genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218641--218684	23	2.0	23	95	4	81	27	6	4	61	1.41
222449--222473	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
222503--222557	19	2.8	20	80	5	67	38	14	16	30	1.89
223187--223228	21	2.0	21	95	0	75	35	28	2	33	1.70
229708--229745	3	12.7	3	88	0	58	28	31	0	39	1.57
229720--229749	9	3.3	9	95	0	51	26	33	0	40	1.57
231394--231449	19	2.9	19	86	2	76	37	12	19	30	1.89
233182--233239	16	3.3	18	72	18	50	15	3	18	62	1.47
234894--234945	21	2.5	21	84	6	61	40	23	17	19	1.91
235300--235352	22	2.3	24	75	12	58	49	5	22	22	1.71
235299--235352	23	2.3	24	75	15	60	50	5	22	22	1.70
237376--237406	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
237593--237633	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
240203--240243	20	2.0	20	100	0	82	39	0	12	48	1.41
240991--241028	20	2.0	20	89	5	60	26	15	13	44	1.83
241926--241962	19	2.1	18	85	14	51	62	2	24	10	1.41
248660--248778	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
248693--248768	12	6.9	11	78	15	61	10	48	1	39	1.46
248688--248748	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
252066--252426	179	2.0	179	98	0	695	33	9	22	35	1.86
255551--255678	50	2.6	47	76	15	125	32	14	21	31	1.94
255572--255708	48	2.8	48	82	6	150	36	14	21	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255770--255871	49	2.1	49	89	5	154	54	12	4	27	1.58
255704--255928	107	2.1	106	82	2	265	50	14	7	28	1.68
255819--255933	57	2.0	58	87	1	169	48	18	7	25	1.74
256302--256337	12	2.8	13	87	8	56	33	16	16	33	1.92
257307--257332	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
257287--257350	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
257287--257357	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
260032--260090	13	5.0	13	73	23	67	42	13	15	28	1.85
260043--260109	20	3.7	20	74	25	85	46	11	14	26	1.80
260032--260109	33	2.4	33	100	0	156	43	12	15	28	1.83
263643--263668	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266254--266284	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
268363--268401	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
270948--270973	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
272452--272496	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
274719--274744	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
274699--274762	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
274699--274769	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
276519--276564	3	15.3	3	95	0	83	36	0	30	32	1.58
280922--280987	26	2.5	27	92	2	116	39	15	16	28	1.89
282031--282060	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
282016--282078	33	1.9	33	90	6	101	33	12	19	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288219--288245	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
288373--288412	21	2.0	21	90	5	64	32	20	0	47	1.50
290807--290836	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
290792--290854	33	1.9	33	87	6	92	33	11	19	36	1.87
295307--295344	12	3.5	11	89	10	60	0	13	2	84	0.73
295304--295346	12	3.7	12	75	6	52	0	11	2	86	0.67
295304--295345	11	3.7	12	87	6	52	0	11	2	85	0.68
298687--298830	67	2.2	65	79	2	153	32	11	15	39	1.84
299570--299628	31	1.9	31	89	3	93	30	25	15	28	1.96
300148--300191	22	2.0	22	91	4	72	31	11	22	34	1.90
300937--300961	12	2.1	12	100	0	50	36	32	0	32	1.58
302691--302746	21	2.8	20	83	2	67	37	0	26	35	1.57
303607--303662	20	2.8	20	83	8	69	39	14	7	39	1.73
303651--303692	22	2.0	22	85	4	59	33	11	23	30	1.91
312056--312176	52	2.3	52	92	0	206	28	16	18	36	1.92
312056--312196	52	2.7	52	85	4	187	30	16	18	34	1.93
312185--312209	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
312274--312298	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
312252--312318	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
313494--313528	15	2.3	15	90	0	52	88	2	2	5	0.68
314164--314334	93	1.8	93	87	5	256	49	14	26	9	1.73
314946--314991	22	2.0	22	84	12	58	56	15	17	10	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315035--315186	35	4.3	35	88	1	182	50	20	23	5	1.70
315197--315275	34	2.4	33	87	4	106	48	20	25	6	1.73
320684--320743	22	2.7	22	74	10	59	71	10	11	6	1.30
323109--323453	73	4.8	70	79	8	283	39	14	20	26	1.90
323127--323389	144	1.8	144	81	9	331	42	12	19	25	1.87
323109--323577	71	6.7	71	76	10	341	37	14	21	26	1.92
323383--323613	61	3.6	61	76	11	219	34	14	23	26	1.94
323560--323828	104	2.6	106	78	6	289	38	14	22	24	1.92
323771--323889	62	1.9	63	89	5	188	32	15	21	30	1.94
323722--323889	61	2.7	62	83	6	191	35	14	23	26	1.93
331340--331392	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
331380--331404	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
332019--332058	20	2.0	20	95	0	71	15	37	0	47	1.45
333881--333916	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
340059--340111	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
340099--340123	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
346909--346935	11	2.5	11	100	0	54	62	7	11	18	1.50
347110--347392	80	3.5	79	84	5	336	37	9	22	30	1.85
350462--350582	52	2.3	52	95	0	215	29	18	17	34	1.94
350462--350602	52	2.7	52	87	4	187	31	17	17	33	1.94
350591--350615	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
350680--350704	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
350658--350724	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
351694--351827	43	2.9	45	86	8	191	31	18	23	26	1.98
351651--351837	49	3.9	49	82	10	233	33	17	23	26	1.96
351650--351827	92	1.9	94	93	3	306	32	17	23	25	1.97
351889--352871	49	20.0	52	78	12	514	33	17	25	24	1.96
351513--352093	266	2.2	266	98	0	1108	35	15	24	24	1.94
351916--352877	92	10.3	92	78	13	804	32	17	25	24	1.97
351955--352877	141	6.7	138	72	14	626	32	17	25	24	1.96
351650--352882	455	2.8	455	91	5	1957	33	16	25	24	1.96
352362--352877	49	10.8	49	83	8	636	31	18	25	24	1.97
352877--352949	33	2.2	33	92	2	130	20	16	35	27	1.94
352951--353865	33	27.1	34	85	7	1011	33	11	33	20	1.89
352951--354067	66	16.8	65	86	7	1105	33	12	32	21	1.91
353835--354103	30	8.7	30	83	9	319	30	17	27	24	1.97
353835--354103	62	4.3	62	92	1	407	30	17	27	24	1.97
355139--355172	15	2.3	15	89	0	50	0	8	5	85	0.75
362359--362479	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
362359--362499	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
362488--362512	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
362577--362601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
362555--362621	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
367676--367718	14	3.0	14	79	3	50	58	6	9	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369334--369364	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
369314--369380	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
369409--369482	19	3.7	19	85	5	85	37	17	16	28	1.91
369430--369482	20	2.7	20	91	2	81	41	16	15	26	1.88
370007--370081	36	2.1	36	92	0	123	32	30	2	34	1.72
377671--377726	28	2.0	28	100	0	112	28	28	10	32	1.90
378245--378300	19	2.8	20	81	8	69	35	16	16	32	1.90
378286--378312	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
378267--378331	32	2.0	32	84	3	85	40	13	16	29	1.88
381807--381951	76	1.9	75	83	6	186	35	14	19	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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