genome.fa.s44.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold44
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3265628

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296920--2297546	33	19.3	33	78	12	486	20	30	13	34	1.92
2297599--2298218	49	12.8	49	84	6	730	25	25	17	31	1.97
2297595--2298168	97	6.0	97	89	4	828	25	25	17	31	1.97
2298894--2298935	21	2.0	21	85	0	57	30	14	16	38	1.89
2298992--2299029	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
2299092--2299116	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2299125--2299200	32	2.4	32	97	0	143	32	21	19	26	1.97
2299366--2299390	12	2.1	12	100	0	50	48	28	8	16	1.74
2299610--2299648	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
2301646--2301962	159	2.0	160	91	1	521	27	27	19	26	1.99
2303663--2303795	46	2.9	46	87	3	160	36	20	23	19	1.95
2303904--2305455	27	54.5	28	80	8	496	27	14	30	27	1.95
2303890--2304612	32	24.2	28	79	9	383	22	17	28	30	1.97
2303899--2304492	32	19.6	32	83	6	481	21	16	29	32	1.96
2304163--2304499	126	2.7	126	87	3	466	19	17	29	32	1.95
2304562--2305450	27	32.4	27	83	4	1021	30	13	31	24	1.93
2304562--2305457	220	4.1	221	83	5	1075	31	13	31	24	1.93
2304537--2305450	247	3.7	246	83	5	1110	30	13	31	24	1.94
2307033--2307095	19	3.6	19	72	24	75	33	14	17	34	1.90
2307033--2307108	32	2.4	32	95	0	134	32	15	17	34	1.91
2313166--2313294	52	2.5	52	93	0	213	30	17	17	34	1.93
2313166--2313314	52	2.9	51	86	4	201	31	17	17	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313368--2313434	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2313390--2313414	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2314267--2314794	43	11.2	48	79	11	594	32	17	25	24	1.97
2314276--2314789	92	5.5	92	92	2	794	31	18	25	24	1.97
2314809--2314988	28	6.3	28	84	4	175	20	15	27	36	1.93
2315031--2315207	29	6.1	29	81	4	178	25	16	30	27	1.97
2315028--2315177	56	2.6	57	80	4	167	26	16	30	26	1.97
2315038--2315202	86	1.9	86	86	1	233	22	17	30	29	1.97
2316658--2316714	1	57.0	1	76	0	51	0	8	3	87	0.64
2316658--2316712	18	2.9	18	86	10	67	0	9	3	87	0.66
2330570--2330627	28	2.1	28	93	0	98	25	24	20	29	1.99
2330712--2330778	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2330734--2330758	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2335566--2335660	20	4.7	20	84	11	122	31	21	11	35	1.89
2335566--2335661	41	2.3	41	98	0	183	32	20	11	35	1.89
2335710--2335755	19	2.4	19	100	0	92	39	17	15	28	1.90
2344063--2344111	13	4.2	13	70	24	54	36	16	12	34	1.86
2344063--2344132	33	2.1	34	86	7	99	34	18	12	34	1.89
2344182--2344207	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2347956--2348026	20	3.5	20	84	0	97	38	12	16	32	1.87
2353768--2353815	22	2.2	22	85	14	64	72	12	4	10	1.24
2355517--2355544	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359349--2359373	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2359423--2359478	19	2.9	19	89	2	85	37	14	17	30	1.90
2360163--2360598	80	5.5	79	75	7	328	28	23	10	36	1.88
2360162--2360477	158	2.0	158	84	1	407	27	22	11	37	1.89
2360192--2360598	159	2.6	159	80	2	424	28	24	10	36	1.89
2363538--2363612	20	3.8	20	83	0	96	32	14	13	40	1.85
2367911--2368057	51	2.9	51	90	2	224	27	18	8	44	1.79
2368146--2368191	19	2.4	19	100	0	92	47	32	4	15	1.65
2368522--2369535	508	2.0	506	93	0	1731	25	23	12	38	1.90
2370212--2370240	10	2.7	11	94	5	51	34	10	0	55	1.34
2374335--2374455	52	2.3	53	94	1	208	28	17	19	34	1.94
2374335--2374475	53	2.7	52	85	5	178	29	17	19	33	1.95
2374464--2374488	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2374551--2374575	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2375477--2376136	49	13.5	49	84	4	870	31	17	25	24	1.97
2375477--2376140	98	6.8	98	92	5	1103	31	17	25	25	1.97
2375410--2376140	291	2.5	287	90	4	1113	32	17	25	25	1.97
2376145--2376282	32	4.3	32	86	4	199	17	15	36	30	1.91
2376264--2376863	71	8.6	68	84	8	705	34	12	33	20	1.89
2376284--2376864	34	16.8	35	86	7	717	34	12	33	20	1.89
2376284--2376957	105	6.6	103	85	7	760	34	12	32	20	1.91
2376875--2377115	31	7.7	31	83	8	301	26	17	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376875--2377122	96	2.6	96	94	3	423	28	16	29	25	1.97
2378766--2378817	13	4.0	13	100	0	104	38	15	15	30	1.88
2378803--2378882	20	3.8	20	76	15	79	42	13	15	28	1.85
2385212--2385237	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
2385598--2385639	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
2387764--2387805	21	2.0	20	86	13	57	42	7	11	38	1.69
2388049--2388074	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2388031--2388094	33	2.0	32	90	3	101	40	18	14	26	1.89
2394746--2394896	27	5.5	27	84	1	185	23	33	13	29	1.93
2394746--2394904	28	5.8	28	83	6	200	24	33	13	28	1.93
2394746--2394904	55	2.9	55	80	7	196	24	33	13	28	1.93
2394873--2395760	32	29.5	32	80	8	647	30	30	17	21	1.96
2394873--2395636	272	2.8	275	84	3	1006	31	30	17	21	1.96
2394746--2395765	32	34.4	28	80	8	585	29	30	16	22	1.96
2395872--2396003	48	2.8	48	83	0	183	21	26	15	36	1.93
2396639--2396712	31	2.4	31	86	4	105	24	18	10	45	1.81
2403444--2403468	13	1.9	13	100	0	50	16	0	32	52	1.44
2403688--2403747	22	2.6	22	75	15	59	48	3	1	46	1.28
2405409--2405457	22	2.2	22	96	0	89	36	14	14	34	1.86
2408915--2408956	22	1.9	23	90	9	70	50	7	38	4	1.51
2412385--2412415	16	1.9	16	100	0	62	41	12	12	32	1.81
2415554--2415593	19	2.2	19	86	4	55	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417833--2418104	81	3.4	80	81	6	284	35	9	25	29	1.88
2417831--2418220	79	4.9	80	79	6	337	35	10	25	29	1.89
2418151--2418272	51	2.4	51	84	2	156	36	11	23	27	1.90
2420641--2420761	52	2.3	52	81	0	143	41	9	16	32	1.81
2421142--2421209	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2421163--2421187	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2421144--2421206	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2421249--2421274	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2421229--2421295	33	2.0	33	88	0	98	25	16	16	41	1.88
2423567--2423636	27	2.5	28	86	6	90	24	35	20	20	1.96
2423622--2423794	52	3.4	51	80	5	204	30	25	12	32	1.92
2423447--2423791	51	6.6	52	69	10	193	30	27	11	31	1.91
2423774--2423855	28	2.9	28	80	10	80	24	31	17	26	1.97
2423458--2423865	211	1.9	211	86	3	570	29	27	12	30	1.93
2425413--2425535	32	3.8	32	81	0	147	27	17	26	28	1.98
2425394--2425535	64	2.2	64	82	1	176	25	16	26	30	1.97
2428683--2428723	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
2428855--2428919	13	5.0	13	92	3	105	36	16	15	30	1.90
2428855--2428918	26	2.5	26	97	0	119	35	17	15	31	1.91
2435352--2435408	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2435394--2435422	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
2435410--2435462	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435494--2435561	33	2.1	32	88	2	100	36	14	13	35	1.85
2441204--2441229	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2441186--2441250	32	2.0	34	87	6	98	41	16	13	27	1.87
2447183--2447221	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
2447342--2447388	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
2449777--2449802	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2455738--2455872	51	2.6	51	92	0	225	40	14	16	28	1.88
2456483--2457023	52	10.9	50	74	9	328	31	17	25	25	1.97
2456489--2456891	202	2.0	203	82	3	488	31	17	26	24	1.97
2456789--2457025	95	2.5	94	82	4	296	30	16	26	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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