genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   

This is table  1  of  38  ( 4457 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
398--1293	451	2.0	451	85	3	1198	35	14	17	32	1.90
5600--5643	19	2.1	21	88	12	65	47	6	9	36	1.62
5851--5927	33	2.3	33	86	0	109	35	14	19	31	1.92
9425--9463	19	2.0	20	90	10	62	48	7	7	35	1.61
9671--9740	13	4.8	13	71	21	50	34	15	14	35	1.88
9697--9760	20	3.6	19	72	27	68	35	17	14	32	1.89
9686--9761	33	2.3	33	97	0	143	35	17	13	34	1.88
9750--9847	43	2.3	43	92	0	169	35	21	11	31	1.89
11340--11498	81	2.0	81	88	0	237	40	7	18	33	1.79
11421--16743	476	11.2	476	81	3	5882	36	12	18	32	1.88
11438--16717	159	33.4	158	64	14	812	36	12	17	32	1.88
11424--16743	949	5.6	947	84	3	6111	36	12	17	32	1.88
16756--18836	476	4.4	477	87	2	2804	36	13	17	31	1.89
17048--18641	159	10.1	157	67	11	610	36	13	18	31	1.90
20268--21417	159	7.3	158	67	11	446	37	13	17	31	1.89
20062--23190	474	6.6	472	82	4	3430	36	13	18	32	1.89
22790--23411	318	2.0	316	87	1	913	35	13	18	32	1.90
22456--24037	792	2.0	790	80	5	1702	35	13	18	32	1.90
25037--25103	32	2.1	32	100	0	134	26	11	20	40	1.88
26438--27069	316	2.0	318	84	2	815	34	14	19	31	1.92
26757--35183	474	17.8	476	81	4	8941	35	13	18	32	1.90
35565--38823	476	6.9	474	82	3	3695	36	13	18	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39207--41319	475	4.4	477	80	3	2262	35	13	17	32	1.89
40907--41733	416	2.0	415	82	3	1011	34	14	18	32	1.91
41324--45258	475	8.3	475	84	2	4407	36	13	18	32	1.89
41866--45110	159	20.5	159	65	11	551	36	13	18	32	1.89
43275--43985	158	4.5	159	66	16	407	36	14	16	31	1.89
45882--49368	475	7.4	473	81	4	3795	35	14	17	32	1.90
50910--50935	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50892--50955	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
51707--57994	475	13.3	472	81	4	6555	35	13	18	32	1.90
58864--58898	16	2.2	16	89	0	52	57	2	25	14	1.51
58871--58904	16	2.1	16	94	0	59	44	5	29	20	1.75
62225--62273	13	4.2	13	71	28	56	30	12	18	38	1.87
68448--68487	20	2.0	20	85	14	55	32	25	0	42	1.55
68759--68801	20	2.0	22	86	8	63	18	34	27	18	1.95
70802--70828	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
74726--74782	20	2.8	20	83	0	78	31	14	8	45	1.75
78025--79942	476	4.0	476	84	2	2313	35	13	18	32	1.90
80055--80167	49	2.3	49	84	4	147	28	16	9	45	1.79
81001--81040	21	2.0	21	90	5	64	22	20	10	47	1.79
83645--84788	158	7.2	157	70	10	621	36	12	18	32	1.88
83331--84948	475	3.4	472	83	4	1872	36	12	17	33	1.88
87869--87919	20	2.5	20	90	0	75	39	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87888--87984	50	1.9	50	89	0	149	40	12	16	30	1.85
88755--89297	28	19.5	28	85	3	693	25	17	28	28	1.98
104300--104443	50	2.8	51	81	1	164	40	12	16	29	1.85
105997--106768	316	2.4	315	79	7	780	36	12	19	31	1.89
106290--107054	158	4.8	156	74	9	417	38	14	17	30	1.89
105997--107195	159	7.6	158	74	6	676	37	12	18	31	1.89
107669--108018	158	2.2	159	82	3	411	39	13	19	28	1.89
113505--113576	28	2.6	29	82	6	85	12	19	8	59	1.58
117007--117551	159	3.4	158	74	11	397	36	11	19	31	1.88
117490--117925	158	2.7	155	78	5	406	38	12	17	30	1.87
119546--120576	159	6.5	157	72	10	544	38	12	18	31	1.87
125428--125461	12	2.8	12	90	0	50	29	23	0	47	1.52
125428--125462	15	2.3	15	90	9	54	28	25	0	45	1.54
127127--127182	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
127167--127193	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
127179--127234	20	2.8	21	86	5	80	41	12	16	30	1.85
130510--130549	21	1.9	21	85	10	55	20	0	25	55	1.44
131768--131797	15	1.9	16	93	6	53	23	10	20	46	1.80
132147--132194	25	1.9	25	91	0	78	33	2	27	37	1.69
132834--132881	20	2.5	19	82	3	60	27	12	20	39	1.89
133338--133372	18	2.1	18	89	10	56	25	5	14	54	1.62
134332--134413	28	2.9	29	80	7	98	58	7	20	13	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136803--136866	33	2.0	32	84	3	83	40	21	9	28	1.84
142926--142953	11	2.5	11	100	0	56	46	10	14	28	1.78
143469--143513	20	2.1	22	84	8	58	22	48	24	4	1.68
145469--145493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
145481--145533	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
151875--151915	21	2.0	21	85	9	57	53	0	34	12	1.38
161569--161677	52	2.1	52	84	0	146	32	13	19	34	1.91
162515--162694	33	5.6	33	88	3	260	22	15	32	30	1.94
162521--162694	64	2.7	64	91	3	271	21	14	33	29	1.94
162515--162697	97	1.9	97	90	0	294	22	14	32	30	1.94
162736--162900	33	5.2	32	76	14	128	41	12	27	18	1.86
162836--162902	34	2.0	33	82	8	82	46	11	26	14	1.80
163976--164058	23	3.7	21	67	24	53	13	18	4	63	1.46
163957--164057	47	2.2	47	94	3	179	14	17	5	61	1.53
163975--164053	24	3.3	24	68	16	74	13	18	5	62	1.50
171581--171812	76	3.1	76	85	2	297	48	12	15	23	1.79
171573--171838	76	3.5	76	81	8	283	46	11	17	24	1.81
173557--173824	79	3.4	80	81	2	238	36	11	23	28	1.89
178955--179489	177	3.0	177	99	0	1061	29	19	22	28	1.98
188746--188837	48	1.9	48	82	4	114	34	15	15	34	1.89
188779--188856	16	4.9	15	78	7	75	35	12	14	37	1.84
190242--190266	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190222--190286	33	2.0	33	87	6	96	35	15	18	30	1.92
194661--194685	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
194641--194707	33	2.0	33	85	0	89	35	11	11	40	1.79
194751--194775	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
194784--194908	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
201193--201217	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
202466--202615	34	5.0	27	71	21	84	20	37	15	26	1.92
202498--203342	34	24.8	34	85	9	1057	20	33	12	33	1.90
202560--203516	34	29.2	28	72	23	265	20	33	12	32	1.90
202560--202654	28	3.2	27	78	17	100	21	34	12	31	1.91
202498--203342	71	12.4	68	86	8	1057	20	33	12	33	1.90
202498--203342	105	8.3	104	86	8	1066	20	33	12	33	1.90
203045--203363	94	3.3	95	79	8	286	21	33	13	31	1.92
203313--203516	27	7.1	27	76	13	176	22	34	15	27	1.94
203116--203583	120	3.8	116	76	14	354	21	33	14	29	1.94
203382--203546	90	1.8	89	82	6	208	21	33	16	28	1.95
203564--203684	33	3.7	33	93	4	210	27	34	19	19	1.95
203689--204473	49	16.6	48	87	7	1028	25	26	17	30	1.97
203751--203818	21	3.2	21	66	25	61	26	29	16	27	1.97
203730--204482	92	8.0	92	89	7	1029	25	26	17	30	1.97
204486--204612	67	1.9	68	85	1	175	24	25	12	37	1.90
205408--205474	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205428--205452	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
205497--205521	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
205530--205654	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
212665--212689	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
212644--212708	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
212674--212730	19	3.0	20	82	7	73	31	19	17	31	1.95
214515--214558	23	2.0	23	95	4	81	27	6	4	61	1.41
216791--216815	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
216770--216834	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
216800--216856	19	3.0	20	82	7	73	31	19	17	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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