genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035253--2035487	50	4.7	50	79	3	240	32	16	15	35	1.91
2035984--2036094	50	2.2	50	85	6	145	33	18	14	34	1.91
2035377--2036543	585	2.0	586	94	1	2054	33	15	18	32	1.93
2042449--2042480	9	3.8	9	84	16	50	12	6	0	81	0.87
2042449--2042480	16	2.0	16	100	0	64	12	6	0	81	0.87
2042503--2042548	16	2.8	17	84	12	53	15	8	0	76	1.02
2042502--2042548	24	2.0	24	91	0	76	17	8	0	74	1.05
2043083--2043136	26	2.2	26	90	6	85	40	0	1	57	1.09
2043081--2043139	24	2.5	23	82	15	75	40	0	1	57	1.09
2043123--2043166	12	3.5	12	82	17	54	50	2	0	47	1.13
2043095--2043171	8	8.8	9	72	19	56	46	1	1	50	1.17
2046352--2046380	15	1.9	15	100	0	58	82	0	0	17	0.66
2051727--2051753	14	1.9	14	100	0	54	37	7	11	44	1.68
2051900--2051963	19	3.5	19	71	21	57	35	0	0	64	0.94
2054382--2054411	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2056677--2056722	24	1.9	24	86	8	67	54	2	19	23	1.55
2057176--2057217	21	2.0	21	90	0	66	26	21	9	42	1.83
2062033--2062104	13	5.8	13	75	17	55	69	1	1	27	1.05
2062043--2062088	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
2063103--2063167	16	4.0	15	73	15	58	46	1	0	52	1.10
2063103--2063182	33	2.4	32	81	6	88	50	1	0	48	1.08
2063202--2063245	22	2.0	23	86	4	63	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063148--2063297	70	2.1	71	90	1	230	49	2	3	44	1.33
2064724--2065090	185	2.0	185	96	0	671	33	10	11	43	1.77
2065990--2066036	18	2.5	19	86	3	69	53	0	0	46	1.00
2066673--2066715	13	3.1	14	80	10	52	60	2	0	37	1.10
2066866--2066961	12	7.5	13	75	18	71	52	0	0	47	1.00
2067429--2067486	2	28.5	2	84	3	71	51	0	5	43	1.24
2068089--2068120	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
2068513--2068558	23	2.0	22	87	4	65	50	0	0	50	1.00
2069641--2069687	14	3.5	13	78	16	51	44	0	2	53	1.12
2069665--2069751	19	4.3	20	70	23	58	37	3	1	57	1.23
2069624--2069698	29	2.7	27	78	11	89	41	2	2	53	1.29
2069640--2069768	29	4.3	30	76	16	92	38	3	1	55	1.27
2070240--2070303	21	3.2	20	80	8	67	37	1	7	53	1.40
2071438--2071478	21	1.9	22	90	5	66	58	0	0	41	0.98
2072722--2072813	32	2.8	31	72	21	73	25	3	1	70	1.09
2072747--2072814	16	4.0	17	78	3	59	29	1	1	67	1.08
2073035--2073104	23	3.1	23	77	8	81	35	1	0	62	1.04
2073036--2073086	21	2.6	19	85	11	68	39	0	0	60	0.97
2076471--2076547	36	2.1	36	81	9	86	41	3	1	53	1.27
2079712--2079742	15	2.0	16	93	6	55	45	3	0	51	1.17
2082061--2082153	47	2.0	47	91	2	152	45	10	9	34	1.72
2083391--2083451	26	2.3	26	100	0	122	29	21	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084304--2084337	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2087148--2087188	20	2.0	20	95	0	73	41	2	0	56	1.13
2087208--2087304	37	2.4	43	76	19	102	44	0	2	53	1.12
2088266--2088301	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2088454--2088501	22	2.0	24	84	11	64	47	2	0	50	1.12
2088454--2088504	25	2.0	25	84	3	66	49	1	0	49	1.12
2088860--2088939	20	4.1	20	74	16	69	40	0	1	58	1.06
2089683--2089723	17	2.4	17	88	8	57	36	2	0	60	1.10
2093974--2094029	29	1.9	29	88	0	85	39	0	1	58	1.08
2093982--2094031	14	3.5	14	79	15	57	32	0	2	66	1.03
2093985--2094032	15	3.3	15	72	16	55	29	0	2	68	1.01
2095291--2095322	4	8.0	4	92	0	55	25	0	3	71	1.00
2095291--2095327	12	3.1	12	92	0	56	27	0	5	67	1.12
2096266--2096304	20	2.0	20	90	10	62	25	0	0	74	0.82
2096538--2096587	19	2.6	19	83	3	55	64	0	0	36	0.94
2096737--2096770	18	1.9	17	88	5	50	26	0	2	70	1.01
2097904--2097943	17	2.4	17	86	0	62	55	10	10	25	1.64
2100139--2100177	19	2.1	19	90	0	60	43	0	5	51	1.24
2100905--2100943	19	2.0	19	90	5	60	64	0	0	35	0.94
2105290--2105323	17	2.0	17	100	0	68	41	0	17	41	1.50
2107939--2107971	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
2110686--2110725	18	2.3	18	86	4	55	57	0	12	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111443--2111468	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2115589--2116174	197	3.0	195	82	4	691	50	10	8	31	1.66
2115589--2116179	101	6.0	98	68	14	312	50	10	8	30	1.66
2116580--2116618	16	2.6	15	88	8	53	38	0	0	61	0.96
2117738--2117769	1	32.0	1	93	0	55	0	0	3	96	0.20
2121731--2121896	84	2.0	84	91	0	269	43	19	13	22	1.87
2128538--2128618	41	2.0	41	82	4	101	44	8	23	23	1.81
2129857--2129885	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2132081--2132152	32	2.3	32	79	11	78	34	1	1	62	1.13
2132386--2132411	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
2133535--2133591	24	2.4	25	77	14	66	50	3	0	45	1.18
2134071--2134118	23	2.1	22	85	11	62	58	0	0	41	0.98
2134060--2134120	22	2.7	22	78	19	63	57	0	0	42	0.98
2134095--2134150	29	1.9	29	82	13	71	53	0	0	46	1.00
2135420--2135462	21	2.1	20	83	12	52	44	2	4	48	1.36
2136008--2136041	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2136116--2136162	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2137627--2137665	21	2.0	21	90	10	64	35	0	0	64	0.94
2140189--2140241	23	2.1	24	83	13	63	50	0	0	49	1.00
2140875--2140921	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
2141619--2141664	11	4.1	11	78	21	51	41	0	0	58	0.98
2141612--2141659	19	2.3	21	79	10	55	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142522--2142556	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2145413--2145454	16	2.5	17	80	7	50	45	2	0	52	1.13
2148661--2148702	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2149751--2149798	23	2.1	23	84	0	60	47	2	6	43	1.40
2150275--2150301	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2150533--2150589	15	3.9	15	75	13	55	63	0	0	36	0.95
2153100--2153134	9	3.9	9	92	0	61	60	0	5	34	1.21
2153100--2153134	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
2154540--2154600	19	3.0	20	76	13	63	44	1	0	54	1.10
2157892--2157950	20	2.7	23	82	17	65	59	0	0	40	0.97
2159459--2159488	13	2.3	13	94	0	51	20	0	0	80	0.72
2160730--2160777	21	2.4	19	83	10	60	56	2	8	33	1.41
2161689--2161751	28	2.3	27	76	10	65	36	1	1	60	1.16
2165591--2165649	4	14.8	4	81	0	55	44	0	6	49	1.29
2165591--2165649	10	5.9	10	77	0	55	44	0	6	49	1.29
2169816--2170234	206	2.0	205	93	1	723	31	20	17	29	1.96
2172198--2172228	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
2172198--2172248	17	3.1	17	75	13	52	58	1	0	39	1.09
2172347--2172381	16	2.2	16	90	10	54	42	5	0	51	1.25
2172372--2172423	16	3.0	18	72	11	54	32	3	0	63	1.12
2172361--2172451	34	2.6	34	84	8	121	39	2	1	57	1.18
2173631--2173675	16	2.7	17	79	6	56	57	6	0	35	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173820--2173866	25	1.9	25	87	12	71	34	4	6	55	1.45
2173820--2173866	24	1.9	24	87	12	69	34	4	6	55	1.45
2174043--2174086	23	2.0	22	83	12	56	54	0	0	45	0.99
2174148--2174199	26	2.0	27	85	11	72	53	1	0	44	1.11
2174049--2174195	58	2.6	55	76	18	140	55	2	0	42	1.14
2174316--2174393	26	3.0	25	85	7	102	52	1	0	46	1.08
2174828--2174915	29	3.0	29	75	9	72	45	2	2	50	1.27
2175342--2175384	10	4.4	10	82	5	61	69	0	0	30	0.88
2175335--2175376	19	2.2	19	91	4	66	71	0	0	28	0.86
2175587--2175631	21	2.0	21	87	8	63	68	0	0	31	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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