genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1602465--1602772	28	11.1	27	83	5	233	26	15	31	25	1.96
1602605--1602772	55	3.1	54	86	2	219	27	14	33	23	1.94
1618165--1618197	17	1.9	17	100	0	66	36	12	15	36	1.84
1935282--1935389	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
1935285--1935403	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
1935318--1935393	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1937792--1937838	18	2.6	18	83	6	51	8	46	2	42	1.46
1937795--1937913	42	2.8	42	88	0	175	10	45	1	42	1.49
1948091--1948209	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
1948124--1948199	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1948115--1948200	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1948106--1948176	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1950766--1950835	29	2.2	32	82	12	83	22	1	21	54	1.53
1950983--1951007	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1954098--1954173	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1954097--1954182	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1954088--1954206	42	2.8	42	92	0	193	43	1	45	9	1.46
1954163--1954212	18	2.8	18	84	6	66	46	2	44	8	1.44
1960748--1961229	159	3.0	159	68	9	476	32	17	13	36	1.89
1960658--1961299	318	2.0	318	99	0	1257	31	17	13	37	1.89
1962478--1963632	469	2.4	467	85	3	1576	29	18	13	37	1.90
1968598--1968716	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1968631--1968706	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1968622--1968707	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1968613--1968683	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1970591--1971800	475	2.5	473	86	4	1657	31	19	14	34	1.91
1972779--1973328	79	6.9	79	90	0	796	33	15	25	26	1.95
1973257--1973384	53	2.5	52	85	11	174	30	14	26	28	1.95
1974334--1974429	43	2.2	43	96	0	174	6	20	39	33	1.78
1974308--1974492	18	9.8	18	68	15	97	8	23	37	30	1.84
1974815--1974905	26	3.5	26	93	0	155	10	29	9	49	1.70
1974926--1974981	9	6.1	9	80	12	60	21	0	0	78	0.75
1974926--1974981	23	2.5	22	86	13	78	21	0	0	78	0.75
1975710--1975795	28	3.1	28	61	8	68	24	23	27	24	2.00
1975690--1975981	62	4.9	61	84	7	359	26	20	27	25	1.99
1975690--1975997	122	2.6	120	86	10	431	25	21	27	25	1.99
1987941--1988491	79	6.9	79	91	1	827	33	15	25	26	1.95
1988419--1988545	53	2.5	51	83	12	154	30	14	26	28	1.95
1989520--1989597	12	6.8	12	67	20	51	6	21	41	30	1.78
1989492--1989630	43	3.2	43	98	0	269	6	22	39	31	1.79
1989466--1989693	18	11.8	18	68	20	113	7	23	38	30	1.82
1989523--1989581	31	1.9	30	82	3	73	6	22	40	30	1.79
1990013--1990128	26	4.5	26	97	0	205	11	29	8	50	1.67
1990000--1990115	26	4.6	22	84	10	79	12	25	9	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1990260--1990292	6	5.5	6	100	0	66	30	0	15	54	1.41
1990423--1990749	157	2.1	158	85	5	439	29	19	15	35	1.93
1990386--1992356	158	12.5	158	70	10	807	30	18	15	35	1.92
1990556--1991696	472	2.4	471	85	2	1522	30	18	15	36	1.92
1991701--1992661	472	2.0	470	82	4	1188	31	18	14	35	1.92
1994502--2000762	476	13.2	474	83	4	7496	31	19	14	34	1.91
1994693--1999832	159	32.4	158	66	11	1407	31	19	14	34	1.92
1994502--2000762	953	6.6	950	83	3	7630	31	19	14	34	1.91
1999909--2000620	159	4.5	159	71	14	493	32	18	13	34	1.90
2003705--2004803	159	6.9	158	68	11	487	31	18	13	35	1.90
2003602--2004835	476	2.6	474	85	3	1669	31	18	13	36	1.90
2006458--2006533	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2006457--2006542	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2006448--2006566	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2007563--2007927	158	2.3	157	82	4	382	30	17	15	36	1.91
2010029--2010375	157	2.2	157	86	1	471	29	18	14	36	1.91
2009574--2010389	158	5.2	155	72	10	548	29	18	14	37	1.91
2010678--2010751	19	3.7	19	82	8	78	28	14	18	37	1.91
2011572--2012805	476	2.6	474	84	3	1633	31	18	13	36	1.90
2014720--2025998	159	71.1	157	66	13	2212	31	19	14	34	1.92
2014429--2027416	476	27.3	475	83	3	16102	31	19	14	34	1.92
2014429--2027416	953	13.7	952	84	3	16158	31	19	14	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026563--2027259	159	4.4	159	70	13	452	33	18	13	34	1.90
2030353--2031451	158	6.9	157	68	12	476	31	18	13	35	1.90
2030250--2031483	476	2.6	474	85	3	1662	31	18	13	36	1.90
2033106--2033181	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2033105--2033190	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2033096--2033214	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2034212--2034576	158	2.3	157	82	4	373	31	16	15	36	1.90
2036686--2037032	157	2.2	157	86	1	471	29	18	14	36	1.91
2036231--2037046	158	5.2	155	72	10	548	30	18	14	37	1.90
2037335--2037408	19	3.7	19	82	8	78	28	14	18	37	1.91
2038239--2039930	473	3.6	474	84	3	2273	31	18	13	36	1.90
2038360--2039658	158	8.2	156	68	13	590	31	18	14	35	1.91
2040440--2049130	476	18.3	476	83	4	10713	31	19	14	34	1.92
2040440--2049130	953	9.2	949	83	3	10766	31	19	14	34	1.92
2048277--2048973	159	4.4	159	70	13	452	33	18	13	34	1.90
2051967--2053200	476	2.6	474	84	3	1619	31	18	13	36	1.90
2054824--2054899	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2054823--2054908	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2054814--2054932	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2060455--2067192	476	14.2	474	84	4	8196	31	19	14	34	1.92
2060649--2066262	159	35.4	158	66	12	1567	31	19	14	34	1.92
2066339--2067050	159	4.5	159	70	13	473	32	19	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069563--2069603	21	2.0	20	90	4	64	51	17	12	19	1.76
2071221--2071866	95	6.9	95	80	3	664	34	17	22	25	1.95
2071538--2071605	21	3.1	22	69	12	59	35	16	23	25	1.95
2071516--2071699	43	4.1	43	75	12	152	38	17	19	24	1.93
2071517--2071584	21	3.2	21	70	12	57	36	16	20	26	1.93
2071617--2071683	19	3.3	19	67	18	53	35	19	19	25	1.95
2071566--2071734	52	3.4	50	75	14	163	37	19	19	23	1.94
2071615--2071679	21	3.0	21	67	18	53	33	16	21	27	1.95
2071223--2071866	281	2.3	281	84	0	831	34	17	22	25	1.95
2071221--2071866	186	3.5	186	79	4	685	34	17	22	25	1.95
2071920--2072000	27	3.1	27	79	12	80	30	14	30	23	1.95
2072197--2072417	60	3.6	58	78	11	210	36	12	29	21	1.90
2072162--2072355	93	2.1	95	79	4	216	38	12	29	19	1.89
2071943--2072387	191	2.3	193	79	9	452	37	11	29	21	1.89
2072230--2072413	27	6.2	27	73	15	118	34	13	30	21	1.91
2072381--2072566	34	5.5	34	78	11	179	36	12	31	19	1.89
2071973--2072566	33	18.4	33	74	12	389	36	11	29	21	1.89
2072381--2072546	68	2.5	68	84	6	214	36	12	31	19	1.89
2071971--2072608	32	19.8	32	74	12	371	36	12	29	21	1.90
2072513--2072654	33	4.4	32	79	6	135	36	14	28	20	1.92
2074297--2074372	12	6.9	11	77	15	61	39	1	48	10	1.46
2074296--2074381	24	3.8	24	73	17	85	41	1	45	11	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074317--2074394	9	9.0	9	70	8	63	43	1	43	11	1.48
2074287--2074405	42	2.8	42	89	0	175	43	1	45	9	1.46
2074341--2074386	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
2079138--2079623	243	2.0	243	91	0	783	20	18	16	43	1.88
2080561--2080671	42	2.6	42	80	5	118	44	0	39	16	1.48
2082684--2082769	24	3.8	24	72	17	85	41	2	44	11	1.53
2082684--2082793	42	2.6	42	92	0	184	40	2	46	10	1.52
2092332--2092971	30	20.5	30	78	10	476	31	15	31	21	1.94
2092332--2092946	128	4.9	127	86	4	822	32	15	31	21	1.94
2101422--2101648	95	2.4	95	84	2	287	34	15	25	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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