genome.fa.s195.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1914327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1702556--1702870	59	5.1	59	75	13	217	22	28	12	37	1.90
1702494--1702798	91	3.3	91	84	9	343	22	28	13	35	1.92
1702492--1702861	32	11.8	31	74	13	199	21	28	12	36	1.91
1702903--1703503	33	18.3	33	75	11	396	30	32	15	21	1.94
1702903--1703531	64	9.6	65	75	10	442	31	31	15	22	1.94
1702897--1703402	164	3.1	162	78	8	440	31	32	14	21	1.94
1702903--1703402	197	2.5	197	79	6	521	31	32	14	21	1.94
1703582--1704055	52	8.9	52	74	10	356	23	23	15	37	1.93
1703807--1704125	113	2.9	113	82	5	359	24	24	14	36	1.93
1703904--1704176	61	4.6	61	76	11	246	25	24	14	35	1.93
1703957--1704069	52	2.2	52	88	4	174	23	27	15	34	1.94
1710312--1710362	20	2.5	20	87	0	66	35	17	9	37	1.83
1713104--1713144	13	3.1	14	82	13	59	36	14	17	31	1.90
1714701--1714738	13	2.9	13	84	11	51	34	15	18	31	1.92
1717058--1717186	52	2.5	52	97	0	249	29	18	17	34	1.94
1717174--1717212	13	3.0	13	96	0	69	38	15	12	33	1.85
1717267--1717329	19	3.6	19	74	24	75	39	17	11	31	1.85
1717284--1717308	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1717260--1717327	32	2.1	32	94	0	118	38	17	10	33	1.84
1718116--1718192	39	2.0	39	84	5	102	24	23	24	27	2.00
1718116--1718503	87	4.4	87	77	9	363	30	20	23	26	1.98
1718112--1718502	181	2.2	175	82	6	484	30	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1718558--1718649	27	3.3	27	80	7	94	17	16	35	30	1.92
1718627--1719290	34	19.8	34	78	7	635	34	13	33	19	1.90
1718627--1719260	100	6.3	100	82	6	653	34	12	33	18	1.89
1718627--1719260	134	4.7	134	89	2	884	34	12	33	18	1.89
1720739--1720832	1	94.0	1	67	0	53	0	2	13	84	0.72
1720730--1720831	9	10.9	9	79	15	100	0	1	14	83	0.74
1720731--1720832	38	2.7	36	83	11	132	0	1	14	83	0.74
1720746--1720832	47	1.9	44	88	11	131	0	2	13	83	0.73
1720730--1720834	10	10.7	10	77	13	94	0	1	15	82	0.75
1731916--1732000	19	4.7	19	76	21	94	34	11	14	40	1.82
1731957--1731981	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1731940--1732005	32	2.1	32	100	0	132	34	12	15	37	1.84
1732043--1732067	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1732076--1732204	52	2.5	52	91	2	188	37	16	16	30	1.91
1738202--1738319	52	2.3	52	90	0	191	29	16	17	36	1.92
1738202--1738339	52	2.7	52	87	2	170	31	15	18	34	1.92
1738347--1738426	21	3.8	21	96	0	151	33	10	16	40	1.82
1738455--1738506	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
1749232--1749527	97	3.1	97	78	6	341	29	22	10	37	1.88
1752980--1753011	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1754987--1755034	21	2.4	19	80	13	51	14	4	4	77	1.08
1754996--1755047	20	2.5	19	76	14	50	15	1	3	78	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755004--1755047	20	2.2	20	87	4	61	18	0	4	77	0.94
1756379--1756419	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1756459--1756527	20	3.5	19	78	7	75	39	14	14	31	1.86
1756499--1756635	53	2.6	53	91	1	229	36	16	17	29	1.92
1757225--1757291	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1761235--1761281	17	2.8	17	93	0	76	36	6	38	19	1.77
1763305--1763347	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
1763620--1763666	21	2.3	21	82	10	62	46	4	17	31	1.67
1763774--1763819	17	2.7	17	93	0	74	34	6	39	19	1.78
1764621--1764661	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1764701--1764771	20	3.6	19	75	7	70	40	15	12	30	1.85
1764741--1764877	53	2.6	53	91	1	229	38	17	16	27	1.91
1765443--1765509	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1768341--1768414	27	2.7	27	81	4	78	13	20	37	28	1.90
1768393--1768460	31	2.2	31	89	0	100	13	16	45	25	1.83
1769652--1769770	42	2.8	42	81	5	141	37	20	26	15	1.92
1769739--1769940	42	4.7	43	77	9	189	34	18	26	20	1.96
1769782--1769959	85	2.1	85	89	0	266	34	18	26	20	1.96
1769824--1769957	42	3.2	41	78	6	151	33	18	27	20	1.96
1770143--1770231	42	2.1	43	83	10	112	43	12	22	21	1.85
1774206--1774253	22	2.3	22	85	7	64	10	20	33	35	1.87
1774259--1774421	47	3.5	47	89	0	245	15	22	34	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1774781--1775379	42	14.1	42	82	2	626	38	17	28	14	1.90
1781749--1781787	21	1.9	20	94	5	69	35	15	17	30	1.91
1781846--1781972	19	7.7	18	71	28	113	33	12	18	35	1.88
1781865--1781953	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
1781846--1781980	32	4.2	32	99	0	261	33	12	18	35	1.89
1782025--1782086	13	5.2	13	78	21	73	32	16	14	37	1.89
1782004--1782085	34	2.4	34	97	0	155	35	17	10	36	1.85
1790001--1790055	22	2.5	22	84	0	74	16	18	30	34	1.93
1790041--1790199	47	3.4	47	86	0	210	19	19	31	29	1.96
1790161--1790225	29	2.2	29	88	0	94	16	18	36	27	1.93
1796609--1796736	20	5.8	20	73	21	114	28	17	12	40	1.87
1796602--1796784	51	3.8	51	78	15	235	27	18	13	40	1.88
1796609--1796784	91	1.9	91	96	0	325	27	18	13	40	1.87
1809196--1809254	16	3.7	15	74	17	57	74	1	1	22	1.00
1809179--1809259	32	2.6	30	81	12	85	72	1	2	23	1.03
1809203--1809257	10	5.6	9	81	14	56	76	0	1	21	0.88
1809186--1809267	29	2.8	30	78	12	91	70	2	3	23	1.15
1811450--1811534	31	2.7	31	90	0	125	21	38	15	24	1.92
1811538--1811592	24	2.3	24	87	0	83	32	23	25	18	1.97
1816977--1817021	22	2.0	23	82	4	56	33	20	2	44	1.63
1825243--1825741	42	12.0	42	78	7	408	14	29	17	39	1.89
1825620--1825799	84	2.1	84	81	4	200	17	27	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1826249--1826310	16	4.1	14	76	15	54	77	3	1	17	0.98
1826230--1826313	29	2.8	30	79	13	86	72	3	2	21	1.11
1830619--1830665	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
1831651--1831717	31	2.2	31	88	0	98	16	16	41	25	1.88
1831756--1831842	40	2.2	40	85	0	111	18	17	36	27	1.93
1832102--1832148	17	2.7	18	80	9	62	6	21	12	59	1.55
1832418--1832532	55	2.1	53	85	12	153	46	10	19	24	1.81
1834227--1834283	26	2.3	23	88	11	78	28	15	14	42	1.86
1834228--1834278	26	2.0	26	100	0	102	27	17	11	43	1.84
1837030--1837513	166	3.0	162	83	5	586	29	10	8	51	1.66
1837083--1837596	166	3.1	163	82	5	565	30	10	7	50	1.66
1839544--1839592	24	2.0	24	100	0	98	53	4	4	38	1.39
1839547--1839609	24	2.6	24	87	9	85	55	4	4	34	1.42
1842867--1842897	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
1845207--1845249	20	2.2	20	100	0	86	44	25	11	18	1.84
1847365--1847439	28	2.7	28	76	17	84	26	2	8	62	1.36
1848490--1848548	13	4.0	13	73	26	55	28	15	16	38	1.89
1848470--1848568	33	3.0	33	94	2	164	27	14	17	41	1.87
1848503--1848588	20	4.7	20	80	19	123	26	15	18	39	1.90
1848503--1848608	53	2.0	53	98	0	203	26	14	19	39	1.90
1848576--1848601	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1850592--1850634	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1851075--1851113	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1854859--1854978	52	2.3	51	94	4	206	30	18	18	33	1.95
1854859--1854998	52	2.7	52	85	5	169	30	18	18	32	1.95
1854987--1855011	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1855073--1855097	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1855052--1855117	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
1856087--1856220	43	2.9	45	86	8	191	31	18	23	26	1.98
1856044--1856230	49	3.9	49	82	10	233	33	17	23	26	1.96
1856043--1856220	92	1.9	94	93	3	306	32	17	23	25	1.97
1856282--1856836	49	11.0	52	72	16	237	33	16	24	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12