genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

This is table  5  of  28  ( 3342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767175--767504	61	5.4	61	89	6	485	26	28	19	26	1.99
767181--767503	121	2.7	120	90	5	515	26	27	19	26	1.99
767419--767602	99	1.9	98	94	4	325	26	29	17	25	1.98
767518--768559	60	17.6	60	79	11	987	26	28	19	26	1.99
767518--768547	296	3.5	293	85	8	1274	26	28	19	25	1.99
767669--768552	350	2.5	351	92	3	1436	26	27	19	25	1.99
768464--768739	103	2.8	98	86	8	364	23	28	18	29	1.98
768671--768861	57	3.3	59	81	10	234	25	27	20	26	1.99
768844--768976	42	3.2	41	78	14	148	20	28	12	38	1.89
769619--769879	27	9.1	27	82	13	319	46	6	30	16	1.73
769672--769792	62	2.0	62	96	0	224	46	6	30	16	1.73
769646--769879	89	2.7	89	97	1	445	46	6	30	16	1.73
769761--769879	62	1.9	61	94	1	211	45	6	31	16	1.74
771117--771238	53	2.3	52	83	10	144	28	26	13	31	1.94
771167--771474	79	3.9	79	93	0	483	27	25	14	32	1.95
773060--773091	15	2.1	15	100	0	64	53	0	18	28	1.45
774762--774800	21	1.9	20	89	5	60	5	10	0	84	0.76
779261--779313	7	7.7	7	77	12	56	77	0	0	22	0.77
779263--779313	21	2.5	20	84	6	66	78	0	0	21	0.75
779382--779575	62	3.1	62	90	0	298	21	20	18	39	1.92
791465--791501	17	2.1	19	90	10	60	32	2	27	37	1.71
791538--791567	13	2.3	13	94	0	51	80	0	16	3	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792237--792270	15	2.3	15	89	0	50	17	8	20	52	1.71
793410--793483	20	3.7	20	80	3	78	35	12	12	40	1.80
793470--793546	31	2.5	31	100	0	154	24	23	12	38	1.90
795898--795961	19	3.7	18	74	23	66	37	10	15	35	1.83
795915--795939	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
795898--795958	32	1.9	32	93	0	104	36	11	16	36	1.85
803045--803108	27	2.4	26	77	12	67	37	7	10	43	1.69
804241--804322	11	8.1	11	64	17	52	60	1	3	34	1.22
804241--804309	30	2.3	29	85	2	93	62	1	2	33	1.19
804889--804932	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
810563--810661	50	2.0	50	90	2	155	38	5	17	39	1.71
811527--811561	18	1.9	18	94	0	61	37	14	11	37	1.82
813839--813865	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
817589--817618	3	10.0	3	92	0	51	70	0	0	30	0.88
817583--817618	12	3.0	12	91	0	54	75	0	0	25	0.81
817767--817878	16	6.9	16	72	9	75	37	6	3	52	1.44
822006--822046	15	2.7	16	85	11	59	19	2	0	78	0.87
830058--830092	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
831146--831206	18	3.0	20	79	15	56	55	6	0	37	1.26
831235--831279	18	2.4	19	85	3	56	28	17	26	26	1.98
832054--832090	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
832092--832204	12	9.5	12	71	23	80	41	0	1	55	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832094--832176	24	3.5	24	84	12	109	43	0	2	54	1.13
832550--832626	13	5.8	13	68	20	52	46	0	0	53	1.00
832470--832586	13	8.3	15	69	16	63	50	4	1	43	1.31
832544--832635	38	2.4	37	80	10	105	46	0	2	51	1.13
832481--832587	28	3.9	28	69	7	85	47	4	1	45	1.34
832470--832624	14	11.4	14	64	18	60	48	3	1	47	1.26
835014--835062	24	2.0	26	88	8	75	61	0	2	36	1.08
835546--835603	29	2.1	28	81	18	68	39	0	0	60	0.97
835665--835710	23	2.0	23	83	8	58	50	0	0	50	1.00
837131--837265	67	2.0	70	88	7	206	40	0	1	58	1.07
837131--837265	35	3.9	35	88	8	206	40	0	1	58	1.07
837207--837265	21	3.1	21	64	31	60	40	0	1	57	1.09
837132--837301	70	2.5	67	83	9	184	38	1	1	57	1.19
837066--837265	35	5.8	35	78	15	195	39	1	2	58	1.16
837656--837730	20	3.5	20	82	12	78	53	1	1	44	1.17
837656--837716	20	3.0	20	90	4	86	52	0	1	45	1.10
837681--837823	28	4.8	31	77	16	133	51	0	2	45	1.18
837700--837795	31	3.0	33	78	13	103	52	1	2	44	1.19
838292--838329	17	2.2	17	95	0	67	26	21	18	34	1.96
840943--841016	16	4.6	16	83	6	87	44	5	8	41	1.57
840934--841016	32	2.6	32	82	3	105	45	4	7	42	1.53
840934--841019	16	5.4	16	76	5	57	46	4	6	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841475--841510	17	2.1	17	89	0	54	30	0	2	66	1.06
841931--841997	32	2.1	32	83	5	82	41	23	17	16	1.89
841939--842007	16	4.3	16	81	0	75	43	23	15	17	1.87
843870--843926	22	2.5	22	78	16	55	22	1	5	70	1.17
843867--843927	23	2.7	22	75	7	59	22	3	4	68	1.23
844123--844158	17	2.1	17	89	5	54	69	0	0	30	0.89
844282--844320	8	4.9	8	80	0	51	82	0	17	0	0.68
845400--845426	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
845796--845878	39	2.1	39	93	0	139	36	6	7	50	1.55
845862--845925	5	13.2	5	73	12	53	40	1	1	56	1.18
845862--845927	19	3.4	19	81	8	80	42	1	1	54	1.18
846288--846350	20	3.2	20	68	21	51	53	0	4	41	1.22
846600--846629	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
846591--846632	16	2.6	17	85	11	61	54	0	0	45	0.99
847054--847113	25	2.3	26	78	16	63	66	6	1	25	1.25
847511--847545	19	1.9	19	88	11	56	71	5	2	20	1.19
847919--847968	4	12.5	4	80	16	59	2	24	0	74	0.93
848040--848107	35	1.9	36	82	11	88	66	1	1	30	1.10
848056--848147	15	5.9	15	71	21	64	65	2	3	29	1.20
848056--848107	20	2.6	21	77	22	67	69	0	0	30	0.89
848313--848360	23	2.2	22	89	10	73	62	2	0	35	1.07
848943--848976	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851492--851517	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
854291--854340	24	2.1	24	88	0	73	32	14	8	46	1.73
857865--857895	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
858631--858660	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
858688--858717	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
859133--859172	19	2.2	18	86	8	55	50	0	0	50	1.00
860790--860832	22	2.0	22	85	0	59	48	4	6	39	1.51
860801--860858	16	3.6	16	76	4	64	46	3	8	41	1.51
864028--864078	12	3.9	12	78	16	57	39	11	5	43	1.66
868775--868825	12	3.9	12	78	16	57	39	11	5	43	1.66
868828--868853	12	2.2	12	100	0	52	23	26	34	15	1.94
869942--869985	21	2.1	21	87	8	63	27	25	0	47	1.52
870010--870063	21	2.5	21	77	11	56	25	1	1	70	1.07
870169--870228	14	4.0	14	71	23	50	31	0	18	50	1.47
875211--875270	27	2.2	27	90	0	93	26	45	1	26	1.63
878665--878710	22	2.1	22	91	0	74	63	10	13	13	1.53
879244--879270	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
879410--879435	10	2.6	10	100	0	52	30	50	11	7	1.67
882092--882136	9	4.9	9	87	12	65	64	0	0	35	0.94
882102--882136	11	3.4	11	84	15	56	62	0	0	37	0.95
882096--882136	20	2.0	20	100	0	82	63	0	0	36	0.95
890119--890154	12	3.0	12	88	12	56	2	13	0	83	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891121--891154	16	2.1	16	88	0	50	70	5	0	23	1.09
891486--891517	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
891516--891656	3	47.0	3	92	2	122	68	7	2	21	1.26
896281--896321	19	2.0	21	86	9	59	21	14	7	56	1.63
896442--896502	19	3.2	19	69	17	63	36	1	11	50	1.48
896420--896502	38	2.2	38	97	0	157	32	2	13	51	1.53
897892--897929	18	2.1	19	85	5	51	47	2	5	44	1.39
900136--900192	28	2.0	28	93	0	96	38	19	7	35	1.79
901744--901806	20	3.2	19	81	6	72	33	17	11	38	1.85
901754--901819	21	3.2	20	82	8	80	36	18	7	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28