genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1308407--1308433	10	2.7	10	100	0	54	48	29	11	11	1.73
1308661--1308735	20	3.8	19	82	7	96	32	13	14	40	1.85
1313693--1313810	20	5.3	20	66	20	74	31	15	12	40	1.84
1315959--1316023	27	2.4	27	94	0	112	26	38	12	23	1.90
1325318--1326161	49	17.7	49	79	11	862	31	17	24	25	1.97
1325420--1326161	92	7.9	87	85	10	802	31	18	24	25	1.97
1325871--1325938	22	3.1	22	62	26	54	30	17	25	26	1.97
1326168--1326359	32	6.0	32	91	3	307	14	18	37	29	1.90
1326375--1326428	27	2.0	27	92	0	90	33	14	29	22	1.94
1326362--1326495	67	2.1	61	82	9	153	37	11	32	18	1.87
1326431--1326665	31	7.9	30	74	14	159	28	14	33	23	1.94
1326372--1326660	88	3.2	88	83	5	330	30	14	32	22	1.94
1327624--1327677	17	3.5	17	78	14	55	0	11	7	81	0.87
1327613--1327663	25	2.1	25	85	10	70	0	15	3	80	0.86
1327915--1327982	10	6.8	10	86	11	95	0	1	11	86	0.63
1327915--1327981	19	3.4	20	87	10	102	0	1	11	86	0.64
1327926--1327982	1	57.0	1	78	0	60	0	0	10	89	0.49
1334853--1334977	52	2.4	52	94	0	214	29	18	16	35	1.93
1334853--1334997	52	2.8	51	88	4	202	31	17	17	33	1.93
1334986--1335010	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1335051--1335116	32	2.0	33	91	2	107	37	16	10	34	1.83
1340017--1340097	1	81.0	1	72	0	54	85	14	0	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1340008--1340097	8	10.6	8	82	14	92	83	15	0	1	0.71
1340006--1340097	18	5.1	18	83	7	114	82	16	0	1	0.73
1340009--1340094	25	3.3	24	87	9	91	83	15	0	1	0.70
1340009--1340097	29	3.2	27	84	12	110	84	14	0	1	0.69
1341345--1341762	28	14.5	28	80	7	399	29	30	17	23	1.97
1341348--1341760	116	3.6	113	81	7	445	29	30	17	23	1.97
1341346--1341762	144	2.9	143	83	5	484	29	30	17	23	1.97
1342693--1342889	20	8.8	20	68	21	106	28	17	13	40	1.87
1342693--1342871	70	2.5	71	92	1	288	28	17	13	40	1.88
1346192--1346288	36	2.9	35	86	8	132	28	26	13	30	1.94
1347355--1347380	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1347364--1347420	19	2.9	19	84	2	78	33	15	15	35	1.90
1347449--1347502	20	2.7	20	82	5	65	33	11	18	37	1.86
1353770--1353810	21	1.9	22	85	5	57	31	21	0	46	1.52
1355570--1355642	22	3.4	21	84	3	92	38	2	31	27	1.71
1356167--1356259	20	4.7	19	81	10	73	30	13	18	37	1.90
1356310--1356334	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1358150--1358176	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1358133--1358195	33	1.9	32	87	9	92	41	15	15	26	1.88
1359362--1359411	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
1359369--1359411	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
1365700--1365748	13	4.2	13	71	28	56	38	18	12	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1365700--1365767	33	2.1	33	91	0	109	39	17	13	29	1.88
1366254--1366297	22	2.1	20	87	8	61	36	11	6	45	1.67
1367137--1367182	22	2.1	21	84	4	56	58	6	15	19	1.58
1369123--1369172	21	2.3	21	80	10	57	24	12	4	60	1.49
1369159--1369199	21	2.0	21	90	0	64	19	26	0	53	1.45
1370187--1370276	36	2.7	34	85	13	116	31	23	13	32	1.93
1370713--1370763	20	2.5	20	87	0	75	35	17	9	37	1.83
1374348--1374399	20	2.5	22	78	18	65	15	28	1	53	1.52
1376260--1376297	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
1376394--1376447	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
1376436--1376460	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
1378753--1378799	19	2.5	19	100	0	94	44	0	21	34	1.52
1378943--1378969	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1385010--1385047	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
1385180--1385230	19	2.6	20	87	3	68	35	13	17	33	1.89
1385959--1386054	36	3.0	30	77	16	102	31	26	11	31	1.91
1385985--1386056	36	2.0	36	89	7	112	29	30	8	31	1.87
1385959--1386067	31	3.4	31	75	17	105	32	25	10	32	1.89
1388249--1388370	52	2.3	52	81	2	147	40	18	17	24	1.91
1388341--1388477	53	2.6	51	82	7	143	39	17	20	22	1.92
1388393--1388494	51	2.0	51	84	7	136	36	14	24	24	1.93
1388564--1390023	31	46.5	31	75	10	850	18	16	33	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388601--1388928	33	10.2	32	75	9	181	17	15	34	32	1.92
1388563--1390023	95	15.5	93	77	10	1051	18	16	33	31	1.93
1388627--1388776	64	2.3	64	79	6	162	19	14	35	31	1.91
1388663--1388873	97	2.2	97	95	0	386	18	13	34	33	1.90
1388754--1390025	63	20.3	63	72	13	219	18	16	33	30	1.94
1389030--1390023	63	15.8	63	75	10	627	18	17	33	30	1.94
1388989--1390023	126	8.2	124	76	10	795	18	17	33	31	1.94
1389997--1390115	45	2.7	45	97	1	222	36	15	27	20	1.92
1390084--1390152	32	2.2	32	81	0	84	23	15	34	26	1.95
1400607--1400684	20	3.9	20	78	6	86	41	14	12	32	1.83
1400627--1400829	65	3.0	68	84	9	234	42	13	14	29	1.84
1400667--1400779	31	3.5	31	72	11	111	45	13	15	26	1.82
1401716--1401834	40	3.0	40	84	0	157	43	14	24	17	1.86
1401779--1402374	105	5.7	105	76	4	474	45	13	20	20	1.84
1402316--1402411	40	2.4	40	87	0	138	45	15	20	17	1.85
1402211--1402524	145	2.2	144	80	2	353	44	14	21	19	1.86
1402541--1402825	40	7.1	40	78	5	270	45	15	22	16	1.85
1402541--1402825	80	3.5	80	81	5	299	45	15	22	16	1.85
1403354--1403930	76	7.7	76	76	6	474	44	12	17	25	1.84
1404035--1404080	23	2.0	24	86	4	67	58	15	4	21	1.54
1409055--1409080	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1411300--1411349	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1415255--1415293	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1415419--1415458	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
1417843--1417868	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1419038--1419112	20	3.8	19	76	3	69	33	17	10	38	1.84
1422319--1422441	52	2.4	52	95	0	219	28	17	17	35	1.93
1422538--1422562	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1422517--1422582	32	2.0	33	91	2	107	36	16	13	33	1.88
1423184--1423310	67	1.9	68	86	1	184	37	11	25	25	1.89
1423323--1423687	141	2.6	141	90	4	555	32	17	24	26	1.97
1423367--1423740	92	4.1	91	89	6	508	31	16	25	26	1.97
1423323--1423722	49	8.5	49	82	11	487	32	17	24	26	1.97
1423749--1423890	32	4.4	33	87	3	207	17	17	33	31	1.94
1423881--1424153	34	8.3	34	74	16	227	34	12	32	21	1.90
1423968--1424029	27	2.2	28	85	2	90	32	12	33	20	1.91
1423901--1424153	97	2.6	98	82	6	311	34	13	31	20	1.91
1424064--1424123	28	2.1	28	84	6	77	40	13	25	21	1.89
1424038--1424153	62	1.9	61	87	1	169	31	14	31	22	1.94
1423881--1424125	131	1.9	126	84	7	323	35	11	31	20	1.89
1424133--1424282	31	4.9	29	83	9	156	28	16	30	25	1.96
1424133--1424250	61	1.9	61	87	1	173	27	16	30	24	1.97
1424100--1424281	93	1.9	94	80	5	208	29	15	30	24	1.96
1425231--1425295	26	2.4	28	90	10	100	0	10	4	84	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1425239--1425296	17	3.4	17	80	0	53	0	8	6	84	0.78
1425234--1425282	24	2.1	24	88	3	73	0	10	4	85	0.71
1432422--1432543	52	2.3	52	95	0	217	27	18	18	36	1.94
1432619--1432684	32	2.0	33	91	2	107	36	16	10	36	1.84
1435098--1435213	52	2.2	52	76	7	121	30	15	27	26	1.96
1435226--1435342	51	2.3	51	81	10	132	35	11	21	30	1.90
1435325--1435396	28	2.6	28	77	4	74	29	20	26	23	1.99
1444547--1444572	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1444529--1444592	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1446624--1446784	84	1.9	84	82	7	202	53	3	18	25	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14