genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7280--7347	1	68.0	1	77	0	64	88	8	2	0	0.62
7281--7351	13	5.2	13	85	13	90	87	9	2	0	0.65
7280--7352	20	3.7	19	80	14	76	86	9	4	0	0.70
7280--7375	32	2.9	32	77	14	99	83	8	8	0	0.82
7279--7347	16	4.3	16	83	10	79	86	10	2	0	0.66
7296--7347	27	2.0	26	96	3	95	90	9	0	0	0.46
8340--9408	55	19.3	55	90	4	1527	28	28	20	22	1.98
8445--8530	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
9036--9123	29	3.1	29	61	26	71	26	35	19	19	1.95
9189--9336	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
10037--10093	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
10149--10216	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
10170--10194	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10151--10213	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
10236--10290	20	2.8	20	82	0	74	23	14	16	45	1.84
12735--12807	27	2.7	27	87	6	94	23	34	23	19	1.97
12790--12960	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
12943--13024	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
16360--16413	20	2.7	20	83	11	67	38	18	12	29	1.88
18785--18825	19	2.1	20	86	4	57	70	0	17	12	1.16
19288--19512	37	6.2	37	71	6	158	38	14	9	37	1.79
19632--19706	36	2.1	36	80	14	84	38	20	10	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29032--29122	13	5.9	13	69	30	56	28	15	17	38	1.90
29011--29140	33	4.0	33	93	1	208	27	15	16	40	1.89
29045--29109	20	3.6	20	73	26	81	27	15	18	38	1.91
29664--29729	35	1.9	35	87	3	98	31	10	22	34	1.88
31138--31178	16	2.6	16	92	0	64	78	0	14	7	0.96
31859--32073	110	2.0	110	92	0	358	30	14	12	42	1.82
32031--32166	56	2.4	56	82	6	159	28	12	15	43	1.83
32348--32613	78	3.5	77	77	4	259	33	13	16	36	1.87
33416--33476	20	3.0	20	92	0	104	37	0	3	59	1.14
36844--36891	22	2.2	23	85	10	66	58	6	22	12	1.57
42989--43032	19	2.3	19	84	4	52	43	0	9	47	1.35
43540--43579	13	3.1	13	100	0	80	30	15	15	40	1.87
43649--43746	33	3.0	32	94	5	153	34	14	18	32	1.91
43669--43726	13	4.9	13	72	23	65	36	13	17	32	1.89
43682--43747	20	3.7	20	73	26	83	34	12	18	34	1.88
53942--53982	20	2.0	20	85	0	55	31	9	2	56	1.45
55162--55206	22	2.0	24	86	8	67	31	4	6	57	1.44
55443--55469	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
55518--55566	20	2.4	21	80	16	59	38	4	2	55	1.31
55518--55582	17	3.4	19	78	21	66	40	3	1	55	1.25
55581--55627	15	2.8	18	70	29	50	46	0	2	51	1.13
55629--55679	16	3.2	16	78	13	61	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56877--56921	16	3.0	15	81	9	56	62	0	2	35	1.08
57422--57571	56	2.7	56	97	0	282	24	22	14	39	1.91
61251--61276	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
63494--63538	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
65342--65372	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
67387--67466	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
67452--67490	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
67613--67655	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
67611--67657	21	2.3	20	79	20	53	34	19	4	42	1.70
70037--70062	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72370--72444	37	2.0	37	82	5	89	28	13	17	41	1.87
72488--72527	16	2.5	16	91	0	62	22	15	20	42	1.88
72533--72587	16	3.4	16	80	7	58	23	7	18	50	1.71
73047--73109	28	2.4	26	78	14	67	20	1	6	71	1.16
73215--73252	18	2.2	18	86	9	53	36	5	5	52	1.47
76237--76263	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
77814--77851	20	2.0	18	90	10	58	36	2	5	55	1.37
78261--78298	17	2.1	19	85	9	53	60	2	0	36	1.11
78355--78410	29	1.9	29	89	7	87	33	3	7	55	1.45
78647--79276	163	3.8	164	82	7	658	37	6	8	47	1.61
78651--79276	328	1.9	326	80	5	735	37	6	8	47	1.61
80501--81127	230	2.7	226	84	4	794	37	8	12	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85340--85393	20	2.7	20	88	0	72	35	14	14	35	1.88
88003--88069	27	2.5	27	97	0	125	26	16	17	38	1.91
88274--88307	16	2.1	16	100	0	68	29	5	44	20	1.75
88556--88702	19	8.7	19	70	24	132	31	12	20	36	1.89
88595--88682	13	5.8	13	67	27	50	30	13	21	34	1.92
88576--88710	32	4.2	32	98	0	252	31	12	20	35	1.90
88755--88781	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
89544--90857	654	2.0	655	97	0	2477	26	20	18	34	1.95
95876--96023	52	2.9	52	86	5	219	32	16	18	33	1.93
95992--96044	20	2.7	20	100	0	106	39	11	18	30	1.86
96032--96056	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
96097--96163	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
96119--96143	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
102197--102254	19	3.0	20	80	7	75	32	17	15	34	1.91
102238--102262	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
102207--102372	83	2.0	83	97	0	314	34	16	16	32	1.92
102321--102345	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
102302--102366	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
102472--102521	22	2.3	22	79	6	57	48	8	6	38	1.57
103354--104549	422	2.8	422	81	4	1083	36	13	11	38	1.81
106832--106883	21	2.4	21	87	3	68	44	7	11	36	1.70
110362--110403	20	2.0	21	86	4	59	35	7	7	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110462--110506	20	2.2	20	84	7	56	33	11	13	42	1.79
110367--110556	95	2.0	95	85	2	256	33	13	13	39	1.84
117477--117510	3	11.3	3	93	0	59	35	29	0	35	1.58
118553--118609	13	4.8	13	75	20	63	35	17	14	33	1.90
118553--118628	33	2.3	32	100	0	134	36	18	14	30	1.91
118564--118628	20	3.6	20	73	26	81	36	18	15	29	1.91
118681--118708	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
119821--119891	20	3.6	19	84	7	88	32	9	14	43	1.78
120573--120605	14	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
120973--121022	15	3.5	15	73	18	52	32	4	0	64	1.12
123961--124161	98	2.0	99	80	2	226	21	19	16	41	1.90
126032--126104	28	2.6	28	100	0	146	28	19	27	24	1.98
126167--126286	51	2.4	50	79	6	125	31	15	25	27	1.95
126301--126415	51	2.3	51	81	4	135	33	13	24	28	1.94
126130--126604	259	1.8	259	81	5	593	34	13	24	26	1.93
126090--126604	130	4.0	130	83	3	551	34	13	25	27	1.93
129595--129695	41	2.5	41	82	7	116	46	11	26	14	1.80
129753--129866	46	2.6	43	75	14	115	46	7	24	21	1.77
129894--130281	121	3.3	123	83	7	415	27	17	27	27	1.98
129894--130253	61	6.1	61	82	6	377	27	17	27	27	1.97
129901--130278	55	6.6	55	84	3	321	26	17	26	28	1.98
131418--132536	467	2.4	463	78	6	1133	39	16	8	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135947--135991	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
137796--137826	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
139837--139916	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
139902--139940	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
140061--140107	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
140063--140105	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
142482--142507	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
146218--146311	48	2.0	48	97	0	179	45	4	15	34	1.66
148745--148776	9	3.4	9	95	4	55	18	9	9	62	1.52
148875--148961	38	2.3	38	84	7	115	29	10	10	49	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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