genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152049--152101	20	2.6	20	90	3	79	41	11	16	30	1.84
152049--152120	21	3.5	21	83	7	85	38	11	18	31	1.85
152159--152299	52	2.8	52	83	2	169	34	12	7	45	1.71
152262--152308	20	2.3	20	100	0	94	36	12	6	44	1.68
152262--152316	20	2.8	20	94	0	83	36	14	7	41	1.74
153130--153158	11	2.6	11	100	0	58	10	17	17	55	1.69
154635--155087	79	5.7	79	82	4	450	27	27	10	34	1.90
154633--155091	159	2.9	155	76	8	467	27	26	10	34	1.90
158497--158551	13	4.5	12	82	11	67	27	1	1	69	1.09
158497--158551	6	9.0	6	76	11	58	27	1	1	69	1.09
165782--165828	19	2.6	18	86	10	60	57	6	4	31	1.43
166245--166313	31	2.2	32	89	7	106	44	0	0	55	0.99
166269--166349	11	7.4	11	68	15	60	35	2	0	61	1.09
166269--166349	14	5.2	16	70	14	55	35	2	0	61	1.09
166290--166360	11	6.1	12	77	12	69	32	2	0	64	1.08
167291--167350	25	2.3	26	81	15	72	55	5	1	38	1.32
171723--171794	36	2.0	36	86	2	101	25	30	12	31	1.92
175994--176042	19	2.5	20	87	9	66	69	4	6	20	1.27
176991--177045	20	3.0	18	80	12	67	54	0	7	38	1.28
177275--177341	30	2.4	28	78	11	73	35	1	0	62	1.04
180164--180206	18	2.4	18	84	7	52	25	0	13	60	1.34
184195--184225	16	1.9	16	93	0	53	45	19	9	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184858--184924	23	2.9	23	100	0	134	20	13	8	56	1.64
185046--185098	26	2.0	26	92	0	88	18	9	16	54	1.69
185766--185792	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
185747--185811	32	2.0	33	90	3	105	29	16	13	40	1.88
185776--185832	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
187481--187515	18	1.9	18	94	0	61	40	0	28	31	1.57
192054--192089	13	2.8	13	86	0	54	30	11	19	38	1.86
194690--194742	20	2.5	21	87	6	72	28	11	18	41	1.85
195475--195505	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
196863--196959	45	2.2	45	98	0	185	43	7	14	35	1.73
197534--197567	16	2.2	15	89	5	50	17	2	17	61	1.46
203969--204637	166	4.1	165	77	6	624	31	10	8	49	1.68
203962--204637	329	2.1	327	82	5	810	31	10	8	49	1.68
204757--204796	19	2.2	17	86	8	53	27	2	0	70	1.01
204790--204820	16	1.9	16	93	0	53	19	3	3	74	1.10
208842--209453	79	7.8	78	74	10	390	27	25	13	32	1.94
209000--209117	51	2.3	50	88	4	175	29	27	11	31	1.92
209104--209183	28	2.8	28	83	11	92	26	33	11	28	1.91
209126--209417	78	3.7	78	82	2	347	26	26	14	32	1.95
213374--213418	20	2.1	22	88	8	67	48	6	8	35	1.61
213519--213586	20	3.5	20	78	8	68	30	17	16	35	1.92
213613--213652	13	3.1	13	81	0	53	30	15	20	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217728--217794	19	3.8	19	70	22	65	34	10	17	37	1.85
217729--217791	32	2.0	32	90	0	99	33	11	19	36	1.87
217834--217859	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
220423--220522	52	1.9	53	87	2	148	30	26	11	33	1.90
220378--220546	51	3.2	53	75	11	152	29	28	11	30	1.91
220243--220656	212	2.0	202	85	7	562	29	27	12	30	1.93
220555--220763	79	2.6	79	93	0	355	25	29	17	27	1.98
220555--220872	79	4.0	78	82	5	327	25	28	15	30	1.96
220561--220872	158	2.0	158	81	6	364	25	28	15	30	1.96
225887--225965	37	2.1	37	93	4	133	48	2	22	26	1.64
226582--226624	19	2.2	20	91	4	70	30	16	13	39	1.87
239179--239231	20	2.7	19	88	8	72	33	18	15	32	1.92
239260--239319	20	3.0	20	87	7	95	35	18	13	33	1.89
239259--239315	19	2.9	19	92	5	96	35	17	14	33	1.90
239300--239326	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
239281--239345	32	2.0	32	90	3	103	40	15	15	29	1.88
241661--241706	22	2.3	21	82	17	62	47	0	21	30	1.51
241661--241713	21	2.7	20	80	13	56	47	0	20	32	1.51
241673--241714	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
248490--248515	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
255744--255768	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
255720--255788	32	2.1	34	89	5	106	31	14	17	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256512--256605	20	4.8	19	78	8	82	32	15	17	34	1.91
256512--256566	19	2.8	19	84	10	76	34	16	14	34	1.89
259902--260103	75	2.6	76	80	6	221	20	18	14	46	1.84
259885--260137	79	3.3	77	76	6	246	24	17	15	42	1.88
260655--260878	65	3.5	64	75	11	188	20	21	12	45	1.83
260912--261321	65	6.3	64	78	3	376	20	21	13	44	1.85
260683--261077	216	1.8	215	79	5	456	20	22	12	45	1.84
260729--261012	151	1.9	151	83	4	376	20	21	12	46	1.83
261047--261160	34	3.4	34	72	11	119	17	26	14	41	1.88
260899--261321	130	3.3	127	82	4	454	20	22	13	44	1.85
260880--261321	195	2.3	193	80	7	500	20	22	12	44	1.85
261340--261485	65	2.2	65	79	4	168	25	24	12	37	1.90
261742--261800	19	3.3	19	63	18	54	25	3	8	62	1.39
261729--261799	34	2.1	34	97	0	133	19	7	11	61	1.51
262128--262174	23	2.1	22	81	18	53	31	4	4	59	1.36
262496--262791	149	2.0	149	88	3	436	34	13	7	44	1.72
265404--265467	33	2.0	32	87	3	92	26	15	20	37	1.92
266133--266173	21	1.9	22	90	5	66	41	24	0	34	1.55
267435--267475	20	2.0	21	85	9	57	7	31	43	17	1.76
267916--267954	13	3.0	13	96	0	69	33	15	15	35	1.89
268157--268182	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
274093--274144	20	2.7	20	87	3	70	26	11	21	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274226--274250	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
274625--274997	152	2.4	155	81	4	414	24	15	21	38	1.92
274625--275079	152	3.0	151	79	7	373	24	16	21	37	1.93
275263--275299	18	2.1	17	90	5	56	54	0	0	45	1.00
276168--276820	58	11.4	57	71	12	329	27	11	13	48	1.76
276255--276695	224	2.0	224	86	2	618	27	10	14	48	1.76
276709--276802	29	3.2	29	71	11	84	28	8	10	52	1.65
276719--276813	29	3.3	29	73	5	93	28	8	11	51	1.67
276718--276833	58	2.0	58	81	3	137	29	12	9	49	1.71
278494--278532	20	1.9	21	94	5	71	33	10	20	35	1.86
278646--278698	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
278686--278710	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
282982--283040	21	2.8	21	100	0	118	33	10	16	38	1.83
283068--283121	21	2.7	19	83	11	65	31	18	12	37	1.89
283596--283621	10	2.6	10	100	0	52	26	19	11	42	1.85
287326--287356	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
287913--288028	48	2.4	48	86	4	180	37	13	12	36	1.84
296501--296570	12	5.8	12	74	0	59	30	20	25	24	1.99
296503--296569	24	2.8	24	81	0	80	29	20	25	23	1.99
320760--320816	14	4.1	15	80	11	50	33	0	0	66	0.92
320755--320827	12	5.8	13	76	9	64	31	0	0	68	0.90
320765--320827	12	5.1	12	79	11	65	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320755--320827	23	3.0	24	83	15	87	31	0	0	68	0.90
320878--320918	21	2.0	21	85	4	57	21	2	0	75	0.92
324979--325023	2	23.0	2	90	4	74	51	2	0	46	1.13
326462--326513	24	2.2	23	80	12	61	61	3	0	34	1.14
328267--328293	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
330444--330493	14	3.7	14	78	7	59	62	0	0	38	0.96
333808--333997	94	2.0	94	91	0	308	34	13	16	34	1.89
343834--343941	42	2.6	42	91	1	173	37	12	2	46	1.57
344349--344387	18	2.2	19	86	9	55	82	5	2	10	0.93
344908--344960	11	4.8	11	79	6	63	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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