genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458812--2458846	15	2.2	16	90	5	54	57	0	0	42	0.99
2461835--2461911	35	2.2	35	83	4	93	33	19	14	32	1.92
2462044--2462119	35	2.2	35	85	0	107	39	15	15	28	1.89
2463803--2463830	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2470176--2470231	22	2.5	23	72	21	64	50	3	1	44	1.29
2470122--2470239	48	2.4	50	73	12	111	45	2	2	49	1.29
2470256--2470289	8	4.4	8	85	7	52	29	0	0	70	0.87
2470258--2470289	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
2470263--2470295	15	2.3	15	89	5	50	39	0	0	60	0.97
2474446--2474491	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2476394--2476448	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
2476430--2476498	24	2.8	24	77	4	66	23	5	26	44	1.75
2479435--2479472	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2479752--2479785	12	2.8	12	83	16	52	44	0	0	55	0.99
2480346--2480385	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2480695--2480789	42	2.3	42	82	12	124	37	0	1	61	1.03
2481270--2481308	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2483433--2483475	11	3.7	11	79	11	50	67	0	0	32	0.91
2485990--2486020	13	2.5	13	94	5	55	45	12	0	41	1.42
2488085--2488129	18	2.6	17	83	10	56	60	0	2	37	1.09
2488124--2488174	23	2.1	25	85	7	70	58	5	3	31	1.40
2490312--2490345	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490374--2490405	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2491320--2491362	22	2.0	20	82	8	50	60	2	0	37	1.10
2492333--2492375	16	2.7	16	78	10	52	51	0	0	48	1.00
2492314--2492417	18	5.4	18	71	21	70	44	0	0	54	1.06
2492403--2492454	18	2.9	18	78	16	63	34	0	0	65	0.93
2492387--2492474	30	3.0	28	76	15	90	37	2	0	60	1.10
2494005--2494038	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2495151--2495192	12	3.7	12	78	9	52	64	0	0	35	0.94
2495203--2495288	32	2.6	32	80	12	93	52	1	0	46	1.08
2495232--2495320	27	3.4	27	79	10	80	55	0	1	43	1.07
2495266--2495321	19	2.8	20	71	23	55	55	0	1	42	1.10
2495232--2495320	26	3.5	24	76	21	65	55	0	1	43	1.07
2495266--2495323	20	2.9	19	72	18	55	55	0	1	43	1.10
2495810--2495884	29	2.5	30	82	10	82	62	1	0	36	1.04
2496821--2496882	33	1.9	32	87	6	90	43	1	0	54	1.09
2496911--2496952	22	2.0	21	95	4	75	50	0	2	47	1.14
2497041--2497103	21	3.1	20	82	13	67	41	6	0	52	1.27
2497106--2497140	15	2.3	15	95	0	61	40	2	5	51	1.40
2497367--2497420	20	2.5	22	77	14	60	53	0	1	44	1.11
2502496--2502534	16	2.5	16	88	12	55	30	0	2	66	1.05
2504450--2504516	32	2.1	31	83	8	82	35	0	4	59	1.18
2504799--2504914	22	5.2	22	70	22	91	21	0	39	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504792--2504892	34	3.0	34	95	0	175	21	0	37	40	1.54
2504832--2504943	56	2.0	56	96	0	206	21	0	39	39	1.54
2509619--2509749	34	3.9	34	97	0	253	19	0	38	41	1.52
2509642--2509744	25	4.4	23	68	26	74	19	0	39	40	1.52
2511233--2511260	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2513608--2513649	2	21.5	2	85	4	50	42	0	7	50	1.30
2513802--2513827	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2525072--2525114	17	2.4	17	84	7	59	67	0	0	32	0.91
2526212--2526250	20	2.0	20	84	0	51	41	10	0	48	1.37
2528092--2528126	17	2.1	17	89	5	54	17	20	8	54	1.68
2535427--2535464	15	2.4	17	86	8	53	42	2	0	55	1.14
2535416--2535454	19	1.9	19	85	10	51	43	2	0	53	1.14
2535900--2535946	5	9.4	5	90	0	76	2	21	0	76	0.89
2536287--2536336	21	2.3	22	83	10	59	48	0	2	50	1.12
2536310--2536367	19	3.2	17	74	13	53	37	0	0	62	0.96
2536300--2536380	20	4.0	21	75	16	64	40	0	0	59	0.98
2536310--2536427	39	3.2	36	73	17	102	44	0	0	55	1.05
2537156--2537189	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2537610--2537671	27	2.2	28	83	11	74	45	0	0	54	0.99
2537617--2537682	28	2.5	27	81	18	77	48	0	0	51	1.00
2539755--2539817	29	2.2	27	78	18	65	60	1	0	38	1.07
2542134--2542179	24	2.0	23	91	4	74	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543587--2543685	46	2.1	47	98	1	191	34	4	17	44	1.67
2545563--2545606	16	2.8	16	82	0	52	36	0	2	61	1.09
2546805--2546834	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2547156--2547220	33	2.0	33	93	0	112	35	16	20	27	1.94
2551800--2551843	22	2.0	22	100	0	88	31	22	0	45	1.53
2562074--2562143	22	3.4	22	70	25	71	50	0	0	50	1.00
2562095--2562146	7	6.4	9	78	17	53	46	0	0	53	1.00
2562076--2562120	16	2.8	17	83	16	60	53	0	0	46	1.00
2562112--2562151	16	2.4	17	91	8	73	47	0	0	52	1.00
2562035--2562151	39	3.0	40	85	6	134	50	1	0	47	1.17
2562674--2562714	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2564210--2564394	92	2.0	92	98	0	361	34	12	20	31	1.91
2566254--2566286	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2567135--2567167	12	2.8	12	90	9	50	66	0	0	33	0.92
2567135--2567178	23	1.9	23	81	9	54	65	0	0	34	0.93
2568659--2568694	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2569109--2569160	13	4.2	12	79	16	61	53	1	0	44	1.11
2569110--2569195	14	6.5	14	73	15	67	46	2	0	51	1.13
2569151--2569190	19	2.1	19	85	0	53	35	5	0	60	1.19
2569384--2569409	12	2.2	12	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2569535--2569564	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2569952--2569983	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572293--2572331	2	19.5	2	89	0	60	46	2	2	48	1.29
2572437--2572490	2	27.0	2	84	0	72	42	0	7	50	1.30
2573806--2573832	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2576614--2576653	21	1.9	21	84	0	53	12	22	20	45	1.84
2580741--2580797	30	1.9	30	92	0	96	40	1	12	45	1.52
2581980--2582043	30	2.1	31	85	2	85	42	1	0	56	1.09
2582043--2582084	11	3.8	11	81	12	50	30	7	0	61	1.22
2584057--2584093	18	2.1	18	100	0	74	56	10	16	16	1.66
2586425--2586468	24	1.9	22	86	9	61	43	4	0	52	1.22
2588783--2588827	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2589402--2589442	2	21.0	2	95	5	75	48	0	51	0	1.00
2589616--2589718	54	1.9	54	88	4	154	10	23	15	50	1.75
2592389--2592415	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2592580--2592641	23	2.8	21	75	20	63	43	1	1	53	1.20
2592984--2593038	20	2.8	20	91	5	85	43	0	0	56	0.99
2592987--2593047	30	2.0	30	84	12	81	40	0	0	59	0.98
2592983--2593060	10	8.1	10	70	18	51	46	0	0	53	1.00
2593041--2593070	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2593275--2593478	22	10.4	20	66	17	74	37	1	0	60	1.06
2593270--2593434	69	2.4	70	76	10	164	39	1	0	58	1.09
2593378--2593465	22	4.1	22	76	13	94	34	0	0	65	0.93
2593417--2593496	37	2.1	38	84	9	110	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593384--2593515	49	2.8	48	81	11	141	35	0	0	64	0.94
2593554--2593629	21	3.3	21	68	25	64	47	6	0	46	1.28
2593547--2593645	48	2.1	48	100	0	198	50	6	0	43	1.27
2593728--2593783	16	3.5	16	76	9	60	44	1	0	53	1.11
2594579--2594629	15	3.3	15	83	8	50	47	0	0	52	1.00
2595647--2595739	44	2.2	42	83	11	109	55	0	0	44	0.99
2599261--2599302	10	4.2	10	79	8	50	76	0	0	23	0.79
2600063--2600106	18	2.4	19	85	11	56	72	0	0	27	0.85
2600448--2600503	20	2.6	22	77	11	62	37	0	1	60	1.07
2600842--2600904	16	3.9	16	80	0	81	33	0	11	55	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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