genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713820--2713857	19	2.0	19	85	10	51	50	5	2	42	1.39
2713886--2713930	19	2.5	19	92	7	76	37	0	0	62	0.96
2713886--2713937	19	2.8	18	86	11	70	36	0	0	63	0.95
2715102--2715133	12	2.6	13	90	9	50	53	0	0	46	1.00
2715622--2715647	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2716892--2716938	22	2.2	21	88	11	69	48	6	4	40	1.48
2716892--2716938	21	2.2	22	88	3	69	48	6	4	40	1.48
2717432--2717472	15	2.4	17	76	23	50	46	0	0	53	1.00
2717438--2717474	15	2.3	17	86	13	60	43	0	0	56	0.99
2723664--2723696	17	1.9	17	93	0	57	42	0	9	48	1.35
2723690--2723727	19	2.0	19	85	10	51	50	0	0	50	1.00
2723742--2723783	22	1.9	23	85	9	61	66	0	0	33	0.92
2723760--2723815	19	2.9	18	76	10	58	58	0	0	41	0.98
2723860--2723909	25	2.0	24	85	11	66	66	2	0	32	1.03
2727621--2727648	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2727743--2727785	2	21.5	2	95	0	77	46	0	2	51	1.13
2728474--2728526	18	2.7	20	75	19	58	58	0	0	41	0.98
2730701--2730760	20	3.2	19	77	15	61	36	0	1	61	1.06
2730771--2730817	15	3.2	15	79	8	53	70	2	0	27	0.99
2730931--2730968	17	2.2	18	85	4	51	52	0	0	47	1.00
2734563--2734869	153	2.0	152	96	0	560	28	15	16	39	1.89
2737996--2738042	13	3.6	13	80	5	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738023--2738069	12	3.7	13	80	11	53	55	0	0	44	0.99
2738007--2738069	24	2.5	25	82	10	67	52	0	0	47	1.00
2738025--2738093	24	2.8	25	75	6	77	63	0	0	36	0.94
2738714--2738755	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
2738687--2738743	30	1.9	30	82	7	71	54	0	0	45	0.99
2741180--2741224	2	22.5	2	95	0	81	48	0	51	0	1.00
2741872--2741905	17	2.0	17	88	0	50	44	2	5	47	1.42
2742092--2742122	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
2742501--2742539	11	3.6	11	82	6	53	61	0	0	38	0.96
2742492--2742545	21	2.5	22	82	8	76	55	0	0	44	0.99
2743052--2743098	24	2.0	23	84	12	60	63	2	4	29	1.25
2743187--2743251	32	2.1	31	88	2	94	43	0	0	56	0.99
2744919--2745002	30	2.8	31	79	13	88	50	0	0	50	1.00
2745922--2745946	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2746405--2746444	20	2.0	20	85	4	55	42	5	0	52	1.23
2747709--2747736	12	2.3	12	100	0	56	35	0	10	53	1.36
2748019--2748052	18	2.0	16	88	11	50	55	2	0	41	1.15
2748415--2748456	16	2.6	17	77	11	52	40	0	0	59	0.97
2748400--2748456	23	2.5	24	82	8	73	42	0	0	57	0.98
2749714--2749738	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2752324--2752354	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
2753687--2753732	5	9.2	5	97	0	74	19	76	0	4	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754645--2754686	16	2.8	15	82	10	59	40	0	0	59	0.97
2755004--2755038	8	4.4	8	92	0	52	20	17	0	62	1.32
2755446--2755490	10	4.5	10	83	10	65	51	2	0	46	1.13
2755424--2755487	20	3.2	20	78	6	69	53	1	0	45	1.10
2757586--2757634	17	2.9	17	84	3	55	51	0	0	48	1.00
2758047--2758096	16	3.2	16	73	18	52	42	0	0	58	0.98
2758130--2758183	21	2.5	23	82	8	60	50	1	0	48	1.11
2758137--2758184	23	2.1	23	84	7	62	43	2	0	54	1.12
2758145--2758211	23	2.8	23	84	11	82	40	2	0	56	1.14
2758144--2758221	25	3.3	23	78	8	77	37	3	0	58	1.16
2758284--2758347	26	2.5	26	75	10	67	65	0	3	31	1.08
2759951--2759986	18	1.9	19	94	5	65	63	0	0	36	0.94
2762605--2762662	13	4.5	13	73	18	50	55	0	0	44	0.99
2762834--2762869	16	2.3	15	85	4	54	38	0	0	61	0.96
2765756--2765783	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
2765817--2765863	15	3.0	16	80	20	55	48	0	0	51	1.00
2765816--2765869	23	2.4	22	76	11	56	51	1	0	46	1.11
2767931--2768014	30	2.8	31	79	13	81	57	1	1	40	1.14
2779544--2779572	14	2.1	14	100	0	58	48	6	6	37	1.57
2780007--2780036	6	5.0	6	100	0	60	0	50	16	33	1.46
2780000--2780036	18	2.1	18	89	0	56	2	51	16	29	1.58
2782128--2782185	16	3.6	17	81	9	68	58	0	1	39	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782132--2782233	32	3.2	32	75	13	93	56	0	1	40	1.17
2782643--2782702	19	3.0	20	80	7	59	60	0	0	40	0.97
2782771--2782802	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2783519--2783657	36	3.9	36	74	10	124	52	1	2	43	1.25
2786236--2786269	9	3.6	9	85	14	50	61	0	0	38	0.96
2786236--2786286	20	2.5	20	87	9	68	60	1	1	35	1.19
2787518--2787672	49	3.1	50	85	3	215	32	18	19	29	1.95
2787518--2787676	50	3.2	50	86	1	221	33	18	18	29	1.95
2792046--2792203	50	3.2	50	86	1	201	36	18	17	28	1.93
2797167--2797231	29	2.2	31	86	5	89	55	0	0	44	0.99
2797148--2797232	29	2.9	29	70	19	70	52	0	0	47	1.00
2798309--2798352	19	2.2	20	84	11	56	40	2	0	56	1.11
2801234--2801298	16	3.8	17	70	18	55	60	0	0	40	0.97
2801578--2801640	16	3.8	16	80	4	63	57	0	3	39	1.15
2802346--2802384	18	2.3	16	86	8	51	51	0	0	48	1.00
2803116--2803173	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
2804588--2804684	34	2.8	33	82	11	108	50	1	2	46	1.20
2806146--2806187	22	1.9	22	85	0	57	59	0	0	40	0.97
2814650--2814711	18	3.4	17	80	10	61	67	0	4	27	1.10
2814669--2814737	27	2.6	27	84	6	79	63	0	0	36	0.94
2814671--2814789	18	6.5	19	70	16	81	58	2	0	38	1.11
2814824--2814884	11	5.9	11	71	21	51	52	3	0	44	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816580--2816631	23	2.2	25	82	6	63	46	1	1	50	1.23
2816603--2816636	17	2.1	16	88	5	50	50	2	0	47	1.16
2818008--2818036	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2818877--2818921	12	3.5	14	77	17	53	48	0	0	51	1.00
2818866--2818925	13	4.8	12	78	15	59	53	0	0	46	1.00
2818865--2818927	24	2.5	26	82	7	85	55	0	0	44	0.99
2818865--2818937	24	2.9	25	73	6	67	58	0	0	41	0.98
2825102--2825470	184	2.0	185	94	1	652	34	19	17	28	1.95
2833401--2833427	13	2.1	13	100	0	54	29	25	22	22	1.99
2833771--2833817	21	2.2	21	84	0	58	46	4	2	46	1.34
2834181--2834226	19	2.4	19	82	10	58	52	0	0	47	1.00
2834184--2834228	20	2.3	20	80	3	56	55	0	0	44	0.99
2835043--2835091	2	24.5	2	95	0	89	46	0	0	53	1.00
2836305--2836357	20	2.6	21	77	17	67	41	1	1	54	1.22
2838576--2838612	18	2.1	18	90	10	58	48	0	0	51	1.00
2838569--2838622	19	2.7	21	75	16	60	48	0	1	50	1.11
2838734--2838766	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2839307--2839343	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
2842001--2842046	21	2.3	21	85	7	60	39	2	4	54	1.32
2842266--2842321	27	2.1	27	96	0	103	44	0	1	53	1.11
2842266--2842309	15	3.1	15	70	29	51	43	0	2	54	1.12
2843170--2843215	18	2.5	19	82	6	60	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843228--2843285	21	2.7	22	75	17	59	60	3	0	36	1.14
2843590--2843639	11	4.6	11	78	11	50	34	2	0	64	1.05
2843907--2843946	15	2.3	18	84	16	50	55	2	0	42	1.13
2844486--2844530	20	2.3	19	85	11	56	55	0	0	44	0.99
2844734--2844809	30	2.6	29	73	8	82	63	0	1	35	1.03
2844769--2844806	20	1.9	20	84	10	51	71	0	2	26	1.00
2844805--2844857	21	2.5	22	79	14	58	49	1	5	43	1.37
2844806--2844857	20	2.5	21	75	18	54	48	1	5	44	1.38
2845134--2845215	5	17.2	5	73	13	57	47	0	0	52	1.00
2845138--2845215	15	5.8	14	72	15	67	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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