genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1447672--1447718	24	2.0	24	84	12	62	21	2	12	63	1.39
1449827--1449878	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
1452057--1452239	79	2.3	79	80	0	222	28	22	12	36	1.91
1462558--1462718	84	1.9	84	82	7	202	53	3	18	25	1.59
1465759--1465810	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
1467974--1468173	79	2.5	78	74	7	197	28	22	13	36	1.91
1476009--1476580	28	20.2	28	78	7	166	27	29	18	24	1.98
1476110--1476528	56	7.5	56	79	4	364	27	30	18	22	1.97
1476109--1476476	113	3.3	113	82	3	406	28	30	19	22	1.98
1476014--1476528	141	3.7	139	80	5	486	27	29	19	23	1.98
1476014--1476430	169	2.5	168	82	4	471	27	28	20	23	1.99
1476503--1476619	32	3.7	32	76	8	123	28	29	16	26	1.97
1476647--1476770	49	2.7	45	79	7	131	23	26	17	32	1.97
1477440--1477557	20	5.7	20	73	9	94	29	12	16	41	1.85
1477428--1477501	24	3.2	24	75	14	84	27	12	14	45	1.80
1477428--1477514	44	2.0	44	90	0	138	28	12	14	43	1.83
1481897--1482242	166	2.1	168	81	4	414	42	11	10	35	1.75
1484100--1484142	22	1.9	23	86	13	63	46	11	0	41	1.40
1484739--1484787	19	2.4	21	80	13	57	67	2	0	30	1.02
1485494--1485518	7	3.6	7	100	0	50	60	0	40	0	0.97
1485830--1485885	29	2.0	30	83	13	75	69	8	16	5	1.32
1491754--1492006	62	4.1	62	84	2	260	26	24	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491964--1492047	43	1.9	44	85	2	116	25	17	16	40	1.90
1492005--1492160	61	2.5	62	85	1	206	26	19	18	35	1.95
1491838--1492165	166	2.0	167	80	1	381	25	21	17	36	1.94
1492995--1493045	21	2.5	21	93	3	86	25	11	11	50	1.72
1509989--1510126	20	6.9	20	77	6	145	39	13	16	31	1.87
1510012--1510126	40	2.9	40	93	0	194	39	13	14	32	1.86
1509991--1510172	20	8.6	20	73	13	141	40	12	17	30	1.85
1520836--1520898	27	2.3	27	94	5	110	23	20	30	25	1.99
1523309--1523361	20	2.6	21	87	3	72	33	16	11	37	1.85
1524256--1524287	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1525302--1525349	10	4.6	10	82	7	60	0	14	0	85	0.60
1525302--1525351	18	2.5	20	81	12	59	0	16	0	84	0.63
1525302--1525351	14	3.5	14	76	12	57	0	16	0	84	0.63
1525971--1526362	166	2.4	164	83	4	500	47	7	11	32	1.69
1527069--1527212	43	3.3	41	80	8	144	42	17	22	17	1.89
1527119--1527212	42	2.2	42	85	7	127	42	17	22	18	1.89
1527189--1527243	28	2.0	28	86	13	78	32	21	21	23	1.98
1527262--1527654	44	8.9	44	75	12	236	44	16	21	17	1.87
1527262--1527654	88	4.5	88	78	5	346	44	16	21	17	1.87
1527262--1527627	132	2.8	131	82	4	407	45	17	20	16	1.86
1528211--1528722	180	2.8	181	81	4	552	30	12	25	30	1.93
1528211--1528722	91	5.6	91	80	4	527	30	12	25	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1542815--1543037	78	2.8	78	80	9	249	29	27	7	35	1.83
1550753--1550968	116	1.9	116	89	0	333	29	22	13	34	1.92
1553330--1553634	79	3.9	78	75	6	285	32	13	25	28	1.94
1556035--1556098	33	1.9	33	87	6	94	42	14	15	28	1.86
1556614--1556794	51	3.6	51	81	3	213	30	13	13	42	1.82
1558950--1559173	97	2.3	96	83	3	270	27	28	13	29	1.94
1563324--1563349	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1563306--1563369	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1565064--1565097	18	1.9	18	88	5	52	61	8	26	2	1.40
1565560--1565604	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1567650--1567701	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
1567650--1567707	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
1570658--1570683	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1570804--1570849	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1572499--1572629	40	3.2	40	65	14	113	36	6	35	22	1.79
1572463--1572635	83	2.1	83	98	1	339	37	6	31	24	1.80
1572537--1572589	22	2.5	22	84	9	65	37	3	37	20	1.71
1573287--1573312	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1573269--1573332	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1578152--1578229	37	2.1	38	83	9	97	69	1	5	24	1.16
1578276--1578341	31	2.1	31	94	0	114	36	19	27	16	1.93
1578887--1578974	31	2.8	31	84	3	106	17	38	20	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1578964--1579046	21	3.8	21	83	9	103	36	33	19	10	1.86
1578964--1579046	45	1.9	42	87	7	121	36	33	19	10	1.86
1585272--1585300	13	2.1	14	93	6	51	24	27	13	34	1.93
1592720--1593649	42	22.4	42	80	6	716	14	30	17	36	1.90
1592724--1593658	84	11.2	84	81	5	880	15	30	17	36	1.91
1592728--1593658	126	7.5	126	83	5	937	15	30	17	36	1.91
1593393--1593626	125	1.9	125	81	0	288	15	30	18	34	1.93
1594252--1594317	31	2.1	31	88	0	96	36	19	27	16	1.93
1600913--1600945	13	2.5	13	95	0	57	33	15	15	36	1.88
1600893--1600959	33	2.0	33	88	5	100	37	16	11	34	1.85
1600988--1601042	19	2.8	20	86	5	76	38	16	14	30	1.89
1601596--1601666	20	3.4	21	82	9	92	28	30	2	38	1.71
1603568--1603609	13	3.2	13	82	0	57	38	14	14	33	1.86
1603757--1603810	28	1.9	28	81	7	65	55	24	0	20	1.43
1604691--1604864	87	2.0	86	96	1	321	20	22	16	40	1.91
1606061--1606117	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1606248--1606273	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1606228--1606294	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
1607452--1608127	55	12.3	55	92	1	1051	28	29	20	21	1.98
1607612--1607754	27	5.2	27	61	15	69	27	28	18	24	1.98
1618644--1618727	9	8.9	9	77	16	64	83	5	10	0	0.81
1618641--1618713	1	73.0	1	73	0	56	86	6	6	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1619715--1619802	29	3.1	29	64	15	76	28	31	19	20	1.97
1619697--1620482	55	14.3	55	93	1	1269	28	29	20	21	1.98
1621282--1621349	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1621303--1621327	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1621284--1621346	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1621389--1621414	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1621369--1621435	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1623788--1623860	27	2.7	27	87	6	94	23	31	21	23	1.98
1623843--1623960	52	2.3	53	81	8	127	29	23	11	34	1.91
1623944--1624015	28	2.6	28	84	4	83	25	29	19	26	1.99
1623733--1624031	160	1.9	158	86	4	431	26	25	13	34	1.93
1628479--1628532	20	2.7	21	88	8	85	35	16	12	35	1.87
1628582--1628633	19	2.7	20	87	3	70	44	13	13	28	1.82
1629683--1629713	13	2.4	13	94	0	53	32	19	12	35	1.90
1635893--1635944	21	2.6	21	87	6	72	28	17	13	40	1.87
1636726--1637001	52	5.4	49	81	5	174	32	18	25	23	1.97
1636757--1637594	87	9.0	100	77	14	529	31	18	25	24	1.98
1636963--1637040	39	2.0	39	92	0	129	25	21	25	26	2.00
1636911--1637227	91	3.4	91	82	9	399	30	19	25	24	1.98
1637002--1637594	48	12.9	48	75	14	445	30	18	25	25	1.98
1637150--1637435	39	6.9	39	73	13	239	26	18	27	27	1.98
1637646--1637702	30	2.0	29	89	6	89	17	19	29	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1637728--1637831	34	3.7	27	72	18	86	37	10	29	22	1.88
1637680--1637854	59	2.9	61	86	4	214	36	10	30	21	1.88
1637839--1637960	61	2.0	63	85	6	169	32	13	31	22	1.93
1637867--1638022	27	5.2	27	78	11	114	33	14	31	20	1.92
1637740--1638075	96	3.6	95	82	6	414	36	12	29	21	1.90
1637894--1638145	34	7.8	34	74	12	160	34	13	30	21	1.92
1637929--1638056	61	2.1	60	84	5	168	33	13	31	21	1.92
1638022--1638584	31	18.0	31	78	11	528	31	14	29	23	1.95
1638061--1638588	61	8.5	63	81	9	552	31	15	29	24	1.95
1638031--1638589	281	2.0	282	91	1	908	31	15	29	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14