genome.fa.s511.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold511
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668812

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1655--1707	20	2.7	20	93	0	97	41	15	9	33	1.79
1745--1793	13	4.2	13	73	24	54	36	16	12	34	1.86
1745--1814	33	2.1	34	86	7	99	34	18	12	34	1.89
1843--1896	20	2.8	19	91	2	81	37	18	14	29	1.91
1863--1915	20	2.7	20	88	2	72	39	16	16	26	1.91
2475--2504	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
2696--3441	166	4.6	163	75	9	653	49	8	12	30	1.69
2696--3445	322	2.3	323	84	7	955	49	8	12	30	1.69
3793--3845	20	2.7	20	93	0	97	41	15	9	33	1.79
3883--3931	13	4.2	13	73	24	54	36	16	12	34	1.86
3883--3952	33	2.1	34	86	7	99	34	18	12	34	1.89
3981--4034	20	2.8	19	91	2	81	37	18	14	29	1.91
4001--4053	20	2.7	20	88	2	72	39	16	16	26	1.91
4612--4641	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
4792--5700	166	5.5	164	75	9	764	49	8	12	30	1.69
4833--5618	322	2.4	323	84	7	982	49	8	12	29	1.69
5308--5689	168	2.3	165	82	5	437	48	7	13	30	1.70
7135--7725	44	13.7	43	75	11	426	40	14	23	21	1.91
7135--7720	132	4.5	132	79	7	501	39	15	23	21	1.91
7136--7588	89	5.1	88	79	6	384	40	14	22	21	1.90
7600--7736	43	3.1	44	82	8	179	40	13	27	18	1.88
7490--7707	119	1.8	120	87	3	323	38	15	26	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7610--7736	45	2.9	43	83	8	175	40	14	25	18	1.90
15790--16291	247	2.0	247	93	0	860	18	21	26	33	1.97
19985--20030	23	2.0	23	95	0	83	36	6	8	47	1.60
21042--21511	154	3.0	154	82	6	530	41	14	9	34	1.79
22968--23982	167	6.1	165	75	9	731	49	7	12	30	1.67
22927--23982	334	3.2	333	81	5	1045	49	7	12	30	1.67
29813--29899	29	3.0	28	81	3	102	25	25	13	35	1.93
29903--29984	30	2.7	30	72	10	78	28	28	14	29	1.95
30001--30373	32	11.5	33	76	6	271	33	28	16	21	1.95
30001--30333	65	5.1	66	77	5	288	33	29	15	22	1.95
34727--34854	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
34863--34887	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
34928--34994	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
34950--34974	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35032--35087	21	2.7	21	100	0	112	39	14	10	35	1.81
38855--39097	104	2.3	104	81	4	294	34	16	24	24	1.95
38855--39096	52	4.7	52	80	5	265	34	16	24	24	1.95
39181--39397	92	2.4	92	86	4	312	29	16	26	27	1.96
39648--40001	35	10.7	35	70	13	200	31	11	32	24	1.91
39612--39938	69	4.9	68	80	11	363	33	11	31	23	1.90
39783--39842	27	2.2	27	81	0	66	38	11	28	21	1.89
39680--40001	129	2.5	129	82	7	400	32	12	31	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39749--39863	61	1.9	61	85	8	164	37	12	27	22	1.90
39559--39938	198	1.9	195	90	2	600	32	11	32	23	1.90
39912--39965	27	2.0	27	92	0	90	31	14	29	24	1.95
39846--40061	96	2.3	95	90	2	342	31	13	31	23	1.93
39498--40040	198	2.8	193	81	9	505	33	11	31	23	1.91
40008--40063	27	2.1	27	82	0	67	35	14	26	23	1.93
41398--41433	19	2.0	17	89	10	54	2	0	8	88	0.59
41389--41433	12	3.6	12	85	11	63	4	0	8	86	0.69
48442--48558	50	2.3	50	86	4	164	41	11	14	31	1.82
51823--51876	20	2.7	20	88	5	74	40	12	14	31	1.84
51903--51980	32	2.4	32	100	0	156	35	20	10	33	1.86
51918--51978	19	3.5	19	70	25	71	37	22	9	29	1.87
52536--52764	49	4.7	49	84	0	287	33	16	26	24	1.96
52536--52764	98	2.3	98	91	0	359	33	16	26	24	1.96
52581--52801	49	4.7	44	77	14	192	32	17	25	24	1.97
52581--52814	98	2.5	94	87	5	323	33	17	25	23	1.96
52810--53281	28	16.8	28	82	8	536	20	18	29	30	1.97
52808--53281	56	8.4	56	87	5	606	20	18	29	30	1.97
52808--53287	57	8.5	55	86	6	560	21	18	29	30	1.97
53593--53677	37	2.3	37	91	0	143	43	14	15	27	1.85
54711--54756	20	2.3	20	85	7	58	4	10	2	82	0.89
65718--65756	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79183--79235	20	2.7	20	90	0	79	32	11	15	41	1.82
86183--86217	18	1.9	18	88	0	52	85	14	0	0	0.59
87431--87592	32	5.2	30	83	8	164	23	30	15	30	1.95
87441--87894	35	13.8	32	75	16	175	21	33	13	31	1.92
87439--87586	62	2.4	62	85	3	199	25	30	16	27	1.97
87567--88222	33	19.9	34	76	15	541	20	35	12	32	1.90
87666--87726	28	2.2	27	88	2	86	22	34	13	29	1.92
87692--88268	61	8.7	67	77	13	239	20	36	12	30	1.90
87870--88073	27	6.8	26	73	24	156	21	37	14	26	1.92
87567--88215	35	19.7	33	75	16	453	20	34	12	32	1.90
87874--88210	61	5.3	60	89	6	397	20	36	12	30	1.90
87441--88182	164	4.6	155	78	14	618	21	34	13	31	1.91
88019--88268	104	2.4	102	83	9	299	21	37	12	29	1.89
88226--88395	33	5.2	32	88	6	236	28	33	18	19	1.95
88401--88899	49	10.6	48	79	11	516	25	24	17	32	1.97
88388--88798	92	4.5	91	88	6	571	25	25	18	30	1.98
88383--88845	141	3.3	141	87	5	581	25	25	18	31	1.97
88658--88849	92	2.1	92	95	1	339	25	25	17	32	1.96
89761--89785	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
89741--89807	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
89848--89872	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89881--90005	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102345--102452	52	2.0	54	85	5	148	27	16	20	35	1.94
102464--102561	13	5.8	18	69	28	72	36	15	12	35	1.85
102459--102559	32	3.1	32	92	1	166	35	15	11	36	1.85
102759--102942	31	5.9	31	85	5	246	28	16	30	24	1.96
102755--102942	63	3.0	63	84	9	260	28	15	31	23	1.96
102759--102940	94	1.9	94	97	0	346	28	16	30	24	1.96
103041--103078	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
111214--111342	52	2.5	52	93	0	213	31	17	16	35	1.92
111214--111362	52	2.9	52	85	4	201	32	16	16	34	1.91
111351--111375	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
111278--111461	86	2.2	84	82	8	212	30	14	18	35	1.91
111418--111515	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
111413--111513	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
111437--111493	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
114415--114460	20	2.2	21	84	3	58	47	8	10	32	1.69
116955--117007	28	2.0	27	88	7	81	28	35	16	18	1.93
116995--117112	53	2.2	52	83	4	139	31	29	5	33	1.79
117045--117304	79	3.2	80	82	2	324	27	29	10	32	1.90
119317--119386	25	2.8	25	77	14	72	34	12	17	35	1.88
119317--119386	13	5.6	12	73	13	52	34	12	17	35	1.88
119783--119838	29	1.9	29	85	7	78	30	26	16	26	1.96
128382--128424	12	3.8	12	82	14	56	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128381--128422	23	1.9	21	85	9	57	69	0	2	28	1.01
131515--131862	116	3.0	112	78	7	347	32	16	16	35	1.91
132772--132898	24	5.3	24	76	1	85	33	14	22	29	1.93
132739--132863	48	2.6	48	79	0	142	30	14	23	32	1.94
134095--134148	20	2.7	20	79	0	63	35	12	11	40	1.79
136419--136475	26	2.2	25	78	3	69	21	35	12	31	1.90
139372--139418	14	3.0	17	82	14	57	44	2	0	53	1.12
139370--139418	16	3.5	14	75	24	50	42	2	0	55	1.11
139608--139632	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
140297--140333	14	2.6	15	83	12	51	18	0	2	78	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12