genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold36
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4808052

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177244--2177273	15	2.0	15	100	0	60	20	13	6	60	1.55
2178657--2178694	18	2.1	18	85	9	51	39	0	0	60	0.97
2178731--2178798	27	2.5	27	77	15	77	51	0	0	48	1.00
2178768--2178816	17	2.9	17	78	0	62	59	0	0	40	0.98
2178778--2178836	17	3.0	20	68	22	54	57	0	0	42	0.98
2179657--2179689	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2179984--2180050	19	3.2	23	78	20	83	64	0	2	32	1.09
2179971--2180058	22	4.0	22	69	18	58	63	0	3	32	1.11
2180115--2180213	42	2.4	42	85	8	123	53	5	1	40	1.30
2180155--2180233	20	4.0	20	78	6	72	56	2	0	40	1.12
2180225--2180276	19	2.7	18	77	14	50	65	5	0	28	1.16
2181492--2181522	13	2.4	13	94	0	53	32	0	0	67	0.91
2181508--2181545	19	2.0	19	89	0	58	31	0	0	68	0.90
2189409--2189439	8	4.0	8	91	8	55	51	0	0	48	1.00
2189404--2189442	8	5.4	7	91	8	53	58	0	0	41	0.98
2189453--2189518	34	1.9	35	84	9	91	46	1	0	51	1.10
2189610--2189660	21	2.4	22	86	3	68	50	1	0	47	1.12
2190184--2190231	20	2.6	17	73	17	51	47	0	0	52	1.00
2191481--2191554	24	2.9	26	75	17	73	51	0	0	48	1.00
2191532--2191587	15	3.6	15	74	9	58	57	1	1	39	1.20
2191787--2191822	13	2.7	13	91	4	54	30	0	0	69	0.89
2192129--2192162	3	11.3	3	100	0	68	35	64	0	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207381--2207418	11	3.5	11	78	7	51	44	0	0	55	0.99
2207384--2207432	21	2.3	22	89	6	75	40	2	0	57	1.10
2208652--2208709	22	2.6	22	78	8	64	46	0	0	53	1.00
2208968--2209060	40	2.3	40	75	15	93	43	1	1	54	1.14
2209377--2209423	15	3.4	15	71	28	50	38	0	2	59	1.09
2209583--2209627	22	2.0	22	83	8	56	48	0	0	51	1.00
2211208--2211259	20	2.5	21	77	22	56	40	0	1	57	1.10
2211821--2211859	20	2.0	21	90	10	64	41	0	5	53	1.23
2217783--2217835	25	2.2	24	89	3	79	49	0	3	47	1.19
2217783--2217850	25	2.8	25	84	2	66	45	2	4	47	1.38
2224554--2225158	302	2.0	300	92	0	994	33	14	17	34	1.91
2225270--2225309	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2226335--2226378	22	2.0	21	83	12	54	36	0	0	63	0.95
2227455--2227502	18	2.7	18	74	3	53	64	0	0	35	0.94
2227456--2227514	24	2.5	24	77	5	66	64	0	0	35	0.94
2227456--2227515	12	5.0	12	71	13	52	63	0	0	36	0.95
2228105--2228146	16	2.6	16	92	3	66	52	0	0	47	1.00
2228105--2228152	17	2.8	17	87	3	69	52	0	0	47	1.00
2228549--2228590	16	2.6	16	84	3	57	66	0	7	26	1.17
2241721--2241767	16	2.8	18	84	15	57	55	0	0	44	0.99
2241763--2241810	19	2.6	19	83	9	64	50	0	0	50	1.00
2241719--2241810	17	5.2	19	75	13	74	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244285--2244327	11	3.8	11	78	6	50	53	11	0	34	1.37
2244286--2244336	23	2.3	23	93	3	86	52	11	0	35	1.38
2245269--2245333	34	2.0	32	84	6	85	50	0	0	49	1.00
2248585--2248658	34	2.3	32	81	9	89	25	24	13	36	1.92
2250660--2250722	27	2.4	27	80	12	69	58	3	1	36	1.23
2250718--2250778	32	1.9	32	83	3	79	49	1	1	47	1.21
2250755--2250796	20	2.1	20	86	8	59	50	0	0	50	1.00
2251218--2251272	25	2.2	25	87	6	76	49	0	0	50	1.00
2255690--2255714	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2256100--2256135	2	18.0	2	88	0	54	50	5	0	44	1.25
2257009--2257083	17	4.5	17	66	24	52	60	0	1	38	1.06
2257025--2257064	20	2.1	18	86	9	53	60	0	2	37	1.11
2257052--2257080	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
2257010--2257100	33	2.8	32	80	11	94	56	1	1	41	1.14
2257019--2257100	34	2.4	34	84	6	96	54	1	1	42	1.15
2257363--2257401	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2257736--2257780	19	2.5	17	78	7	54	42	0	0	57	0.98
2259713--2260051	170	2.0	170	99	0	669	26	19	21	32	1.97
2267237--2267285	2	25.0	2	87	4	73	44	0	4	51	1.20
2268762--2268830	35	2.0	35	85	5	95	44	0	1	53	1.09
2270033--2270098	17	3.6	19	69	22	52	45	0	0	54	0.99
2270039--2270106	16	4.2	15	77	20	66	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2270017--2270120	32	3.5	26	74	23	82	41	0	0	58	0.98
2270049--2270148	32	3.8	26	70	25	68	43	0	0	57	0.99
2270054--2270104	15	3.2	15	72	22	50	45	0	0	54	0.99
2270040--2270113	32	2.2	35	90	9	118	45	0	0	54	1.00
2270101--2270130	16	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
2270088--2270164	26	3.2	24	74	17	70	40	1	0	58	1.06
2274752--2274788	16	2.3	16	90	9	58	24	8	0	67	1.17
2278733--2278764	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2279080--2279150	16	4.7	15	76	15	67	53	0	0	46	1.00
2279109--2279151	18	2.4	19	80	11	54	55	0	0	44	0.99
2279126--2279183	24	2.4	24	86	13	91	48	1	0	50	1.11
2279140--2279199	29	2.1	29	81	6	68	41	1	0	56	1.09
2283417--2283466	23	2.3	21	83	13	57	32	2	10	56	1.44
2284688--2284736	24	2.0	24	84	11	64	42	4	4	48	1.40
2284776--2284852	34	2.2	33	82	11	93	59	0	0	40	0.97
2285098--2285216	18	6.2	18	68	22	55	42	1	0	55	1.09
2285148--2285193	21	2.2	21	85	14	60	41	2	0	56	1.11
2285541--2285609	30	2.3	29	83	11	79	57	0	2	39	1.13
2285572--2285687	37	3.2	36	77	10	103	54	0	0	43	1.12
2285638--2285698	17	3.2	19	72	13	54	63	0	0	36	0.94
2285624--2285699	38	2.0	38	82	10	93	59	1	0	39	1.06
2285606--2285698	44	2.1	44	80	7	100	58	1	0	40	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287822--2287848	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2296112--2296146	2	17.5	2	87	0	52	45	0	2	51	1.16
2297783--2297820	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
2298975--2299013	20	2.0	19	85	5	51	25	2	0	71	0.98
2299062--2299104	22	2.0	21	82	17	52	39	0	2	58	1.11
2299758--2299787	10	3.1	10	95	4	53	60	0	0	40	0.97
2302364--2302400	2	18.5	2	94	0	65	51	2	45	0	1.15
2302806--2302893	13	6.7	13	70	21	51	59	1	1	38	1.13
2303650--2303738	27	3.3	28	77	17	107	49	2	0	48	1.13
2303985--2304024	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
2310659--2310719	14	3.8	15	70	21	52	36	3	1	59	1.24
2310641--2310718	13	5.5	13	71	24	52	34	2	2	60	1.24
2311215--2311248	15	2.3	15	90	5	52	47	5	0	47	1.26
2311247--2311289	20	2.2	20	87	8	61	51	0	2	46	1.13
2315712--2315763	25	2.0	26	85	10	72	65	7	3	23	1.35
2316679--2316705	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2318552--2318586	17	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
2318589--2318660	24	2.8	26	83	8	76	69	0	0	30	0.89
2318622--2318662	6	6.8	6	100	0	82	82	0	0	17	0.66
2320380--2320411	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2322476--2322536	29	2.1	29	82	8	72	59	3	1	36	1.24
2323571--2323600	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325424--2325482	30	2.0	29	83	9	75	52	8	8	30	1.61
2325835--2325879	22	2.0	22	82	0	54	51	0	2	46	1.13
2326715--2326748	2	17.0	2	93	0	59	0	47	2	50	1.16
2331257--2331287	12	2.6	12	94	0	53	61	0	0	38	0.96
2331269--2331302	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
2331247--2331329	29	2.8	29	77	12	89	59	0	0	40	0.98
2333466--2333524	23	2.6	23	82	10	68	59	1	1	37	1.18
2333555--2333599	23	1.9	24	86	4	65	44	2	0	53	1.13
2334283--2334326	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2335220--2335258	17	2.3	17	100	0	78	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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