genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  9  of  38  ( 4457 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1404832--1404885	26	2.0	27	89	3	83	35	1	1	61	1.18
1405802--1405845	23	1.9	23	85	0	61	50	0	0	50	1.00
1405829--1405876	19	2.5	20	80	13	55	47	0	0	52	1.00
1406292--1406398	29	3.8	28	79	10	94	54	0	3	41	1.25
1406325--1406398	29	2.6	29	84	4	96	55	1	4	39	1.27
1408313--1408356	18	2.4	19	80	3	54	20	9	6	63	1.46
1408128--1408577	167	2.6	162	82	7	479	31	11	6	50	1.64
1408128--1408655	168	3.1	168	80	7	405	31	11	6	50	1.63
1408789--1408828	12	3.4	12	83	16	57	27	0	0	72	0.85
1409150--1409214	25	2.7	23	77	13	76	73	0	18	7	1.06
1412123--1412166	18	2.6	18	85	7	65	45	2	0	52	1.13
1412472--1412502	15	2.0	16	93	6	55	19	3	0	77	0.90
1413241--1413290	18	3.0	17	73	21	52	36	4	0	60	1.16
1413299--1413360	29	2.1	31	87	6	92	58	1	1	38	1.18
1413337--1413405	31	2.3	29	79	13	77	49	8	0	42	1.34
1414580--1414642	17	3.6	18	75	14	51	38	4	0	57	1.20
1415784--1415808	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1417687--1417724	7	5.6	7	87	6	60	57	0	0	42	0.98
1417687--1417723	13	2.8	13	91	4	56	56	0	0	43	0.99
1418979--1419020	7	6.1	7	78	15	52	26	0	2	71	0.98
1418979--1419020	15	3.1	14	80	16	52	26	0	2	71	0.98
1418978--1419039	27	2.3	27	82	0	79	32	0	1	66	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418983--1419021	19	2.0	20	90	5	62	23	0	2	74	0.94
1419076--1419126	14	3.4	14	76	17	50	27	1	0	70	0.98
1419086--1419134	15	3.2	16	75	16	50	34	2	0	63	1.06
1419728--1419768	21	1.9	22	90	5	66	63	4	4	26	1.35
1419733--1419776	21	2.1	20	83	8	52	56	4	4	34	1.40
1421487--1421533	23	2.0	24	84	8	62	40	4	0	55	1.19
1424518--1424542	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1427191--1427229	17	2.2	19	86	9	55	51	0	12	35	1.40
1428016--1428063	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
1428176--1428208	14	2.5	14	90	9	52	9	0	90	0	0.44
1428866--1428896	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
1432815--1432839	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1433012--1433036	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1437233--1437261	15	1.9	15	100	0	58	37	13	20	27	1.91
1438619--1438880	79	3.3	79	76	7	239	31	23	8	36	1.85
1439185--1439281	19	5.8	18	72	27	97	32	12	17	37	1.87
1439187--1439288	32	3.2	32	98	0	195	33	12	17	36	1.88
1439206--1439262	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1439334--1439358	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1441157--1441205	27	1.9	26	84	12	66	24	38	18	18	1.93
1447198--1447259	32	2.0	32	84	9	83	56	1	3	38	1.25
1447627--1447676	22	2.3	21	80	6	55	20	4	14	62	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448088--1448126	11	3.2	12	82	10	53	61	0	0	38	0.96
1448088--1448126	6	6.5	6	82	11	53	61	0	0	38	0.96
1448092--1448133	17	2.5	17	96	0	75	57	0	0	42	0.99
1448188--1448218	13	2.4	13	94	0	53	58	3	0	38	1.15
1449683--1449721	2	19.5	2	94	0	69	0	46	0	53	1.00
1451930--1451963	17	2.0	17	88	0	50	32	5	2	58	1.37
1456750--1456775	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1456843--1456881	10	4.0	10	86	3	53	38	10	28	23	1.87
1456905--1457041	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
1457011--1457081	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1457121--1457161	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1457480--1457530	20	2.5	20	90	0	75	43	11	9	35	1.75
1461518--1461598	40	2.0	40	92	0	135	28	17	7	46	1.74
1461629--1461877	127	2.0	127	95	0	455	40	15	5	38	1.71
1462603--1462627	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
1462676--1462749	20	3.8	19	85	5	85	37	13	14	33	1.86
1463339--1463413	36	2.1	37	92	2	125	33	20	5	41	1.75
1465177--1465245	32	2.1	33	89	7	106	36	13	15	34	1.87
1465283--1465307	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1465316--1465441	52	2.4	52	95	0	234	35	19	19	25	1.95
1468884--1468922	13	3.0	13	92	0	60	35	10	15	38	1.81
1475185--1475238	19	2.8	20	86	11	76	33	16	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1477344--1477385	22	1.9	22	90	0	66	59	19	4	16	1.54
1477806--1477859	28	2.0	25	89	10	81	24	12	37	25	1.91
1477775--1478058	79	3.6	79	79	2	320	33	9	28	28	1.89
1479605--1479659	20	2.6	21	82	8	67	43	16	12	27	1.84
1485808--1485846	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1485967--1486012	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1490165--1490289	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1490165--1490309	52	2.8	52	89	4	204	30	17	17	34	1.93
1490295--1490322	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1490363--1490429	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1490385--1490409	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1491189--1491315	67	1.9	68	86	1	184	38	11	25	24	1.89
1491328--1491940	49	12.7	49	84	5	768	30	17	26	25	1.98
1491262--1491940	98	7.0	98	86	6	873	30	17	26	25	1.97
1491933--1492051	33	3.7	33	88	8	176	18	18	36	26	1.94
1492112--1492630	27	16.9	28	70	18	249	29	14	34	21	1.92
1492072--1492565	60	8.0	61	73	19	282	30	13	34	21	1.92
1492027--1492566	218	2.5	219	90	4	873	30	13	34	21	1.92
1492165--1492632	95	5.1	95	79	11	476	29	14	35	20	1.92
1492715--1492948	63	3.7	63	87	4	321	29	16	30	23	1.96
1492715--1492941	30	7.3	30	72	9	150	29	16	29	24	1.97
1492652--1492948	31	9.5	31	72	7	206	29	15	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1501162--1501285	52	2.4	52	95	0	221	27	17	18	36	1.94
1501162--1501307	52	2.8	51	88	6	197	29	17	17	34	1.94
1501326--1501392	33	2.0	33	85	0	89	41	14	11	31	1.83
1502281--1502388	41	2.7	41	91	4	168	35	7	21	36	1.81
1503035--1503060	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1505005--1505139	52	2.6	51	88	2	182	38	16	14	31	1.88
1505020--1505139	52	2.4	50	91	2	186	40	15	15	29	1.88
1505196--1505242	20	2.3	20	96	3	85	29	17	10	42	1.82
1505204--1505248	20	2.2	20	88	4	63	35	17	6	40	1.76
1514192--1514359	81	2.1	81	89	0	255	51	18	10	19	1.74
1517046--1517091	20	2.3	20	84	0	56	45	19	10	23	1.82
1518642--1518682	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
1518775--1518800	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1518756--1518820	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
1522995--1523025	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1525106--1525144	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
1525265--1525310	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1529607--1529664	29	2.0	30	86	3	82	31	6	5	56	1.47
1529919--1530160	122	2.0	122	89	0	367	38	17	6	36	1.76
1533264--1533331	16	4.2	16	71	17	52	26	2	11	58	1.47
1533869--1533902	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
1534598--1534860	135	1.9	135	85	3	359	38	8	5	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1537421--1537445	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1537401--1537467	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1537510--1537534	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1537543--1537664	52	2.3	52	97	0	226	34	18	18	28	1.95
1541519--1541544	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
1542508--1542652	31	4.7	31	85	10	199	25	30	19	24	1.98
1542508--1542671	62	2.6	61	82	11	208	25	30	17	26	1.97
1542508--1542724	93	2.3	93	80	9	244	23	31	16	28	1.96
1542663--1543379	34	20.6	34	86	6	874	20	33	11	34	1.89
1542663--1543379	106	6.9	106	88	5	966	20	33	11	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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