genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224034--2224059	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2226413--2226459	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2226580--2226618	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2226604--2226682	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2228697--2228726	15	2.0	15	93	0	51	13	23	13	50	1.77
2230528--2230572	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2232791--2232816	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2233697--2233721	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2233745--2233787	21	2.0	22	95	4	79	37	11	23	27	1.89
2233821--2233954	53	2.5	53	96	0	241	27	17	18	35	1.94
2233872--2233954	19	4.6	19	68	22	70	26	16	19	37	1.93
2233925--2233994	20	3.5	20	77	12	74	30	14	17	38	1.89
2234034--2234074	21	2.0	21	85	9	57	36	9	12	41	1.76
2235690--2235715	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2235928--2235966	18	2.1	19	90	4	62	20	0	5	74	1.01
2236452--2236531	32	2.5	32	93	0	133	31	11	20	37	1.87
2237521--2237561	21	1.9	22	90	5	66	21	19	17	41	1.90
2241125--2241448	61	5.2	61	86	3	416	24	25	19	31	1.98
2241125--2241497	61	6.1	61	83	6	395	24	25	20	28	1.99
2241330--2241496	55	2.9	55	85	8	210	26	26	21	25	1.99
2241417--2241591	94	1.9	95	92	1	298	26	30	20	22	1.98
2241517--2241871	55	6.3	55	90	3	496	28	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244578--2244699	51	2.4	50	82	5	165	27	27	11	34	1.91
2244640--2244986	79	4.4	78	77	8	292	27	25	13	33	1.93
2250410--2250447	13	2.9	13	84	11	51	81	18	0	0	0.69
2250410--2250447	12	3.1	12	85	14	51	81	18	0	0	0.69
2251732--2252445	33	21.9	33	78	11	504	22	29	13	35	1.92
2251732--2252446	62	11.0	63	76	13	404	22	29	13	35	1.92
2251727--2252473	34	23.0	34	77	12	455	22	29	12	35	1.91
2252015--2252110	28	3.2	28	76	15	86	21	32	12	33	1.91
2252417--2252494	27	2.8	29	79	14	101	25	29	14	30	1.94
2252593--2253156	91	5.9	92	87	4	691	25	25	18	30	1.98
2252583--2253152	49	11.8	49	78	9	550	24	26	18	31	1.97
2253841--2253925	32	2.7	32	94	0	152	31	12	18	36	1.89
2253969--2253995	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2254901--2254941	21	1.9	22	90	5	66	21	19	17	41	1.90
2258089--2258157	10	6.6	10	81	8	75	26	0	2	71	1.00
2258101--2258162	32	1.9	32	93	0	106	27	0	3	69	1.04
2258975--2259044	20	3.5	20	82	2	95	38	7	18	35	1.78
2259104--2259279	52	3.4	52	92	1	291	26	18	13	41	1.87
2261908--2261963	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
2262033--2262058	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2262015--2262080	32	2.0	32	88	8	96	45	15	12	27	1.81
2264288--2264337	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266135--2266165	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2268227--2268291	20	3.6	20	69	26	72	26	15	12	46	1.81
2268247--2268271	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2268224--2268304	33	2.5	33	100	0	162	29	16	12	41	1.84
2268280--2268317	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
2268429--2268474	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2270838--2270863	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2270820--2270885	32	2.0	32	88	8	96	45	15	12	27	1.81
2274802--2274866	32	2.0	33	84	3	87	29	15	13	41	1.86
2278063--2278197	51	2.6	51	88	0	198	40	12	18	28	1.87
2280745--2280785	3	13.7	3	94	0	73	36	0	34	29	1.58
2281206--2281245	15	2.7	16	81	14	50	55	2	12	30	1.50
2286985--2287025	22	2.0	21	85	9	57	36	9	9	43	1.71
2294832--2294977	79	1.8	79	82	2	186	32	13	26	28	1.93
2294912--2295029	51	2.3	51	83	0	164	31	14	26	27	1.95
2294867--2295173	130	2.4	130	80	4	334	31	14	26	27	1.94
2295044--2295317	51	5.3	51	71	16	204	29	13	28	28	1.94
2295149--2295215	28	2.4	28	82	12	84	26	20	31	20	1.98
2295019--2295352	158	2.1	158	93	1	562	29	14	29	26	1.95
2298716--2299182	46	10.5	46	75	14	247	38	13	28	19	1.90
2298642--2299222	177	3.3	177	90	1	905	39	13	28	18	1.88
2299202--2299375	63	2.8	62	81	5	210	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2299206--2299374	60	2.8	61	80	6	191	24	23	26	26	2.00
2299431--2299482	19	2.6	21	90	6	81	34	15	13	36	1.87
2299815--2299898	27	3.1	27	92	0	132	35	11	29	22	1.90
2299869--2299968	34	2.9	34	79	7	112	38	11	29	22	1.88
2299944--2300058	27	4.0	27	69	14	86	34	13	31	20	1.91
2299927--2300075	61	2.4	62	85	7	198	39	12	28	20	1.88
2299856--2300493	157	4.1	157	89	1	940	36	12	29	21	1.90
2300059--2300281	34	7.0	34	73	19	95	36	12	29	21	1.90
2300094--2300280	61	3.0	60	83	8	223	35	12	30	21	1.91
2299999--2300185	94	2.0	95	84	7	247	37	11	29	21	1.88
2300092--2300368	27	9.2	27	74	17	176	35	12	29	22	1.91
2300214--2300405	61	3.1	61	84	3	242	36	12	29	20	1.90
2300378--2300493	62	1.9	60	83	3	151	32	14	30	22	1.94
2299842--2300707	157	5.5	156	82	6	728	35	12	29	21	1.91
2300481--2300807	30	10.5	31	80	8	353	31	15	29	23	1.95
2300481--2300807	93	3.5	93	83	8	398	31	15	29	23	1.95
2305007--2305056	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2306853--2306883	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2309068--2309111	21	2.0	22	91	4	72	27	20	4	47	1.69
2309071--2309117	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
2311509--2311534	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2311491--2311554	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312322--2312601	44	6.4	42	71	12	118	25	17	13	44	1.84
2312308--2312557	88	2.8	88	80	4	288	23	17	14	44	1.86
2313028--2313283	90	2.9	89	81	2	307	30	27	13	28	1.94
2313559--2314363	94	8.8	94	74	8	336	21	22	17	39	1.92
2313559--2313795	47	5.0	47	79	4	228	22	20	16	40	1.91
2313800--2314397	47	12.8	48	78	4	501	20	22	17	38	1.93
2313800--2314397	141	4.3	140	80	3	610	20	22	17	38	1.93
2313562--2314062	267	1.9	267	80	3	596	22	20	16	40	1.91
2314486--2314543	24	2.4	24	88	0	80	25	41	3	29	1.72
2314647--2314958	84	3.7	84	80	5	301	15	29	17	37	1.90
2314648--2314958	126	2.5	125	77	8	281	14	29	17	37	1.90
2314648--2315037	42	9.3	42	78	5	254	14	28	18	37	1.91
2315549--2315593	17	2.7	17	86	13	67	73	0	0	26	0.84
2315547--2315598	27	2.0	25	88	7	77	73	0	0	26	0.84
2315863--2316074	82	2.6	82	76	3	203	55	14	22	7	1.64
2316171--2316226	18	3.2	18	72	10	53	48	19	23	8	1.77
2316159--2316226	34	2.0	34	85	0	91	48	20	22	8	1.77
2317140--2317181	21	2.0	21	81	9	50	26	2	9	61	1.39
2322376--2322580	110	1.9	110	86	4	297	25	18	19	36	1.94
2328428--2329420	72	13.7	70	72	12	305	26	20	14	38	1.91
2328404--2329911	148	10.4	141	74	9	819	27	21	13	37	1.91
2328407--2329795	71	19.2	71	74	10	658	27	21	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329656--2329779	38	3.4	37	67	20	100	28	27	9	34	1.88
2329522--2329884	142	2.5	141	79	4	325	29	23	11	36	1.90
2332124--2332194	27	2.6	27	90	0	115	21	19	36	22	1.95
2333841--2333896	17	3.3	17	80	5	60	3	19	0	76	0.93
2335156--2335443	32	9.0	32	91	0	443	19	17	32	30	1.95
2335130--2335473	64	5.4	64	89	3	448	20	18	31	29	1.96
2335130--2335473	96	3.6	96	89	3	466	20	18	31	29	1.96
2335469--2337569	27	76.4	27	91	3	3306	26	14	34	23	1.94
2335469--2337569	55	38.2	54	91	3	3306	26	14	34	23	1.94
2341723--2341748	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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