genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2341702--2341765	32	1.9	34	87	6	96	28	12	14	45	1.81
2342543--2342568	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2342523--2342586	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2343312--2343337	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
2345389--2345553	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
2348589--2348626	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2350708--2350738	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2354383--2354408	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2354362--2354426	32	2.0	34	90	6	107	27	12	13	46	1.79
2354478--2354533	20	2.8	20	89	5	78	26	19	16	37	1.92
2359199--2359228	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
2359614--2359660	25	2.0	23	83	8	58	21	17	6	55	1.64
2360990--2361268	88	3.2	87	78	9	255	32	23	8	34	1.86
2365182--2365503	159	2.1	153	81	9	374	38	15	13	33	1.86
2366336--2366369	10	3.4	10	91	0	59	8	11	0	79	0.94
2366339--2366384	10	4.5	11	80	20	55	6	17	0	76	1.00
2367222--2367260	20	2.0	20	89	0	60	33	25	10	30	1.89
2367307--2367357	20	2.6	20	90	3	77	41	15	15	27	1.88
2368157--2368769	164	3.7	163	81	8	649	50	8	10	30	1.67
2373244--2373269	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2375419--2375891	156	3.0	154	78	9	510	39	20	15	24	1.92
2376328--2376359	12	2.6	13	90	9	50	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376465--2376539	20	3.5	19	73	23	69	38	9	12	40	1.75
2376484--2376554	20	3.0	24	71	26	71	36	9	14	39	1.79
2376465--2376554	45	2.0	45	95	0	162	36	8	13	41	1.76
2377248--2377278	10	3.1	10	95	0	53	0	16	0	83	0.64
2377246--2377283	14	2.8	14	88	4	51	0	18	0	81	0.69
2377231--2377274	22	2.0	23	86	4	63	4	18	0	77	0.94
2379736--2379949	45	4.7	45	73	8	119	42	19	19	19	1.90
2379943--2380064	47	2.6	47	80	1	129	41	12	22	22	1.87
2382996--2383134	69	2.0	67	94	2	242	28	14	23	33	1.94
2391628--2391672	21	2.1	21	88	8	65	40	20	17	22	1.92
2393956--2394040	3	29.3	3	79	11	88	24	0	2	72	0.96
2394598--2395303	43	16.6	43	65	14	174	41	13	29	15	1.86
2394598--2395838	86	14.6	86	80	5	1064	40	14	28	15	1.87
2395393--2395534	43	3.3	43	70	14	123	42	17	26	14	1.87
2395565--2395792	42	5.4	42	69	9	140	39	16	28	15	1.90
2394644--2395843	427	2.8	427	85	3	1544	40	14	28	15	1.87
2395565--2395840	84	3.3	84	83	3	304	39	17	28	15	1.90
2395691--2395834	42	3.4	42	74	3	146	37	15	30	16	1.90
2395922--2396103	44	4.2	43	70	12	129	42	16	22	18	1.89
2396253--2396914	60	11.0	60	67	12	239	38	12	25	23	1.89
2396210--2397156	120	7.9	120	80	4	877	38	12	25	23	1.90
2396284--2396444	30	5.4	30	72	14	107	39	12	25	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396210--2397154	240	3.9	239	81	4	995	38	12	25	23	1.90
2396596--2397131	60	8.9	60	66	9	178	38	12	25	23	1.90
2397322--2397837	89	5.8	89	77	6	408	31	15	23	29	1.95
2397329--2397837	267	1.9	266	78	6	555	32	14	23	29	1.95
2399414--2399461	19	2.4	21	82	10	64	4	18	2	75	1.07
2399405--2399490	28	3.1	27	78	16	86	6	20	2	69	1.23
2399843--2399868	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2400706--2400734	14	2.1	14	100	0	58	0	34	13	51	1.42
2402438--2402463	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2402418--2402481	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2402418--2402488	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2408739--2408819	32	2.5	32	86	9	112	32	32	16	19	1.94
2408739--2408837	32	3.1	32	74	12	96	29	31	15	24	1.95
2408822--2409462	104	6.1	104	77	7	479	23	25	15	34	1.95
2408859--2409464	156	3.8	156	75	10	473	23	25	16	34	1.95
2408822--2409464	52	12.2	52	73	10	407	23	25	15	34	1.94
2410297--2410345	19	2.7	19	87	6	66	18	18	10	53	1.72
2410585--2410622	18	2.1	18	85	9	51	55	23	15	5	1.61
2410636--2410821	94	1.9	97	83	6	243	45	11	25	17	1.82
2411928--2412339	154	2.6	155	81	6	465	27	25	13	33	1.93
2411895--2412393	79	6.4	80	76	7	366	27	25	13	33	1.93
2414845--2414875	3	10.3	3	92	0	53	29	32	0	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414843--2414881	9	4.3	9	90	0	51	25	30	0	43	1.55
2417749--2417799	6	8.7	6	82	8	52	25	1	3	68	1.17
2420158--2420213	20	2.8	20	86	5	78	28	17	12	41	1.86
2424922--2424952	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2427036--2427060	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2432285--2432578	79	3.8	78	81	6	328	28	28	12	30	1.93
2432286--2432578	158	1.9	155	85	5	401	29	28	12	30	1.93
2432519--2432637	51	2.3	51	85	2	168	30	30	11	27	1.92
2432648--2432766	51	2.3	51	82	0	139	30	24	12	32	1.92
2432441--2432865	130	3.3	130	79	2	406	28	26	12	32	1.92
2434059--2434228	75	2.2	76	84	3	218	30	16	9	43	1.79
2435009--2435129	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2438234--2438379	76	1.9	74	87	5	213	26	15	12	45	1.81
2438234--2438438	74	2.7	76	82	7	215	23	18	12	45	1.83
2439151--2439343	41	4.7	41	70	11	133	23	27	10	37	1.89
2439477--2439614	73	1.9	74	85	7	192	24	26	13	36	1.92
2439679--2440335	41	16.0	41	69	11	308	22	24	12	40	1.88
2439984--2440141	83	1.9	82	83	3	201	23	25	11	39	1.88
2440136--2440281	42	3.6	41	80	4	154	23	26	10	39	1.87
2440123--2440338	83	2.6	81	78	9	197	23	23	11	41	1.87
2440377--2441053	41	16.6	40	69	13	231	19	25	13	41	1.88
2440463--2440899	123	3.6	122	77	7	390	20	24	13	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2440866--2441038	80	2.1	81	77	9	176	17	28	14	39	1.89
2442250--2442300	10	4.5	11	76	16	50	17	1	5	74	1.11
2442955--2443235	155	1.8	155	86	4	406	30	11	17	40	1.85
2442947--2443289	155	2.2	155	81	7	401	32	10	17	39	1.84
2444150--2444507	154	2.3	152	78	7	341	26	16	16	40	1.90
2449005--2449035	16	1.9	16	100	0	62	41	12	12	32	1.81
2449154--2449193	21	2.0	20	95	5	71	32	12	15	40	1.84
2451836--2451917	37	2.2	37	85	8	105	29	15	13	41	1.86
2456200--2456237	20	1.9	20	100	0	76	39	21	18	21	1.93
2458400--2458439	15	2.7	15	84	7	55	47	2	17	32	1.61
2459113--2459148	18	2.0	18	100	0	72	83	0	5	11	0.80
2459156--2459212	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2459268--2459335	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2459289--2459313	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2459270--2459332	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2459375--2459400	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2459355--2459421	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2461876--2461946	27	2.6	27	86	0	88	22	36	21	19	1.95
2461902--2462102	78	2.6	79	83	3	237	24	29	16	29	1.96
2466611--2466636	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
2469157--2469183	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2472207--2472606	164	2.4	165	84	4	526	31	9	7	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474308--2474561	128	2.0	130	86	7	358	33	11	11	43	1.77
2474648--2475016	154	2.4	154	80	4	404	24	19	19	36	1.94
2477910--2477950	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2478030--2478166	53	2.6	53	95	1	238	37	17	18	27	1.93
2478190--2478228	10	4.0	10	90	3	62	23	30	7	38	1.83
2478296--2478321	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2483477--2483585	47	2.3	47	82	9	141	22	22	14	41	1.89
2483635--2483904	97	2.9	93	73	8	233	23	22	15	38	1.92
2483704--2483809	48	2.2	49	84	1	133	27	25	10	36	1.88
2484069--2484208	42	3.3	42	67	10	106	16	22	11	50	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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