genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456841--2457028	43	4.1	43	76	14	198	30	16	26	26	1.97
2457034--2457153	32	3.7	31	76	6	123	20	20	29	29	1.98
2457036--2457161	65	1.9	65	82	6	157	22	18	30	29	1.97
2458740--2458807	21	3.2	20	78	14	75	0	0	17	82	0.67
2458729--2458792	31	2.1	31	87	0	92	0	4	14	81	0.85
2458740--2458804	11	5.6	11	74	13	51	0	0	18	81	0.69
2458740--2458807	31	2.2	30	89	2	100	0	0	17	82	0.67
2458741--2458801	17	3.8	17	78	12	74	0	0	19	80	0.72
2463577--2463602	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2463641--2463717	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
2463662--2463734	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2463641--2463734	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
2464288--2464383	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
2466224--2466261	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2472433--2472458	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2472497--2472573	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
2472518--2472590	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2472497--2472590	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
2476468--2476493	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2476532--2476608	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
2476553--2476625	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2476532--2476625	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477180--2477275	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
2479117--2479154	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2481234--2481264	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2485326--2485351	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2485390--2485466	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
2485411--2485483	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2485390--2485483	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
2495173--2495407	20	10.6	20	70	21	150	42	12	15	29	1.84
2495231--2495478	40	6.7	40	71	19	196	42	13	14	30	1.83
2495176--2495387	91	2.3	91	86	3	284	42	12	15	29	1.84
2495225--2495478	111	2.3	110	93	1	418	42	13	14	30	1.84
2495351--2495489	71	2.0	71	97	0	260	43	13	13	28	1.82
2495422--2495478	20	2.8	20	83	0	78	45	14	8	31	1.75
2496201--2496471	46	5.8	47	84	3	307	35	14	27	22	1.93
2496201--2496501	95	3.2	94	84	4	315	35	14	26	23	1.94
2496413--2496476	21	2.9	21	71	13	56	39	12	23	25	1.90
2496619--2497269	28	22.5	28	83	7	730	20	17	32	29	1.95
2496619--2497269	58	11.2	56	86	5	730	20	17	32	29	1.95
2496607--2497266	202	3.3	202	86	5	827	20	17	32	29	1.96
2498520--2498619	1	100.0	1	74	0	56	1	1	14	84	0.74
2498520--2498619	11	8.4	11	80	13	101	1	1	14	84	0.74
2498520--2498619	25	4.2	23	79	15	105	1	1	14	84	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498520--2498616	18	5.7	18	74	14	80	1	1	14	83	0.76
2504123--2504185	19	3.6	19	72	24	66	34	15	12	36	1.86
2504110--2504185	32	2.4	32	90	0	125	34	15	14	35	1.88
2504142--2504166	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
2510705--2510904	78	2.5	79	85	4	287	33	14	25	27	1.94
2512506--2512561	21	2.7	21	100	0	112	32	14	21	32	1.93
2513094--2514621	61	25.1	61	84	4	1834	28	20	27	24	1.99
2515477--2515516	16	2.5	16	84	11	55	0	2	10	87	0.63
2515477--2515516	18	2.2	18	86	8	55	0	2	10	87	0.63
2515478--2515516	14	2.5	15	88	12	53	0	2	10	87	0.65
2516196--2516263	33	2.1	32	88	2	100	35	20	13	30	1.91
2524269--2524313	22	2.0	22	95	0	81	35	0	31	33	1.58
2524843--2524867	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2524968--2524993	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2524948--2525015	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
2529026--2529070	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2529773--2530376	299	2.0	299	91	0	983	34	13	18	32	1.90
2531173--2531203	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2533428--2533472	21	2.2	20	84	11	56	31	20	4	44	1.71
2535846--2535871	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2537162--2537188	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2552974--2553006	7	4.7	7	92	7	50	90	9	0	0	0.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552973--2553016	8	5.5	8	84	15	56	86	13	0	0	0.57
2552973--2553016	15	2.9	14	87	12	61	86	13	0	0	0.57
2552973--2553016	22	2.0	22	86	4	61	86	13	0	0	0.57
2554447--2554574	27	4.6	27	84	9	143	33	32	15	17	1.92
2554447--2554574	55	2.3	55	80	14	145	33	32	15	17	1.92
2554594--2555293	52	14.8	49	78	10	538	24	26	18	30	1.98
2554767--2554834	21	3.2	21	63	19	50	25	26	17	30	1.97
2554743--2555153	43	9.1	43	77	14	334	26	26	18	28	1.98
2554697--2555293	92	6.4	92	78	9	506	25	26	18	30	1.98
2554859--2554927	21	3.2	21	64	18	52	26	26	17	30	1.97
2554937--2555049	39	2.9	39	95	0	199	27	30	20	22	1.98
2555015--2555249	101	2.3	101	81	4	260	25	25	17	31	1.97
2555970--2556008	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
2556048--2556099	19	2.6	19	81	6	59	42	13	15	28	1.85
2559654--2559687	16	2.2	15	94	5	59	0	17	0	82	0.67
2559658--2559687	15	2.0	15	93	0	51	0	16	0	83	0.65
2560514--2560560	19	2.4	19	96	3	85	36	19	8	36	1.82
2561006--2561044	20	2.0	20	94	0	69	43	0	7	48	1.31
2562178--2562220	2	21.5	2	90	0	68	44	0	4	51	1.22
2571282--2571364	42	2.0	42	88	6	127	30	10	32	26	1.90
2573191--2573240	26	1.9	26	87	0	73	54	0	22	24	1.45
2586133--2586228	45	2.1	45	81	11	108	45	5	1	47	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2587324--2587386	31	2.0	31	96	0	117	39	15	11	33	1.83
2587921--2587997	21	3.7	21	85	3	102	35	11	16	36	1.86
2588108--2588133	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2588088--2588154	34	2.0	34	94	2	118	23	16	13	46	1.82
2590497--2590620	51	2.4	52	82	5	153	35	23	8	33	1.84
2590506--2590620	52	2.2	51	86	4	151	35	22	6	34	1.81
2591730--2591781	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
2591730--2591787	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
2591801--2591854	21	2.6	21	100	0	108	25	18	11	44	1.83
2594313--2594350	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2600516--2600541	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2600600--2600655	20	2.8	19	86	10	69	30	17	14	37	1.90
2614404--2614486	27	3.0	27	60	16	62	28	28	20	21	1.98
2614200--2614591	55	7.0	55	84	8	470	26	28	21	23	1.99
2615320--2615396	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
2617864--2617986	51	2.4	51	81	6	142	34	22	10	31	1.88
2618002--2618204	79	2.6	79	83	4	223	24	32	16	26	1.96
2621718--2622196	78	6.2	78	74	9	290	28	22	12	36	1.91
2624990--2625041	20	2.7	20	87	3	70	30	13	17	38	1.88
2625114--2625142	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2628900--2628924	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2630584--2630624	3	13.7	3	89	0	64	39	0	31	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636313--2636373	28	2.2	28	94	2	106	36	3	27	32	1.73
2637037--2637074	13	2.8	14	88	4	51	31	18	18	31	1.95
2637141--2637167	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
2643729--2643781	20	2.6	20	87	3	79	41	11	18	28	1.85
2643729--2643802	21	3.6	21	83	7	89	39	12	18	29	1.87
2643839--2643977	51	2.7	52	88	1	208	29	14	12	43	1.81
2646323--2646499	79	2.2	79	88	0	264	27	27	10	34	1.90
2649537--2650396	428	2.0	428	92	0	1418	33	18	21	26	1.96
2656864--2656897	15	2.3	15	94	0	59	85	0	14	0	0.60
2658210--2658927	28	25.3	28	75	5	555	29	31	18	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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