genome.fa.s66.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold66
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4623749

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127017--2127078	21	3.0	21	80	15	74	59	0	0	40	0.97
2127007--2127093	27	3.0	28	73	20	72	57	1	0	41	1.06
2130539--2130582	23	1.9	23	85	0	61	40	4	6	47	1.50
2130839--2130876	19	2.0	19	89	0	58	42	2	5	50	1.39
2135811--2135836	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2137017--2137097	41	2.0	39	83	4	99	58	1	4	35	1.28
2137923--2137968	20	2.3	20	85	11	67	58	0	2	39	1.10
2140917--2140961	19	2.4	19	85	7	56	62	2	0	35	1.08
2142503--2142551	21	2.3	21	83	10	64	40	14	0	44	1.45
2144825--2144865	20	2.1	20	86	4	57	31	9	19	39	1.84
2147542--2147601	18	3.2	20	72	18	65	70	5	0	25	1.08
2148071--2148108	12	3.2	12	77	7	51	78	0	0	21	0.74
2148342--2148422	20	4.1	20	73	13	60	59	0	4	35	1.19
2148360--2148461	29	3.5	28	74	16	82	59	0	2	37	1.12
2148376--2148454	20	4.1	21	70	18	64	59	0	1	39	1.06
2148411--2148440	10	2.9	10	95	5	51	60	0	0	40	0.97
2148423--2148478	11	5.0	11	85	8	60	67	0	0	32	0.91
2148440--2148470	6	5.3	6	92	7	55	67	0	0	32	0.91
2149751--2149792	20	2.1	20	90	0	66	59	9	7	23	1.53
2150030--2150076	24	1.9	24	95	4	85	0	10	6	82	0.82
2156959--2157048	37	2.5	36	72	3	83	50	0	0	50	1.00
2157147--2157203	25	2.3	25	82	8	64	43	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168449--2168491	19	2.3	19	88	4	61	53	0	0	46	1.00
2169772--2169814	21	2.0	22	81	4	52	46	4	4	44	1.45
2170371--2170405	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2170990--2171023	17	2.0	18	88	11	54	52	0	5	41	1.25
2171469--2171531	20	3.0	21	77	11	76	65	0	0	34	0.93
2171754--2171787	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
2172148--2172201	9	6.8	9	78	18	50	53	0	1	44	1.11
2172151--2172197	15	3.1	15	82	11	60	51	0	2	46	1.13
2172507--2172540	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
2173015--2173073	29	2.1	27	84	6	73	54	1	3	40	1.27
2173673--2173738	29	2.2	30	78	10	73	37	4	1	56	1.29
2173740--2173798	21	2.8	20	80	10	64	18	8	10	62	1.51
2176830--2176892	28	2.2	28	78	10	67	53	3	3	39	1.33
2176830--2176893	27	2.3	28	78	10	69	53	3	3	40	1.33
2183883--2183924	20	2.1	20	82	8	50	50	0	2	47	1.14
2184121--2184159	19	2.1	19	85	9	53	53	2	0	43	1.14
2184120--2184399	121	2.4	119	85	4	379	46	4	4	44	1.45
2184692--2184718	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2184983--2185023	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2185397--2185446	18	2.5	22	78	18	63	38	0	0	62	0.96
2186144--2186190	23	2.1	22	84	7	60	42	34	0	23	1.54
2193290--2193328	19	2.0	20	90	10	62	58	5	0	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196481--2196550	34	2.1	34	100	0	140	25	20	8	45	1.79
2204125--2204159	19	1.9	19	88	11	56	51	0	0	48	1.00
2204138--2204185	24	2.1	23	82	17	64	47	0	0	52	1.00
2212785--2212816	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2215713--2215800	40	2.2	40	93	2	149	43	13	19	23	1.87
2218194--2218228	16	2.2	16	94	0	61	48	5	2	42	1.41
2218867--2218904	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2220405--2220444	21	2.0	20	85	5	53	55	5	0	40	1.22
2221025--2221057	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2221664--2221742	29	2.7	30	82	2	79	59	0	2	37	1.11
2221670--2221730	5	12.2	5	78	13	63	59	0	3	37	1.14
2221692--2221742	15	3.4	15	78	10	59	60	0	0	39	0.97
2221666--2221767	40	2.5	40	80	10	102	56	0	1	41	1.10
2221861--2221905	22	2.0	22	82	0	54	46	2	0	51	1.13
2223706--2223753	19	2.4	21	86	6	64	45	10	2	41	1.50
2232810--2232839	13	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
2232944--2232981	14	2.5	16	87	12	62	44	0	0	55	0.99
2235250--2235366	38	3.0	38	70	18	96	52	0	0	46	1.12
2235359--2235414	21	2.6	22	77	13	62	48	0	1	50	1.11
2238013--2238046	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2238215--2238616	133	3.0	134	91	1	635	20	30	16	32	1.95
2241746--2241770	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251342--2251449	52	2.1	51	83	13	134	50	0	0	49	1.00
2256740--2256774	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2257007--2257142	64	2.0	68	90	6	217	50	8	5	36	1.56
2257512--2257584	36	2.0	37	94	2	130	43	12	6	36	1.69
2257843--2257881	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
2258774--2258810	16	2.3	16	85	0	56	51	0	2	45	1.15
2258813--2258862	11	4.5	11	80	5	55	36	0	0	64	0.94
2259180--2259382	68	3.0	69	79	4	207	39	11	7	40	1.71
2261066--2261102	18	2.0	20	89	10	60	62	0	5	32	1.18
2261066--2261103	19	2.0	20	89	5	60	63	0	5	31	1.17
2261171--2261225	24	2.2	25	81	9	69	36	0	3	60	1.15
2263230--2263270	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2263674--2263708	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
2263730--2263763	18	1.9	18	88	5	52	23	0	5	70	1.09
2266611--2266640	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2267199--2267236	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2272838--2272862	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2273480--2273525	24	2.0	23	86	4	65	39	8	8	43	1.66
2274096--2274128	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
2274128--2274160	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2275103--2275133	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2277101--2277131	13	2.4	13	94	0	53	54	9	0	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278521--2278565	23	2.0	23	82	8	56	57	0	2	40	1.11
2278871--2278896	6	4.3	6	100	0	52	15	0	50	34	1.45
2279866--2279898	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
2290776--2290810	17	2.1	17	88	0	52	48	5	5	40	1.51
2290835--2290895	29	2.0	30	87	6	88	52	0	0	47	1.00
2290854--2290902	22	2.1	24	85	7	66	53	0	0	46	1.00
2291528--2291586	30	2.0	30	90	6	93	49	0	0	50	1.00
2291667--2291693	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2293172--2293221	19	2.7	18	72	9	55	52	0	2	46	1.12
2299149--2299267	63	1.9	63	80	3	141	29	10	17	42	1.82
2299415--2299448	17	2.0	17	88	11	52	47	2	2	47	1.32
2299428--2299479	26	2.0	26	92	0	86	32	7	13	46	1.72
2300464--2300569	35	3.5	30	79	14	94	56	0	0	41	1.12
2300501--2300569	9	7.3	9	82	14	86	55	1	1	42	1.18
2300478--2300570	18	5.2	17	75	19	91	55	1	1	41	1.14
2300466--2300569	29	3.8	28	76	16	85	56	0	0	41	1.12
2300511--2300613	21	5.2	20	78	9	84	49	2	5	41	1.42
2300604--2300665	21	3.0	21	80	15	58	51	9	3	35	1.51
2300625--2300665	20	2.0	20	85	9	55	48	12	4	34	1.62
2300676--2300855	21	8.5	21	74	5	112	52	7	4	35	1.50
2300850--2300874	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2301092--2301169	21	3.7	21	85	0	102	47	8	3	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301228--2301305	40	2.0	40	86	0	111	47	8	7	35	1.64
2301117--2301346	21	11.3	19	72	15	90	50	8	6	33	1.59
2301444--2301653	11	20.3	10	67	22	50	52	4	4	38	1.42
2301444--2301589	11	14.0	11	72	16	82	52	3	4	40	1.37
2301444--2301537	21	4.5	20	81	11	84	54	2	3	40	1.28
2301454--2301588	52	2.6	53	83	9	163	51	3	4	40	1.40
2301550--2301693	21	6.9	21	70	7	78	52	9	4	34	1.52
2301706--2301763	22	2.7	22	83	2	73	48	13	1	36	1.53
2304151--2304191	17	2.4	18	84	11	52	56	2	0	41	1.13
2305800--2305848	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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