genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101477--2101576	52	1.9	52	83	0	128	33	16	27	24	1.95
2102370--2102666	159	1.9	158	79	7	334	32	19	13	33	1.91
2102914--2106375	159	21.9	156	70	12	1389	31	19	13	35	1.91
2102954--2106439	158	22.1	158	69	11	1459	31	19	13	35	1.91
2103453--2104731	475	2.7	467	80	5	1387	31	18	13	36	1.90
2104048--2105372	630	2.1	633	84	3	1729	31	18	13	36	1.90
2104690--2105826	476	2.4	476	85	3	1468	31	19	13	35	1.90
2105679--2105976	157	1.9	157	88	2	447	31	17	14	36	1.90
2105200--2106442	632	2.0	632	85	3	1707	31	19	14	35	1.91
2106036--2106832	403	2.0	403	85	2	1091	31	20	14	33	1.92
2108137--2108930	403	2.0	403	85	3	1069	32	18	14	34	1.91
2108529--2111058	475	5.3	472	85	3	3128	31	19	13	35	1.91
2108632--2119127	159	66.2	158	65	14	2523	30	19	13	35	1.91
2110912--2119143	476	17.3	473	85	3	9922	30	19	14	35	1.91
2119144--2119411	131	2.0	133	94	2	479	48	11	18	21	1.79
2124265--2124335	18	3.6	18	72	20	61	11	42	2	43	1.55
2124253--2124368	42	2.8	42	90	0	178	9	44	2	43	1.50
2124274--2124359	24	3.8	24	73	17	85	11	44	2	41	1.53
2125420--2126553	569	2.0	566	95	0	2054	31	25	14	28	1.95
2127206--2127958	159	4.8	160	69	13	450	30	19	15	34	1.93
2127312--2128941	159	10.3	161	66	12	489	30	19	14	35	1.92
2126552--2129090	476	5.3	475	84	2	3073	30	19	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139044--2139149	42	2.5	42	93	0	185	9	47	2	40	1.51
2139077--2139147	12	6.5	11	76	15	51	9	47	2	39	1.51
2139059--2139129	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2139044--2139162	42	2.8	42	88	2	177	8	45	2	43	1.47
2140779--2140897	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2140803--2140888	24	3.8	24	70	17	76	10	44	2	43	1.51
2140794--2140864	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2142506--2142624	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2142530--2142615	24	3.8	24	70	17	76	10	44	2	43	1.51
2142521--2142591	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2144233--2144351	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2144257--2144342	24	3.8	24	70	17	76	10	44	2	43	1.51
2144248--2144318	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2145957--2151872	476	12.5	475	83	3	7032	30	19	14	34	1.93
2146065--2151872	159	36.7	159	64	13	976	30	19	14	34	1.93
2157576--2157704	42	3.1	42	87	1	179	8	44	2	44	1.47
2160032--2162250	159	14.0	157	67	15	740	30	18	14	37	1.90
2159480--2161641	473	4.6	474	88	3	2943	30	18	14	36	1.91
2161751--2162456	159	4.5	158	67	11	404	29	18	14	37	1.90
2161594--2162902	473	2.8	474	88	2	1885	29	19	13	37	1.90
2160955--2162504	634	2.4	632	81	6	1446	30	18	14	37	1.90
2163746--2163810	32	2.0	33	87	3	96	40	12	16	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166177--2166215	21	1.9	21	89	5	62	43	0	23	33	1.54
2173224--2173261	20	1.9	20	88	0	58	34	7	18	39	1.80
2173190--2173292	33	3.1	33	84	4	127	37	12	14	34	1.84
2173840--2174130	158	1.8	158	86	4	426	30	17	13	38	1.89
2174266--2175397	159	7.1	158	65	12	431	30	18	14	36	1.91
2173934--2175864	475	4.1	476	89	0	2645	30	18	14	36	1.91
2179415--2179439	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2179395--2179462	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
2185634--2185659	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
2188066--2188123	20	2.9	20	84	0	80	36	12	15	36	1.85
2188195--2188219	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2188175--2188242	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
2191559--2191634	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
2191579--2191639	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
2191549--2191667	42	2.8	42	94	0	202	42	0	45	11	1.40
2191561--2191648	12	7.9	12	77	15	59	42	0	44	13	1.44
2191624--2191673	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
2196282--2196357	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2196281--2196366	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2196272--2196390	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2202800--2202848	24	2.0	24	100	0	98	36	16	20	26	1.93
2203963--2204018	20	2.8	20	81	8	69	33	17	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204073--2204114	20	2.2	19	86	4	57	33	19	4	42	1.72
2204401--2204748	97	3.6	97	77	7	334	21	17	29	32	1.96
2204410--2204805	97	4.1	97	77	7	315	20	16	29	33	1.95
2204444--2204805	194	1.9	193	81	6	446	20	16	29	33	1.94
2205051--2205104	28	2.0	27	88	3	81	22	12	33	31	1.92
2208460--2209066	302	2.0	302	99	0	1205	30	10	28	30	1.90
2209493--2209563	20	3.5	20	81	11	74	33	16	12	36	1.87
2210772--2210844	34	2.1	34	92	0	119	35	9	4	50	1.54
2210605--2211002	200	2.0	201	80	5	457	32	12	7	47	1.68
2211042--2211076	14	2.3	16	90	9	56	31	11	5	51	1.61
2211467--2211496	11	2.7	11	89	0	51	83	0	16	0	0.65
2213845--2213884	20	2.0	21	90	5	64	40	12	15	32	1.84
2228034--2228190	79	2.0	79	88	5	237	26	24	15	33	1.95
2228856--2228965	42	2.6	42	72	11	109	20	20	20	37	1.95
2231832--2231886	20	2.8	20	97	0	101	38	12	16	32	1.86
2232025--2232078	20	2.7	20	94	2	90	29	20	11	38	1.87
2236098--2236551	167	2.7	164	85	6	601	31	10	7	51	1.63
2236098--2236581	166	2.9	164	83	6	593	31	10	7	51	1.63
2236098--2236612	167	3.1	162	82	7	545	32	10	7	50	1.63
2237983--2238445	163	2.8	164	79	6	472	36	13	12	38	1.82
2238628--2238823	102	1.9	100	87	4	286	41	8	10	39	1.70
2240522--2240870	122	2.8	126	74	10	322	19	18	28	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241144--2241492	28	12.3	28	84	5	353	23	18	31	27	1.97
2241553--2241636	29	2.9	29	84	8	118	26	17	28	27	1.98
2241560--2241994	31	13.8	31	71	13	248	24	17	26	30	1.97
2241607--2241892	96	2.9	96	83	5	335	23	18	26	31	1.97
2241765--2242057	36	8.6	36	74	14	232	23	17	25	33	1.96
2241669--2242060	66	5.9	66	75	11	295	24	17	25	32	1.97
2241669--2241987	97	3.3	95	78	10	254	23	18	26	31	1.97
2241640--2242062	164	2.6	162	80	7	455	24	17	25	31	1.97
2244012--2244036	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2243989--2244056	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
2244109--2244159	20	2.5	20	80	0	57	35	15	13	35	1.87
2246585--2246623	13	3.0	13	88	0	60	35	15	17	30	1.91
2255283--2255330	24	2.0	24	91	0	78	37	16	4	41	1.68
2259083--2259108	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2266955--2266980	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2269198--2269242	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2275685--2275710	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2278387--2278453	19	3.9	18	76	23	81	34	11	16	37	1.85
2278408--2278432	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2278389--2278451	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
2278495--2278519	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2279457--2279495	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280295--2280320	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2280275--2280338	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2282836--2282873	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2286789--2286833	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2289052--2289077	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2291434--2291756	159	2.0	161	91	2	526	25	26	21	26	1.99
2296932--2297303	98	3.8	97	89	6	511	21	30	15	32	1.94
2296922--2297298	164	2.3	162	90	4	586	21	30	14	33	1.93
2296927--2297344	65	6.4	64	82	9	454	21	29	14	33	1.94
2297148--2297553	67	6.3	67	77	11	255	20	31	13	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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