genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734534--734843	40	7.6	41	68	21	118	40	13	26	19	1.89
734716--734810	45	2.1	45	84	7	122	41	10	30	17	1.84
734805--735016	61	3.6	61	82	8	260	29	20	26	23	1.99
735058--735333	111	2.5	111	91	1	444	26	22	23	27	2.00
735058--735336	54	5.0	54	82	5	333	26	22	24	26	2.00
735148--735676	211	2.5	210	90	3	815	26	20	27	25	1.99
734817--735544	322	2.2	320	85	6	950	26	21	26	25	1.99
735406--735547	54	2.6	55	87	4	207	25	21	27	26	1.99
735550--735708	61	2.6	61	86	2	230	28	17	28	25	1.98
736680--736764	1	85.0	1	78	0	89	0	2	8	89	0.57
736680--736765	10	8.0	11	82	11	99	0	2	9	88	0.60
736680--736763	18	4.5	19	85	5	109	0	2	8	89	0.57
736695--736765	28	2.4	29	88	6	108	0	0	11	88	0.51
736682--736765	42	2.0	42	88	9	127	0	2	9	88	0.61
740553--740637	40	2.1	40	95	0	152	29	23	18	28	1.98
747120--747156	4	9.2	4	100	0	74	75	0	0	24	0.80
749221--749686	79	5.9	79	83	2	528	33	15	24	26	1.95
749622--749790	51	3.3	50	77	8	164	32	12	26	28	1.92
750491--751375	441	2.0	441	99	0	1761	30	20	21	27	1.98
752528--752565	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
752516--752545	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
752529--752575	20	2.3	20	89	7	69	42	8	17	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754140--754222	31	2.7	29	77	15	78	6	13	6	74	1.19
758842--758885	23	2.0	22	81	4	52	68	18	0	13	1.22
759127--759439	79	4.0	78	75	6	240	34	14	22	28	1.93
759105--759437	158	2.1	157	82	6	390	33	13	23	29	1.92
759409--759507	51	1.9	51	85	0	135	40	14	15	30	1.86
761936--762071	50	2.7	51	83	3	168	40	13	19	27	1.88
764961--765301	97	3.5	97	80	2	369	38	12	22	26	1.90
767363--767414	13	4.5	13	73	26	62	36	17	13	32	1.89
767363--767431	33	2.1	33	89	5	104	36	17	13	33	1.88
767460--767515	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
767500--767526	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
767481--767545	32	2.0	33	90	3	105	41	13	15	29	1.86
767969--768006	20	1.9	20	100	0	76	31	18	5	44	1.72
771975--772001	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
774445--774517	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
774500--774670	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
774653--774734	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
787132--787200	13	5.6	12	76	13	61	85	8	5	0	0.74
787133--787200	8	7.9	8	76	15	64	85	8	5	0	0.75
787131--787200	29	2.4	29	85	4	88	84	10	5	0	0.78
787148--787213	8	8.2	8	80	11	64	86	6	7	0	0.71
787132--787216	14	6.2	13	75	17	66	83	7	9	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787148--787200	1	53.0	1	78	0	52	88	7	3	0	0.61
788175--788803	55	11.4	55	88	6	895	28	29	20	21	1.98
788584--788731	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
789327--789356	15	2.0	15	100	0	60	80	0	6	13	0.91
789435--789502	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
789456--789480	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
789437--789499	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
790290--790362	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
790345--790515	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
790498--790579	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
791558--791582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
792168--792240	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
792186--792261	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
792168--792261	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
795931--795955	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
797896--797968	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
797914--797989	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
797896--797989	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
799223--799264	21	2.0	21	95	0	75	28	26	0	45	1.54
801196--801259	20	3.6	19	67	28	59	39	17	18	25	1.92
802978--803002	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
809403--809442	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811050--811103	20	2.8	19	83	5	72	29	14	16	38	1.89
818393--818461	20	3.5	19	80	7	84	40	14	13	31	1.84
819323--820185	28	29.4	28	80	8	468	23	17	29	29	1.97
819336--819959	32	20.6	31	82	6	489	21	18	29	31	1.97
820026--821435	82	17.1	82	86	3	1768	28	13	33	25	1.93
820034--821435	110	12.8	110	85	3	1772	28	13	33	24	1.94
820034--821466	28	52.1	28	84	4	1803	28	13	32	24	1.94
833387--833502	51	2.2	52	86	1	153	43	11	13	31	1.79
835905--835929	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
836512--836576	33	2.0	33	100	0	130	46	18	6	29	1.73
843095--843129	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
843337--843390	20	2.7	20	88	5	74	35	16	14	33	1.90
851419--851470	1	52.0	1	76	0	50	88	7	0	3	0.62
851420--851470	19	2.7	19	87	3	68	88	7	0	3	0.63
851418--851460	10	4.4	10	85	5	61	88	6	0	4	0.63
852731--853141	28	14.5	28	83	3	430	29	28	18	23	1.98
852731--853146	143	2.9	141	84	3	514	29	28	18	23	1.98
853129--853194	32	2.0	33	91	2	107	27	28	18	25	1.98
852735--853197	56	8.1	57	79	7	314	29	28	19	23	1.98
853960--854023	20	3.2	19	73	8	65	32	15	12	39	1.85
865515--865540	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
865587--865612	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866096--867081	49	20.9	49	74	14	450	30	18	25	25	1.98
866001--866976	101	10.2	100	78	9	559	30	18	25	25	1.98
866444--866604	39	3.9	39	74	13	151	26	21	26	26	1.99
866395--866844	87	5.0	88	78	9	490	28	19	26	26	1.99
866299--866844	279	2.0	276	88	1	806	28	18	26	26	1.98
866096--866991	150	6.3	139	75	11	575	30	18	25	25	1.98
866572--867076	229	2.2	234	86	5	709	29	19	25	25	1.98
866858--867078	87	2.5	88	87	2	318	30	19	24	25	1.98
867078--867239	34	4.9	32	77	7	146	34	12	33	19	1.90
867079--867247	33	5.1	33	80	6	164	34	13	33	18	1.89
870924--870997	20	3.7	19	83	7	94	41	12	16	29	1.84
871038--871094	13	4.8	13	70	24	54	40	14	14	31	1.85
871016--871114	33	3.0	33	87	0	99	41	12	14	32	1.82
871048--871116	20	3.8	20	73	25	71	42	11	11	34	1.78
872033--872289	119	2.2	119	82	6	312	27	22	25	24	2.00
872033--872262	61	3.8	60	80	4	241	26	22	25	24	2.00
872309--872534	60	3.8	60	78	9	259	25	19	29	26	1.99
872306--872554	55	4.3	56	78	8	245	24	20	28	26	1.99
872033--873968	272	6.8	270	74	13	1260	27	19	27	25	1.99
872354--872781	210	2.0	212	84	7	551	27	17	28	25	1.98
872573--873087	61	8.4	61	83	6	586	28	18	26	26	1.98
872573--873061	186	2.6	184	87	4	680	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872581--873062	123	3.9	121	84	4	590	29	18	26	26	1.98
872884--873307	217	1.9	217	85	3	573	27	19	27	25	1.99
873220--873328	55	2.0	55	90	0	173	26	22	23	27	1.99
873175--873428	121	2.2	116	86	4	339	28	19	25	26	1.99
872759--873966	338	3.5	337	88	4	1547	28	19	26	25	1.99
873498--873966	116	4.0	115	85	4	609	27	20	26	26	1.99
873442--873995	61	9.3	61	84	6	663	27	19	26	26	1.99
873447--874001	177	3.1	176	85	5	683	27	19	27	25	1.99
882833--882906	20	3.7	19	87	7	94	40	13	17	28	1.87
882955--882992	20	1.9	20	100	0	76	39	15	13	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14