genome.fa.s511.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold511
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668812

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1366057--1366105	21	2.3	21	100	0	98	36	32	10	20	1.86
1371156--1371185	15	2.0	15	100	0	60	20	20	26	33	1.97
1374525--1374565	20	2.1	20	95	4	75	14	9	4	70	1.30
1378476--1378603	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
1378612--1378636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1378699--1378723	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1379882--1380664	43	16.8	48	83	8	916	30	18	25	24	1.98
1379873--1380615	92	8.0	92	91	3	1131	30	18	25	24	1.98
1380160--1380271	21	5.2	21	61	26	56	27	20	27	24	1.99
1380499--1380566	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
1380479--1380545	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
1380664--1380733	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
1380718--1381280	34	16.4	36	72	20	322	32	12	33	21	1.91
1380738--1380924	71	2.7	70	92	3	297	35	12	33	18	1.89
1380847--1381019	87	2.0	88	93	3	296	33	13	32	20	1.91
1380933--1381280	62	5.4	61	86	7	367	31	13	33	21	1.92
1381284--1381369	30	2.8	30	82	5	111	29	18	25	26	1.98
1382326--1382379	23	2.2	25	90	6	85	0	9	7	83	0.82
1382342--1382379	17	2.2	17	90	4	58	0	5	7	86	0.69
1383374--1384156	43	16.8	48	83	8	898	30	18	25	25	1.98
1383365--1384107	92	8.0	92	92	3	1122	30	18	25	24	1.98
1383652--1383762	21	5.2	21	61	26	54	27	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1383991--1384058	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
1383971--1384037	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
1384149--1384226	33	2.5	31	86	13	115	19	16	37	26	1.93
1384210--1384416	34	5.9	34	85	11	233	33	12	34	19	1.90
1384210--1384416	71	2.9	69	88	4	281	33	12	34	19	1.90
1384339--1384511	87	2.0	88	91	3	287	32	13	32	21	1.92
1384425--1384772	34	10.8	33	74	16	302	31	13	33	21	1.92
1384425--1384772	62	5.4	61	86	7	367	31	13	33	21	1.92
1384776--1384861	30	2.8	30	82	5	111	29	18	25	26	1.98
1385817--1385870	23	2.2	25	90	6	85	0	9	7	83	0.82
1385833--1385870	17	2.2	17	90	4	58	0	5	7	86	0.69
1386865--1387647	43	16.8	48	83	8	889	30	18	25	24	1.98
1386856--1387598	92	8.0	92	91	3	1113	30	18	25	24	1.98
1387143--1387253	21	5.2	21	61	26	54	27	18	27	25	1.98
1387482--1387549	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
1387462--1387528	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
1387640--1387717	33	2.5	31	86	13	115	19	16	37	26	1.93
1387701--1388291	34	17.3	35	71	18	283	32	13	33	21	1.91
1387701--1387907	71	2.9	69	89	4	290	33	12	34	19	1.89
1387830--1388002	87	2.0	88	91	3	287	34	13	31	20	1.91
1387916--1388263	62	5.4	61	86	7	358	31	13	33	21	1.92
1388267--1388352	30	2.8	30	92	5	138	26	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389308--1389361	23	2.2	25	90	6	85	0	9	7	83	0.82
1389324--1389361	17	2.2	17	90	4	58	0	5	7	86	0.69
1390356--1391137	43	16.8	48	83	8	880	31	18	25	24	1.98
1390347--1391089	92	8.0	92	91	3	1113	31	18	25	24	1.98
1390634--1390744	21	5.2	21	61	26	54	27	18	27	25	1.98
1390973--1391040	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
1391137--1391206	33	2.1	35	91	5	117	20	15	37	27	1.93
1391191--1391787	34	17.4	36	72	19	333	32	12	34	21	1.90
1391211--1391397	71	2.7	70	92	3	297	35	12	33	18	1.89
1391320--1391492	87	2.0	88	93	3	296	33	13	32	20	1.91
1391406--1391815	62	6.4	67	85	7	321	31	13	33	22	1.92
1391544--1391787	62	4.0	62	89	3	325	29	13	34	22	1.93
1391472--1391787	62	5.0	61	85	6	323	31	12	33	22	1.92
1391544--1391787	123	2.0	123	84	4	323	29	13	34	22	1.93
1391791--1391876	30	2.8	30	92	5	138	26	19	27	25	1.99
1392839--1392878	12	3.2	12	79	6	53	0	2	10	87	0.63
1392830--1392885	25	2.2	26	87	6	80	0	8	7	83	0.80
1392839--1392885	17	2.8	16	87	6	58	0	4	8	87	0.67
1393879--1394656	43	16.6	48	82	8	870	30	18	25	25	1.98
1393870--1394612	92	8.0	92	90	3	1086	30	18	25	25	1.98
1394157--1394267	21	5.2	21	61	26	54	27	18	27	25	1.98
1394496--1394563	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394476--1394542	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
1396039--1396113	20	3.8	20	83	0	105	32	13	13	41	1.83
1400066--1400296	79	2.9	79	82	5	243	26	27	15	31	1.96
1412976--1413035	26	2.3	27	85	5	72	21	21	25	31	1.98
1412986--1413036	26	2.0	26	96	0	93	23	23	17	35	1.95
1413860--1413905	9	5.3	9	92	5	69	86	10	2	0	0.64
1413851--1413937	25	3.6	25	81	12	92	82	12	2	2	0.85
1413851--1413936	31	2.7	31	83	7	93	82	12	2	2	0.86
1413851--1413937	16	5.4	16	77	15	81	82	12	2	2	0.85
1413851--1413938	23	3.7	22	79	11	86	81	13	2	2	0.88
1415137--1415877	28	25.6	29	83	8	845	27	30	18	23	1.98
1415137--1416486	57	23.7	57	82	7	1394	28	30	18	23	1.97
1415137--1415855	88	8.3	87	87	5	872	27	30	18	23	1.98
1415890--1416406	28	18.4	28	87	2	669	29	29	17	23	1.97
1415716--1416013	160	1.9	158	92	2	508	26	31	18	22	1.97
1415879--1416406	85	6.2	85	86	3	674	29	29	17	23	1.97
1415879--1416487	28	21.3	29	82	9	490	28	29	17	24	1.97
1417216--1417270	20	2.8	20	88	0	83	32	12	14	40	1.84
1418188--1418226	20	2.1	19	85	9	53	23	10	10	56	1.63
1420976--1421463	165	3.0	165	84	6	600	29	10	9	49	1.70
1422086--1422141	12	4.7	12	84	8	69	76	0	21	1	0.87
1429965--1430092	52	2.5	52	93	3	215	30	18	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1430101--1430125	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1430166--1430232	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1430188--1430212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1441209--1441409	78	2.6	78	83	4	237	35	18	13	31	1.91
1441648--1441700	19	2.8	19	80	8	54	56	13	3	26	1.54
1445259--1445698	235	1.9	235	94	0	772	33	17	15	32	1.92
1446878--1446927	17	2.9	17	90	0	82	54	4	4	38	1.38
1447159--1447219	32	1.9	32	83	6	79	27	16	22	32	1.96
1447822--1447861	21	1.9	21	85	10	55	42	5	0	52	1.23
1448540--1448590	17	3.0	16	78	21	59	35	0	0	64	0.94
1448644--1448671	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
1448628--1448688	29	2.1	30	81	3	70	26	0	0	73	0.83
1448658--1448710	23	2.3	24	80	9	65	26	0	3	69	1.05
1448943--1449000	16	3.6	16	76	6	55	18	6	22	51	1.70
1448953--1449014	32	1.9	32	87	6	90	14	6	27	51	1.66
1448961--1449042	32	2.6	32	82	3	85	15	7	24	52	1.68
1449873--1449931	16	3.7	16	79	0	55	33	5	8	52	1.54
1449840--1449925	32	2.7	32	80	3	84	30	8	11	50	1.68
1449964--1450005	5	8.6	5	84	10	52	52	0	0	47	1.00
1449911--1449998	16	6.1	15	71	18	62	46	3	0	50	1.18
1449961--1450011	19	2.4	21	75	21	52	47	0	0	52	1.00
1450703--1450791	46	1.9	47	90	2	144	55	6	10	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1454813--1454886	20	3.6	20	85	3	85	31	17	13	37	1.89
1455397--1455422	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
1455938--1456104	38	4.5	35	76	16	126	55	0	2	41	1.17
1455983--1456121	72	1.9	72	81	11	169	55	1	2	41	1.21
1456561--1456597	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
1458217--1458555	169	2.0	168	91	0	543	36	10	10	41	1.74
1458385--1458809	225	1.9	226	87	2	622	38	11	9	41	1.73
1460975--1461012	18	2.2	18	85	4	51	21	18	0	60	1.36
1463929--1463963	8	4.4	8	100	0	70	88	0	0	11	0.51
1464756--1464785	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12