6	20	85	7	94	38	13	16	30	1.88
898104--898947	49	16.5	50	76	8	315	32	16	26	24	1.96
898277--898976	101	7.0	101	84	3	724	33	17	25	23	1.96
898105--898977	251	3.4	252	87	5	1080	32	16	26	24	1.96
899012--899117	29	3.7	29	77	10	110	16	17	33	31	1.93
899012--899078	28	2.4	27	82	7	80	14	16	31	37	1.89
899020--899176	57	2.8	57	75	11	128	21	19	32	26	1.97
899112--899221	27	3.9	27	86	5	139	26	16	34	22	1.95
899171--899486	30	10.3	31	83	6	335	32	16	26	24	1.96
900950--901020	23	3.2	21	73	18	65	2	2	12	81	0.91
900960--901019	14	4.2	14	78	18	61	3	1	11	83	0.84
914910--914963	20	2.8	18	84	15	72	42	12	14	29	1.83
914949--914974	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
914928--914995	33	2.1	33	91	0	109	38	13	17	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917021--917075	20	2.8	20	88	0	83	29	14	10	45	1.79
919372--920067	79	8.8	77	73	13	420	27	26	14	32	1.94
919452--919570	51	2.3	51	86	2	177	31	29	10	28	1.91
919550--919626	28	2.8	27	88	7	111	22	31	20	25	1.98
919503--919702	107	1.9	107	83	4	260	26	27	15	31	1.95
919578--920067	158	3.1	158	84	4	560	27	25	14	32	1.95
919582--920075	237	2.1	237	80	7	565	26	25	14	32	1.95
932046--932183	55	2.5	54	82	4	170	28	30	19	21	1.98
932106--932386	154	1.9	148	82	7	359	28	29	19	23	1.98
931948--932865	209	4.4	209	90	0	1453	26	30	18	24	1.98
932260--932450	55	3.4	55	77	12	233	29	29	19	21	1.98
932317--932591	153	1.8	147	85	7	383	28	30	18	22	1.98
932468--932662	55	3.5	54	77	10	221	27	30	20	21	1.98
931948--932861	417	2.2	418	92	1	1487	26	30	18	24	1.98
932677--932919	55	4.3	54	83	8	306	29	27	20	22	1.98
932698--933041	115	2.9	116	86	4	424	27	27	20	25	1.99
932697--933021	61	5.6	60	78	10	334	26	27	20	25	1.99
933670--933743	20	3.7	20	77	1	76	31	10	6	51	1.63
936058--936307	130	1.9	130	82	1	313	30	24	12	32	1.92
936210--936631	79	5.3	77	80	7	427	27	26	14	31	1.95
936168--936631	237	2.0	238	83	4	598	28	26	13	32	1.94
937711--937765	20	2.7	20	88	2	74	45	14	14	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943648--943699	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
945798--945823	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
945778--945845	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
950733--950758	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
955719--955783	19	3.8	17	75	24	66	30	12	18	38	1.88
955740--955764	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
955721--955787	32	2.1	32	94	0	116	31	11	19	37	1.88
955836--955860	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
955871--955997	52	2.4	52	94	0	227	36	18	17	28	1.93
963987--964024	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
964110--964173	33	1.9	33	87	0	92	21	28	17	32	1.96
964106--964232	31	4.1	29	75	15	85	25	28	14	31	1.95
964208--964253	23	2.0	23	91	0	74	30	30	19	19	1.97
964177--964287	57	2.0	56	84	5	145	26	29	15	28	1.96
964233--965296	100	10.5	99	85	7	1094	19	34	13	32	1.91
964234--965296	136	7.9	134	83	9	1056	19	34	13	32	1.91
964393--965296	236	3.8	235	87	6	1205	19	34	13	33	1.90
964233--965296	31	31.6	34	75	15	528	19	34	13	32	1.91
965303--965496	32	6.0	32	87	4	273	28	32	18	20	1.96
965307--965496	97	2.0	97	90	4	303	28	32	18	20	1.97
965310--965496	65	2.9	65	91	2	297	28	32	19	19	1.96
965523--965590	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965501--965967	43	10.1	43	78	14	466	24	26	17	31	1.97
965502--966012	49	10.9	49	80	9	602	24	26	17	31	1.97
965502--966012	92	5.5	92	91	4	815	24	26	17	31	1.97
966710--966779	19	3.7	19	98	0	131	31	11	18	38	1.86
966832--966856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
966867--966993	52	2.4	52	88	0	191	37	17	16	29	1.92
970658--971802	27	38.3	27	71	18	429	20	32	13	32	1.92
970784--971006	66	3.4	65	82	6	270	19	34	11	34	1.88
970741--970984	100	2.4	98	83	7	278	18	34	11	35	1.87
970785--971070	134	2.3	121	82	12	321	20	34	11	32	1.89
970940--971147	87	2.4	87	89	0	317	21	32	13	32	1.92
971396--971671	66	4.3	64	73	11	208	19	32	12	35	1.89
971625--971802	88	2.0	86	84	6	225	22	30	14	32	1.93
971782--971899	34	3.4	34	82	3	130	24	31	12	31	1.93
971522--971837	61	5.1	61	71	17	199	21	31	12	34	1.91
972071--972298	32	7.1	33	79	6	238	30	31	17	20	1.96
972071--972298	95	2.4	97	81	8	259	30	31	17	20	1.96
972362--972660	52	5.9	49	72	10	158	23	26	16	33	1.96
972431--972659	52	4.6	48	75	8	163	22	26	17	32	1.97
972323--972660	100	3.4	99	78	9	282	23	26	17	33	1.96
972606--972747	61	2.3	61	90	3	214	24	25	11	38	1.90
972609--972786	61	2.9	61	81	9	191	24	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973491--973515	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
973597--973672	32	2.4	32	90	0	125	39	17	14	28	1.89
973597--973653	19	3.3	18	68	27	52	38	15	15	29	1.89
982974--983061	40	2.2	40	85	6	115	75	7	11	5	1.19
983308--983343	12	3.0	12	91	0	63	88	11	0	0	0.50
984393--984802	27	15.0	27	94	1	685	22	35	14	28	1.93
984393--984802	109	3.8	109	94	1	689	22	35	14	28	1.93
984393--984802	136	3.0	136	94	1	696	22	35	14	28	1.93
984785--985295	32	16.0	32	95	0	907	31	34	18	16	1.92
985353--985474	49	2.6	46	78	7	129	18	26	22	32	1.97
985850--985926	20	3.9	19	76	6	73	33	12	12	40	1.82
985850--985927	40	2.0	39	84	2	102	33	12	14	39	1.84
986835--986891	22	2.5	24	88	11	100	17	10	8	63	1.51
986844--986898	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
993410--993449	19	2.1	19	86	9	55	42	2	5	50	1.37
993511--993594	35	2.4	35	80	9	93	61	1	3	33	1.20
996791--996842	23	2.3	23	87	9	72	55	0	1	42	1.10
1001963--1001987	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1001944--1002008	33	2.0	33	87	0	94	36	13	15	33	1.87
1002669--1002730	26	2.4	27	75	8	74	29	20	0	50	1.49
1002711--1002829	60	2.1	54	79	14	127	18	24	2	54	1.56
1003677--1003702	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003741--1003817	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
1003762--1003834	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1003741--1003834	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
1004386--1004481	48	2.0	48	97	0	183	23	29	8	38	1.84
1006321--1006359	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1008438--1008468	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1012530--1012555	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1012615--1012688	20	3.6	20	76	7	85	32	17	12	37	1.87
1012594--1012688	42	2.3	42	94	1	165	30	16	11	41	1.84
1014572--1014622	21	2.5	20	78	6	66	31	1	25	41	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12