genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
551--870	60	5.2	60	74	10	243	24	25	20	30	1.99
1187--1394	60	3.5	60	84	3	265	24	25	19	30	1.98
1649--1748	42	2.4	42	83	11	118	18	24	12	46	1.82
2137--2443	61	5.0	61	80	2	330	23	26	20	29	1.99
2140--2443	122	2.5	122	84	1	394	23	26	20	29	1.99
2756--2976	61	3.6	61	83	1	273	23	25	20	29	1.99
2989--3187	45	4.5	45	69	13	137	18	27	13	40	1.88
3038--3122	42	2.0	41	82	6	100	20	23	15	41	1.90
3725--4030	61	5.0	61	80	4	323	23	26	20	29	1.99
3728--4030	121	2.5	122	83	1	385	23	26	20	30	1.98
3407--4555	616	1.9	618	93	0	1971	28	22	19	29	1.98
4346--4561	61	3.5	61	83	1	272	23	26	19	30	1.98
4566--4772	45	4.7	44	70	13	133	17	27	13	42	1.86
4823--4925	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
5313--5533	61	3.6	61	85	1	300	24	25	20	29	1.99
5538--5655	45	2.7	44	80	11	136	17	27	11	42	1.85
6141--6356	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
6617--6719	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
7108--7414	61	5.0	61	79	2	321	23	26	20	29	1.99
7111--7414	122	2.5	122	83	2	405	23	25	20	30	1.99
7726--8032	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
7729--8032	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6783--8558	618	2.9	618	95	0	3113	28	22	19	29	1.98
8349--8564	61	3.5	61	83	1	281	23	25	19	31	1.98
8577--8775	45	4.5	43	71	15	133	17	25	14	42	1.87
8826--8928	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
9318--9624	61	5.0	61	79	3	323	23	25	20	30	1.99
9321--9624	122	2.5	122	83	1	385	23	25	20	30	1.98
9941--10156	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
10418--10520	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
10909--11215	61	5.0	61	79	3	314	23	25	20	30	1.99
10912--11215	122	2.5	122	82	4	398	23	25	20	30	1.98
11527--11833	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
11530--11833	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.99
10584--12359	618	2.9	618	95	0	3122	28	22	19	29	1.98
12150--12365	61	3.5	61	83	1	272	23	26	19	30	1.98
12370--12489	45	2.8	44	79	10	140	16	26	14	42	1.86
12627--12729	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
13123--13435	61	5.1	62	81	3	341	22	25	21	29	1.99
13121--13423	121	2.5	122	84	2	403	22	26	20	30	1.99
13740--13955	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
13960--14185	42	5.2	44	71	12	133	18	26	12	42	1.85
14217--14319	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
14708--15014	61	5.0	61	80	2	330	22	26	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14711--15014	122	2.5	122	83	2	396	22	25	20	30	1.98
15327--15633	61	5.0	61	80	2	330	23	26	20	29	1.99
15330--15633	122	2.5	122	84	1	394	23	26	20	29	1.99
14383--16159	619	2.9	619	95	0	3128	28	22	19	29	1.98
15950--16165	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
16170--16395	42	5.2	44	71	12	142	17	26	12	42	1.85
16427--16529	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
16919--17225	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
16922--17225	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.98
17542--17757	61	3.5	61	83	1	272	23	26	19	30	1.98
17762--17968	45	4.7	44	71	13	142	16	27	13	42	1.86
17982--18062	35	2.3	34	77	8	81	18	23	13	44	1.85
18019--18121	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
18510--18816	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
18513--18816	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.98
19133--19348	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
19353--19578	42	5.2	44	71	12	142	17	26	12	42	1.85
19610--19712	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
20101--20407	61	5.0	61	79	2	321	22	26	20	29	1.99
20104--20407	122	2.5	122	82	2	387	22	26	20	30	1.98
20719--21025	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
20722--21025	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19776--21551	618	2.9	617	95	0	3077	28	22	19	29	1.98
21342--21557	61	3.5	61	83	1	281	23	25	19	31	1.98
21562--21768	42	4.7	44	71	14	144	17	27	13	42	1.87
21819--21921	41	2.5	40	82	16	115	16	27	11	44	1.82
22309--22660	61	5.8	61	80	3	402	22	25	21	30	1.99
22317--22660	123	2.8	122	86	2	458	22	25	21	30	1.99
22309--22661	184	1.9	183	83	4	460	22	25	21	30	1.99
22672--22831	43	3.7	42	76	11	130	19	25	15	40	1.90
22674--22912	46	5.4	46	76	9	158	19	26	15	38	1.91
22958--23059	41	2.5	40	83	13	120	17	27	10	44	1.82
23452--23797	61	5.7	61	83	3	430	23	25	21	29	1.99
23450--23797	122	2.9	122	86	2	477	23	25	21	29	1.99
23452--23798	183	1.9	183	85	4	486	23	25	21	29	1.99
23773--24000	42	5.3	43	74	13	170	20	28	14	36	1.92
23807--24048	42	5.6	43	72	16	187	20	26	14	39	1.90
24538--24888	61	5.8	60	80	6	375	25	25	20	28	1.99
24538--24868	183	1.8	183	82	5	436	25	25	20	29	1.99
24900--25245	42	8.3	43	74	16	212	18	26	14	40	1.89
25146--25244	41	2.4	41	85	9	123	16	28	13	42	1.85
25636--25974	61	5.6	60	78	6	317	25	24	20	29	1.99
25636--25975	122	2.8	121	81	7	364	25	24	20	29	1.99
25636--25982	183	1.9	183	81	5	425	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25993--26174	43	4.2	43	80	7	188	18	26	13	41	1.88
25993--26293	42	7.3	41	72	20	186	18	26	14	40	1.89
26194--26292	41	2.4	41	85	9	123	16	28	13	42	1.85
26684--27022	61	5.6	60	78	6	317	25	24	20	29	1.99
26684--27023	122	2.8	121	81	7	364	25	24	20	29	1.99
26684--27030	183	1.9	183	81	5	425	25	24	20	29	1.99
27041--27341	43	7.3	42	72	18	197	18	26	13	40	1.89
27041--27341	42	7.3	43	73	16	167	18	26	13	40	1.89
27041--27240	89	2.3	85	82	6	224	20	26	14	39	1.90
27240--27340	41	2.5	41	84	9	118	15	26	12	44	1.83
27726--28077	61	5.8	60	81	3	382	25	25	19	29	1.99
27731--28077	122	2.9	121	85	3	430	24	25	19	29	1.98
27726--28077	183	1.9	183	84	2	474	25	25	19	29	1.99
28087--28312	42	5.2	44	73	13	191	19	27	11	41	1.86
28864--29165	122	2.5	122	87	1	408	24	25	20	29	1.99
28814--29166	183	1.9	183	81	2	431	24	25	21	28	1.99
28820--29166	61	5.7	61	81	3	358	23	25	21	29	1.99
29177--29416	43	5.5	45	74	11	185	20	25	13	40	1.89
29177--29406	42	5.2	44	77	13	179	19	26	12	42	1.86
29921--30262	122	2.8	122	85	1	434	22	25	21	30	1.99
29920--30251	183	1.8	182	83	5	445	22	25	21	30	1.99
29920--30258	61	5.6	61	79	4	362	22	25	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30239--30476	43	5.4	43	75	15	195	19	26	14	39	1.90
30482--30582	42	2.4	41	80	11	109	17	26	10	44	1.82
30869--31000	61	2.2	62	84	2	178	21	25	21	31	1.98
30976--31207	42	5.4	43	73	12	142	20	29	14	35	1.92
31012--31251	43	5.5	45	73	12	214	20	27	14	37	1.91
31755--31914	61	2.6	59	85	5	205	25	25	19	30	1.98
31885--32145	42	6.1	45	72	16	173	19	29	11	39	1.86
32646--32874	61	3.8	61	81	4	275	25	24	21	28	1.99
32649--32874	121	1.9	121	86	5	323	25	24	21	28	1.99
32885--33123	43	5.5	43	79	8	225	18	25	15	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14