genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113--156	23	1.9	23	86	9	63	43	2	0	54	1.12
82--151	28	2.5	28	74	4	70	51	2	0	45	1.16
186--243	25	2.4	24	79	2	62	44	5	1	48	1.35
398--431	15	2.3	15	90	5	52	52	2	0	44	1.16
774--812	10	3.7	10	89	6	51	38	0	0	61	0.96
1433--1462	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
3006--3047	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
3286--3327	19	2.2	20	87	12	61	30	0	0	69	0.89
4500--4557	30	1.9	30	82	10	73	74	1	13	10	1.15
8155--8188	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
10684--10711	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
12041--12112	27	2.6	29	78	13	78	51	4	8	36	1.51
20624--20678	28	2.0	28	82	3	67	63	5	3	27	1.33
20978--21048	27	2.6	25	77	14	70	15	2	12	69	1.31
30232--30451	110	2.0	110	98	0	422	26	21	16	35	1.94
31074--31122	23	2.2	23	85	3	64	77	6	8	8	1.12
32446--33318	55	15.9	55	79	4	805	23	28	14	32	1.94
32446--33318	27	31.8	27	80	4	825	23	28	14	32	1.94
32446--33314	82	10.6	82	82	3	845	23	28	14	32	1.94
33351--34255	28	31.2	28	78	7	687	30	28	16	24	1.96
33416--34258	148	5.8	146	79	7	762	30	28	15	24	1.96
33451--34136	178	3.9	176	81	8	722	30	29	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33416--34253	86	9.6	84	74	13	480	30	28	15	24	1.96
34378--34497	49	2.6	46	79	7	125	23	26	18	31	1.97
37888--37936	14	3.6	14	83	10	66	28	0	4	67	1.09
38044--38090	21	2.2	21	82	14	53	74	4	6	14	1.17
46092--46197	48	2.2	47	77	11	117	39	14	9	36	1.78
48519--48544	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49189--49279	39	2.3	39	79	11	105	32	21	6	38	1.80
50630--50672	20	2.1	20	82	4	50	9	30	41	18	1.82
51113--51189	20	3.6	20	74	16	73	42	12	15	28	1.84
57298--57323	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
57278--57342	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
57373--57446	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
64188--64261	20	3.7	20	96	1	130	32	18	10	37	1.86
64167--64261	41	2.3	41	85	5	129	31	17	12	37	1.88
65234--65302	20	3.5	20	75	9	70	30	10	15	43	1.80
69642--69705	29	2.3	28	82	12	78	46	6	7	39	1.58
69715--69748	14	2.3	15	90	5	52	67	2	8	20	1.31
69714--69775	27	2.3	27	85	2	79	59	4	9	25	1.49
69702--69761	14	4.2	14	70	10	50	63	5	8	23	1.42
71089--71164	40	1.9	40	88	0	116	30	15	15	38	1.89
71187--71236	19	2.6	19	87	3	64	40	14	16	30	1.87
73219--73288	35	2.0	35	100	0	140	34	14	8	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73623--73698	39	1.9	39	92	5	127	31	11	14	42	1.82
76615--76676	31	2.0	30	84	9	81	64	4	4	25	1.34
77902--77930	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
80004--80065	28	2.2	28	94	2	106	51	9	3	35	1.51
80840--80914	24	3.2	23	66	17	55	38	0	2	58	1.12
82861--82896	18	1.9	19	88	5	56	52	0	2	44	1.15
82859--82902	18	2.3	18	80	7	52	50	0	2	47	1.13
83151--83193	2	21.5	2	95	0	77	0	51	2	46	1.13
83261--83288	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83821--83862	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
83976--84009	13	2.5	14	90	4	52	64	2	0	32	1.08
85411--85440	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
86166--86198	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
87434--87467	5	6.8	5	86	0	50	17	17	2	61	1.46
87517--87543	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
97206--97932	177	4.1	177	90	3	1146	28	20	18	32	1.96
96927--97893	352	2.9	334	85	8	1352	28	20	18	32	1.96
99442--99477	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
100341--100375	18	1.9	18	100	0	70	42	11	11	34	1.77
101263--101296	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
101485--101523	21	1.9	20	84	5	51	23	17	7	51	1.71
103082--103141	30	2.0	31	83	9	79	36	1	3	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103186--103235	25	2.0	25	84	7	66	44	2	0	54	1.11
103181--103239	30	2.0	30	83	6	75	42	1	0	55	1.09
104156--104229	31	2.5	31	79	14	84	45	0	1	52	1.09
105279--105307	10	3.0	10	95	5	51	27	0	0	72	0.85
108623--108700	23	3.2	24	76	12	70	52	0	1	46	1.08
109097--109136	21	2.0	20	85	5	53	42	0	0	57	0.98
109601--109630	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
109688--109804	55	2.1	54	83	7	139	41	2	0	55	1.19
114253--114306	20	2.7	20	88	2	72	40	14	14	29	1.86
114270--114326	20	2.8	20	81	7	62	38	14	15	31	1.87
114351--114406	20	2.8	20	94	0	94	44	14	10	30	1.79
114414--114469	20	2.8	20	97	0	103	28	17	8	44	1.79
117047--117268	77	2.8	76	76	14	202	32	18	10	38	1.85
118277--118720	92	4.9	90	79	7	461	36	14	5	43	1.67
118277--118720	181	2.5	177	80	9	477	36	14	5	43	1.67
119039--119130	39	2.4	39	80	10	100	43	8	4	43	1.55
119545--120281	131	5.8	128	80	11	802	40	3	2	53	1.30
119542--120297	127	5.9	126	78	13	707	41	3	2	53	1.30
120450--120490	14	2.9	15	85	7	59	56	0	0	43	0.99
120763--120830	30	2.1	34	84	15	92	51	0	0	48	1.00
124186--124227	22	1.9	22	90	9	68	71	0	0	28	0.86
128983--129012	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131154--131185	17	1.9	17	93	6	57	12	12	6	68	1.37
134250--134275	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
136180--136225	6	7.7	6	95	0	56	41	8	34	15	1.78
136182--136225	18	2.4	18	88	0	70	40	9	34	15	1.79
136571--136613	2	21.5	2	90	0	68	48	0	4	46	1.22
137833--137924	46	2.0	46	97	0	175	35	10	13	40	1.79
138591--138721	56	2.4	55	81	2	163	51	6	24	17	1.70
141283--141355	36	2.0	36	100	0	146	42	21	10	24	1.85
141621--141661	21	1.9	22	85	14	59	41	0	9	48	1.36
142202--142253	21	2.6	21	81	6	63	21	15	11	51	1.74
144408--144462	24	2.3	24	79	17	62	38	5	5	50	1.48
146111--146153	4	10.5	4	80	14	52	20	0	2	76	0.89
146111--146149	17	2.3	17	91	8	62	20	0	2	76	0.90
146113--146152	13	3.2	12	86	10	53	17	0	2	80	0.83
151095--151154	30	2.0	30	100	0	120	36	10	16	36	1.82
157701--157749	22	2.2	22	85	0	62	38	4	4	53	1.39
157709--157755	22	2.1	22	96	0	85	38	0	6	55	1.26
160904--160928	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
162496--162527	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
164874--165002	55	2.3	55	86	0	186	49	8	25	16	1.73
168198--168236	21	1.9	20	84	5	51	23	17	7	51	1.71
169859--169898	21	1.9	21	85	10	55	35	0	2	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169806--169870	27	2.4	27	100	0	130	49	0	0	50	1.00
169823--169979	27	5.6	27	70	14	79	39	1	3	54	1.29
169984--170042	17	3.5	17	81	6	66	52	0	0	47	1.00
170016--170069	28	2.0	26	89	7	81	55	0	0	44	0.99
170037--170087	21	2.6	21	84	9	72	60	0	0	39	0.97
170023--170082	28	2.1	28	87	3	84	58	0	0	41	0.98
170410--170469	24	2.6	22	80	12	66	36	3	1	58	1.25
171190--171227	16	2.3	17	81	4	51	60	0	0	39	0.97
171166--171222	26	2.2	26	78	9	64	56	3	0	40	1.17
172260--172333	38	1.9	38	86	0	103	27	29	12	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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