genome.fa.s195.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1914327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1358 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725532--725643	6	18.2	6	72	17	79	78	0	16	4	0.96
725557--725643	5	18.6	5	73	19	57	80	0	17	2	0.81
725559--725640	19	4.2	18	78	19	85	81	0	15	2	0.79
725557--725638	23	3.7	22	76	20	82	80	0	17	2	0.82
731402--731566	35	4.7	35	75	5	118	34	13	7	44	1.73
731506--731594	35	2.5	35	87	5	117	38	14	5	41	1.70
731506--731635	69	1.9	70	83	1	172	37	13	7	40	1.74
731403--731767	104	3.5	103	76	10	282	35	13	9	41	1.75
731753--731811	31	1.9	31	83	13	77	35	6	8	49	1.60
731876--732038	65	2.5	65	74	9	152	27	14	13	44	1.82
737392--737417	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
739631--739675	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
741479--741509	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
743588--743626	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
746170--746195	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
749948--749973	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
749926--749993	33	2.1	32	86	2	91	35	17	11	35	1.87
750041--750065	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
752567--752603	13	2.8	13	95	0	65	32	16	18	32	1.93
758782--758807	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
758762--758801	20	2.0	20	85	0	53	35	15	10	40	1.80
758782--758859	32	2.4	32	85	4	104	34	16	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758928--758954	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
762851--762876	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
762993--763022	12	2.5	12	88	0	51	73	0	3	23	0.98
763506--763544	2	19.5	2	91	0	60	51	2	0	46	1.14
764018--764073	15	3.8	14	79	11	58	73	3	5	17	1.17
764016--764072	16	3.7	15	79	6	60	75	3	5	15	1.12
764765--764805	18	2.3	18	86	0	55	56	2	0	41	1.13
767268--767314	20	2.5	19	81	18	62	29	8	10	51	1.66
767613--767642	15	2.0	15	100	0	60	20	20	6	53	1.67
767685--767843	57	2.8	57	79	9	173	27	13	11	47	1.78
767759--767843	29	2.9	28	70	19	75	27	14	12	45	1.81
768159--768183	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
768171--768223	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
768265--768316	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
770395--770452	20	2.8	20	86	2	80	43	12	10	34	1.76
770398--770482	21	4.0	21	79	10	61	38	12	14	34	1.84
770439--770482	22	2.0	22	86	4	63	36	11	18	34	1.86
770860--770899	13	3.1	13	96	0	71	30	15	12	42	1.83
770952--771015	33	1.9	32	87	12	94	39	14	15	31	1.87
773024--773087	20	3.2	19	82	8	74	82	10	3	3	0.89
773028--773096	9	7.6	9	74	9	50	82	11	2	2	0.88
774534--774895	116	3.1	117	88	4	563	31	31	16	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774532--774895	30	12.6	28	82	9	360	31	32	16	20	1.94
774912--775099	49	3.8	49	78	0	196	24	25	19	30	1.98
774904--775099	98	2.0	96	88	3	286	23	25	19	30	1.98
775888--775944	13	3.9	13	72	24	51	35	12	15	36	1.85
775866--775963	19	5.7	19	71	27	94	33	11	16	38	1.84
775868--775968	32	3.1	32	94	1	175	34	10	16	37	1.84
775868--775994	65	2.0	65	82	6	159	35	12	15	36	1.86
775972--776059	21	4.2	21	100	0	176	38	19	9	32	1.83
775972--776090	63	1.9	63	82	6	152	36	19	11	32	1.88
776068--776193	52	2.4	52	97	0	234	35	18	19	26	1.94
777558--777598	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
777679--777704	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
777661--777724	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
781769--781799	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
784023--784068	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
789781--789808	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
789762--789828	33	2.0	33	88	5	100	34	14	13	37	1.86
790723--790768	21	2.2	20	82	14	58	21	17	19	41	1.90
793923--793947	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
794013--794037	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
794046--794166	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
797271--797429	67	2.4	68	82	4	196	27	15	18	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799611--799663	27	2.0	27	100	0	106	32	15	7	45	1.74
804639--804677	20	1.9	21	84	5	53	46	2	0	51	1.14
804982--805287	161	1.9	158	87	8	451	51	5	1	41	1.35
804979--805394	52	8.0	53	80	10	402	51	5	2	40	1.36
805189--805401	96	2.2	97	81	10	240	52	4	1	41	1.32
805756--805802	22	2.2	21	84	3	58	34	10	2	53	1.48
805853--805946	22	4.3	22	82	1	100	35	8	5	51	1.55
806333--806460	64	2.0	64	96	0	238	45	9	4	40	1.57
810272--810302	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
813008--813064	19	2.9	19	81	2	69	33	14	17	35	1.90
813109--813139	13	2.4	13	94	0	53	35	19	6	38	1.77
813096--813160	33	2.0	33	87	6	96	33	15	13	36	1.87
819242--819282	21	1.9	22	85	5	57	43	14	19	21	1.87
820220--820247	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
820202--820267	33	2.0	33	90	0	105	39	15	16	28	1.89
820285--820342	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
820299--820361	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
820286--820361	32	2.4	32	97	0	143	34	18	14	32	1.91
820713--820768	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
820753--820779	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
821323--821400	22	3.5	22	85	5	104	26	29	2	41	1.69
823183--823226	18	2.2	21	80	11	58	25	0	31	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834210--834256	21	2.3	20	79	13	51	21	17	17	44	1.86
836750--836800	20	2.6	20	87	3	68	41	11	15	31	1.83
837778--837810	15	2.1	16	88	5	50	81	0	15	3	0.80
840187--840579	154	2.5	154	78	6	452	37	21	16	24	1.93
842003--842043	22	1.9	22	90	5	66	7	4	9	78	1.10
844087--844183	48	2.0	48	94	4	169	37	11	14	37	1.82
847429--847525	36	2.9	35	86	8	132	28	24	13	32	1.93
847962--848009	20	2.4	20	89	0	78	35	22	10	31	1.88
847995--848031	13	2.8	13	91	0	65	35	13	18	32	1.90
848100--848125	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
851363--851412	21	2.4	20	80	9	55	24	24	2	50	1.60
851385--851424	21	1.9	21	89	0	62	20	25	0	55	1.44
852972--853034	31	2.1	31	90	3	101	30	26	12	30	1.93
852972--853067	36	3.0	30	78	16	102	31	27	11	30	1.91
852982--853067	36	2.5	36	83	14	112	33	27	11	26	1.91
853499--853554	20	2.8	20	94	0	94	37	19	8	33	1.83
853591--853643	20	2.7	20	88	5	63	37	15	11	35	1.83
859022--859711	155	4.5	154	79	6	653	39	20	16	23	1.92
859050--859710	311	2.1	311	80	6	777	39	20	16	23	1.92
861134--861180	22	2.2	21	85	11	60	4	6	17	72	1.22
861474--861507	14	2.5	13	86	13	50	61	0	2	35	1.11
861788--862556	334	2.3	331	82	7	889	52	7	11	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861708--862556	168	5.1	166	80	7	859	51	8	11	28	1.67
863418--863460	21	2.0	21	86	8	61	39	11	9	39	1.74
863498--863568	20	3.6	19	81	7	79	40	15	14	29	1.86
863492--863569	40	2.0	40	87	5	113	42	14	15	28	1.85
863538--863674	53	2.6	53	95	1	238	36	18	18	26	1.94
863770--863804	13	2.7	13	90	0	61	31	17	17	34	1.93
865030--865193	89	1.8	89	93	2	285	40	23	10	25	1.87
873183--873475	156	1.9	154	85	4	401	38	23	18	19	1.93
873173--873504	156	2.1	154	82	5	400	39	22	17	20	1.92
875318--875382	27	2.4	28	79	7	80	44	0	7	47	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12