genome.fa.s511.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold511
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668812

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  11  of  12  ( 1383 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466033--1466088	27	2.1	26	83	12	69	28	14	30	26	1.95
1468313--1468396	19	4.6	19	69	20	72	36	14	11	36	1.83
1468313--1468375	32	2.0	32	96	0	117	38	14	11	36	1.81
1473112--1473168	20	2.8	20	94	0	96	42	8	17	31	1.80
1473954--1474002	3	17.0	3	91	8	84	30	0	0	69	0.89
1475984--1476061	20	3.8	19	71	18	59	39	12	15	32	1.85
1476031--1476159	59	2.2	59	94	0	222	27	15	20	37	1.92
1476166--1476236	20	3.6	19	92	3	106	30	14	11	43	1.80
1480433--1480561	52	2.5	52	93	0	222	28	17	17	36	1.93
1480570--1480594	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1480649--1480698	19	2.6	19	93	0	91	42	18	10	30	1.82
1481090--1481128	7	5.7	7	91	8	55	0	12	0	87	0.55
1481091--1481126	16	2.2	17	90	9	58	0	11	0	88	0.50
1481122--1481217	28	3.4	27	77	8	93	17	4	9	68	1.33
1481159--1481198	19	2.2	19	86	4	55	17	2	7	72	1.19
1483009--1483127	51	2.3	52	86	1	177	33	15	10	40	1.82
1483038--1483146	52	2.2	50	81	8	123	32	14	12	40	1.84
1485197--1485597	81	5.0	80	79	4	405	29	25	11	32	1.92
1485197--1485542	161	2.1	161	83	3	435	30	24	10	34	1.90
1487441--1487467	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1494460--1494484	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
1494460--1494497	10	3.7	10	89	10	51	86	10	2	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1495701--1495869	34	5.2	34	73	15	126	20	31	11	36	1.89
1495739--1495858	63	1.9	61	85	8	161	22	32	12	32	1.91
1495890--1496129	43	5.2	48	77	11	241	23	25	18	32	1.97
1495901--1496133	92	2.5	92	90	0	358	24	25	18	32	1.97
1496062--1496129	21	3.2	21	64	25	52	25	26	17	30	1.97
1496438--1496488	20	2.5	20	100	0	102	31	15	19	33	1.93
1496535--1496579	20	2.3	19	88	3	63	42	20	13	24	1.87
1502737--1502762	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1502883--1502928	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1505277--1505327	19	2.6	20	87	6	77	37	19	13	29	1.90
1506051--1506340	52	5.7	52	82	4	349	23	25	18	32	1.97
1506051--1506331	101	2.8	101	91	0	436	23	25	18	32	1.97
1507001--1507050	19	2.6	19	93	0	82	32	10	18	40	1.83
1515673--1515800	47	2.7	47	82	0	139	14	19	35	31	1.91
1516449--1516497	20	2.4	20	89	3	71	14	10	0	75	1.04
1516446--1516478	14	2.4	14	94	0	57	12	9	0	78	0.95
1516995--1517511	42	12.2	43	84	1	591	36	18	29	14	1.91
1530642--1530765	47	2.6	47	80	2	133	15	19	33	32	1.93
1533601--1533644	19	2.3	19	84	7	54	72	4	9	13	1.24
1535574--1535778	97	2.1	97	81	6	238	35	12	24	28	1.91
1537251--1537275	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
1537699--1537872	51	3.4	51	82	3	199	43	12	13	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540537--1540756	116	1.9	116	84	3	300	42	10	10	37	1.72
1541045--1541419	36	10.5	36	69	7	165	34	9	20	35	1.85
1551306--1551344	4	9.8	4	88	0	60	74	2	2	20	1.06
1553401--1554027	79	7.9	79	79	5	588	32	13	26	27	1.93
1553392--1554028	158	4.0	158	80	6	666	33	13	25	27	1.93
1556379--1556494	50	2.3	50	84	0	151	41	14	17	26	1.88
1568400--1568436	18	2.1	18	94	0	65	51	5	18	24	1.67
1569508--1569570	5	11.6	5	77	15	63	57	1	1	39	1.18
1569508--1569570	11	5.8	10	77	15	63	57	1	1	39	1.18
1573963--1574027	20	3.6	20	73	26	81	38	18	9	33	1.83
1573958--1574059	33	3.1	33	92	2	161	38	18	10	32	1.86
1573980--1574043	13	5.4	13	75	21	68	37	15	12	34	1.85
1574088--1574143	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
1574935--1574965	16	1.9	16	93	0	53	6	9	3	80	0.99
1577225--1577262	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
1581276--1581350	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
1581273--1581350	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
1581336--1581454	32	3.5	32	65	20	87	41	13	14	31	1.84
1581245--1581419	92	1.9	91	90	5	282	41	13	13	31	1.84
1581337--1581491	72	2.2	72	92	2	267	40	13	14	32	1.85
1581437--1581514	20	3.9	19	75	6	66	39	11	12	35	1.80
1581437--1581514	40	2.0	39	87	2	111	39	11	12	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582123--1582935	86	9.5	85	85	6	873	22	17	31	28	1.97
1582076--1582934	28	29.9	29	85	6	961	22	18	30	28	1.97
1583944--1583969	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1583926--1583989	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
1586189--1586238	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1590277--1590322	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1592672--1592730	29	2.0	29	90	6	93	38	20	11	28	1.88
1594057--1594122	1	66.0	1	78	0	69	0	1	9	89	0.55
1594042--1594122	19	4.5	17	80	13	65	2	3	8	85	0.81
1594073--1594122	15	3.4	15	97	2	93	0	0	10	90	0.47
1603828--1603853	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1603810--1603873	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
1606072--1606121	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1610734--1610900	20	8.8	20	69	17	113	40	13	14	31	1.84
1610771--1610900	32	4.2	31	62	20	74	41	12	14	31	1.83
1610703--1610913	92	2.3	91	95	4	388	42	12	15	29	1.84
1614853--1614971	52	2.3	52	97	0	220	28	17	18	35	1.94
1614853--1614993	52	2.7	52	87	4	196	30	17	18	34	1.94
1614982--1615006	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1615072--1615096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1615050--1615116	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1615154--1615195	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1615916--1616307	168	2.3	171	92	4	673	36	14	24	24	1.93
1616091--1616307	64	3.7	62	79	9	180	35	14	23	25	1.93
1616211--1616447	43	5.1	47	78	14	274	31	18	25	24	1.97
1616221--1616455	92	2.5	93	92	4	393	32	18	25	24	1.97
1616475--1616567	33	2.8	33	92	6	154	15	20	36	27	1.92
1616569--1616762	35	5.5	35	87	10	272	35	12	34	18	1.88
1616572--1616762	71	2.7	70	92	3	305	35	12	34	18	1.88
1616771--1616920	33	4.3	36	83	9	204	35	12	32	19	1.89
1616685--1616854	87	1.9	88	92	1	288	32	14	33	19	1.91
1616773--1616919	70	2.1	70	97	0	258	34	12	32	19	1.90
1616615--1617511	157	5.9	156	86	9	1204	33	12	33	20	1.90
1616928--1617077	33	4.3	36	83	9	204	35	12	32	19	1.89
1616843--1617011	87	1.9	87	97	0	320	34	13	31	19	1.91
1616930--1617076	70	2.1	68	97	0	222	34	12	32	19	1.90
1617000--1617168	87	1.9	87	96	0	311	34	13	32	19	1.91
1617087--1617548	70	6.6	69	85	8	564	32	12	34	20	1.90
1617085--1617548	34	13.3	34	83	10	546	32	12	34	20	1.90
1617557--1617706	33	4.3	36	80	9	186	35	11	32	20	1.88
1617469--1617640	87	2.0	88	95	1	310	33	12	33	19	1.90
1617568--1618221	70	9.3	70	72	14	445	33	12	33	20	1.90
1617567--1618127	157	3.8	146	82	9	695	33	12	33	20	1.90
1617629--1617795	87	1.9	87	96	0	307	35	13	31	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617087--1618221	211	5.3	209	79	14	1032	33	12	33	20	1.90
1617714--1618221	34	14.9	33	79	12	528	32	12	34	20	1.90
1618025--1618246	61	3.5	62	82	11	245	30	13	35	21	1.91
1618236--1618302	31	2.2	31	97	0	125	23	16	34	25	1.95
1619288--1619319	16	1.9	17	93	6	57	0	6	9	84	0.78
1619559--1619630	32	2.2	32	97	0	135	0	0	9	90	0.46
1619559--1619632	12	6.6	12	83	13	95	0	0	9	90	0.45
1619559--1619632	1	74.0	1	80	0	85	0	0	9	90	0.45
1619574--1619648	32	2.3	32	83	2	87	2	4	8	85	0.81
1626522--1626640	52	2.3	52	97	0	220	28	17	18	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12