genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207249--207286	20	1.9	20	88	0	58	39	10	15	34	1.82
210327--210402	21	3.7	21	77	7	84	43	10	15	30	1.81
216344--216385	16	2.6	16	84	0	57	19	14	19	47	1.82
217182--217698	200	2.6	200	94	0	908	39	20	14	26	1.90
218685--218776	31	3.0	31	76	6	98	44	18	17	19	1.87
220341--220399	17	3.5	17	76	17	59	42	16	1	38	1.59
221065--221112	16	3.3	15	82	8	55	16	10	14	58	1.63
221065--221106	8	5.5	8	83	8	52	16	9	16	57	1.65
224677--224731	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
230734--230987	79	3.2	79	84	3	339	29	16	29	25	1.96
230924--231089	51	3.3	51	83	5	210	31	11	27	29	1.92
231026--231250	79	2.8	78	76	7	229	31	13	26	28	1.94
231188--231305	51	2.3	53	86	5	161	31	11	22	34	1.89
233676--233701	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
233736--233867	19	7.5	19	73	22	126	37	18	10	34	1.85
233725--233869	32	4.3	32	79	13	164	36	17	11	34	1.86
233752--233776	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
233783--233888	53	2.0	53	83	7	135	35	16	11	35	1.85
233926--233982	21	2.7	21	88	0	87	35	15	10	38	1.82
234515--234786	42	6.2	44	76	14	235	40	12	27	19	1.88
234547--234786	89	2.7	88	85	6	351	38	13	27	20	1.90
234548--234784	46	5.4	41	74	14	156	38	13	27	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234921--235490	55	10.4	56	70	14	321	23	20	28	26	1.99
234771--235052	149	1.8	150	86	6	406	24	20	28	26	1.99
234929--235166	116	2.1	110	87	6	334	23	21	28	26	1.99
235034--235328	155	1.9	155	91	1	484	25	19	30	25	1.98
235214--235469	113	2.2	115	89	3	401	24	21	28	26	1.99
235212--235494	54	5.0	54	82	9	336	23	21	28	26	1.99
234927--235593	322	2.1	320	87	6	943	24	20	29	25	1.99
236556--236612	9	6.2	9	82	11	53	0	8	8	82	0.85
236570--236615	9	4.9	9	84	10	65	0	4	10	84	0.75
249025--249280	79	3.2	79	81	5	309	29	14	28	26	1.95
249216--249381	51	3.3	51	84	5	201	31	12	27	28	1.92
249318--249492	79	2.2	79	84	6	221	32	15	26	26	1.96
249446--249516	27	2.6	27	86	6	90	23	21	30	23	1.99
249507--249624	51	2.3	51	85	5	157	32	11	22	33	1.89
251993--252018	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
252005--252046	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
252063--252114	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
252071--252130	19	3.5	18	74	25	67	35	16	13	35	1.88
252063--252130	32	2.1	32	97	0	127	35	17	13	33	1.89
252549--252787	123	1.9	123	88	5	358	41	19	17	21	1.91
252672--253966	156	8.4	154	78	7	1174	38	20	16	24	1.92
252672--253966	312	4.2	311	80	8	1367	38	20	16	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253381--253634	138	1.8	138	82	1	330	40	20	13	25	1.89
252672--254036	450	3.0	448	83	5	1618	38	20	15	24	1.92
255491--255746	81	3.1	80	66	18	202	53	8	6	32	1.55
255916--255966	22	2.4	22	86	3	68	56	9	21	11	1.63
259861--259951	45	2.0	45	100	0	182	26	17	19	36	1.94
262293--262331	20	2.0	20	89	0	60	33	12	23	30	1.92
262736--262761	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
265101--265204	27	3.7	27	79	15	95	21	30	15	32	1.94
265066--265584	34	16.5	33	77	11	386	22	31	11	33	1.90
265128--265501	94	3.9	93	79	6	381	23	30	11	35	1.90
265175--265590	126	3.3	125	81	8	464	22	32	10	34	1.89
265587--265727	31	4.5	31	82	3	167	32	32	15	19	1.93
265587--265754	93	1.8	92	81	8	207	30	31	15	22	1.95
265822--266083	51	4.9	52	71	12	163	23	25	13	37	1.91
265910--266218	52	6.0	52	73	5	230	23	23	16	35	1.95
265907--266211	104	2.9	105	84	2	384	23	23	17	35	1.95
266168--266296	61	2.1	61	86	2	188	23	24	12	39	1.89
266279--266325	9	5.2	9	86	0	67	21	23	0	55	1.44
267012--267037	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
267061--267119	20	2.8	20	82	5	64	40	11	8	38	1.72
270079--270323	122	2.0	120	89	1	373	25	13	15	45	1.83
275729--275836	52	2.1	52	87	0	153	32	18	14	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275801--275838	20	1.9	20	94	0	67	34	21	10	34	1.87
281597--281747	77	2.0	77	81	5	180	19	17	18	44	1.87
282201--282358	57	2.7	59	81	7	182	20	16	16	46	1.84
282201--282779	59	9.8	59	74	9	274	18	16	16	47	1.82
282195--282478	116	2.4	115	80	4	302	19	17	16	47	1.83
282423--282791	60	6.2	60	79	2	332	18	16	16	48	1.81
282532--282622	30	3.1	29	72	17	96	15	13	20	50	1.77
282679--282778	30	3.3	30	75	10	105	16	17	19	48	1.82
282430--282809	30	12.6	30	64	15	79	17	15	17	49	1.80
283174--283199	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
285416--285460	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
287264--287298	15	2.2	16	90	5	54	51	14	20	14	1.76
289309--289386	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
289375--289399	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
289521--289567	21	2.3	20	75	10	51	34	17	4	44	1.68
291904--291929	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
292695--292790	30	3.2	29	66	14	79	14	11	22	51	1.75
292747--292967	59	3.8	58	74	13	184	15	15	21	47	1.82
293693--293780	33	2.7	33	75	15	85	17	25	14	43	1.87
293640--293970	65	5.1	64	72	13	235	17	22	14	45	1.85
293933--294011	41	1.9	41	86	0	113	18	18	13	48	1.81
293921--294128	108	1.9	108	82	5	260	18	20	13	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293970--294170	108	1.9	108	79	6	228	18	19	14	47	1.83
294191--294666	67	7.1	67	72	12	259	19	22	12	45	1.84
294191--294692	134	3.8	131	75	11	324	19	23	12	44	1.85
294310--294683	132	2.8	132	81	5	405	18	22	13	45	1.84
294306--294668	199	1.8	201	80	4	439	18	22	13	46	1.84
294306--294677	67	5.6	66	77	8	292	18	22	13	45	1.84
294650--295156	98	5.2	97	75	4	408	17	21	16	44	1.87
294652--295156	196	2.6	194	80	4	546	17	20	17	44	1.86
295257--295516	41	6.5	40	70	10	156	20	21	16	41	1.90
297756--298098	156	2.2	156	82	3	386	25	14	18	42	1.88
297858--298147	156	1.9	155	81	5	352	25	14	17	42	1.87
298347--298378	16	2.0	16	93	0	55	43	15	18	21	1.87
299398--299453	19	2.8	20	91	2	87	37	17	14	30	1.90
301204--301281	39	2.0	39	92	2	131	41	6	16	35	1.74
303693--303718	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
305715--305745	16	2.0	15	93	6	53	58	0	9	32	1.31
305886--305930	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
307733--307771	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
309777--309856	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
309842--309880	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
310001--310047	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
310003--310045	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312371--312396	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
314994--315057	27	2.5	26	82	9	87	23	28	1	46	1.61
321338--321395	24	2.4	24	97	0	107	13	22	6	56	1.61
321577--321603	12	2.2	12	100	0	54	22	33	0	44	1.53
323292--323317	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
329075--329115	20	2.0	20	95	0	73	24	17	9	48	1.76
332950--333076	32	3.9	32	76	15	127	29	24	13	32	1.93
333747--333790	20	2.1	21	91	8	72	38	6	6	47	1.57
334255--334283	15	1.9	15	100	0	58	20	31	13	34	1.92
336693--336734	21	2.0	21	90	0	66	16	19	0	64	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14