genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1642603--1642652	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
1644932--1644958	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1649621--1649653	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
1649698--1649752	20	2.8	20	91	2	85	36	18	12	32	1.88
1649738--1649764	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1652282--1652306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1655396--1655447	19	2.7	20	81	6	61	42	17	11	28	1.84
1659435--1659479	17	2.8	16	86	6	63	82	2	13	2	0.86
1661312--1661471	48	3.3	48	83	1	178	21	21	16	41	1.90
1661504--1661742	48	5.0	48	80	4	275	17	22	19	40	1.92
1661750--1662261	44	11.7	44	68	9	229	23	23	13	40	1.90
1661748--1662301	88	6.3	88	80	4	517	22	23	13	40	1.90
1662374--1662803	42	10.3	42	73	9	234	16	23	16	43	1.86
1662412--1662640	126	1.8	125	82	5	291	15	20	16	46	1.84
1662595--1662686	41	2.2	41	78	3	105	16	22	16	44	1.86
1662503--1662815	166	1.9	168	83	6	413	15	25	16	42	1.87
1662453--1662888	84	5.2	83	75	7	253	15	25	16	42	1.87
1662928--1663088	42	3.8	43	73	7	141	15	26	18	39	1.90
1664072--1664165	48	1.9	50	86	4	138	59	9	14	15	1.60
1664656--1664703	23	2.1	23	100	0	96	54	8	8	29	1.60
1665946--1666019	24	3.2	24	65	27	68	43	5	17	33	1.72
1665946--1666037	46	2.0	46	100	0	184	41	6	17	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1665956--1666031	24	3.2	24	66	26	72	43	5	17	34	1.71
1666285--1666310	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1666320--1666344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1666411--1666448	13	2.9	13	88	0	58	31	18	15	34	1.92
1668520--1668570	19	2.6	20	90	3	77	29	15	13	41	1.86
1672283--1672572	30	9.6	29	76	9	183	28	28	15	27	1.96
1672434--1672525	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
1672499--1672622	28	4.3	29	84	9	148	37	29	15	17	1.91
1672771--1672835	21	3.0	21	64	27	55	30	27	15	26	1.96
1672738--1672962	43	5.1	43	84	6	297	27	25	16	30	1.97
1672781--1673006	92	2.4	94	88	2	339	26	25	16	31	1.97
1672642--1672962	135	2.3	135	89	2	498	26	25	16	30	1.97
1672916--1673069	52	2.9	53	79	4	184	24	23	15	36	1.94
1672916--1673069	55	2.9	54	83	2	195	24	23	15	36	1.94
1673891--1673915	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1673871--1673937	33	2.0	33	88	0	98	34	11	14	38	1.84
1673978--1674002	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1674011--1674190	52	3.5	52	94	0	308	33	17	18	30	1.94
1676295--1676365	27	2.6	27	97	0	133	19	45	22	12	1.84
1686973--1687040	1	68.0	1	79	0	73	89	10	0	0	0.48
1686971--1687040	10	6.9	10	83	15	90	88	11	0	0	0.51
1686973--1687044	9	8.2	9	86	10	105	88	11	0	0	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1688486--1688779	30	9.7	30	76	10	181	27	28	15	27	1.96
1688550--1688602	27	2.0	27	88	0	79	32	33	16	16	1.92
1688490--1688663	29	5.9	29	78	7	172	27	29	17	25	1.97
1688641--1688732	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
1688706--1688829	28	4.3	28	81	9	119	37	29	15	17	1.91
1688945--1689169	43	5.1	43	84	6	297	26	25	17	30	1.97
1688965--1689033	21	3.2	21	63	25	54	27	30	17	24	1.97
1688945--1689222	92	3.0	92	85	5	343	26	25	16	31	1.97
1688850--1689169	135	2.3	135	89	2	487	26	25	17	30	1.97
1689133--1689260	52	2.4	52	80	3	139	25	24	15	34	1.95
1690164--1690188	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1690197--1690377	52	3.5	52	90	1	274	33	17	17	32	1.93
1703854--1703954	1	101.0	1	75	0	85	87	11	0	0	0.60
1703852--1703954	10	10.0	10	80	14	120	86	12	0	0	0.62
1703854--1703951	6	16.7	6	80	15	98	86	12	0	1	0.62
1703852--1703951	16	6.1	16	84	14	132	86	13	0	1	0.64
1703852--1703954	26	4.0	25	88	7	154	86	12	0	0	0.62
1703854--1703954	35	2.9	35	84	11	136	87	11	0	0	0.60
1705394--1705569	29	6.0	30	79	9	193	27	30	16	25	1.97
1705390--1705683	30	9.7	30	75	10	183	28	28	14	27	1.96
1705545--1705636	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
1705610--1705733	28	4.3	29	79	7	128	38	29	14	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1705610--1705733	56	2.2	58	82	7	146	38	29	14	17	1.89
1705849--1706069	43	5.0	43	83	8	291	27	25	18	28	1.98
1705882--1705946	21	3.0	21	64	27	55	30	27	16	24	1.97
1705892--1706126	92	2.5	95	88	4	343	26	25	17	31	1.97
1705753--1706069	135	2.3	135	88	4	483	27	25	17	29	1.97
1705984--1706051	22	3.1	22	62	19	52	26	25	17	30	1.97
1706027--1706175	52	2.8	54	82	3	185	26	23	15	34	1.95
1706994--1707018	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1706974--1707040	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1707081--1707105	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1707114--1707242	52	2.5	52	90	0	213	34	17	17	30	1.93
1709292--1709343	27	2.0	26	82	10	63	21	44	19	15	1.87
1716438--1716463	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1716511--1716564	20	2.7	20	100	0	108	35	20	14	29	1.93
1717360--1717402	23	2.0	21	86	9	59	60	13	9	16	1.58
1718539--1718581	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1719007--1719044	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1721121--1721155	15	2.2	16	90	5	54	14	20	14	51	1.76
1725223--1725248	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1725741--1725767	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1725722--1725786	32	2.0	32	87	3	94	29	13	13	43	1.83
1725751--1725806	19	2.9	19	81	2	67	33	14	14	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1725836--1725902	20	3.8	18	74	25	63	31	13	19	35	1.90
1725857--1725881	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1725837--1725901	33	2.0	33	93	0	112	32	13	20	33	1.91
1726703--1726744	13	3.2	13	79	0	57	35	14	19	30	1.91
1726796--1726826	10	3.1	10	100	0	62	41	9	29	19	1.83
1727807--1727844	16	2.3	16	95	4	67	26	26	10	36	1.89
1729339--1729384	23	2.0	24	83	12	60	60	19	4	15	1.51
1735022--1735352	164	2.0	164	100	0	662	27	22	16	33	1.96
1736139--1736189	13	3.9	13	86	0	75	31	13	21	33	1.92
1736184--1736233	24	2.1	24	84	0	64	40	8	26	26	1.83
1740273--1740299	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
1742524--1742568	16	2.8	17	83	6	58	31	4	6	57	1.44
1742836--1742897	16	3.9	16	80	2	72	38	1	3	56	1.25
1743568--1743618	21	2.6	19	77	22	52	35	0	0	64	0.94
1743571--1743638	11	6.2	11	70	17	52	35	0	0	64	0.94
1743563--1743705	27	5.1	27	70	19	89	40	0	0	59	0.97
1743563--1743619	20	2.8	20	81	7	62	35	0	0	64	0.93
1743557--1743725	54	3.1	53	72	19	148	40	0	0	58	1.07
1743593--1743705	31	3.5	30	66	22	77	41	0	0	58	0.98
1743653--1743705	18	2.8	19	75	16	56	43	0	0	56	0.99
1746016--1746062	16	2.9	16	72	12	51	31	10	10	46	1.73
1746593--1746647	13	3.8	13	75	25	56	34	16	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1746575--1746647	32	2.2	33	92	2	121	30	17	13	38	1.89
1746703--1746768	20	3.7	20	73	26	83	33	15	18	33	1.92
1746718--1746781	13	5.4	13	75	21	68	34	15	15	34	1.90
1746702--1746781	33	2.4	33	100	0	160	32	15	17	35	1.91
1746702--1746801	33	3.0	33	92	5	150	36	14	17	33	1.89
1748017--1748163	58	2.6	54	72	16	138	36	2	2	59	1.21
1748028--1748110	43	1.9	43	80	9	98	40	1	0	57	1.06
1750858--1750919	31	2.0	31	96	0	115	40	22	8	29	1.82
1751583--1751613	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
1753686--1753725	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14