genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483997--2484341	84	4.1	84	75	7	265	20	22	11	45	1.83
2485343--2485847	169	3.1	163	80	8	533	31	11	7	49	1.68
2486384--2486427	14	3.1	14	87	6	61	75	0	25	0	0.81
2486377--2486426	25	2.0	26	88	4	75	76	0	22	2	0.89
2486378--2486439	21	2.6	24	75	19	76	74	0	22	3	0.96
2487317--2487707	142	2.8	142	81	4	425	34	11	10	43	1.76
2487368--2487707	140	2.4	142	80	6	395	35	12	10	42	1.76
2487798--2488154	156	2.3	155	80	6	368	24	15	18	40	1.90
2491176--2491523	158	2.2	159	85	5	454	44	8	8	38	1.66
2491204--2491523	159	2.0	160	86	5	452	44	9	9	37	1.69
2491509--2491542	12	3.1	11	91	8	52	17	0	0	82	0.67
2491507--2491543	16	2.4	16	90	4	58	21	0	0	78	0.75
2493097--2493537	154	2.9	154	81	6	387	49	8	8	33	1.63
2493186--2493540	154	2.3	154	87	3	511	50	7	7	34	1.59
2494592--2494709	45	2.6	45	90	0	173	43	21	17	17	1.88
2495063--2495108	7	6.1	7	82	12	56	84	4	10	0	0.75
2495062--2495102	11	3.6	11	80	6	55	82	7	9	0	0.83
2495063--2495108	23	2.0	23	95	4	85	84	4	10	0	0.75
2496940--2497013	28	2.6	28	87	8	98	24	17	32	25	1.97
2496997--2497335	52	6.4	52	68	18	180	30	12	26	30	1.93
2497149--2497224	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
2497212--2497340	51	2.4	51	80	12	143	33	10	24	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499696--2499721	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2499675--2499741	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2499761--2499860	19	5.9	18	73	26	103	40	15	10	35	1.80
2499785--2499839	13	3.8	13	75	25	56	40	16	9	34	1.80
2499766--2499858	32	2.9	32	98	0	177	39	16	9	34	1.81
2500569--2502016	55	26.3	55	92	3	2232	21	20	29	28	1.98
2500839--2500921	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2501580--2501668	29	3.2	29	66	15	87	20	19	32	28	1.96
2501550--2501639	26	3.4	25	67	17	65	20	17	32	30	1.95
2501829--2501969	26	5.2	26	65	21	92	17	19	34	29	1.95
2515507--2515580	28	2.6	28	87	8	98	24	17	32	25	1.97
2515564--2515902	52	6.4	52	67	18	162	30	12	26	30	1.93
2515716--2515791	27	2.8	28	87	2	100	21	19	34	25	1.96
2515779--2515907	51	2.4	51	78	12	134	33	10	24	32	1.88
2518246--2518311	32	2.0	33	85	2	89	42	16	15	25	1.87
2518331--2518398	19	3.9	19	72	21	67	42	13	10	33	1.78
2518453--2518509	21	2.8	21	97	2	107	38	17	10	33	1.84
2518874--2519046	64	2.7	64	92	2	285	23	29	16	30	1.96
2518874--2519031	34	4.9	33	72	16	134	22	29	16	31	1.96
2519100--2519240	27	5.0	27	76	10	129	23	32	14	29	1.94
2519043--2519239	87	2.3	88	87	5	285	22	31	16	28	1.96
2518848--2519206	30	11.7	29	69	18	176	24	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519207--2519307	35	2.9	35	84	7	134	16	31	12	38	1.87
2519208--2519315	34	3.2	34	85	5	130	15	29	12	41	1.85
2519317--2519454	33	4.2	32	81	6	145	31	35	17	15	1.92
2519447--2520197	49	15.7	49	84	7	956	25	25	17	30	1.97
2520107--2520220	52	2.1	55	87	4	162	24	22	14	37	1.92
2521207--2521231	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2521240--2521363	52	2.4	52	93	1	205	36	17	18	27	1.94
2523601--2523634	17	2.0	17	100	0	68	70	5	5	17	1.28
2526251--2526308	17	3.2	17	73	22	55	0	12	8	79	0.94
2529994--2530931	49	19.2	49	82	5	1132	32	17	25	23	1.96
2529994--2530931	101	9.6	98	87	3	1222	32	17	25	23	1.96
2530770--2530837	22	3.1	22	64	19	52	30	16	27	25	1.96
2530968--2531056	27	3.1	27	83	8	97	28	13	38	20	1.90
2530968--2531148	59	2.9	61	80	12	204	30	13	35	20	1.91
2531023--2531363	34	10.7	34	69	19	132	33	12	34	20	1.90
2531158--2531338	27	6.2	27	72	16	128	33	13	33	19	1.91
2531124--2531367	61	4.0	61	91	1	364	32	13	34	20	1.91
2531064--2531367	122	2.4	123	86	6	400	31	13	33	21	1.91
2531339--2531425	32	2.8	32	80	3	106	32	13	31	22	1.93
2537511--2537541	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2539925--2539997	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2539943--2540018	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539925--2540018	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2540057--2540082	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2544142--2544172	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2546186--2546264	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2546251--2546315	13	5.0	13	94	0	112	30	18	15	35	1.92
2546252--2546315	26	2.5	26	100	0	128	31	18	15	34	1.93
2548767--2548839	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2548785--2548860	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2548767--2548860	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2549658--2549706	13	3.8	13	83	5	73	34	18	16	30	1.93
2549818--2549863	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2551318--2551360	22	2.0	20	91	8	68	11	11	18	58	1.63
2552181--2552232	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
2555814--2555854	20	2.1	20	90	4	66	31	9	14	43	1.78
2555906--2555931	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2555886--2555949	32	2.0	33	87	3	94	26	14	17	42	1.87
2556574--2556654	39	2.1	39	81	6	92	34	24	6	34	1.81
2558027--2558069	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
2558503--2558539	13	2.8	13	91	0	56	40	16	13	29	1.86
2560619--2560649	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2563945--2563970	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2563925--2563988	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568710--2568838	52	2.5	52	96	0	240	28	18	17	34	1.94
2568924--2568966	19	2.3	19	84	8	52	34	16	13	34	1.88
2571907--2571963	28	2.0	28	86	6	80	33	17	26	22	1.96
2571919--2571974	28	2.0	28	86	6	78	33	16	26	23	1.95
2573280--2573399	45	2.7	45	81	2	152	37	10	30	22	1.87
2573395--2573701	61	5.1	60	80	9	324	30	19	24	24	1.98
2573394--2573701	122	2.6	119	80	9	358	30	19	25	24	1.98
2573533--2573939	217	1.9	212	85	5	568	27	18	27	26	1.98
2573467--2574089	266	2.3	271	83	7	768	26	19	27	26	1.99
2573741--2573989	55	4.4	55	84	6	295	24	20	27	27	1.99
2575094--2575159	1	66.0	1	75	0	51	0	0	13	86	0.57
2575097--2575159	9	6.8	9	86	13	92	0	0	14	85	0.59
2575096--2575159	10	6.7	10	82	7	80	0	0	14	85	0.59
2587541--2587709	51	3.3	50	82	7	205	30	13	27	28	1.94
2587693--2587767	28	2.7	29	85	6	102	24	21	33	21	1.97
2587675--2587885	110	1.9	110	88	0	316	32	17	25	25	1.97
2587809--2587874	28	2.4	28	85	12	91	27	22	27	22	1.99
2590363--2590436	20	3.7	20	77	16	82	43	17	14	24	1.87
2592527--2592579	18	2.9	18	94	0	88	30	5	20	43	1.75
2593009--2593067	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2595932--2595995	13	4.9	13	94	0	110	31	15	18	34	1.93
2595932--2595995	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598065--2598095	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2601827--2601885	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2605864--2605977	50	2.3	50	81	6	124	32	14	11	42	1.81
2606863--2606901	20	2.0	20	89	0	60	23	15	10	51	1.73
2608604--2608628	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2610844--2610902	31	1.9	31	82	6	75	22	22	10	45	1.81
2611340--2611430	24	3.7	24	74	14	78	29	0	2	68	1.02
2611322--2611430	8	13.9	8	73	14	59	31	0	2	66	1.06
2611324--2611399	37	2.1	37	82	9	93	27	0	2	69	1.01
2611341--2611401	10	6.2	10	75	16	56	24	0	1	73	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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