genome.fa.s330.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold330
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1763736

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624340--624474	54	2.5	54	97	0	252	21	34	13	31	1.92
624429--624942	34	15.4	34	80	12	461	18	35	13	32	1.90
624429--624905	71	7.1	69	79	14	452	18	36	13	31	1.90
624490--624941	162	2.8	161	84	9	571	18	36	13	31	1.90
624781--624840	27	2.2	27	90	0	93	16	38	16	28	1.91
624747--624874	61	2.1	61	92	0	211	17	38	14	30	1.89
624805--624962	70	2.3	71	82	5	198	19	35	12	32	1.89
624946--625188	33	7.5	33	89	7	340	28	35	17	18	1.94
624944--625188	67	3.8	66	88	6	376	28	35	17	18	1.94
624950--625178	98	2.3	100	88	5	360	28	34	18	17	1.94
625181--625618	49	9.0	49	85	4	575	25	26	17	31	1.97
625557--625744	67	2.9	65	80	7	222	25	24	12	37	1.91
628178--628320	31	4.6	31	84	12	179	25	28	19	26	1.99
628178--628353	93	1.9	94	82	3	221	25	27	18	28	1.98
628330--628464	54	2.5	54	98	0	261	21	34	13	30	1.92
628437--628932	34	14.9	33	80	12	420	19	35	12	32	1.90
628419--628932	71	7.7	70	78	14	443	19	35	13	32	1.90
628776--628830	27	2.0	27	92	0	92	18	36	18	27	1.94
628737--628864	61	2.1	61	89	0	193	18	38	13	29	1.89
628795--628952	70	2.3	71	82	5	198	19	35	12	32	1.89
628936--629145	33	6.5	33	88	7	290	28	35	18	18	1.94
628934--629145	67	3.3	66	87	6	317	28	35	17	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628940--629135	100	2.0	98	90	4	313	28	34	18	17	1.94
629138--629477	49	7.0	49	84	6	433	25	26	17	31	1.97
629184--629372	43	4.1	43	83	10	189	25	26	17	30	1.97
629184--629466	91	3.0	93	83	9	374	25	25	18	31	1.97
629416--629602	61	2.9	63	78	8	216	24	24	12	38	1.90
630385--630409	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
630478--630502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
630511--630635	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
642057--642087	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
642035--642103	33	2.1	33	89	5	104	37	17	13	31	1.88
642132--642204	20	3.7	19	87	7	85	38	17	15	28	1.90
643820--643967	33	4.7	33	86	4	164	23	32	12	31	1.92
643791--643983	30	6.3	30	83	4	172	23	33	12	30	1.92
643975--644329	34	10.7	33	72	12	200	21	30	10	36	1.88
643975--644333	32	10.8	32	74	8	201	21	30	10	37	1.88
643998--644328	68	5.0	66	80	10	293	21	30	10	36	1.88
644303--644373	26	2.7	27	82	2	99	26	26	11	35	1.90
644237--644360	65	2.0	63	84	10	166	22	27	10	39	1.87
644514--644674	32	5.0	32	82	6	202	29	31	19	20	1.97
644520--644683	63	2.6	64	86	4	224	27	31	18	21	1.97
644683--645245	104	5.4	104	85	2	695	24	25	15	35	1.94
644706--645257	156	3.5	155	78	9	523	24	24	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644706--645294	52	11.4	51	77	9	460	24	24	14	35	1.94
647005--647045	21	2.0	20	90	4	64	19	12	17	51	1.76
655095--655482	141	2.8	135	82	6	449	42	11	12	34	1.78
655099--655482	136	2.8	135	82	5	448	42	11	12	33	1.78
656328--656361	13	2.6	13	90	0	59	47	14	17	20	1.83
656718--656747	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
656893--657460	165	3.5	159	77	12	478	50	8	10	30	1.67
657203--657241	19	2.1	18	86	13	53	66	5	10	17	1.39
656950--657426	165	3.0	158	80	9	479	50	9	10	29	1.67
658438--658577	45	3.1	45	78	0	145	42	16	18	22	1.89
658618--658761	47	3.0	47	76	5	146	44	15	18	20	1.87
658810--658989	91	2.0	91	83	2	227	41	20	19	18	1.90
658833--659036	91	2.2	91	80	3	214	42	19	20	18	1.89
659450--659652	92	2.2	92	86	2	275	35	15	22	26	1.94
661046--661081	18	2.0	18	88	0	54	0	13	2	83	0.76
662485--662542	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
662581--662605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
664797--664847	27	2.0	26	85	11	70	23	39	17	19	1.92
669551--669621	17	4.3	16	81	10	81	84	14	0	1	0.69
669551--669620	21	3.4	20	82	9	88	84	14	0	1	0.70
669548--669620	13	5.6	13	75	15	62	84	13	0	1	0.68
669553--669621	29	2.3	29	90	7	102	84	14	0	1	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
669548--669619	6	10.7	7	72	18	55	84	13	0	1	0.68
669550--669621	22	3.5	20	79	12	83	84	13	0	1	0.68
670919--671068	30	4.9	30	81	11	153	24	30	17	28	1.97
670919--671062	62	2.3	61	83	7	184	25	29	18	26	1.98
670943--671139	62	3.0	63	80	12	170	21	30	14	32	1.93
671041--671205	34	4.8	34	86	7	226	20	32	12	35	1.89
671043--671205	71	2.4	68	89	5	240	19	32	12	35	1.89
671043--671225	70	2.6	70	86	5	239	20	33	11	33	1.89
671209--671313	33	3.2	33	94	4	185	28	34	17	20	1.95
671313--672023	49	14.9	49	86	5	1001	24	26	18	30	1.97
671430--671497	21	3.2	21	63	19	50	25	27	17	29	1.97
671313--672023	92	7.4	98	92	4	1084	24	26	18	30	1.97
672817--672874	20	3.0	20	82	2	64	31	8	12	48	1.70
678292--678394	35	3.0	34	92	4	170	33	12	25	28	1.92
680976--681224	125	2.0	125	96	1	464	30	24	16	28	1.96
683477--683536	20	3.0	19	78	9	66	45	13	8	33	1.73
683603--683654	20	2.6	20	81	0	68	36	13	13	36	1.84
684234--684278	23	2.0	23	95	0	81	26	13	8	51	1.70
687455--687517	19	3.6	19	72	24	75	33	11	19	36	1.87
687441--687525	32	2.7	32	94	0	152	32	10	18	37	1.85
687548--687628	13	7.1	12	71	28	70	35	17	12	34	1.87
687549--687628	34	2.4	34	100	0	160	35	17	12	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693136--693173	20	1.9	20	94	0	67	34	15	10	39	1.82
698406--698996	51	11.4	52	74	9	436	31	12	26	29	1.92
698610--698685	27	2.8	28	89	2	109	18	21	36	23	1.95
698406--698996	104	5.7	102	75	8	453	31	12	26	29	1.92
698348--698887	260	2.1	262	94	1	949	31	12	27	28	1.93
698407--698995	155	3.8	154	73	9	451	32	12	26	29	1.92
701360--701385	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
701372--701413	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
701438--701519	19	4.6	19	78	17	104	36	17	12	34	1.87
701457--701517	32	1.9	32	100	0	122	34	16	13	36	1.87
701560--701615	21	2.7	21	97	0	103	35	16	10	37	1.83
704663--704705	16	2.8	16	82	17	63	69	11	13	4	1.33
705998--710004	58	67.7	58	82	6	3429	28	29	18	22	1.98
706102--710004	28	132.0	28	77	8	2589	28	29	18	22	1.98
710912--710986	20	3.8	20	81	0	96	33	12	13	41	1.81
711894--711932	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
717335--717595	79	3.3	78	77	9	262	35	16	22	26	1.94
717536--717697	51	3.2	50	83	6	200	33	12	22	30	1.92
717633--717785	79	1.9	79	86	1	218	30	11	28	30	1.92
718081--718113	9	3.6	9	95	4	57	60	18	0	21	1.36
720062--720121	20	3.0	20	87	7	95	36	18	11	33	1.87
720102--720128	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722549--722576	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
722695--722724	11	2.7	11	100	0	60	63	20	6	10	1.47
729473--729656	50	3.7	50	85	1	235	39	13	20	26	1.89
731019--731081	28	2.2	28	97	0	117	26	23	25	23	2.00
730924--731157	107	2.2	106	89	2	344	32	15	25	26	1.95
731036--731365	78	4.2	78	86	5	445	31	15	25	27	1.96
731306--731467	51	3.2	50	86	6	195	33	12	23	30	1.92
733754--733807	20	2.7	20	91	5	83	42	14	16	25	1.87
734430--734648	40	5.5	40	70	19	138	42	12	26	17	1.85
734464--734734	118	2.3	118	89	3	404	42	13	25	18	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14