genome.fa.s511.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold511
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668812

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  2  of  12  ( 1383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140643--140738	15	6.5	15	72	6	61	29	20	17	32	1.96
140659--140733	29	2.6	28	83	6	96	26	21	18	33	1.96
142084--142150	28	2.3	30	80	15	77	38	10	10	40	1.74
142304--142342	17	2.3	17	81	0	51	48	0	5	46	1.24
142328--142437	30	3.7	29	80	13	109	49	1	9	40	1.45
143456--143682	109	2.1	109	94	0	391	41	12	19	26	1.86
144770--144837	31	2.3	31	90	7	106	30	1	10	57	1.41
145284--145339	29	1.9	29	82	7	69	51	3	12	32	1.56
146822--146857	18	1.9	19	94	5	65	16	11	11	61	1.57
148039--148100	28	2.2	28	82	8	72	46	4	16	32	1.68
148455--148480	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
149288--149331	23	2.0	21	83	12	54	52	0	0	47	1.00
150546--150583	20	1.9	20	84	10	51	71	0	5	23	1.07
158596--158621	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
161064--161133	28	2.5	28	79	4	88	24	31	15	28	1.96
161119--161235	51	2.3	51	79	7	130	29	27	11	31	1.92
161170--161395	79	2.9	79	85	2	319	26	25	15	33	1.95
165523--166184	61	10.8	61	90	1	993	26	25	18	29	1.98
165518--166450	183	5.1	183	84	6	1159	26	25	18	29	1.98
166138--166225	44	2.0	44	91	4	142	29	29	14	26	1.95
166182--166448	61	4.3	62	84	5	317	26	26	17	28	1.98
166471--166850	179	2.1	178	86	1	528	26	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166489--166916	61	7.1	61	78	8	446	25	26	18	28	1.98
166920--167171	84	3.0	84	76	9	242	19	23	12	44	1.85
166920--167155	44	5.5	43	78	12	209	19	24	12	43	1.85
170292--170367	28	2.7	28	85	0	98	25	32	17	25	1.96
170354--170467	51	2.2	51	81	3	122	30	28	9	31	1.89
170405--170626	79	2.8	78	77	6	232	28	26	13	31	1.94
171690--171745	19	2.8	20	83	5	87	35	14	16	33	1.88
171711--171775	32	2.0	32	84	3	85	41	15	12	30	1.84
172950--172999	21	2.3	21	86	3	64	6	14	0	80	0.90
173474--173778	165	1.8	165	90	2	488	52	6	10	31	1.61
173485--173829	165	2.1	165	84	5	455	52	7	10	30	1.62
173360--173905	165	3.3	165	78	6	416	49	8	11	31	1.67
175514--175598	15	5.1	15	70	24	55	65	1	0	32	1.00
175557--175605	9	4.9	10	75	24	50	71	2	0	26	0.97
175561--175601	3	13.7	3	85	10	57	70	2	0	26	0.99
175599--175648	23	2.2	23	82	3	57	50	0	4	46	1.20
175612--175661	23	2.2	23	85	3	66	54	0	4	42	1.19
177700--177739	20	2.0	20	90	0	62	55	0	2	42	1.13
179367--179441	5	15.6	5	75	19	54	32	2	2	62	1.23
179755--179801	20	2.3	21	85	3	60	25	0	12	61	1.31
181298--181341	17	2.6	18	82	10	56	47	0	2	50	1.13
188134--188199	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188155--188179	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
188136--188198	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
189002--189128	67	1.9	68	86	1	184	37	11	25	25	1.90
189118--189675	43	11.8	52	74	17	257	32	17	25	25	1.97
188800--189213	227	1.8	228	83	4	559	37	13	24	24	1.92
189132--189693	92	6.1	92	94	1	935	31	17	25	25	1.97
189688--189848	33	4.9	33	82	8	186	21	18	31	29	1.96
189698--189848	32	4.7	32	84	7	171	19	18	31	30	1.96
189686--189856	65	2.7	64	81	5	211	22	16	31	29	1.96
189864--189917	27	2.0	27	92	0	90	25	16	35	22	1.95
189926--190303	32	11.8	32	90	3	575	31	16	29	22	1.96
189859--190303	64	7.0	64	87	5	575	32	15	29	22	1.95
190403--190432	8	3.6	8	91	8	51	26	0	23	50	1.50
191576--191609	10	3.3	10	87	4	50	0	0	14	85	0.60
191575--191609	11	3.3	11	84	8	54	0	0	14	85	0.59
191576--191615	21	1.9	21	89	0	62	2	2	12	82	0.87
198543--198693	52	2.9	52	93	1	248	28	16	17	37	1.92
198715--198777	32	2.0	32	90	0	99	38	15	11	34	1.83
202926--202974	3	17.0	3	87	8	75	65	2	0	32	1.04
203772--203819	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
203914--203981	25	3.0	22	74	18	59	64	1	0	33	1.02
204723--204752	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205120--205150	5	6.0	5	96	3	53	77	0	0	22	0.77
205088--205150	16	3.8	16	72	19	58	68	0	3	28	1.05
205412--205461	15	3.3	15	80	11	57	50	4	4	42	1.40
210521--210871	185	1.9	186	93	0	605	42	12	15	29	1.84
212516--212567	19	2.7	20	90	6	88	28	11	15	44	1.81
212619--212673	20	2.8	20	91	5	85	30	12	14	41	1.83
214612--214654	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
215086--215123	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
217205--217235	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
219034--219082	21	2.3	22	85	3	64	22	16	4	57	1.56
221302--221327	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
221282--221345	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
221282--221345	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
221376--221449	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
224004--224033	12	2.6	12	94	5	53	50	0	0	50	1.00
224476--224534	6	9.2	6	75	14	55	49	3	0	47	1.18
224521--224575	14	3.9	15	74	11	53	49	0	0	50	1.00
225120--225197	27	2.9	27	94	0	129	25	8	20	44	1.80
225125--225219	27	3.7	25	87	6	95	25	8	21	45	1.79
226031--226275	123	2.0	123	94	0	427	35	22	13	28	1.92
226706--226761	19	2.8	20	75	5	60	37	12	14	35	1.84
229844--229972	52	2.5	52	89	0	204	28	16	17	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229981--230005	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
230067--230091	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
230046--230111	32	2.0	33	88	2	98	37	15	12	34	1.84
230670--231056	169	2.2	172	83	5	453	36	15	25	22	1.93
230906--231240	43	6.8	53	77	13	271	32	16	25	25	1.96
230956--231240	43	6.0	48	79	12	295	32	16	24	25	1.96
230957--231247	92	3.1	93	90	2	424	32	16	25	25	1.96
231103--231170	21	3.2	20	66	25	50	29	16	27	26	1.97
231237--231462	32	7.0	32	90	5	359	20	18	33	28	1.96
231237--231464	63	3.6	64	91	3	379	20	17	33	28	1.95
231468--231568	36	2.9	35	83	13	129	36	12	30	19	1.90
232536--232574	17	2.3	17	86	0	51	0	17	2	79	0.84
232551--232599	12	3.9	12	81	7	53	2	8	4	85	0.79
232547--232598	17	3.1	17	86	2	61	1	9	3	84	0.82
232568--232598	16	1.9	16	93	0	53	3	6	3	87	0.75
232846--232899	17	3.1	17	84	7	56	3	3	16	75	1.08
239766--239892	52	2.4	52	93	0	218	29	17	18	35	1.93
239970--240067	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
239989--240045	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
239968--240065	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
240461--240514	22	2.5	22	85	8	67	42	7	7	42	1.61
244567--244591	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244600--244730	52	2.5	52	86	3	192	35	18	16	29	1.92
246866--246919	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
248188--248263	27	2.8	27	89	0	116	21	9	22	47	1.78
248194--248283	27	3.5	25	78	13	76	23	8	22	45	1.80
248247--248292	24	1.9	24	81	0	56	23	8	23	43	1.82
248663--248693	14	2.2	14	100	0	62	54	0	6	38	1.26
248921--249013	29	3.1	29	74	9	71	34	4	2	59	1.29
249004--249033	15	1.9	16	93	6	53	46	6	0	46	1.29
249501--249542	21	1.9	23	85	9	61	80	0	11	7	0.88
250878--250928	18	2.8	18	74	11	50	15	5	19	58	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12