genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2658208--2658927	86	8.5	85	78	4	587	29	31	18	20	1.96
2658297--2658899	170	3.5	170	80	2	516	29	31	18	20	1.96
2658289--2658792	114	4.5	112	78	5	354	29	31	17	21	1.96
2658204--2658957	369	2.0	369	98	0	1454	29	31	17	20	1.96
2667567--2667600	3	11.3	3	93	0	59	29	32	0	38	1.58
2668632--2668705	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2668650--2668725	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2668632--2668725	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2668764--2668789	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2670998--2671042	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2674891--2674968	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
2674957--2675020	13	4.9	13	94	0	110	34	18	15	31	1.93
2674957--2675020	26	2.5	26	100	0	128	34	18	15	31	1.93
2677482--2677537	21	2.7	21	100	0	112	44	10	17	26	1.82
2677576--2677601	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2679290--2679353	33	2.0	33	87	3	94	35	15	17	31	1.91
2680285--2680404	34	3.6	31	76	13	105	35	13	21	30	1.92
2681625--2681675	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
2684739--2684764	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2684886--2684937	21	2.5	19	73	14	50	32	21	3	42	1.71
2687250--2687300	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
2696478--2696595	42	2.9	41	90	1	182	43	2	45	8	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696487--2696595	41	2.6	42	92	1	184	41	2	46	9	1.50
2702479--2702534	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2702586--2702636	20	2.6	20	90	3	77	43	17	13	25	1.86
2708796--2708834	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2708957--2709003	22	2.3	21	75	10	53	34	14	4	46	1.64
2710602--2710627	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2712859--2712908	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2714706--2714736	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2716809--2716844	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
2719395--2719420	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2721338--2721401	33	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2723300--2723363	33	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2725402--2726283	437	2.0	439	85	5	1174	30	21	21	26	1.98
2732383--2732477	9	9.9	9	76	12	82	78	13	1	6	0.98
2732421--2732477	10	5.9	10	80	15	59	82	10	1	5	0.90
2732423--2732450	11	2.5	11	100	0	56	85	7	0	7	0.73
2732383--2732477	12	7.5	12	71	15	66	78	13	1	6	0.98
2733943--2734039	34	2.9	32	76	7	95	21	25	13	39	1.90
2734033--2734072	19	2.1	19	90	0	62	25	40	5	30	1.77
2734063--2734159	33	2.8	34	85	6	133	19	30	11	38	1.87
2734249--2734333	43	2.0	44	88	2	127	24	24	20	30	1.98
2734294--2734698	52	7.9	50	73	8	226	26	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734294--2734588	150	1.9	153	83	2	380	26	25	16	31	1.96
2734644--2734777	61	2.2	61	78	2	144	21	26	12	39	1.89
2735397--2735422	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2735459--2735496	20	1.9	20	94	0	67	34	15	5	44	1.69
2735468--2735575	50	2.1	51	86	1	146	30	17	13	37	1.89
2736242--2736299	31	1.9	30	82	3	71	22	22	13	41	1.89
2738667--2738843	90	2.0	89	84	1	228	24	22	23	29	1.99
2744261--2744319	30	2.0	30	82	0	73	25	25	11	37	1.90
2744320--2744394	28	2.7	28	83	8	100	22	29	12	36	1.90
2744375--2744461	34	2.6	34	85	1	113	22	28	6	41	1.80
2759134--2759215	41	2.0	41	100	0	164	39	19	17	24	1.92
2766934--2767024	17	5.4	17	80	11	98	81	14	0	4	0.84
2766934--2767024	8	11.0	8	76	14	87	81	14	0	4	0.84
2768464--2768552	31	2.9	31	89	0	142	30	31	17	20	1.96
2768528--2768624	28	3.3	29	82	5	108	27	27	17	26	1.98
2768462--2768624	59	2.7	58	80	12	145	28	30	17	23	1.97
2768640--2768704	34	1.9	34	87	0	94	23	30	12	33	1.91
2768809--2768945	49	2.7	49	84	3	166	24	25	17	32	1.97
2768811--2769052	101	2.4	103	77	6	242	25	26	16	32	1.96
2768804--2769041	52	4.7	50	74	7	192	26	25	15	32	1.96
2768996--2769133	61	2.2	61	87	3	188	21	28	13	36	1.91
2769819--2769844	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769869--2769923	20	2.8	20	86	5	67	34	10	12	41	1.78
2774422--2774974	163	3.4	165	81	7	420	31	9	7	51	1.62
2774548--2774977	163	2.6	163	84	7	552	31	8	7	52	1.60
2775174--2775218	14	3.5	13	82	11	65	82	0	11	6	0.84
2775177--2775225	24	2.0	24	92	8	80	79	0	12	8	0.93
2775200--2775239	10	4.1	10	90	6	64	77	0	12	10	0.99
2775971--2776351	141	2.7	140	83	6	401	34	11	11	42	1.77
2776095--2776366	141	1.9	140	90	2	429	32	9	12	44	1.75
2784651--2784703	19	2.7	20	88	2	72	28	16	15	39	1.89
2784670--2784724	19	2.8	19	86	5	65	34	14	14	36	1.87
2784754--2784806	20	2.7	20	85	5	72	37	13	18	30	1.89
2792447--2792472	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2795786--2796169	198	2.0	191	85	8	517	51	12	10	24	1.72
2798559--2798599	15	2.6	16	84	3	57	39	0	0	60	0.96
2798575--2798662	27	3.1	27	68	22	74	38	1	1	59	1.13
2798569--2798612	22	2.0	23	86	4	63	45	0	0	54	0.99
2798684--2798725	19	2.4	18	81	14	52	47	4	0	47	1.23
2804427--2804465	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2806233--2806258	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2808490--2808538	21	2.3	21	80	13	57	57	6	16	20	1.60
2810336--2810366	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2812436--2812474	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815025--2815050	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2816967--2817030	33	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2826061--2826145	9	8.9	9	76	11	71	78	14	1	5	0.99
2826080--2826145	28	2.3	29	81	5	80	80	15	1	3	0.91
2826061--2826145	12	6.5	12	70	15	53	78	14	1	5	0.99
2827623--2827707	34	2.6	32	81	5	89	20	30	14	35	1.92
2827701--2827740	19	2.1	19	86	9	55	25	37	5	32	1.77
2827731--2827827	33	2.8	34	87	6	142	19	31	11	37	1.87
2827849--2827913	32	2.0	33	82	8	80	27	30	18	23	1.97
2827917--2828001	43	2.0	44	90	2	136	23	24	21	30	1.99
2827962--2828258	49	5.9	49	78	4	234	25	25	16	31	1.96
2827962--2828258	150	2.0	153	84	2	393	25	25	16	31	1.96
2827966--2828323	52	7.0	51	74	10	223	25	25	16	32	1.96
2828026--2828307	150	1.9	150	82	5	325	26	25	16	32	1.96
2828312--2828445	61	2.2	61	78	2	144	21	26	12	39	1.89
2830406--2830431	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2832650--2832694	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2834498--2834528	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2836607--2836645	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
2839192--2839217	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2842679--2842738	27	2.3	27	91	2	95	25	26	13	35	1.93
2847319--2847400	41	2.0	41	100	0	164	39	19	17	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855121--2855209	16	5.4	17	79	12	89	80	14	0	4	0.85
2855123--2855209	17	5.3	16	80	12	88	81	13	0	4	0.84
2855124--2855209	8	10.5	8	77	12	50	81	13	0	4	0.84
2856649--2856737	31	2.9	31	91	0	133	30	32	17	19	1.95
2856685--2856809	28	4.2	30	81	12	111	28	29	18	23	1.98
2856654--2856809	59	2.6	59	78	14	160	29	30	17	22	1.97
2856994--2857130	49	2.7	49	86	3	175	24	27	17	30	1.97
2856996--2857223	101	2.2	103	78	6	232	26	26	15	32	1.95
2856989--2857226	52	4.6	51	78	5	205	26	26	15	32	1.96
2857172--2857318	61	2.4	61	85	6	183	23	26	13	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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