genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172596--172657	18	3.3	19	77	11	56	35	0	1	62	1.05
177741--177766	9	2.9	9	100	0	52	46	19	0	34	1.50
183685--183923	120	2.0	120	82	5	293	38	6	28	26	1.82
186256--186291	16	2.2	16	95	0	63	55	11	19	13	1.68
187915--187959	23	2.0	23	86	8	65	31	6	20	42	1.77
193735--193800	30	2.2	31	81	13	75	28	18	1	51	1.55
201651--201727	20	3.8	20	85	0	118	41	12	12	32	1.82
202768--202868	31	3.2	32	78	14	111	21	12	31	33	1.91
202768--202888	32	3.8	31	78	13	104	20	14	31	33	1.92
202768--202888	63	1.9	63	83	3	154	20	14	31	33	1.92
202792--203608	28	28.5	28	79	6	692	25	16	28	29	1.97
202792--203608	56	14.2	56	80	7	822	25	16	28	29	1.97
204918--204951	11	3.1	11	91	0	50	0	2	8	88	0.62
210149--210192	19	2.3	19	92	0	70	27	11	20	40	1.86
212630--212765	52	2.6	52	81	5	168	30	26	10	32	1.90
212749--212820	27	2.6	27	86	2	90	23	30	20	25	1.99
212697--212899	106	1.9	107	81	2	246	27	27	15	30	1.96
212773--213138	79	4.6	79	89	2	529	25	27	15	31	1.96
212773--213137	159	2.3	158	87	2	527	25	27	15	31	1.96
223102--223216	51	2.3	50	89	1	167	45	7	14	32	1.74
224982--225258	138	2.0	137	92	2	466	25	12	12	49	1.76
227536--227591	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227661--227686	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
227643--227708	32	2.0	32	88	8	96	45	15	12	27	1.81
227968--228026	32	1.9	30	86	13	84	18	10	10	61	1.56
229909--229958	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
231756--231786	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
233868--233905	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
236315--236370	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
236440--236465	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
236422--236487	32	2.0	32	88	8	96	45	15	12	27	1.81
240323--240468	58	2.5	59	82	4	163	28	17	13	40	1.87
240428--240597	58	2.9	58	79	7	179	25	12	14	46	1.81
240552--240654	39	2.7	39	86	4	129	28	11	14	45	1.80
240581--240674	39	2.4	39	82	10	113	24	10	14	50	1.75
249678--249743	21	3.3	21	68	23	70	54	9	3	33	1.47
249666--249743	38	2.1	38	97	0	147	51	10	3	34	1.54
250591--250642	22	2.4	22	72	18	54	46	13	5	34	1.67
258676--259030	79	4.5	79	87	3	502	31	15	26	27	1.96
258664--259036	157	2.4	157	86	1	525	32	15	25	26	1.95
259047--259228	51	3.6	51	82	3	249	35	9	23	31	1.88
269754--269828	28	2.7	28	93	0	123	22	21	34	21	1.97
269782--270064	79	3.6	79	90	0	449	30	16	27	25	1.97
270019--270117	28	3.6	26	85	11	128	24	17	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270106--270287	51	3.6	51	89	0	274	34	10	23	31	1.89
273324--273367	23	1.9	23	86	9	63	38	0	4	56	1.20
273975--274004	14	2.2	14	94	5	53	60	0	0	40	0.97
274004--274532	268	2.0	268	98	0	1031	40	12	12	33	1.81
275221--275345	5	23.4	5	70	20	53	3	22	1	72	1.07
275258--275333	10	6.4	12	71	23	63	2	23	0	73	0.95
275221--275337	48	2.4	48	82	13	134	3	22	0	73	1.03
275222--275355	49	2.9	44	77	18	130	2	21	1	73	1.04
278000--278427	116	3.7	116	78	5	427	30	10	11	46	1.74
278069--278427	174	2.1	174	84	4	465	30	10	11	47	1.74
278038--278427	58	6.7	56	78	10	338	30	10	11	47	1.74
278505--278710	79	2.6	78	80	3	216	31	17	16	34	1.93
278731--278895	78	2.1	78	81	0	186	26	13	21	38	1.90
281691--281740	21	2.4	22	83	10	68	34	30	0	36	1.58
283609--283675	36	1.9	35	85	11	93	31	25	11	31	1.92
284154--284179	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
284227--284257	14	2.2	14	94	0	53	38	6	25	29	1.81
284193--284288	48	2.1	45	88	5	138	38	8	23	29	1.84
284256--284311	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
284299--284329	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
284354--284490	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
284460--284530	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284570--284610	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
289656--289696	21	2.0	21	90	0	64	24	29	7	39	1.82
291351--291375	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
292774--292811	20	1.9	20	84	10	51	52	2	0	44	1.14
294699--294751	20	2.6	20	74	14	54	41	5	3	49	1.44
301619--301694	16	4.7	16	73	14	66	51	13	2	32	1.54
301752--301799	17	3.0	16	88	8	71	56	0	0	43	0.99
302318--302383	27	2.4	27	75	9	71	43	3	1	51	1.26
305441--305570	53	2.4	54	83	6	167	35	17	4	42	1.70
307387--307438	20	2.6	20	100	0	104	26	15	13	44	1.84
309859--310196	79	4.3	79	87	5	438	27	25	13	33	1.93
312158--312188	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
321439--321495	21	2.7	21	97	0	105	43	17	15	22	1.87
322334--322482	52	2.9	52	87	7	214	32	16	16	33	1.92
322471--322495	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
322536--322602	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
322558--322582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
324953--325382	79	5.4	79	80	7	455	29	24	12	33	1.92
324953--325390	158	2.8	155	85	5	556	29	25	12	33	1.92
327365--327415	18	2.8	18	85	5	59	29	25	0	45	1.54
332833--332884	21	2.5	21	83	0	68	44	5	15	34	1.70
337590--337663	21	3.5	21	81	5	78	36	5	24	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337709--337749	15	2.6	16	96	3	75	34	0	7	58	1.26
339209--339288	34	2.4	32	85	6	106	53	7	1	37	1.37
340844--340894	22	2.3	22	89	0	75	35	0	5	58	1.22
340854--340899	22	2.1	22	87	0	65	36	0	8	54	1.32
342199--342300	50	2.0	51	88	5	154	31	20	5	42	1.76
342478--342514	17	2.3	17	86	9	51	37	0	0	62	0.96
342405--342695	154	1.9	153	80	7	338	33	2	4	59	1.29
342837--342887	25	2.0	26	88	3	77	47	1	0	50	1.12
345355--345393	20	2.1	17	86	13	51	58	7	0	33	1.26
353388--353428	19	2.0	21	86	9	59	48	0	2	48	1.14
354325--354441	20	5.8	20	79	7	139	33	17	11	37	1.86
354325--354438	40	2.8	40	97	0	210	34	16	12	36	1.86
359069--359118	21	2.5	20	75	21	50	50	0	0	50	1.00
359663--359723	29	2.2	30	85	11	85	59	0	1	39	1.08
360043--360097	16	3.4	17	76	16	62	61	0	0	38	0.96
360568--360605	20	1.9	20	88	0	58	31	0	0	68	0.90
360599--360648	18	2.9	17	82	11	66	48	0	0	52	1.00
361193--361237	17	2.8	16	83	6	56	46	0	0	53	1.00
363037--363099	25	2.4	27	79	10	78	42	0	4	52	1.22
366148--366174	11	2.5	11	100	0	54	77	0	7	14	0.97
368510--368581	27	2.7	27	89	4	101	30	8	12	48	1.70
371131--371172	21	2.0	21	85	0	57	35	21	23	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
373049--373127	27	2.9	28	78	17	87	26	8	22	41	1.83
373572--373615	23	2.0	21	82	8	52	54	4	11	29	1.56
373911--373943	15	2.2	15	94	0	57	27	0	6	66	1.15
386008--386052	22	2.2	20	84	8	54	44	2	8	44	1.47
386106--386134	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
386256--386332	39	2.0	37	85	5	100	45	7	5	41	1.55
387264--387308	22	2.0	22	100	0	90	20	26	17	35	1.95
390258--390316	21	2.8	21	82	7	75	47	6	13	32	1.69
394369--394393	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
396142--396174	15	2.3	15	89	5	50	54	6	0	39	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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