genome.fa.s511.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold511
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668812

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  3  of  12  ( 1383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254129--254255	52	2.4	52	94	0	227	29	17	18	35	1.93
254129--254271	52	2.8	52	85	8	184	30	17	18	34	1.94
257293--257347	18	3.0	17	84	12	58	40	0	10	49	1.38
257293--257347	17	3.0	18	84	7	67	40	0	10	49	1.38
261847--262129	79	3.5	79	78	8	243	28	26	12	33	1.92
267610--267687	20	3.9	20	80	6	77	43	12	12	30	1.81
268217--268788	156	3.7	154	76	6	524	38	18	18	24	1.93
269877--269991	20	5.8	20	80	0	140	33	13	13	40	1.84
269877--269990	40	2.8	40	93	0	183	33	13	14	39	1.84
271130--271288	20	7.4	20	72	14	111	28	15	15	40	1.87
271112--271338	91	2.5	91	92	1	366	28	16	14	41	1.87
283225--283322	1	98.0	1	74	0	61	84	10	4	1	0.79
283219--283322	9	11.9	9	78	11	92	83	11	3	0	0.82
283219--283289	26	2.7	26	82	12	90	85	9	4	0	0.71
283221--283315	34	2.8	34	82	4	113	84	11	4	0	0.76
284569--284919	28	12.4	28	87	5	449	30	31	16	21	1.95
284976--285098	49	2.6	46	80	7	122	22	26	20	30	1.98
285817--285888	20	3.6	20	76	0	81	30	15	13	40	1.86
285904--285959	20	2.8	20	83	0	67	35	8	16	39	1.80
294894--294918	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
294871--294938	32	2.1	32	86	8	93	32	13	19	35	1.90
294970--295021	20	2.6	20	90	0	77	26	13	15	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295588--295631	21	2.0	22	91	4	72	34	27	2	36	1.70
296991--297040	20	2.3	21	80	13	57	6	28	48	18	1.71
303662--303718	13	3.9	13	72	24	51	33	12	19	35	1.89
303675--303737	19	3.6	19	72	24	75	30	11	22	36	1.89
303639--303738	32	3.1	32	91	4	157	31	12	21	36	1.89
303770--303821	20	2.6	20	93	0	86	26	15	15	42	1.87
303809--303837	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
303789--303854	33	2.0	33	85	11	91	31	16	18	33	1.93
309841--309895	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
315867--315910	17	2.6	17	75	13	54	77	11	6	4	1.11
317082--317169	14	6.6	13	74	12	81	34	10	18	37	1.84
317082--317169	26	3.3	27	73	10	83	34	10	18	37	1.84
317176--317890	28	25.6	28	81	4	723	27	29	18	24	1.98
318634--318779	51	2.9	51	93	1	258	27	19	10	41	1.85
323382--324064	167	4.2	167	82	6	631	51	7	12	28	1.67
323779--324064	154	1.9	153	86	1	412	52	5	12	29	1.62
325108--325183	39	1.9	39	89	5	118	38	17	26	18	1.92
325176--325547	43	8.8	42	72	6	158	30	16	30	22	1.96
325152--325277	43	3.0	41	74	11	121	30	18	30	19	1.96
325152--325378	84	2.7	84	84	2	276	31	17	29	21	1.96
325165--325421	85	3.0	83	81	3	307	30	17	29	21	1.97
325260--325566	127	2.4	126	78	3	319	30	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325779--326135	44	8.2	44	69	13	204	39	15	25	19	1.91
325824--326108	88	3.3	87	83	5	371	39	16	23	19	1.92
326122--326278	48	3.3	48	87	1	226	42	20	19	18	1.90
326239--326308	36	2.0	35	94	2	122	44	12	22	20	1.85
326191--326391	84	2.4	83	85	4	255	42	14	22	20	1.89
330631--330704	20	3.8	19	80	1	85	39	14	12	33	1.84
332421--332472	20	2.5	20	78	18	52	5	17	0	76	0.97
333753--333806	21	2.6	22	82	11	69	37	14	18	29	1.91
333844--333869	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
336275--336325	19	2.6	20	87	3	68	25	15	15	43	1.86
338016--338040	12	2.1	12	100	0	50	44	0	32	24	1.54
342547--342616	33	2.1	33	86	0	95	31	10	14	44	1.78
344426--344460	17	2.0	17	88	5	52	51	0	42	5	1.25
345123--345149	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
345216--345268	20	2.7	20	82	5	63	32	11	26	30	1.91
346083--346606	156	3.4	153	79	6	568	38	19	16	24	1.92
348632--349353	165	4.4	165	77	10	563	50	8	12	28	1.69
348750--349341	321	1.8	324	82	6	756	50	6	12	30	1.66
351394--351439	20	2.3	20	80	0	56	43	15	15	26	1.85
351491--351515	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
351471--351538	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
357689--357713	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359475--359512	19	2.0	19	89	0	58	39	0	36	23	1.55
360094--360131	20	2.0	19	85	10	51	26	21	13	39	1.89
360123--360251	52	2.5	52	97	0	240	34	18	18	28	1.95
367925--367950	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
367905--367968	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
368676--368748	36	2.0	36	97	0	137	34	24	4	36	1.75
372226--372350	52	2.4	52	94	0	214	28	17	19	35	1.94
372226--372370	52	2.8	52	87	4	195	29	17	19	33	1.94
372359--372383	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
372448--372472	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
372426--372492	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
376091--376121	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
377925--377969	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
380897--380945	16	3.1	16	82	8	55	83	10	6	0	0.80
380914--380948	17	2.0	18	88	5	54	88	8	2	0	0.61
381911--382209	34	9.2	32	76	12	96	20	34	13	31	1.91
381897--382210	68	4.8	66	83	8	277	20	34	13	30	1.92
382053--382434	34	11.8	34	78	12	394	20	37	12	30	1.89
382189--382360	27	5.8	27	70	20	121	22	37	13	26	1.92
381929--382339	163	2.6	161	84	4	505	20	35	12	30	1.91
382087--382397	123	2.5	125	87	6	459	20	36	12	30	1.89
382155--382394	61	3.9	61	91	1	399	20	37	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
382333--382448	34	3.4	34	82	8	148	18	37	11	32	1.87
382526--382941	43	9.1	43	77	11	400	25	25	17	31	1.97
382526--382988	92	5.0	92	91	0	719	25	24	17	32	1.97
382873--382940	21	3.2	21	63	19	50	27	26	16	29	1.97
383118--383575	43	10.1	43	79	10	502	24	25	18	31	1.97
383069--383619	92	6.0	92	92	2	926	24	25	18	31	1.97
383529--383666	52	2.6	52	84	3	177	25	24	15	34	1.95
383253--384066	450	1.8	447	92	1	1380	24	24	17	33	1.96
382618--384240	542	3.0	537	88	5	2245	24	24	16	33	1.96
382526--384170	634	2.6	633	93	0	2768	24	24	17	33	1.96
383578--383799	116	1.9	119	82	5	279	23	25	15	35	1.94
383752--384117	43	8.1	43	79	11	383	24	24	18	32	1.97
383703--384170	92	5.0	92	90	1	711	24	24	17	33	1.97
384049--384116	21	3.2	21	67	19	59	26	25	17	30	1.97
384071--384208	52	2.6	52	81	3	168	24	23	15	36	1.94
394530--394628	18	5.5	17	77	12	74	76	17	4	2	1.03
394525--394614	17	5.1	17	67	19	58	77	15	4	2	1.02
394553--394628	38	2.0	40	89	5	120	78	15	2	2	0.97
394565--394628	20	3.3	20	75	16	71	81	15	1	1	0.85
395574--395650	28	2.8	27	82	5	82	41	19	18	20	1.90
396161--396239	33	2.4	33	91	0	122	31	30	16	21	1.95
396178--396269	33	2.8	33	88	1	121	28	31	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
396324--396412	33	2.6	34	81	8	110	26	28	21	23	1.99
396453--396609	56	2.7	57	80	9	194	29	21	14	35	1.92
396583--396867	52	5.5	52	75	3	225	24	22	16	36	1.94
396688--396838	55	2.8	53	77	7	146	24	25	15	35	1.94
402643--402940	79	3.8	79	83	1	384	32	13	26	27	1.94
402820--403047	107	2.1	108	83	6	277	31	14	26	27	1.95
402898--402969	28	2.6	28	78	6	74	26	18	29	26	1.98
402927--403125	79	2.5	78	81	3	227	32	14	25	28	1.94
402742--403189	186	2.4	186	84	4	575	33	13	25	27	1.94
403005--403338	107	3.1	106	79	4	359	33	14	25	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12