genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077233--2077297	19	3.8	18	67	24	59	33	10	15	40	1.82
2077235--2077305	32	2.2	32	89	0	115	33	11	16	38	1.85
2077349--2077498	52	2.9	52	85	2	212	35	17	16	30	1.92
2091353--2091434	5	16.8	5	80	16	61	81	15	2	0	0.79
2091354--2091422	4	17.8	4	81	11	56	82	14	2	0	0.78
2091341--2091433	37	2.5	37	85	14	115	81	13	4	0	0.83
2091340--2091435	30	3.2	30	79	16	110	81	14	4	0	0.84
2091341--2091435	6	15.7	6	73	18	63	82	13	4	0	0.82
2091341--2091435	11	7.9	11	73	20	66	82	13	4	0	0.82
2091341--2091435	23	4.2	22	71	20	63	82	13	4	0	0.82
2091340--2091435	26	3.7	25	78	12	95	81	14	4	0	0.84
2092858--2092946	28	3.1	27	75	19	83	30	33	14	21	1.93
2093013--2093119	34	3.3	33	79	10	105	22	28	15	32	1.95
2093069--2093160	28	3.2	29	84	7	116	33	32	16	17	1.92
2093084--2093170	28	2.9	30	80	13	92	32	29	17	20	1.95
2093177--2093514	49	6.9	49	86	4	387	23	25	18	33	1.97
2093177--2093514	97	3.5	97	85	4	389	23	25	18	33	1.97
2093179--2093554	146	2.6	149	82	5	419	24	25	17	32	1.97
2094408--2094557	52	2.9	52	87	4	214	34	18	17	30	1.94
2097368--2097393	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2104386--2104555	87	2.0	87	84	2	225	28	24	18	28	1.98
2104531--2104620	31	2.9	31	80	5	101	13	26	31	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104681--2104800	31	3.9	31	86	0	168	17	27	27	27	1.98
2104446--2104769	149	2.2	149	84	2	418	22	25	23	28	1.99
2104681--2104800	62	1.9	62	89	0	186	17	27	27	27	1.98
2104533--2104950	180	2.3	182	87	2	594	19	24	26	28	1.99
2104858--2105007	31	4.9	30	75	11	160	17	23	30	29	1.97
2104858--2105007	62	2.4	61	87	4	212	17	23	30	29	1.97
2104698--2105159	210	2.2	210	88	2	667	21	24	26	28	1.99
2104922--2105202	149	1.9	148	83	3	368	22	23	24	28	1.99
2105237--2105500	42	6.3	42	73	12	179	41	12	25	21	1.87
2105251--2105434	85	2.2	86	82	5	214	45	10	26	17	1.82
2105409--2105506	39	2.4	41	77	19	107	38	11	25	24	1.88
2113867--2113921	21	2.7	20	83	13	60	50	7	10	30	1.64
2115780--2115812	3	11.0	3	93	0	57	69	0	0	30	0.88
2118444--2118483	13	3.2	13	77	22	50	60	7	0	32	1.25
2119921--2120389	166	2.8	164	82	2	537	32	9	7	50	1.63
2119948--2120487	166	3.3	166	81	4	423	33	9	7	50	1.62
2121824--2121871	14	3.5	14	82	2	53	77	0	0	22	0.78
2121836--2121877	7	6.0	7	81	18	52	80	0	0	19	0.70
2121837--2121875	12	3.2	12	82	13	53	82	0	0	17	0.68
2122434--2122698	143	1.8	144	81	5	331	25	15	21	36	1.93
2124123--2124168	23	2.0	23	83	8	58	32	8	6	52	1.58
2126413--2126465	20	2.6	21	87	3	72	28	20	11	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127499--2127771	109	2.5	110	82	6	311	38	8	10	42	1.68
2127505--2127771	114	2.4	109	84	4	329	39	8	9	43	1.67
2131569--2132567	156	6.4	155	81	4	979	25	19	18	36	1.94
2131550--2132591	468	2.2	469	83	1	1340	25	19	18	36	1.94
2131550--2132742	468	2.5	465	81	4	1317	25	18	18	37	1.94
2135632--2135658	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2136404--2136434	14	2.1	15	94	5	55	87	6	6	0	0.68
2136764--2136843	17	4.9	16	71	21	51	73	2	16	7	1.16
2136760--2136862	24	4.1	24	68	19	68	71	1	17	8	1.20
2137954--2138131	88	2.0	87	85	1	239	27	20	8	43	1.81
2138659--2138919	130	2.0	130	88	1	389	31	26	12	29	1.93
2138832--2139102	77	3.5	77	84	1	337	29	25	15	29	1.96
2138832--2139146	77	4.1	77	80	5	233	28	25	14	31	1.95
2139603--2140214	42	14.5	42	70	9	298	15	28	17	38	1.90
2139854--2140209	127	2.8	126	75	11	318	15	29	17	36	1.92
2139864--2140325	83	5.5	82	72	6	210	15	29	18	37	1.91
2140129--2140353	125	1.8	125	80	5	276	16	26	18	39	1.91
2140343--2140443	42	2.4	43	81	5	116	16	28	13	40	1.87
2140378--2140479	43	2.4	42	80	8	116	19	24	12	43	1.86
2141629--2142053	166	2.6	164	85	2	591	29	11	8	50	1.68
2142350--2142382	14	2.4	14	94	0	57	39	0	0	60	0.97
2143972--2146428	156	15.9	154	77	8	1668	24	17	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144754--2146459	155	11.0	154	78	7	1059	24	17	18	38	1.92
2145705--2146143	154	2.8	154	85	4	548	23	17	17	40	1.91
2147885--2148331	81	5.6	80	78	8	362	30	27	10	31	1.90
2151634--2151672	20	2.0	19	85	5	51	46	10	12	30	1.75
2152787--2152835	23	2.2	22	81	3	53	18	4	12	65	1.41
2156696--2156832	52	2.6	52	91	0	229	29	28	13	29	1.94
2156812--2156884	27	2.7	27	89	6	103	24	31	20	23	1.98
2156839--2157200	79	4.6	79	86	3	480	26	24	15	33	1.95
2156839--2157253	158	2.6	157	81	8	500	26	24	15	34	1.95
2159264--2159309	21	2.2	20	82	14	58	21	17	19	41	1.90
2172346--2172414	11	6.5	11	73	9	63	82	11	4	1	0.87
2172349--2172424	17	4.5	15	76	22	64	82	11	3	1	0.86
2172348--2172425	26	3.0	25	76	9	84	82	11	5	1	0.89
2172348--2172424	19	4.1	19	69	12	61	83	11	3	1	0.85
2173450--2173531	37	2.2	37	100	0	164	26	15	13	43	1.84
2173896--2174496	28	21.5	28	83	5	641	31	28	18	21	1.97
2173896--2174496	56	10.8	56	85	7	758	31	28	18	21	1.97
2173892--2174496	84	7.2	82	85	5	741	31	28	18	21	1.97
2174518--2174735	48	4.8	48	75	12	176	25	26	18	28	1.98
2174609--2174684	39	1.9	39	86	0	107	30	25	18	26	1.98
2174576--2174777	87	2.3	87	89	0	305	25	28	19	26	1.99
2179143--2179377	88	2.7	87	77	14	227	25	28	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179228--2180351	29	38.8	29	73	7	447	27	27	13	31	1.94
2179244--2179355	28	3.9	28	80	6	100	23	28	13	34	1.92
2179130--2180350	58	21.0	56	70	10	530	27	27	13	31	1.94
2180418--2180475	30	1.9	31	86	6	84	29	32	6	31	1.84
2180370--2180563	29	6.6	29	74	9	142	27	29	10	32	1.90
2180369--2180571	60	3.5	58	76	9	164	27	30	10	32	1.91
2180370--2180571	88	2.3	89	80	4	230	27	29	10	32	1.91
2180580--2180725	31	4.6	32	81	3	170	32	28	18	19	1.96
2180799--2181135	50	6.6	49	72	8	228	24	21	16	37	1.93
2180864--2181135	52	5.3	52	75	6	232	24	22	16	37	1.93
2180806--2181248	102	4.3	102	81	5	419	25	22	15	37	1.93
2180860--2181244	52	7.5	51	73	8	208	25	22	14	37	1.93
2180959--2181250	154	1.9	155	80	6	340	26	21	14	36	1.92
2181924--2181977	20	2.7	20	85	2	72	42	9	14	33	1.78
2182033--2182163	51	2.5	50	78	9	124	28	16	14	41	1.87
2186331--2186355	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2202465--2202522	30	1.9	30	92	0	98	44	10	13	31	1.78
2206773--2206882	24	4.6	23	68	7	76	61	9	1	27	1.36
2206773--2206917	72	2.0	72	97	1	274	61	8	1	28	1.34
2206925--2207006	43	1.9	42	85	2	110	58	3	1	36	1.24
2208113--2208207	46	2.2	41	81	14	102	46	1	1	51	1.15
2208696--2208725	15	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210743--2210767	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2210755--2210806	20	2.6	21	84	9	72	42	13	15	28	1.85
2210858--2210882	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2210838--2210905	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
2212488--2212523	9	4.0	9	92	0	54	41	2	33	22	1.68
2217794--2217848	22	2.4	23	96	3	103	63	9	9	18	1.49
2218760--2218834	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2218757--2218834	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2220756--2220796	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
2221060--2221101	20	2.0	21	90	4	68	19	47	28	4	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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