genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704711--704839	52	2.5	52	94	0	231	28	17	18	34	1.94
704894--704991	19	5.8	18	71	28	90	37	17	11	33	1.85
704889--704989	32	3.1	32	94	1	175	36	17	10	34	1.85
705523--705620	49	2.0	49	87	0	142	29	19	27	23	1.98
705688--706452	92	8.1	93	88	7	798	31	18	26	24	1.97
706313--706380	21	3.2	21	62	25	52	27	19	27	25	1.98
706334--706401	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
705698--706434	49	15.5	49	85	8	931	31	18	25	24	1.98
706447--707036	33	17.9	33	88	2	864	20	17	32	29	1.96
707052--707105	27	2.0	27	92	0	90	29	14	33	22	1.94
707039--707508	66	7.1	66	78	12	400	34	13	33	18	1.90
707072--707503	34	12.9	34	79	7	438	34	13	33	18	1.90
707072--707500	100	4.3	100	83	6	505	33	13	33	18	1.91
708445--708502	24	2.4	23	86	8	80	0	12	6	81	0.88
712353--712378	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
712335--712398	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
714598--714647	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
716445--716475	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
718687--718732	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
721086--721111	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
721068--721131	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
725579--725707	52	2.5	52	93	0	222	28	17	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725757--725825	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
725781--725805	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
727379--727417	20	2.0	20	100	0	78	30	15	10	43	1.80
727403--727429	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
732281--732339	20	3.1	19	87	2	82	35	15	15	33	1.89
739676--739731	22	2.5	22	91	0	85	37	5	35	21	1.76
740314--740338	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
740293--740357	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
740325--740378	19	2.8	20	85	2	74	35	14	16	33	1.90
745328--745381	20	2.7	20	82	2	63	38	5	16	38	1.72
754277--754395	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
754310--754385	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
754301--754386	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
754292--754362	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
754654--754859	51	4.0	51	83	6	222	34	10	24	30	1.88
754843--754918	28	2.7	28	85	0	89	22	18	35	23	1.96
754924--754958	15	2.3	15	95	0	61	34	0	25	40	1.56
757023--757048	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
757100--757163	19	3.7	19	72	23	77	37	18	10	32	1.86
757094--757162	32	2.2	32	97	0	129	37	18	10	33	1.85
757970--757997	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
757993--758557	55	10.0	55	83	10	674	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757993--758491	171	3.0	170	92	3	814	22	20	28	28	1.99
758353--758434	26	2.9	29	65	23	75	20	20	29	29	1.98
759562--759641	24	3.3	22	78	15	70	1	3	12	82	0.86
759571--759642	28	2.6	28	84	6	76	1	1	13	83	0.79
759559--759642	13	6.4	13	75	8	71	1	3	11	83	0.83
759595--759642	15	3.3	15	82	5	64	0	0	16	83	0.65
771896--772127	79	2.9	78	77	6	234	32	12	27	28	1.93
772143--772325	52	3.5	51	83	5	217	33	10	25	30	1.90
772143--772363	51	4.3	51	83	5	230	32	12	25	29	1.92
772346--772417	28	2.5	30	78	13	80	25	19	31	23	1.98
772428--772462	15	2.3	15	95	0	61	34	0	25	40	1.56
774455--774480	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
774519--774594	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
774540--774612	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
774519--774612	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
777066--777104	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
777090--777168	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
779183--779213	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
783280--783305	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
783344--783419	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
783365--783437	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
783344--783437	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784891--784916	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
784954--785011	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
786506--786813	166	1.9	167	84	4	426	33	14	12	40	1.82
787128--787797	150	4.6	150	76	6	504	25	20	18	35	1.95
791540--791586	15	3.2	15	84	6	60	80	0	12	6	0.88
791540--791586	14	3.2	14	85	11	51	80	0	12	6	0.88
792196--792399	111	1.8	113	81	6	254	30	13	16	40	1.86
793113--793177	32	2.0	32	84	3	85	35	12	13	38	1.83
794811--794835	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
796645--796671	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
796626--796690	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
796655--796712	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
796757--796787	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
805593--805669	32	2.4	32	97	0	145	28	20	16	33	1.95
805685--805784	32	3.1	32	94	0	173	37	17	11	35	1.85
805690--805785	19	5.7	19	67	26	81	37	16	11	34	1.85
805741--805765	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
805915--805945	14	2.2	14	100	0	62	35	6	45	12	1.68
806528--806619	39	2.4	39	85	7	116	27	14	17	41	1.88
806528--806610	19	4.3	19	90	6	114	27	14	15	42	1.86
806649--806711	33	1.9	33	90	6	101	34	14	17	33	1.90
812660--812697	20	1.9	20	94	0	67	23	13	15	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815695--815746	21	2.4	21	84	9	61	34	3	17	44	1.67
815879--815915	13	2.8	13	95	0	65	35	16	10	37	1.83
815901--815938	20	1.9	20	88	0	58	39	7	15	36	1.77
815965--816018	20	2.7	20	91	5	83	35	14	16	33	1.90
819362--819393	12	2.7	12	95	0	55	31	9	28	31	1.88
819677--819722	23	2.0	23	91	0	74	52	4	26	17	1.63
822180--822348	92	1.8	92	81	9	211	38	11	23	26	1.89
825093--825731	155	4.1	156	76	6	505	40	21	15	22	1.91
826395--827492	550	2.0	548	97	0	2079	40	17	10	31	1.84
827841--827888	20	2.4	20	86	6	62	4	16	0	79	0.89
827857--827881	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
828511--828981	163	2.8	164	81	9	546	46	10	12	30	1.76
829140--829164	11	2.3	11	100	0	50	56	0	8	36	1.29
830446--830852	42	9.7	42	77	4	331	33	16	34	16	1.91
830446--830977	126	4.2	127	78	3	486	35	17	32	15	1.91
830492--830936	42	10.6	42	80	1	417	34	16	33	15	1.91
830446--830967	42	12.4	42	76	6	301	34	16	32	15	1.91
830434--830969	84	6.4	83	81	4	427	34	17	32	15	1.91
831020--831124	42	2.5	42	78	3	113	38	18	21	21	1.94
831216--831641	44	9.7	44	67	7	218	39	17	23	19	1.92
831271--831683	44	9.4	44	67	8	153	40	17	23	18	1.91
831218--831691	88	5.4	88	81	4	499	40	16	24	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831697--831853	48	3.3	48	82	0	206	39	19	21	19	1.93
833106--833141	19	1.9	18	94	5	63	27	11	11	50	1.72
833182--833206	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
833215--833343	52	2.5	52	93	0	213	36	17	17	29	1.92
840261--840339	8	9.1	8	80	16	79	84	13	1	0	0.68
840269--840349	13	6.4	12	81	13	83	83	13	2	0	0.73
840261--840348	26	3.3	26	80	15	99	84	13	2	0	0.73
840260--840337	29	2.7	28	77	16	79	85	12	1	0	0.65
840264--840349	27	3.4	24	76	17	84	83	13	2	0	0.74
840260--840350	17	5.3	17	78	13	80	83	13	3	0	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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