genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  5  of  38  ( 4457 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743176--743244	32	2.1	33	89	2	104	36	8	17	37	1.81
743282--743306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
745526--745596	27	2.6	27	100	0	142	22	45	19	12	1.84
757666--758045	28	13.5	28	80	7	412	23	18	30	27	1.98
759201--759272	11	6.7	11	75	12	69	1	1	13	83	0.79
759215--759275	1	61.0	1	73	0	50	1	0	11	86	0.63
770148--770210	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
770134--770218	32	2.7	32	94	0	143	32	10	17	38	1.84
770167--770191	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
777186--777210	13	1.9	13	100	0	50	80	20	0	0	0.72
778489--778570	31	2.7	32	79	7	89	28	30	10	30	1.91
778549--778652	34	3.1	31	86	6	91	19	31	11	37	1.87
778562--778688	34	3.9	33	79	15	131	19	32	11	36	1.88
778717--779609	101	8.9	99	84	4	945	25	25	17	32	1.97
778717--779665	150	6.3	149	83	5	1023	25	25	17	32	1.96
778717--779559	251	3.4	250	87	3	1135	25	25	17	32	1.97
778883--779656	49	15.2	52	78	10	214	25	25	17	32	1.96
780344--780406	19	3.7	18	70	24	55	34	9	19	36	1.84
780329--780414	32	2.7	32	92	0	145	33	10	18	37	1.85
784726--784786	27	2.2	28	82	8	81	32	14	27	24	1.95
786943--786985	20	2.1	21	95	4	79	39	13	13	32	1.85
786999--787024	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787748--788117	28	13.1	27	76	11	255	24	18	28	29	1.98
787735--788118	56	6.8	56	77	10	336	24	17	28	29	1.97
787735--788118	84	4.5	84	77	11	347	24	17	28	29	1.97
791033--791439	28	14.5	28	81	5	435	26	16	29	28	1.97
791462--791521	13	4.6	13	74	13	52	36	13	13	36	1.84
793015--793106	19	4.7	19	75	11	80	25	19	17	38	1.93
793034--793126	39	2.4	40	96	0	154	26	19	18	35	1.95
793054--793126	20	3.7	20	81	3	103	30	17	19	32	1.95
795310--795334	13	1.9	13	100	0	50	64	8	12	16	1.49
799355--799381	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
802082--802238	20	7.8	20	69	22	96	28	17	14	40	1.89
802134--802237	53	2.0	53	83	7	131	30	17	12	39	1.87
802154--802217	33	1.9	33	96	0	119	28	18	14	39	1.90
804626--804689	28	2.3	28	84	10	87	25	28	15	31	1.96
804575--804767	106	1.8	106	84	4	264	28	22	12	36	1.91
804650--804977	79	4.2	78	76	5	302	28	22	13	35	1.93
804650--804990	158	2.2	157	81	3	373	27	22	13	35	1.92
806258--806283	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
806345--806417	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
806322--806417	41	2.3	42	94	3	167	29	17	12	40	1.86
807002--807047	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
808853--808891	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808877--808930	20	2.7	20	91	5	83	50	14	12	22	1.77
810945--810975	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
815037--815062	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
815124--815196	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
815101--815196	41	2.3	42	94	3	167	29	17	12	40	1.86
821114--821218	55	1.9	55	86	0	147	31	23	18	26	1.97
821082--821367	156	1.8	152	83	10	371	26	25	17	29	1.97
821238--822592	61	22.6	61	80	9	1298	25	25	19	29	1.98
821238--822592	545	2.5	537	84	6	1706	25	25	19	29	1.98
822587--822742	45	3.6	44	79	13	146	20	28	12	39	1.88
822582--822746	42	3.8	43	77	13	144	20	27	12	39	1.88
822707--822861	77	2.0	77	81	12	185	20	27	12	39	1.88
822717--822878	76	2.1	76	79	14	174	20	29	11	39	1.87
823394--823423	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
823439--823544	20	5.7	20	78	17	122	27	18	14	39	1.89
823496--823527	13	2.5	13	89	0	55	28	21	15	34	1.94
823476--823544	33	2.1	32	94	2	120	27	20	14	37	1.91
823512--823564	20	2.7	20	88	2	72	30	15	13	41	1.85
825902--826296	79	5.0	76	76	12	341	29	24	12	34	1.92
825901--826278	159	2.4	157	82	4	465	29	23	12	34	1.92
827343--827404	32	1.9	33	83	9	83	29	14	12	43	1.83
827471--827523	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827455--827523	33	2.1	33	91	5	113	30	13	18	37	1.89
829550--829849	44	6.9	43	70	10	157	19	23	17	39	1.92
831521--831800	141	2.0	141	97	0	524	34	17	10	37	1.84
831887--831911	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
832920--832981	20	3.2	20	64	25	51	46	8	12	32	1.71
832918--832994	38	2.0	38	97	0	145	44	10	14	31	1.79
833265--833319	22	2.4	23	90	6	85	47	1	7	43	1.41
833988--834053	29	2.3	29	94	5	116	34	0	0	65	0.93
835407--835459	21	2.5	21	76	8	54	41	0	0	58	0.98
835480--835519	14	2.7	15	88	7	55	35	0	0	65	0.93
835483--835521	15	2.5	16	84	16	55	38	0	0	61	0.96
835882--835960	13	6.3	13	74	14	69	31	0	1	67	0.99
835883--835933	11	4.8	10	83	13	59	29	0	1	68	1.00
835882--835962	24	3.2	25	81	13	96	32	0	1	66	0.99
835883--835963	29	2.9	28	78	14	94	33	0	1	65	1.01
836309--836347	17	2.3	17	83	12	53	30	0	10	58	1.31
836451--836489	21	1.9	21	84	5	53	41	2	0	56	1.13
836748--836793	18	2.6	18	82	6	58	30	0	0	69	0.89
836763--836820	28	2.1	28	87	6	84	39	0	0	60	0.97
836791--836828	18	2.1	19	95	5	69	50	0	0	50	1.00
836793--836844	19	2.8	18	85	11	61	53	0	0	46	1.00
843476--843512	18	2.0	18	89	5	56	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850064--850103	20	2.0	20	90	0	62	40	32	7	20	1.80
852141--852208	33	2.1	33	100	0	136	51	2	14	30	1.57
855323--855374	14	3.9	14	80	16	58	32	0	1	65	1.04
855495--855545	15	3.3	15	73	13	50	84	1	13	0	0.71
855697--855833	72	1.9	72	87	0	202	44	32	13	9	1.76
857537--857991	42	11.0	42	84	5	514	13	30	18	37	1.90
857532--857903	204	1.8	204	88	1	575	12	30	18	37	1.89
858497--858543	18	2.5	19	86	3	69	74	0	0	25	0.82
860103--860215	51	2.2	51	91	0	181	28	19	12	39	1.88
870828--870853	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
870809--870873	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
877504--877544	20	2.0	20	90	0	64	19	41	29	9	1.83
878677--878936	43	5.8	43	75	14	249	30	18	25	25	1.98
878678--878947	91	3.0	91	87	6	386	30	18	25	25	1.98
878943--879076	35	3.9	35	84	5	157	35	14	34	15	1.88
879104--879270	31	5.2	32	82	6	180	35	14	29	19	1.92
880550--880606	16	3.7	15	84	13	71	1	0	15	82	0.75
880556--880610	17	3.3	17	79	18	62	1	0	18	80	0.81
881686--881729	21	2.1	21	83	8	54	47	6	6	38	1.57
881811--881893	19	4.6	19	66	27	63	37	19	16	26	1.93
881811--881946	53	2.6	53	98	0	263	36	19	17	27	1.94
881970--882000	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881989--882075	21	4.0	22	76	16	99	28	21	10	39	1.86
882100--882164	13	5.0	13	92	0	112	30	15	18	35	1.92
882100--882164	26	2.5	26	100	0	130	30	15	18	35	1.92
889039--889065	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
889020--889085	33	2.0	33	87	0	96	37	12	16	33	1.86
890351--890416	21	3.2	21	63	26	50	39	34	4	21	1.74
895972--896060	10	8.6	10	76	16	92	85	11	2	1	0.74
895971--896060	1	90.0	1	76	0	63	85	11	2	1	0.74
897305--897732	28	14.9	28	82	7	386	29	29	17	23	1.97
897305--897733	56	7.5	56	81	6	486	29	29	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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