genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  19  of  38  ( 4457 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2916190--2916215	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2920279--2920317	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
2922324--2922401	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
2922388--2922426	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2924232--2924277	16	2.8	16	93	6	74	28	2	39	30	1.69
2924884--2924956	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2924884--2924978	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
2925017--2925042	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2928709--2928735	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2928689--2928753	33	1.9	34	84	3	87	36	13	13	35	1.85
2931714--2931759	21	2.2	20	82	14	58	43	17	15	23	1.87
2932585--2932713	52	2.5	52	88	0	186	27	18	17	36	1.93
2932791--2932815	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2932778--2932854	19	4.4	19	75	20	78	36	16	11	35	1.86
2933698--2933957	102	2.6	102	90	1	425	32	18	26	23	1.97
2933698--2934055	49	7.1	49	80	8	371	33	17	25	23	1.96
2934060--2934136	30	2.7	28	85	4	91	16	22	28	32	1.96
2934318--2934718	57	7.0	57	94	0	651	19	15	32	31	1.94
2934327--2934725	30	14.0	27	79	10	411	18	16	33	32	1.93
2936149--2936206	25	2.3	26	85	11	77	1	5	13	79	0.98
2949824--2949946	52	2.4	52	88	2	185	27	17	18	36	1.93
2949824--2949972	52	2.9	51	84	6	147	30	16	18	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2955512--2955566	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
2955638--2955663	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2955619--2955683	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2961783--2961821	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2961933--2961978	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2963515--2963541	14	1.9	14	100	0	54	37	33	14	14	1.88
2964843--2964897	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
2964950--2965014	33	2.0	33	84	6	87	41	16	12	29	1.85
2966841--2966911	28	2.6	27	80	10	81	18	14	40	26	1.88
2966793--2966992	108	1.9	108	83	2	267	28	9	31	31	1.89
2966871--2967048	80	2.2	79	86	5	234	26	10	30	32	1.89
2969561--2969613	20	2.6	20	88	8	72	32	16	13	37	1.88
2974573--2974771	79	2.5	79	82	1	229	30	16	28	25	1.97
2974723--2974799	28	2.8	28	86	4	93	22	18	35	24	1.96
2974560--2974954	187	2.1	186	83	4	501	31	15	26	26	1.96
2974753--2975037	79	3.6	78	87	3	376	31	15	25	27	1.95
2974574--2975084	266	1.9	265	85	2	713	31	15	25	27	1.95
2975048--2975170	51	2.4	51	83	6	140	32	11	22	33	1.90
2977447--2977472	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2977496--2977572	13	5.3	13	69	22	55	33	20	12	32	1.91
2977507--2977562	17	3.5	17	72	18	66	37	19	10	32	1.86
2977491--2977596	30	3.5	30	92	2	167	33	18	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2980669--2980726	20	2.8	21	86	7	82	44	10	13	31	1.78
2980692--2980749	20	2.8	20	84	10	64	34	12	12	41	1.79
2981252--2981905	61	10.6	61	79	5	577	30	17	25	26	1.97
2981304--2981900	120	4.9	119	80	5	574	30	17	24	26	1.97
2981372--2981929	61	9.2	61	82	5	580	30	17	25	26	1.97
2983253--2983337	44	1.9	44	92	0	143	35	16	25	22	1.95
2987799--2987874	1	76.0	1	73	0	53	85	13	1	0	0.66
2987807--2987867	6	10.5	6	77	19	67	85	14	0	0	0.60
2987806--2987867	11	5.2	13	79	16	73	85	14	0	0	0.60
2987799--2987874	16	4.9	16	83	16	90	85	13	1	0	0.66
2987799--2987874	27	2.7	27	84	9	91	85	13	1	0	0.66
2987799--2987867	23	3.0	22	89	6	102	85	14	0	0	0.60
2988939--2989081	55	2.6	55	87	0	214	26	30	20	22	1.99
2988967--2989195	55	3.9	60	79	6	211	27	27	18	25	1.98
2989236--2989469	60	3.9	60	81	6	251	26	27	19	26	1.99
2988997--2989390	214	1.8	215	82	4	510	25	27	18	28	1.98
2989487--2989568	42	1.9	43	90	2	130	20	17	13	48	1.80
2989614--2989707	42	2.3	40	80	7	100	18	27	11	42	1.85
2990147--2990185	21	1.9	20	94	5	69	35	20	12	30	1.90
2990379--2990443	20	3.3	19	85	8	85	29	16	12	41	1.85
2992733--2992912	51	3.5	51	82	5	204	28	26	10	35	1.89
2992848--2993195	79	4.4	79	87	4	463	26	25	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2993130--2993466	158	2.1	159	83	4	414	27	25	14	32	1.95
2993264--2993336	28	2.6	28	84	4	94	21	31	20	26	1.98
2993320--2993437	51	2.3	51	86	2	166	29	25	12	32	1.93
2993288--2993615	130	2.5	128	76	5	329	27	23	13	35	1.92
2994566--2995293	123	5.9	122	80	2	622	25	24	17	32	1.97
2994563--2995367	61	13.2	60	76	6	613	26	24	18	31	1.98
2995348--2995854	43	11.8	41	74	12	303	20	25	12	41	1.88
2995348--2995540	83	2.3	87	84	7	261	20	26	15	37	1.92
2995374--2995843	217	2.2	219	84	5	609	20	25	12	41	1.87
2995824--2995960	60	2.3	61	85	3	197	26	27	19	26	1.99
2995945--2996304	43	8.4	42	70	10	178	21	25	14	39	1.91
2996059--2996179	46	2.7	46	87	2	174	22	28	9	38	1.86
2997012--2997086	20	3.8	20	87	0	96	29	12	10	48	1.74
3000805--3000921	51	2.3	51	80	2	137	30	12	27	29	1.93
3000851--3001181	79	4.2	79	75	6	210	35	12	24	28	1.92
3000913--3001196	155	1.8	155	83	3	374	36	13	22	27	1.92
3001174--3001285	51	2.2	51	83	0	143	36	14	23	25	1.93
3000913--3001232	79	4.1	79	79	4	335	36	13	22	27	1.91
3000965--3001250	155	1.8	153	79	7	326	37	12	22	27	1.90
3001111--3001358	130	1.9	130	82	1	309	37	11	22	27	1.89
3001222--3001505	79	3.6	79	82	3	297	34	13	23	27	1.93
3001059--3001441	209	1.8	209	83	4	513	36	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3000960--3001505	288	1.9	286	83	5	717	36	13	23	27	1.91
3001222--3001519	158	1.9	157	81	4	357	35	13	23	28	1.92
3007260--3007336	20	3.9	19	81	8	91	44	12	11	31	1.79
3008049--3008163	49	2.5	45	83	10	142	30	17	29	22	1.97
3008072--3008172	45	2.1	48	83	7	127	31	19	28	19	1.97
3008227--3008304	31	2.5	30	80	10	86	28	16	25	29	1.97
3008236--3008719	28	16.9	28	82	4	538	22	17	30	28	1.97
3008236--3008719	85	5.6	84	85	3	581	22	17	30	28	1.97
3008236--3008719	113	4.2	114	85	3	616	22	17	30	28	1.97
3009884--3009943	26	2.3	26	86	11	79	3	5	11	80	1.00
3009884--3009950	19	3.4	20	76	10	57	2	4	11	80	0.97
3009884--3009947	8	7.9	8	72	16	51	3	4	10	81	0.96
3009894--3009946	26	2.0	27	92	7	90	3	5	11	79	1.03
3009907--3009948	9	4.8	9	79	2	50	2	2	9	85	0.77
3017727--3017798	13	5.9	13	75	18	75	37	16	8	37	1.79
3017706--3017786	34	2.4	34	100	0	162	38	17	8	35	1.80
3031716--3031773	10	5.5	10	75	18	55	84	5	10	0	0.77
3031722--3031854	23	5.9	22	78	15	105	81	14	3	0	0.84
3031772--3031845	8	9.8	8	80	17	79	79	18	0	1	0.80
3031722--3031853	49	2.8	48	82	8	148	81	14	3	0	0.85
3031722--3031854	45	3.0	45	80	8	139	81	14	3	0	0.84
3031722--3031842	1	121.0	1	65	0	53	82	13	3	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3033168--3033356	28	6.6	28	83	4	207	32	31	15	20	1.94
3033163--3033341	87	2.1	87	82	4	227	30	32	15	21	1.95
3033176--3033382	115	1.8	114	87	5	310	31	31	16	20	1.95
3033176--3033356	57	3.2	57	87	3	265	32	31	16	19	1.94
3033311--3033392	28	2.8	28	80	10	76	34	25	18	21	1.96
3033176--3033382	57	3.6	57	84	5	242	31	31	16	20	1.95
3033409--3033701	52	5.8	52	83	6	348	22	25	18	33	1.97
3033406--3033645	101	2.3	103	87	4	351	24	27	18	30	1.98
3033406--3033696	101	2.9	97	80	10	325	23	25	18	31	1.97
3033399--3033696	153	1.9	154	89	2	465	23	25	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38