genome.fa.s195.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1914327

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  2  of  12  ( 1358 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140372--140421	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
141670--141695	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
142744--142796	19	2.7	21	88	8	76	26	15	16	41	1.88
147230--147259	15	1.9	16	93	6	53	3	13	6	76	1.11
148038--148083	17	2.6	18	82	6	58	19	0	4	76	0.96
148674--150088	42	33.5	42	69	11	538	34	19	28	17	1.94
148672--150088	85	16.8	85	81	3	1365	34	19	28	17	1.94
148672--150088	169	8.4	170	80	3	1394	34	19	28	17	1.94
152626--152667	14	3.0	13	89	10	57	2	9	2	85	0.77
158235--158553	103	3.1	103	95	0	557	15	24	13	45	1.83
158646--158707	17	3.6	17	75	2	61	43	12	24	19	1.86
158939--158969	16	1.9	16	100	0	62	32	0	0	67	0.91
162794--162823	13	2.3	13	94	0	51	36	13	6	43	1.70
164704--164817	50	2.3	51	89	3	169	37	3	18	40	1.68
164786--164812	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
165759--165814	10	6.2	10	74	19	52	41	1	28	28	1.66
169297--169340	21	2.1	21	86	0	61	18	18	0	63	1.31
170886--170954	36	1.9	36	88	8	106	27	27	11	33	1.91
171421--171469	24	2.0	24	88	7	73	46	10	20	22	1.80
172306--172347	6	6.7	6	84	10	57	80	0	0	19	0.70
172303--172347	19	2.2	21	84	11	67	80	0	0	20	0.72
172305--172348	13	3.4	13	84	12	63	79	0	0	20	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172842--172888	24	2.0	24	86	0	67	53	12	19	14	1.73
174422--174468	23	2.0	23	91	0	76	21	12	8	57	1.62
174425--174475	23	2.2	23	82	0	66	23	15	7	52	1.68
175831--175898	34	2.0	34	97	0	127	41	16	16	26	1.88
182774--182848	20	3.8	20	80	0	87	34	12	12	41	1.79
182833--182969	71	1.9	71	86	2	195	28	16	13	41	1.86
182936--182974	20	2.0	20	94	0	69	35	15	7	41	1.76
186895--186921	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
186876--186943	33	2.1	33	91	0	109	39	11	16	32	1.84
187594--187964	49	7.5	49	85	3	388	32	16	25	26	1.96
187602--187941	150	2.3	147	84	2	412	31	17	25	26	1.97
190285--190310	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
196714--197535	27	29.7	27	85	3	915	25	31	14	28	1.95
196713--198112	28	50.4	28	82	8	893	26	30	15	26	1.96
196713--197563	55	15.4	54	82	4	894	25	31	14	28	1.95
198888--198998	20	5.6	20	78	8	127	32	16	17	34	1.92
198888--199092	40	4.8	40	78	12	221	31	17	14	37	1.89
199019--199093	20	3.8	20	78	0	87	33	17	10	38	1.84
198928--199123	91	2.2	91	90	0	302	30	18	11	40	1.85
199983--200021	21	2.0	21	85	10	55	23	20	10	46	1.81
204646--205701	44	24.6	43	68	16	364	21	22	14	41	1.89
204618--205486	132	6.7	132	79	7	919	20	23	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204874--205363	245	2.0	246	85	5	670	21	22	14	42	1.88
205234--205610	176	2.1	176	81	5	431	20	22	12	44	1.86
205118--205701	132	4.5	131	77	9	438	21	22	13	42	1.88
205808--205913	42	2.5	42	86	6	135	12	23	18	45	1.83
208203--208249	21	2.4	21	86	10	64	23	23	10	42	1.85
228360--228385	10	2.6	10	100	0	52	92	7	0	0	0.39
229597--229669	26	2.8	26	70	15	69	39	13	10	35	1.80
229677--230335	28	23.3	28	84	4	680	28	30	17	23	1.97
231252--231397	50	2.9	51	85	2	204	30	15	8	45	1.77
231836--231874	21	1.9	21	89	5	62	23	15	10	51	1.73
234482--234534	18	3.1	17	79	15	56	73	9	16	0	1.08
237698--238395	157	4.5	157	78	5	700	39	21	16	22	1.92
237754--238395	313	2.1	309	85	4	844	38	21	16	23	1.92
237698--238401	156	4.5	155	78	6	672	39	21	16	22	1.92
239171--239196	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
239153--239216	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
243268--243298	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
245370--245394	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
245506--245551	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
249303--249347	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
253196--253248	21	2.6	21	90	3	81	22	15	15	47	1.82
253369--253414	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255686--255741	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
255800--255825	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
257830--257855	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
257812--257875	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
260210--260444	121	1.9	122	82	5	298	48	10	8	31	1.69
260454--260759	166	1.8	167	80	5	370	51	5	10	32	1.59
262944--262984	11	3.8	11	78	18	50	75	14	9	0	1.04
262943--262990	21	2.3	20	83	16	62	79	12	8	0	0.94
263953--264125	50	3.5	50	98	0	328	33	20	20	25	1.97
264068--264235	81	2.1	81	81	2	194	34	20	19	26	1.96
264211--264671	51	9.0	51	73	7	295	35	21	18	24	1.96
264219--264475	103	2.5	103	81	1	291	35	19	18	26	1.95
264219--264537	103	3.1	103	80	0	271	34	21	19	24	1.96
264332--264630	154	1.9	155	79	6	338	35	22	18	23	1.96
268815--269078	116	2.3	116	83	5	329	39	8	9	43	1.67
273822--273855	15	2.3	15	100	0	68	26	32	11	29	1.92
275592--275660	28	2.6	27	82	13	81	28	4	1	65	1.21
275592--275636	14	3.2	13	81	12	54	31	4	2	62	1.27
277033--277520	155	3.1	154	78	7	479	25	17	19	37	1.93
281804--281903	20	4.7	20	81	16	112	41	14	16	29	1.87
281843--281883	13	3.2	13	100	0	82	39	17	14	29	1.89
283270--283329	15	4.2	13	78	15	50	38	1	3	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284593--284626	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
285639--285672	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
286865--286920	23	2.5	24	82	8	66	42	14	5	37	1.68
286877--286920	23	2.0	22	90	4	70	40	13	4	40	1.65
286865--286923	22	2.7	21	82	10	73	45	13	5	35	1.66
292703--292820	29	4.1	29	86	5	150	64	13	5	16	1.47
296253--296309	21	2.8	20	76	12	62	71	5	3	19	1.19
302382--302424	2	22.0	2	95	4	79	48	0	51	0	1.00
304888--304919	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
306096--306144	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
307324--307348	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
308499--308581	28	2.9	28	78	5	96	63	9	6	20	1.45
308574--308622	24	2.0	24	88	8	71	69	12	2	16	1.28
312601--312658	22	2.7	22	80	12	68	67	10	3	18	1.35
312985--313374	80	4.9	79	82	6	414	32	8	29	29	1.86
313072--313361	159	1.8	160	85	3	415	32	7	29	30	1.86
315567--315604	20	1.9	20	100	0	76	31	21	10	36	1.87
321439--321632	97	2.0	97	88	2	291	31	19	10	37	1.86
321571--321718	69	2.1	69	93	1	251	29	22	8	39	1.84
322063--322978	457	2.0	459	93	1	1588	33	19	16	30	1.94
324118--325070	156	6.1	156	80	7	958	37	21	18	22	1.94
324108--325070	312	3.1	308	83	5	1109	37	21	18	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325536--325906	128	2.9	124	79	8	379	40	13	11	34	1.81
327265--327665	166	2.4	165	83	5	519	50	10	10	28	1.71
328861--328885	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
331771--331816	6	7.8	6	85	4	58	0	19	0	80	0.71
331768--331817	23	2.2	22	86	6	73	0	18	0	82	0.68
331774--331816	17	2.4	18	88	7	70	0	20	0	79	0.74
331780--331817	20	1.9	20	94	0	67	0	21	0	78	0.74
332369--332411	20	2.1	21	83	12	54	13	11	2	72	1.22
332369--332411	21	2.1	20	83	12	52	13	11	2	72	1.22
333307--333360	20	2.7	20	73	2	54	33	11	16	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12