genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611452--2611484	8	4.2	8	88	7	50	18	0	0	81	0.68
2611450--2611481	15	2.1	15	94	0	55	15	0	0	84	0.63
2614834--2614911	20	3.9	20	83	6	95	42	11	15	30	1.82
2614786--2614963	51	3.7	50	70	17	153	41	12	17	29	1.86
2614925--2614968	20	2.2	20	87	0	61	45	9	18	27	1.79
2622205--2622316	51	2.2	50	93	1	188	26	27	12	33	1.92
2622221--2622329	51	2.2	50	90	6	170	25	27	12	33	1.93
2622252--2622460	79	2.7	78	82	3	251	26	27	14	32	1.95
2624917--2624980	34	1.9	33	93	6	112	45	17	12	25	1.83
2629011--2629041	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2631124--2631160	13	2.8	13	95	0	65	35	18	16	29	1.93
2638874--2638927	20	2.7	20	88	8	74	31	18	12	37	1.89
2642636--2643015	176	2.2	175	87	5	552	42	10	8	38	1.70
2643954--2644309	152	2.3	153	85	2	468	49	8	7	33	1.62
2648311--2648388	20	3.8	20	76	6	75	39	10	12	37	1.78
2649669--2649698	15	1.9	16	93	6	53	83	13	0	3	0.77
2651318--2651356	17	2.3	17	86	8	53	33	5	2	58	1.33
2652166--2652229	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
2652184--2652209	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2652166--2652229	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
2654424--2654473	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2656812--2656868	21	2.7	21	100	0	114	43	10	19	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656899--2656962	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
2656917--2656942	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2656899--2656962	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
2660602--2660640	18	2.0	20	85	9	55	66	10	15	7	1.43
2661005--2661068	33	2.0	32	87	3	92	42	18	14	25	1.88
2667169--2667246	20	3.6	20	73	18	66	26	17	15	39	1.90
2669502--2669572	32	2.2	32	92	0	115	35	18	12	33	1.89
2670449--2670538	26	3.3	26	66	14	74	23	17	31	27	1.97
2670403--2670925	55	9.3	55	86	7	628	22	21	28	27	1.99
2670642--2670728	28	3.1	28	64	26	76	24	20	28	26	1.99
2671894--2671924	16	1.9	16	93	0	53	0	6	6	87	0.68
2684473--2684544	28	2.6	28	88	4	101	26	19	31	22	1.97
2684532--2684752	52	4.3	51	80	2	235	32	11	25	30	1.91
2684871--2685036	51	3.3	51	82	3	192	31	10	27	30	1.91
2684973--2685143	79	2.2	79	84	4	211	30	14	26	27	1.95
2685100--2685171	27	2.6	28	86	8	103	22	19	33	25	1.97
2685158--2685275	51	2.3	52	86	5	159	33	12	22	31	1.91
2687644--2687669	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2688560--2689087	55	9.4	54	86	7	585	24	20	27	28	1.99
2688561--2689092	165	3.1	165	84	8	653	24	20	27	27	1.99
2694444--2694478	13	2.7	13	95	0	61	34	17	17	31	1.93
2697069--2697094	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697051--2697114	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
2698668--2698916	122	2.0	124	83	3	315	55	7	10	27	1.59
2699902--2699986	43	2.0	43	100	0	170	29	18	18	32	1.95
2701539--2701613	20	3.8	19	82	7	89	34	13	16	36	1.87
2704868--2704908	19	2.2	19	86	8	57	26	2	21	48	1.63
2712450--2712905	30	15.0	30	79	7	386	23	30	15	30	1.95
2712456--2712976	60	8.4	60	77	7	386	22	29	15	31	1.95
2712444--2712978	30	17.3	31	76	9	335	22	30	15	32	1.94
2712446--2713041	30	19.2	33	77	9	159	21	30	14	33	1.94
2712987--2713469	59	7.9	59	74	13	322	21	32	12	33	1.91
2713011--2713440	181	2.3	181	87	2	601	21	31	12	34	1.91
2712930--2713471	27	17.4	32	72	13	352	21	32	13	33	1.91
2713679--2713860	32	5.7	32	84	3	217	30	28	19	21	1.97
2713669--2713853	96	1.9	96	85	3	257	30	29	16	22	1.96
2713874--2714193	52	6.8	43	71	17	217	25	27	16	30	1.97
2713909--2714395	52	9.8	51	73	12	261	25	25	15	32	1.96
2713982--2714049	21	3.2	21	65	19	50	27	27	14	29	1.95
2713961--2714028	22	3.1	22	64	19	52	25	27	16	30	1.96
2713874--2714193	95	3.4	95	90	0	469	25	27	16	30	1.97
2713874--2714293	190	2.2	192	82	3	495	25	26	16	31	1.96
2713958--2714401	95	4.5	100	80	6	329	25	26	15	32	1.95
2714116--2714408	104	2.8	102	77	7	288	25	26	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714347--2714480	61	2.2	61	88	6	200	24	28	9	37	1.87
2714457--2714490	18	1.9	17	88	5	50	17	29	0	52	1.45
2719019--2719076	20	2.9	20	77	10	64	32	15	10	41	1.81
2719100--2719194	19	4.8	20	82	8	124	35	15	22	26	1.94
2719100--2719193	39	2.4	39	94	0	161	36	15	21	26	1.94
2732418--2732487	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
2732438--2732462	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2733705--2733873	52	3.3	51	77	8	146	32	13	24	29	1.93
2733847--2733931	27	3.1	27	86	8	111	25	21	30	22	1.98
2736407--2736432	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2736386--2736452	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2736472--2736539	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2736494--2736518	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2736475--2736537	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2739930--2740992	55	19.3	55	93	3	1614	21	20	29	28	1.98
2740090--2740172	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2740801--2740945	26	5.3	26	66	23	93	19	17	33	29	1.95
2740831--2740974	29	5.2	29	64	24	94	19	18	32	29	1.96
2741975--2742016	13	3.5	12	87	9	59	0	2	7	90	0.53
2754473--2754546	28	2.6	28	87	8	98	24	17	32	25	1.97
2754530--2754866	52	6.4	52	68	17	185	31	12	26	29	1.93
2754673--2754757	27	3.1	27	86	8	111	25	21	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754463--2754868	212	1.9	212	89	3	638	31	13	27	28	1.94
2754745--2754863	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
2757206--2757260	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
2757302--2757326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2757364--2757439	21	3.7	20	91	3	107	35	15	13	35	1.87
2761730--2761799	35	2.0	35	94	0	122	40	7	15	37	1.75
2762426--2762484	19	3.1	19	82	2	73	35	16	13	33	1.88
2765769--2765824	20	2.8	20	81	10	78	32	19	12	35	1.89
2765848--2765901	19	2.8	20	77	2	65	40	14	16	27	1.88
2778446--2778486	20	2.0	22	85	9	59	21	39	24	14	1.91
2778990--2779039	20	2.4	22	80	12	61	26	40	20	14	1.90
2778135--2779242	553	2.0	553	98	0	2144	31	28	11	28	1.92
2780421--2780492	35	2.1	35	97	0	135	37	9	16	36	1.82
2784470--2784510	21	1.9	22	90	5	66	60	0	0	39	0.96
2785035--2785089	20	2.7	21	80	5	60	43	16	7	32	1.75
2785146--2785236	14	7.3	14	69	25	78	25	21	8	43	1.81
2785142--2785236	24	3.9	24	88	2	145	24	21	9	45	1.81
2786544--2786599	21	2.6	22	82	5	69	58	3	7	30	1.42
2787058--2787106	25	2.1	24	81	11	57	57	4	8	30	1.47
2787252--2787315	19	3.2	20	77	8	67	50	4	1	43	1.32
2792194--2792237	18	2.8	16	83	16	56	43	0	0	56	0.99
2792215--2792256	21	2.0	22	85	4	59	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792813--2792852	16	2.5	16	88	8	55	45	0	7	47	1.31
2792958--2793188	114	2.0	113	91	2	374	28	14	10	46	1.78
2794962--2795010	15	3.1	15	78	16	55	61	0	0	38	0.96
2795246--2795277	2	16.5	2	93	6	57	0	50	0	50	1.00
2795526--2795566	16	2.5	16	88	4	55	73	0	2	24	0.96
2795608--2795700	25	3.7	26	76	12	97	46	1	0	52	1.07
2795662--2795711	14	3.9	14	78	19	56	58	0	0	42	0.98
2795728--2795814	14	5.8	16	76	17	64	58	0	0	41	0.98
2795728--2795814	15	5.7	15	78	13	63	58	0	0	41	0.98
2796227--2796391	79	2.1	79	85	7	221	48	4	0	46	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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