genome.fa.s511.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold511
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668812

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746948--746993	9	4.9	9	87	12	58	86	10	2	0	0.64
746946--746993	14	3.4	14	94	5	80	87	10	2	0	0.62
746948--746992	23	2.0	23	90	0	72	86	11	2	0	0.65
748028--748168	27	5.1	27	59	16	65	28	29	19	23	1.98
747978--748653	55	12.3	55	95	0	1151	29	29	19	21	1.98
749390--749446	21	2.7	21	91	0	96	35	10	19	35	1.86
749502--749569	19	3.9	19	76	21	76	36	11	13	38	1.81
749523--749547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
749504--749566	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
749609--749634	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
749589--749655	33	2.0	33	85	0	89	26	14	14	43	1.85
751999--752129	51	2.5	53	84	8	187	31	23	10	34	1.89
752200--752337	52	2.6	54	75	10	142	31	26	10	32	1.89
752004--752392	212	1.8	212	87	4	579	29	26	13	31	1.94
759521--759573	20	2.7	20	78	0	61	32	13	13	41	1.82
759559--759583	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
766910--766965	21	2.7	21	100	0	112	35	14	14	35	1.86
770354--770406	14	3.7	14	80	11	63	47	0	3	49	1.19
770361--770408	15	3.2	15	77	11	53	50	0	4	45	1.21
770587--770637	19	2.6	21	81	12	63	43	9	15	31	1.80
770695--770721	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
773073--773232	51	3.1	51	79	5	180	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773175--773557	79	4.9	79	83	4	380	27	25	14	32	1.94
773175--773557	157	2.4	158	81	3	407	27	25	14	32	1.94
779859--780274	55	7.5	54	86	4	537	26	28	21	23	1.99
779866--780817	110	8.6	108	73	15	622	25	27	20	25	1.99
779862--780602	165	4.4	165	77	10	651	26	27	20	25	1.99
780139--780422	154	1.8	155	87	3	421	25	26	20	27	1.99
780090--780478	215	1.8	209	84	8	525	25	27	20	26	1.99
780294--780606	61	5.3	60	78	10	296	26	25	20	26	1.99
780300--780594	122	2.5	115	82	9	358	27	26	20	26	1.99
779974--780809	331	2.6	327	83	7	990	25	27	20	26	1.99
780645--780820	61	2.9	60	82	6	205	25	27	21	25	1.99
781696--781747	19	2.6	21	90	6	81	42	11	15	30	1.82
784192--784362	51	3.4	51	79	1	191	28	25	12	33	1.92
784296--784545	79	3.2	79	87	1	340	26	26	15	32	1.96
784502--784574	28	2.6	29	91	4	114	23	31	19	26	1.98
784532--784705	79	2.2	79	83	2	215	27	26	14	31	1.95
791077--791225	20	7.3	20	77	3	127	32	17	12	37	1.88
791075--791225	41	3.7	41	85	4	191	32	17	13	37	1.88
796863--796930	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
796885--796910	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
796964--797014	20	2.5	21	87	3	68	29	17	13	39	1.88
797003--797053	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801536--801570	18	1.9	18	88	0	52	82	11	2	2	0.88
801543--801572	15	1.9	15	93	6	51	86	10	0	3	0.67
802865--803202	29	11.9	29	82	5	406	30	30	16	21	1.96
802867--803202	84	4.0	84	82	7	387	30	30	16	21	1.96
802870--803223	113	3.1	113	87	6	475	31	31	16	20	1.95
803360--803443	43	2.0	43	92	0	141	26	25	15	33	1.95
803415--803547	61	2.2	61	76	2	142	23	24	13	38	1.91
808719--808771	11	4.7	11	77	13	63	66	1	0	32	1.03
813462--813518	6	9.5	6	98	0	96	19	0	12	68	1.20
813436--813518	24	3.5	24	85	3	96	22	1	10	65	1.31
813466--813539	6	12.2	6	91	2	67	27	0	9	63	1.25
817292--817374	43	1.9	43	92	4	141	39	16	13	30	1.87
821942--821997	6	8.8	6	74	18	51	1	19	0	78	0.84
821942--821997	17	3.3	17	74	0	58	1	19	0	78	0.84
822354--822400	25	2.0	23	83	8	58	17	17	14	51	1.77
823229--824538	32	42.8	32	86	3	1288	19	19	32	29	1.96
823235--825643	27	83.2	28	84	7	812	23	16	32	26	1.96
823959--824529	83	6.6	83	85	6	615	21	19	32	26	1.97
824465--826262	55	33.0	54	89	3	2615	28	14	33	23	1.94
824465--826262	82	22.0	81	89	3	2615	28	14	33	23	1.94
825713--825750	19	2.0	19	100	0	76	31	15	31	21	1.94
824465--826262	27	66.0	27	89	3	2615	28	14	33	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834032--834087	24	2.5	22	81	15	71	1	21	0	76	0.87
834032--834081	14	3.4	15	78	18	52	2	22	0	76	0.89
834444--834489	25	1.9	23	82	8	56	17	17	17	47	1.83
835441--835525	44	1.9	44	85	2	116	31	21	16	30	1.95
836692--836903	99	2.1	99	82	8	263	40	9	22	27	1.86
836843--837096	97	2.6	96	78	4	249	39	11	20	27	1.87
837062--837110	26	1.9	26	88	12	75	32	14	26	26	1.94
839585--839636	20	2.5	21	90	3	79	30	17	13	38	1.88
844775--844924	75	2.0	75	98	0	291	32	24	10	32	1.90
848970--849001	14	2.2	15	94	5	57	68	0	0	31	0.90
850233--850291	2	28.5	2	89	6	91	50	0	3	45	1.18
850233--850356	10	12.4	10	78	13	87	55	0	1	42	1.09
850300--850359	21	2.9	19	82	9	66	56	0	0	43	0.99
850797--850827	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
851838--851898	14	4.3	14	72	12	52	63	0	1	34	1.04
852679--852865	103	1.8	103	84	0	257	44	12	11	31	1.77
854595--854662	33	2.1	32	91	2	109	36	16	14	32	1.89
861505--861529	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
862439--862492	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
862525--862586	17	3.7	17	71	26	60	38	17	12	30	1.88
862542--862567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
862524--862589	33	2.1	30	88	8	96	36	16	13	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866127--866683	166	3.4	165	83	5	720	27	12	7	51	1.67
866618--866748	65	2.0	65	95	0	235	30	11	9	48	1.72
866453--866900	231	1.9	231	86	4	627	27	12	9	50	1.72
867290--867331	11	3.7	11	90	3	66	78	0	21	0	0.75
879215--879382	61	2.8	60	80	3	194	32	14	28	23	1.95
879337--879658	92	3.5	90	80	7	333	30	18	26	24	1.98
879477--879660	43	4.1	43	77	8	206	31	19	26	22	1.98
879428--879658	43	4.9	48	73	12	176	30	19	26	23	1.98
879648--879711	27	2.4	27	84	7	78	35	12	23	28	1.91
879680--880408	32	23.0	32	76	13	540	36	12	30	20	1.89
879879--879937	27	2.1	28	87	3	84	33	8	33	23	1.85
879852--880451	59	9.7	59	75	16	345	35	12	31	20	1.90
879680--880416	190	3.9	184	76	12	545	36	12	30	19	1.89
887233--887400	61	2.8	60	80	3	194	32	14	28	23	1.95
887355--887676	92	3.5	90	80	7	333	30	18	26	24	1.98
887495--887678	43	4.1	43	77	8	206	31	19	26	22	1.98
887446--887676	43	4.9	48	73	12	176	30	19	26	23	1.98
887666--887729	27	2.4	27	84	7	78	35	12	23	28	1.91
887698--888426	32	23.0	32	76	13	531	36	12	30	20	1.89
887897--887955	27	2.1	28	87	3	84	33	8	33	23	1.85
887865--888469	59	9.8	59	76	15	400	36	12	31	20	1.90
887698--888434	188	3.9	184	76	12	536	36	12	30	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891506--891589	19	4.6	19	77	19	90	35	13	17	33	1.89
891546--891603	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
891527--891602	32	2.4	32	97	0	143	32	14	18	34	1.91
895792--895839	19	2.5	19	96	0	87	33	12	16	37	1.86
898382--898407	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
903635--903686	17	3.0	18	81	13	56	76	15	3	3	1.07
904962--905188	31	7.2	31	77	9	201	21	28	15	35	1.94
904962--905188	64	3.6	61	75	13	181	21	28	15	35	1.94
905153--905322	69	2.5	68	84	6	216	16	37	12	34	1.86
905153--905320	35	4.9	35	86	5	200	16	36	12	34	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12